chr11:100182094 100182311 +
(8)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(46)
TESTES

Sense strand
GGATCGCTGATGATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTAAGAAGGTGGGTCTGCTGTGGAGAGAGCACGTTGTATGGTCTACCAAGGGAGAGGGTGCAAACGTCAAGGGAGTCCGTGTTGATGGCATGGCCTCTTAGATGCTGCATCCTTTTGTCCTTGCAGAAATTTGCCTGCAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGGAGAAGT
.......................................................(((.((.(((..(((.((.......)).))).))).)).))).........................................................................................................................
..................................................51...............................................................116....................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAAT.......... 26 13 15.23 15.23 3.77 2.92 3.08 - 2.31 1.38 - - 0.31 - 0.08 - - 0.62 - - - - - 0.08 - - - - 0.08 - - - - - - - 0.23 - 0.08 0.08 - 0.08 - - - - - - 0.08 - 0.08
..............TACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGT................................................................................................................................................................................ 28 8 6.62 6.62 3.25 1.25 1.38 - 0.38 0.12 - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTCTGCTGTGGAGAGAGCACGT.............................................................................................................................................. 26 1 6.00 6.00 1.00 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTCTGCTGTGGAGAGAGCACGTT............................................................................................................................................. 27 1 4.00 4.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTCTGCTGTGGAGAGAGCACGa.............................................................................................................................................. 26 a 4.00 1.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TGTGGAGAGAGCACGTTGTATGGTCTACCAAGG............................................................................................................................. 33 1 4.00 4.00 - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGG...... 27 12 3.00 3.00 0.58 1.00 0.83 - 0.08 0.25 - - - - - - - 0.08 - - - - 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAA........... 25 14 2.86 2.86 0.79 0.07 0.14 - - 0.36 - - 0.21 - 0.07 - - 0.79 - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - 0.14 - 0.07 0.07 - - - - - - - - 0.07 - -
.................................................................................................................................................................................TGCAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGA............ 29 14 2.79 2.79 0.86 0.57 0.43 - 0.21 0.21 - - - - 0.07 - - - - 0.07 - - 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - 0.07 - 0.07 - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TGCAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAG............. 28 14 2.64 2.64 1.21 0.57 0.64 - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - -
..........TGATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGC.................................................................................................................................................................................. 30 8 2.38 2.38 1.12 0.12 - - - 0.12 - - - - - - - - 0.38 - - 0.25 - 0.12 0.12 - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTT............................................................................................................................................................................... 29 8 2.25 2.25 1.00 0.38 0.25 - - 0.12 - - - - 0.12 - - - - 0.12 - - - 0.12 - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCG................................................................................................................................................................................. 27 9 2.22 2.22 0.33 0.56 0.44 0.11 0.11 0.33 - - - - - - - - - - - - 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGCTGTGGAGAGAGCACGTTGTATGGT...................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAATA......... 27 13 1.85 1.85 0.46 0.46 0.31 - 0.31 0.08 - - - - - - - 0.08 - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - -
.............TTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGT................................................................................................................................................................................ 29 6 1.50 1.50 0.33 0.50 0.50 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAATATG....... 29 12 1.42 1.42 0.50 0.33 0.25 - 0.08 0.08 - - - - 0.08 - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGG...... 30 12 1.42 1.42 1.00 0.08 - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................GCAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGA............ 28 14 1.36 1.36 0.50 0.29 0.21 - 0.14 0.14 - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGATGATTACGATAAAAAGAAACTAGT........................................................................................................................................................................................ 27 11 1.27 1.27 0.09 - - 0.09 - - - - - - - - - - - 0.27 - 0.09 0.09 0.09 - - 0.18 - - - - - - - - 0.18 - - - - - - - - - - 0.09 0.09 - - -
.........................................................................................................................................................................................TACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGGAG.... 29 12 1.17 1.17 0.33 0.33 0.17 - 0.17 - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGt...... 30 t 1.08 1.42 0.58 - 0.08 - 0.08 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TGCAATGGTACTGTAATTGAGCATtcag............. 28 tcag 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................ACCAAGGGAGAGGGTGCAAACGTCAA.......................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAtaat.......... 26 taat 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGGGTCTGCTGTGGAGAGAGCACGTT............................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGTGGGTCTGCTGTGGAGAGAG................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TACCAAGGGAGAGGGTGCAAACGTCAA.......................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................GAAATTTGCCTGCAATGGTACTGTAATc....................... 28 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTCTGCTGTGGAGAGAGCgcgt.............................................................................................................................................. 26 gcgt 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TAAGAAGGTGGGTCTGCTGTGGAG....................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TGATTACGATAAAAAGAAACTAGTGt...................................................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TTTGCCTGCAATGGTACTGTAATTGAGa................... 28 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TAGTGAAGGCGTTTAAGAAGGTGGGT.................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TGATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGG................................................................................................................................................................................... 29 11 1.00 1.00 0.55 0.09 0.09 - - - - - - - 0.09 - - - - - - 0.09 - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TACCAAGGGAGAGGGTGCAAACct............................................................................................................. 24 ct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TAGATGCTGCATCCTTTTGTCCTTGC.................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGATGATTACGATAAAAAGAAACTAtt........................................................................................................................................................................................ 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGATGATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAt.................................................................................................................................................................................... 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTCTGCTGTGGAGAGAGC.................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTCTGCTGTGGAGAGAGa.................................................................................................................................................. 22 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGTATGGTCTACCAAGGGAGAGGGTGC................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TACCAAGGGAGAGGGTGCAAACGTC............................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................GAAATTTGCCTGCAATGGTACTGTAATTGAGt................... 32 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGGTCTACCAAGGGAGAGGGTGCAAA................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TGCCTGCAATGGTACTGTAATTGAGa................... 26 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............ACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGT................................................................................................................................................................................ 27 8 1.00 1.00 0.38 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - -
................CGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCtt................................................................................................................................................................................ 26 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTCTGCTGTGGAGAGAGCACG............................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................CGTTGTATGGTCTACCAAGGGA........................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGggt................................................................................................................................................................................ 28 ggt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTCTGCTGTGGAGAGAGCA................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGagt................................................................................................................................................................................ 28 agt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................GCAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAG............. 27 14 0.86 0.86 0.29 0.07 0.21 - - 0.07 - - - - 0.07 - 0.07 - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TGCCTGCAATGGTACTGTAATTGAGC................... 26 14 0.86 0.86 0.07 - - 0.14 - 0.07 - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - 0.21 - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................ATGGTACTGTAATTGAGCA.................. 19 15 0.80 0.80 - - - - - - - 0.13 - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTA............................................................................................................................................................................. 26 9 0.78 0.78 - - - - - - - - - - - - 0.11 - - 0.11 - 0.11 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - 0.11 - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATC................ 20 14 0.71 0.71 - - - - - - - - - 0.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................AATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAA........... 27 14 0.71 0.71 0.14 0.29 0.14 - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................AATGGTACTGTAATTGAGCAT................. 21 15 0.67 0.67 - - - - - - - - - 0.60 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTT............................................................................................................................................................................... 27 9 0.67 0.67 0.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - 0.11 - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TGCAATGGTACTGTAATTGAGCATCCA.............. 27 14 0.64 0.64 0.07 0.07 0.21 - - 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TGATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAG.................................................................................................................................................................................... 28 11 0.64 0.64 0.36 0.09 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTAAG........................................................................................................................................................................... 28 8 0.62 0.62 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 0.12 - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGGt..... 28 t 0.58 3.00 0.08 0.17 0.17 - 0.08 - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGT................................................................................................................................................................................ 26 9 0.56 0.56 0.11 0.11 - 0.11 0.11 - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................ATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAA........... 26 14 0.50 0.50 - 0.07 - - - - - - - - 0.07 - 0.07 0.14 - - - - - 0.07 - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTT............................................................................................................................................................................... 30 6 0.50 0.50 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................CAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGA............ 27 14 0.50 0.50 0.14 0.14 - - 0.07 - - - - - 0.07 - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTCTGCTGTGGAG....................................................................................................................................................... 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TACTGTAATTGAGCATCCAGAATATG....... 26 12 0.50 0.50 0.08 0.08 - - - 0.17 - - 0.08 - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAGA............ 24 14 0.50 0.50 - - 0.07 - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - 0.07 - - 0.07 - - - - - - - 0.07 - - - - 0.07 - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................CAATGGTACTGTAATTGAGC................... 20 15 0.47 0.47 - - - - - - - - - 0.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................ATGGTACTGTAATTGAGCATC................ 21 14 0.43 0.43 - - - - - - - - - 0.36 - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................AATGGTACTGTAATTGAGCATCCA.............. 24 14 0.43 0.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.43 - - - - - - - - - -
.............TTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCG................................................................................................................................................................................. 28 7 0.43 0.43 0.14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TGCAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGt............ 29 t 0.43 2.64 0.07 0.14 0.14 - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................AATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAAT.......... 28 13 0.38 0.38 0.08 0.15 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTAAGA.......................................................................................................................................................................... 29 8 0.38 0.38 0.12 - - - - 0.12 - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............ACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTT............................................................................................................................................................................... 28 8 0.38 0.38 - 0.25 - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTAAGA.......................................................................................................................................................................... 28 8 0.38 0.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 0.12 - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................CAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAA........... 28 14 0.36 0.36 0.14 0.07 0.07 - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................GCAATGGTACTGTAATTGAGCATCC............... 25 14 0.36 0.36 - - - - - - - 0.07 - - - - 0.07 - - - - - 0.14 - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........GATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCG................................................................................................................................................................................. 30 6 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGGA..... 28 12 0.33 0.33 0.08 - 0.08 - 0.08 - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGGA..... 31 12 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - 0.08 - - - - - -
....................................................................................................................................................................................AATGGTACTGTAATTGAGC................... 19 15 0.33 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TGATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCG................................................................................................................................................................................. 31 6 0.33 0.33 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................GCCTGCAATGGTACTGTAATTGAGCATC................ 28 13 0.31 0.31 - 0.08 - - 0.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - -
.....................AAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTAA............................................................................................................................................................................ 25 10 0.30 0.30 - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - -
...................TAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTT.............................................................................................................................................................................. 25 10 0.30 0.30 - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - -
....................AAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTT.............................................................................................................................................................................. 24 10 0.30 0.30 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - 0.10 - 0.10 - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TGCAATGGTACTGTAATTGAGCATCC............... 26 14 0.29 0.29 - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................AATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGA............ 26 14 0.29 0.29 - - 0.14 - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TGCAATGGTACTGTAATTGAGCATC................ 25 14 0.29 0.29 0.07 - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - 0.07 - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TGCCTGCAATGGTACTGTAATTGAGCAT................. 28 14 0.29 0.29 0.07 0.07 - - 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TGATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAA..................................................................................................................................................................................... 27 11 0.27 0.27 - 0.18 - - - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGGAG.... 32 12 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTAAGt.......................................................................................................................................................................... 29 t 0.25 0.62 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGGtt.... 29 tt 0.25 3.00 - 0.17 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGt...... 27 t 0.25 0.50 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TGCAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAAT.......... 31 13 0.23 0.23 0.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTAAG........................................................................................................................................................................... 26 9 0.22 0.22 - 0.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GAAACTAGTGAAGGCGTTTAAGAAG........................................................................................................................................................................ 25 9 0.22 0.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - -
....................AAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTA............................................................................................................................................................................. 25 9 0.22 0.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TGCAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAA........... 30 14 0.21 0.21 0.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................GCAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAA........... 29 14 0.21 0.21 - 0.07 - - - 0.07 - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TTGCCTGCAATGGTACTGTAATTGAGC................... 27 14 0.21 0.21 - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TGATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGT................................................................................................................................................................................ 32 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................ATGGTACTGTAATTGAGC................... 18 15 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................GCAATGGTACTGTAATTGAGC................... 21 15 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - 0.13 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGC................... 17 15 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.13 - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGATGATTACGATAAAAAGAAACTAGTGA...................................................................................................................................................................................... 29 11 0.18 0.18 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGC.................................................................................................................................................................................. 26 11 0.18 0.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTT............................................................................................................................................................................... 24 11 0.18 0.18 - - - - - - - - - - 0.09 - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........ATGATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAG.................................................................................................................................................................................... 29 11 0.18 0.18 0.09 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................AATTGAGCATCCAGAATAT........ 19 17 0.18 0.18 - - - - - - 0.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............ATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCG................................................................................................................................................................................. 29 6 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGTCTGCTGTGGA........................................................................................................................................................ 16 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGGAGt... 30 t 0.17 1.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TGTAATTGAGCATCCAGAATATGGAG.... 26 12 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - -
.........................................................................................................................................................................................TACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGtt..... 28 tt 0.17 0.50 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................GTACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGG...... 28 12 0.17 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................GTACTGTAATTGAGCATCCAGAATATG....... 27 12 0.17 0.17 0.08 - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAATATGGtt.... 32 tt 0.17 1.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAATt......... 27 t 0.15 15.23 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CCTGCAATGGTACTGTAATTGAGCATC................ 27 13 0.15 0.15 - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................CTGCAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAG............. 29 13 0.15 0.15 0.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................CAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAAT.......... 29 13 0.15 0.15 - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................GCAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAAT.......... 30 13 0.15 0.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................CAATGGTACTGTAATTGAGCATCCAG............. 26 14 0.14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............ACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTT.............................................................................................................................................................................. 29 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................GCAATGGTACTGTAATTGAGCATC................ 24 14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................ATGGTACTGTAATTGAGCATCC............... 22 14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TGGTACTGTAATTGAGCATCCAGAAa.......... 26 a 0.14 2.86 - 0.07 - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................GTACTGTAATTGAGCATC................ 18 15 0.13 0.13 - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - -
...................TAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTAAGAA......................................................................................................................................................................... 30 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............ATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGC.................................................................................................................................................................................. 28 8 0.12 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTAAGtt......................................................................................................................................................................... 30 tt 0.12 0.62 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTAAGAA......................................................................................................................................................................... 29 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........GATTACGATAAAAAGAAACTAGTGAAGGC.................................................................................................................................................................................. 29 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AAAAAGAAACTAGTGAAGGCGTTTAAG........................................................................................................................................................................... 27 8 0.12 0.12 - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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Antisense strand
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cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)