| Gene: Cdk5rap3 | ID: uc007lcv.1_intron_12_0_chr11_96777511_r | SPECIES: mm9 |
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(7) OTHER.mut |
(6) PIWI.ip |
(4) PIWI.mut |
(32) TESTES |
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| ...............................................................................................................................................TGCAGGGTGGCGGTTGGACTCGTa........................................................................................................................ | 24 | a | 2.00 | 0.00 | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................GCGGAAGTGGAGAAAGGA.................................................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 1 | 2.00 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...............................................................................................................................................TGCAGGGTGGCGGTTGGACTCGTGGA...................................................................................................................... | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| ...............................................................................................................................................TGCAGGGTGGCGGTTGGACTCGaa........................................................................................................................ | 24 | aa | 2.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...............................................................................................................................................TGCAGGGTGGCGGTTGGACTCGTat....................................................................................................................... | 25 | at | 2.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................AGCGGAAGTGGAGAAAGGA.................................................................................................................................................................................................................................................. | 19 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................................................................................................................................................GTTGGACTCGTGGAATGAGCGCGCG........................................................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| ......................CGGAAGCGGAAGTGGAGAAAGGATGCAGG............................................................................................................................................................................................................................................ | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................GCGGAAGTGGAGAAAGGATGC............................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................CGGAAGTGGAGAAAGGATGCAGGTt.......................................................................................................................................................................................................................................... | 25 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| ......................................GAAAGGATGCAGGTGTGGGGACCAGGGCTGGt......................................................................................................................................................................................................................... | 32 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| ......................................................................................................................................................TGGCGGTTGGACTCGTGGAATGAGC................................................................................................................ | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................................................................................................................................................................TCGTGGAATGAGCGCGCGCGAGGCGCAT................................................................................................. | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - |
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| ..............................................GCAGGTGTGGGGACCAGGGCcgt.......................................................................................................................................................................................................................... | 23 | cgt | 1.00 | 0.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| ..........................................................ACCAGGGCTGGAGAAACTGGGTCTTCTCT........................................................................................................................................................................................................ | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| .............................................................................................................................................................TGGACTCGTGGAATGAGCGCGCGCc......................................................................................................... | 25 | c | 1.00 | 14.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...............................................................................................................................................TGCAGGGTGGCGGTTGGACTaaa......................................................................................................................... | 23 | aaa | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................................................................................TGGAATGAGCGCGCGCGAGGCGCATC................................................................................................ | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................GCCGGAAGCGGAAGTGGAGAAAGGATG................................................................................................................................................................................................................................................ | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...............................................................................................................................................TGCAGGGTGGCGGTTGGACTCGTGa....................................................................................................................... | 25 | a | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................................................................................................................................................TTGGACTCGTGGAATGAGCGCGCG........................................................................................................... | 24 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .................................................................................................................................................CAGGGTGGCGGTTGGACTCGTGGA...................................................................................................................... | 24 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................................................................................................................TGGACTCGTGGAATGAGCGCGCcc.......................................................................................................... | 24 | cc | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................................................................................................................................................................................................................................................TGCCCATCGACATCCAGACCAGCAAGC.......... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................AGGGCTGGAGAAACTGG................................................................................................................................................................................................................. | 17 | 4 | 0.75 | 0.75 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.25 | 0.25 |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................TCGACATCCAGACCAGCAAGCTGCTt..... | 26 | t | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - |
| ............................................ATGCAGGTGTGGGGACCA................................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................................................................................................................................................................................................TCGACATCCAGACCAGCAAGCTGCT...... | 25 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................CGGAAGCGGAAGTGGAGA....................................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................................................CCAGGGCTGGAGAAACTG.................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 4 | 0.25 | 0.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................CTTCTCTGGGATTCCTG.............................................................................................................................................................................................. | 17 | 5 | 0.20 | 0.20 | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| AGGCTGGGCCGGGGTCTTTGGCCGGAAGCGGAAGTGGAGAAAGGATGCAGGTGTGGGGACCAGGGCTGGAGAAACTGGGTCTTCTCTGGGATTCCTGTCCTGCCTCCTCAAGTCCTCCCGTCCTCTGTCGGGTGCTCTGCCCCTGCAGGGTGGCGGTTGGACTCGTGGAATGAGCGCGCGCGAGGCGCATCGCCTTCCCGCGTTCACGCCCTCCCTCCCGGTCGTATTTCCCACCAGGACCATCAGCACGTGCCCATCGACATCCAGACCAGCAAGCTGCTCGGTAG .........................................................................................................................((((...((.((((((.((((.....)))).((((......)))).....)))))).)).))))...................................................................................................... ........................................................................................................................121..............................................................186................................................................................................... |
Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | mjTestesWT3() Testes Data. (testes) | mjTestesWT2() Testes Data. (testes) | mjTestesWT1() Testes Data. (testes) | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes) | mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | GSM509280(GSM509280) small RNA cloning by length. (testes) | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes) | mjTestesWT4() Testes Data. (testes) | GSM509277(GSM509277) small RNA cloning by length. (piwi testes) | mjTestesKO5() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes) | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes) | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | SRR248527(GSM733815) cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) | SRR014233(GSM319957) 16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) | SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) | GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes) | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) | SRR014229(GSM319953) 10 dpp MILI. (mili testes) | GSM475281(GSM475281) total RNA. (testes) | SRR037902(GSM510438) testes_rep3. (testes) | SRR029036(GSM433288) 18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ........................................................................................................................................................................................................................................................CGTGCCCATCGACATCCAGACCAGCA............. | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................................................................................GCAGGGTGGCGGTTGGACTCGTGGAA..................................................................................................................... | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................................................................................................GAGGCGCATCGCCTTCCCGCGTTCA................................................................................. | 25 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................................................................................................................................................................................................................................................GCCCATCGACATCCAGACCAccgt................ | 24 | ccgt | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - |
| .............................................................................................................................................................................................TCGCCTTCCCGCGTTCACG............................................................................... | 19 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |