chr12:77549091 77549340 +
(8)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(42)
TESTES

Sense strand
CACCTCCGAAGCTGTCTGGAAACCTGGAAAGTCTATTCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTAAATACTTTCTTCAGTGGCCTGTATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGCTCAGTGAATGATACCTTAAGTTTATAAGCCAGCCTGGCCTTCCACATGCTGAGATCTTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCTGATGCTGGAATGTTAATGAGGACATGACAAGCAAAATTCCTGTCTCCCTTCCCCATATATGG
...........................................................................((((((..((((.((.(((.((((.....)))).((((((..........))))))....))).)))))).....(((((((((...)))))))))..........))))))...............................................................
...........................................................................76.................................................................................................................191.........................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
.................................................................................................................................................................................................TGGAATGTTAATGAGGACATGACAAGC.............................. 27 1 281.00 281.00 104.00 95.00 11.00 7.00 3.00 - 2.00 26.00 2.00 13.00 1.00 7.00 - - - 3.00 4.00 - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGATGCTGGAATGTTAATGAGGACA...................................... 25 1 85.00 85.00 30.00 31.00 - - - 5.00 - 4.00 2.00 6.00 1.00 1.00 1.00 - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGTTAATGAGGACATGACAAGCAAAATTC....................... 29 1 75.00 75.00 1.00 1.00 20.00 15.00 15.00 - 8.00 - - - 14.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TGGAATGTTAATGAGGACATGACAAGCA............................. 28 1 75.00 75.00 - - 30.00 21.00 11.00 - 6.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGTTAATGAGGACATGACAAGCAAAAT......................... 27 1 69.00 69.00 - - 29.00 22.00 4.00 - 9.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGC................................................................................................................................................ 26 1 43.00 43.00 16.00 14.00 - - - - - - - - - 3.00 - 2.00 - - - 4.00 - 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAAACCTGGAAAGTCTATTCATGAG............................................................................................................................................................................................................... 27 1 42.00 42.00 16.00 7.00 - 1.00 - - - 6.00 3.00 6.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGTTAATGAGGACATGACAAGCAAAA.......................... 26 1 35.00 35.00 - - 14.00 15.00 1.00 - 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TGAGATCTTCGGCATGGACCTCCGC...................................................................... 25 1 34.00 34.00 7.00 5.00 - 1.00 - 12.00 - - - 2.00 - 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGAGGACATGACAAGCAAAATTCCTGT................... 27 1 32.00 32.00 1.00 - 8.00 7.00 6.00 - 3.00 - 1.00 - 3.00 1.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TGCTGGAATGTTAATGAGGACATGAC.................................. 26 1 30.00 30.00 13.00 12.00 - 1.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TCTTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGC............................................................... 27 1 26.00 26.00 - 1.00 6.00 8.00 2.00 7.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGATGCTGGAATGTTAATGAGGACATGAC.................................. 29 1 25.00 25.00 11.00 8.00 - - - - - 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGATGCTGGAATGTTAATGAGGAC....................................... 24 1 23.00 23.00 5.00 12.00 - - - - - 1.00 - 2.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGATGCTGGAATGTTAATGAGGACAT..................................... 26 1 23.00 23.00 14.00 4.00 - - - - - - - 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TGAGATCTTCGGCATGGACCTCCGCAG.................................................................... 27 1 22.00 22.00 - 2.00 - 1.00 - 16.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TGCTGGAATGTTAATGAGGACATGACA................................. 27 1 18.00 18.00 3.00 8.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
...........................................................................................................................................................TGAGATCTTCGGCATGGACCTCCGCA..................................................................... 26 1 15.00 15.00 9.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGCTCA............................................................................................................................................. 27 1 14.00 14.00 3.00 3.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - 2.00 - 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGGCCTTCCACATGCTGAGATCTTCGG................................................................................... 27 1 13.00 13.00 - - 7.00 3.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCT.............................................................. 26 1 12.00 12.00 2.00 - 5.00 2.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TCTTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCT.............................................................. 28 1 12.00 12.00 - - 2.00 1.00 5.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGAGGACATGACAAGCAAAATTCCTG.................... 26 1 12.00 12.00 - 2.00 4.00 3.00 1.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAGGAAAGAGGTTTGCTTAAATACTT........................................................................................................................................................................................ 27 1 11.00 11.00 1.00 - 1.00 - - - - - 5.00 - - - 1.00 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TGGAAAGTCTATTCATGAGGAAAGAGG....................................................................................................................................................................................................... 27 1 11.00 11.00 4.00 1.00 - - - - - - 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCTG............................................................. 27 1 10.00 10.00 - 1.00 1.00 2.00 3.00 - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TGCTGAGATCTTCGGCATGGACCTCCGC...................................................................... 28 1 10.00 10.00 - - - - - 10.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TAATGAGGACATGACAAGCAAAATTCC...................... 27 1 9.00 9.00 2.00 1.00 2.00 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
......................................................................................................................................................................................................TGTTAATGAGGACATGACAAGCAAAATTCC...................... 30 1 8.00 8.00 1.00 - 1.00 1.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - -
..............................................................................TGTATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGC.................................................................................................................................................. 26 1 8.00 8.00 3.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TGAGATCTTCGGCATGGACCTCCGCAGC................................................................... 28 1 7.00 7.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TAAATACTTTCTTCAGTGGCCTGTATG...................................................................................................................................................................... 27 1 7.00 7.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCTGA............................................................ 27 1 6.00 6.00 1.00 - 1.00 1.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAAACCTGGAAAGTCTATTCATGA................................................................................................................................................................................................................ 26 1 6.00 6.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TGGAATGTTAATGAGGACATGACAAG............................... 26 1 6.00 6.00 - 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TAATGAGGACATGACAAGCAAAATTCCT..................... 28 1 6.00 6.00 1.00 - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - -
..................................................................................TGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGCTC.............................................................................................................................................. 26 1 6.00 6.00 3.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGTATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGC................................................................................................................................................ 28 1 5.00 5.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TCTTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCTG............................................................. 29 1 5.00 5.00 - - 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TAAATACTTTCTTCAGTGGCCTGTA........................................................................................................................................................................ 25 1 5.00 5.00 - 3.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TGGAAAGTCTATTCATGAGGAAAGAG........................................................................................................................................................................................................ 26 1 5.00 5.00 3.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGTTAATGAGGACATGACAAGCAAAATT........................ 28 1 5.00 5.00 - - - 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TTAAATACTTTCTTCAGTGGCCTGTA........................................................................................................................................................................ 26 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..................................................................................................................TGATACCTTAAGTTTATAAGCCAGCCT............................................................................................................. 27 1 4.00 4.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................GCATGGACCTCCGCAGCAGGCT.............................................................. 22 1 4.00 4.00 - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGAGGACATGACAAGCAAAATTCCTGTC.................. 28 1 4.00 4.00 - 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGTATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTG................................................................................................................................................... 25 1 4.00 4.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TAAATACTTTCTTCAGTGGCCTGTAT....................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGCTC.............................................................................................................................................. 28 1 4.00 4.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TGGAATGTTAATGAGGACATGACAAGCAAA........................... 30 1 4.00 4.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - -
.....................................................................................................TGCGCTCAGTGAATGATACCTTAAGTT.......................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TGCGCTCAGTGAATGATACCTTAAGT........................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGACCTCCGCAGCAGGCTGATGCTGG...................................................... 27 1 4.00 4.00 - - 1.00 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TATTCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTA............................................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGC............................................................... 25 1 4.00 4.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCTG............................................................. 26 1 4.00 4.00 - 1.00 - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......CGAAGCTGTCTGGAAACCTGGAAAGT.......................................................................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TGCTGGAATGTTAATGAGGACATGACAAGC.............................. 30 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TTCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTAAAT............................................................................................................................................................................................ 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCG................................................................................................................................................. 25 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TGGAAAGTCTATTCATGAGGAAAGAGGT...................................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TAATGAGGACATGACAAGCAAAATTCCTG.................... 29 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TGAGAGTTTTGCGCTCAGTGAATGATA................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCTGAT........................................................... 28 1 3.00 3.00 - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TTCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTAAA............................................................................................................................................................................................. 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGATGCTGGAATGTTAATGAGGA........................................ 23 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAAACCTGGAAAGTCTATTCATGAGG.............................................................................................................................................................................................................. 28 1 3.00 3.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TTCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTAA.............................................................................................................................................................................................. 25 1 3.00 3.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCTGA............................................................ 28 1 3.00 3.00 1.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GCTGAGATCTTCGGCATGGACCTCCGC...................................................................... 27 1 3.00 3.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGATGCTGGAATGTTAATGAGGACATG.................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CTGGAAACCTGGAAAGTCTATTCATGAGG.............................................................................................................................................................................................................. 29 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................CTCCGCAGCAGGCTGATGCTGGAATG.................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TTAAATACTTTCTTCAGTGGCCTGT......................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TGGAATGTTAATGAGGACATGACAAGCAA............................ 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCa.............................................................. 26 a 2.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TGGAATGTTAATGAGGACA...................................... 19 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TCCGAAGCTGTCTGGAAACCTGGAA............................................................................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TGCGCTCAGTGAATGATACCTTAAGTTT......................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
........................TGGAAAGTCTATTCATGAGGAAAGAGGTT..................................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................AAAGTCTATTCATGAGGAAAGAGGTTT.................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TACCTTAAGTTTATAAGCCAGCCTGGCCT........................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCTGATG.......................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTAAATA........................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TGCTGGAATGTTAATGAGGACA...................................... 22 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TTCTTCAGTGGCCTGTATGGTCGAGTC.............................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............TGTCTGGAAACCTGGAAAGTCTATT..................................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGATGCTGGAATGTTAATGAGGACATGACA................................. 30 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GCTGTCTGGAAACCTGGA.............................................................................................................................................................................................................................. 18 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TGTCTGGAAACCTGGAAAGTCTATTC.................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGCT............................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TGGAATGTTAATGAGGACATGACA................................. 24 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TATGGTCGAGTCTGAGA......................................................................................................................................................... 17 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGACCTCCGCAGCAGGCTGATGCTGGA..................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGGCCTTCCACATGCTGAGATCTTCGGC.................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TGAGAGTTTTGCGCTCAGTGAATGA..................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TTCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTAAATACT......................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TCTTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGG................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................AATACTTTCTTCAGTGGCCTG.......................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......GAAGCTGTCTGGAAACCTGGAAAGT.......................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TTCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTAAATt........................................................................................................................................................................................... 28 t 1.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGAGGACATGACAAGCAAAATTCCTta................... 27 ta 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TAAATACTTTCTTCAGTGGCCTGTATGG..................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GTTAATGAGGACATGACAAGCAAAAT......................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TGAGATCTTCGGCATGGAC............................................................................ 19 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................CATGGACCTCCGCAGCAGGCTGATGC......................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TGCTGGAATGTTAATGAGGACATGA................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TTCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTAAATA........................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGtgc................................................................................................................................................ 26 tgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......CGAAGCTGTCTGGAAACCTGGAA............................................................................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TGATACCTTAAGTTTATAAGCCAGCC.............................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TATAAGCCAGCCTGGCCTTCCACATG................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGACCTCCGCAGCAGGCTGATGCTGGAA.................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TGGAATGTTAATGAGGACATGACAAGa.............................. 27 a 1.00 6.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.ACCTCCGAAGCTGTgtca....................................................................................................................................................................................................................................... 18 gtca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................CGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCTGATGC......................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TGAGATCTTCGGCATGGACCTCCGCAt.................................................................... 27 t 1.00 15.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................GGTCGAGTCTGAGAGTTTTGC.................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TATGGTCGAGTCTGAGAGTTgcgc.................................................................................................................................................. 24 gcgc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGATGCTGGAATGTTAATGAGGACt...................................... 25 t 1.00 23.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TATTCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTAAAT............................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCTa............................................................. 27 a 1.00 12.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TAATGAGGACATGACAAGCAAAATTCCTGT................... 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CTGGAAACCTGGAAAGTCTATTCATGAG............................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GCTGAGATCTTCGGCATGGACCTCC........................................................................ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TACTTTCTTCAGTGGCCTGTATGGTC................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................AAATACTTTCTTCAGTGGCCTGTAT....................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTTTGCTTAAATACTTTCTTCAGTG............................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAGGAAAGAGGTTTGCTTAAATACT......................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................AATACTTTCTTCAGTGGCCTGTAT....................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TGCTGGAATGTTAATGAGGACATGACAA................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TACTTTCTTCAGTGGCCTGTATGGTCGAGTC.............................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AACCTGGAAAGTCTATTCATGAG............................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................TTTTGCGCTCAGTGAATGATACCTTA.............................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGACCTCCGCAGCAGGCTGATGCTGGtt.................................................... 29 tt 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
....TCCGAAGCTGTCTGGAAACCTGG............................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGACCTCCGCAGCAGGCTGATGCTGGAATG.................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTTTGCTTAAATACTTTCTTCAGTcgt............................................................................................................................................................................. 28 cgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TCTATTCATGAGGAAAGAGGTTTGC.................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGATGCTGGAATGTTAATGAGGACATGA................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TAATGAGGACATGACAAGCAAAATTC....................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TGATGCTGGAATGTTAATGAGGAtat..................................... 26 tat 1.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAAACCTGGAAAGTCTATTCATGAGGAAAGA......................................................................................................................................................................................................... 33 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................TGAATGATACCTTAAGTTTATAAGCCAGC............................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................GTATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGC................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CTGTCTGGAAACCTGGAAAGTCTATTC.................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGTTAATGAGGACATGACAAGCA............................. 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGCTCAGT........................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGTTAATGAGGACATGACAAGCAAAATTCCT..................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
................................................................TTTCTTCAGTGGCCTGTATGGTCGAGTC.............................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GGAAAGTCTATTCATGAGGAAAGAGGTTT.................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................ATCTTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGC............................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCTGt............................................................ 28 t 1.00 10.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................AATACTTTCTTCAGTGGCCTGTATGG..................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TTCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTAAATAC.......................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAAACCTGGAAAGTCTATTCATGAGGAAAtt......................................................................................................................................................................................................... 33 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...........................................................................................................................AAGTTTATAAGCCAGCCT............................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAAACCTGGAAAGTCTA....................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTTTGCTTAAATACTTTCTTCAGTGGC............................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGTATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGCT............................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TGCGCTCAGTGAATGATACCTTAAG............................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................ATGGACCTCCGCAGCAGGCTGATGCTG....................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GTTAATGAGGACATGACAAGCAAAATTCC...................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................AGATCTTCGGCATGGACCTCCGCAGC................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCG................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TGGAATGTTAATGAGGACATGACAAcc.............................. 27 cc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGTTAATGAGGACATGACAAGCAAAAa......................... 27 a 1.00 35.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGCTCA............................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AACCTGGAAAGTCTATTCATGAGGAA............................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGAGGACATGACAAGCAAAATTCCTttc.................. 28 ttc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGatg............................................................. 27 atg 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TAAGTTTATAAGCCAGCCTGGCCTTCCA.................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TTATAAGCCAGCCTGGCCTTCCACATGt............................................................................................... 28 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGAGGACATGACAAGCAAAATTC....................... 23 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CTGGAAAGTCTATTCATGAG............................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TCCGAAGCTGTCTGGAAACCTGGAAA............................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGG................................................................ 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGgtct............................................................................................................................................. 27 gtct 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TCCACATGCTGAGATCTTCGGCATGGA............................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TGACAAGCAAAATTCCTGTCTCCCTTCCC......... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................GGCTGATGCTGGAATGTTAATGAGGAC....................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TGGAAAGTCTATTCATGAGGAAAGAGt....................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TGAGATCTTCGGCATGGACCccc........................................................................ 23 ccc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TGCTGGAATGTTAATGAGGACAT..................................... 23 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TGCTTAAATACTTTCTTCAGTGGCCTG.......................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......CGAAGCTGTCTGGAAACCTG................................................................................................................................................................................................................................ 20 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................GTGAATGATACCTTAAGTTTATAAGCCAGC............................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GCTGAGATCTTCGGCATGGACttcc........................................................................ 25 ttcc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TGGAATGTTAATGAGGACATGACAAGga............................. 28 ga 1.00 6.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................GCTGGAATGTTAATGAGGACATGACA................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAAACCTGGAAAGTCTATTCATG................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....CCGAAGCTGTCTGGAAACCTGGAAA............................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............TGTCTGGAAACCTGGAAAGTCTATTCATGA................................................................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................ATACTTTCTTCAGTGGCCTGTATGGT.................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................CGGCATGGACCTCCGCAGCAGGC............................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TTAATGAGGACATGACAAGCAAAATTCCT..................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGTTAATGAGGACATGACAAGCAAA........................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................AATGAGGACATGACAAGCAAAATTCCTGT................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....CCGAAGCTGTCTGGAAACCTGGAAAG........................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TGGAATGTTAATGAGGACATGACAAGCt............................. 28 t 1.00 281.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAAACCTGGAAAGTCTATTCATGAGa.............................................................................................................................................................................................................. 28 a 1.00 42.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGAGGACATGACAAGCAAA........................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................CTTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGC............................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TGGAAAGTCTATTCATGAGGAAAGAGa....................................................................................................................................................................................................... 27 a 1.00 5.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGC.................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TTAAATACTTTCTTCAGTGGCCTGTAT....................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......CGAAGCTGTCTGGAAACCTGGAAAG........................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................GAATGTTAATGAGGACATGACAAGCA............................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TGAGATCTTCGGCATGGACCTCCG....................................................................... 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TCGAGTCTGAGAGTTTTGCGCTCAGT........................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TGCTGGAATGTTAATGAGGACATGtca................................. 27 tca 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................GTTTTGCGCTCAGTGAATGATACCTT............................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................GAGGAAAGAGGTTTGCTTAAATACTT........................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................GTTTTGCGCTCAGTGAATGATACCTTA.............................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGTTAATGAGGACATGACAAGCAAAAc......................... 27 c 1.00 35.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGTTAATGAGGACATGACAAGCAAAATTCCTG.................... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CTGTCTGGAAACCTGGAAA............................................................................................................................................................................................................................ 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CACCTCCGAAGCTGTCTGGAAACCTGGAAAGTCTATTCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTAAATACTTTCTTCAGTGGCCTGTATGGTCGAGTCTGAGAGTTTTGCGCTCAGTGAATGATACCTTAAGTTTATAAGCCAGCCTGGCCTTCCACATGCTGAGATCTTCGGCATGGACCTCCGCAGCAGGCTGATGCTGGAATGTTAATGAGGACATGACAAGCAAAATTCCTGTCTCCCTTCCCCATATATGG
...........................................................................((((((..((((.((.(((.((((.....)))).((((((..........))))))....))).)))))).....(((((((((...)))))))))..........))))))...............................................................
...........................................................................76.................................................................................................................191.........................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
............................AAGTCTATTCATGAGGAAAGAGGTTTGCTTA............................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................CTTTCTTCAGTGGCCTGTAT....................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.................................................................................................................................................................................................................................GTCTCCCTTCCCCATcatt...... 19 catt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00