(1)
OTHER.ip
(5)
OTHER.mut
(6)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(32)
TESTES

Sense strand
GGTTACAATCACCTCCAAACCCAGCTTAAGGTATATACTGAGAGGTGCACAGAAAACCAGTTTAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGGTACTATACTCAAACCGGCCATGGAGTTCCAGGTGAGTCGGGCCACACAGCAAGACTTGCTTTCAAACAAAATCCACACGTGTGAATGTTTTCCCCTTCCATTTGTTTTCCAGGACTTGAGACTCTGTGACCCTCCCGGCCTGGAGATGGCTCAGAGTTTAAG
.........................................................(((((.....)))))...((((.((((((((....(((.(((...((....(((((((..(((..((((..((......))..))))..)))...)))....))))..))..))).))).....)))))...)))..))))....................................................
.........................................................58..................................................................................................................................................206..........................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
..............................................................TAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGG.................................................................................................................................................................. 26 1 9.00 9.00 - 3.00 1.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...................................................................................GAAGGTACTATACTCAAACCGGCCATG............................................................................................................................................ 27 1 6.00 6.00 2.00 - 3.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGGT................................................................................................................................................................. 27 1 5.00 5.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TGTGACCCTCCCGGCCTGGAGATGGCTCA......... 29 1 5.00 5.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..............................................................TAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGGTA................................................................................................................................................................ 28 1 4.00 4.00 1.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TACTCAAACCGGCCATGGAGTTCCAGG.................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - - - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TATACTGAGAGGTGCACAGAAAACCA............................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TGACCCTCCCGGCCTGGAGATGGCTCA......... 27 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGAGACTCTGTGACCCTCCCGGCCT..................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................AGGTACTATACTCAAACCGGCCATGGAGTT....................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TGACCCTCCCGGCCTGGAGATGGCTCAG........ 28 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................GAAGGTACTATACTCAAACCGGCCAT............................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
..............................................................................................................................................................................................TGTTTTCCAGGACTTGAGACTCTGTG.................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TGTGACCCTCCCGGCCTGGAGATGGCTC.......... 28 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGAGACTCTGTGACCCTCCCGGCCTG.................... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................AGTCAAGAAGGTACTATACTCAAACCGGC................................................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TACTCAAACCGGCCATGGAGTTCCAGGTG................................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGGTAtaa............................................................................................................................................................. 28 taa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................AGAAGGTACTATACTCAAACCGGC................................................................................................................................................ 24 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TGTTTTCCAGGACTTGAGACTCTGTGA................................. 27 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.................................TATACTGAGAGGTGCACAGAAAACCcg.............................................................................................................................................................................................. 27 cg 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TACTCAAACCGGCCATGGAGTTCCAGGTGt............................................................................................................................... 30 t 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
......................................................................................................................................................................................................................TGACCCTCCCGGCCTGGAGATGGCTCAGt....... 29 t 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TCAAACCGGCCATGGAGTTCC..................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TTAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGGTA................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..........................TAAGGTATATACTGAGAGGTGCACAttt.................................................................................................................................................................................................... 28 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
......................................TGAGAGGTGCACAGAAAACCAGTTTAGTA....................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TACTCAAACCGGCCATGGAG......................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................GAGGAGTCAAGAAGGTACTATACTCAAAC.................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................CCATGGAGTTCCAGGTGAGTCGGGCC....................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TAAGGTATATACTGAGAGGTGCA......................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TATACTGAGAGGTGCACAGAAAACCAGTT............................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TATACTGAGAGGTGCACAGAAAACCAGT............................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...TACAATCACCTCCAAACCCAGCTTAAGG........................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..................................................................................AGAAGGTACTATACTCAAACCGGCCATG............................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TACAATCACCTCCAAACCCAGCTTAAG............................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TATACTCAAACCGGCCATGGAGTTCC..................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TCAAACCGGCCATGGAGTTCCAGGTGAGT............................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TGGAGTTCCAGGTGAGTCGGGCCACAC................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................GTGACCCTCCCGGCCTGGAGATGGCTCAG........ 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TTAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGGT................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................AGGTACTATACTCAAACCGGCCATGG........................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................TTGTTTTCCAGGACTTGAGACTCTGTG.................................. 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................AGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGG.................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGCTTTCAAACAAAATCCACACGTGTGAAT............................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TTCCAGGTGAGTCGGGCCACACAGCAA.............................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTAAGGTATATACTGAGAGGTGCACA....................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGGTAC............................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................ACCCAGCTTAAGGTATATACTGAGA............................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................AGGTACTATACTCAAACCGGCCATG............................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
......................................TGAGAGGTGCACAGAAAACC................................................................................................................................................................................................ 20 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TTTTCCCCTTCCATTTGTTTTCCAGGA................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TTGAGACTCTGTGACCCTCCCGGC....................... 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................CTCAAACCGGCCATGGAGTTCCAGG.................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................GAGTCAAGAAGGTACTATACTCAAACCGG................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................GAAGGTACTATACTCAAACCGGCCATGGA.......................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................GTTTAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGG.................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................AAACCGGCCATGGAGTTCCAGGTGAG.............................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
....................................................................................................................................................................................................................TGTGACCCTCCCGGCCTGGAGATGGCTCt......... 29 t 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TTAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGG.................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TACTCAAACCGGCCATGGAGTTCCAGGT................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TCTGTGACCCTCCCGGCCTGGAGATGG............. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................AGGTACTATACTCAAACCGGCCATGGA.......................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAG................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................TTCCAGGACTTGAGACTCTGTGACCCTCCC.......................... 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TTCCATTTGTTTTCCAGGACTTGAGACTC...................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGAGACTCTGTGACCCTCCCGGCCTaaa.................. 28 aaa 1.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TTAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGGTAC............................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................AGAAGGTACTATACTCAAACCGGCCAT............................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................AGGTACTATACTCAAACCGGCCATGt........................................................................................................................................... 26 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.............................................................TTAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAG................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................GAAGGTACTATACTCAAACCGG................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................TATACTGAGAGGTGCACAGAAAACCAGTTT........................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TATACTCAAACCGGCCATGGAGTTCCA.................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TGAGAGGTGCACAGAAAACCAGTTTAGTAGG..................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................CAAGACTTGCTTTCAAACAAAATCCACACG................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TGAGAGGTGCACAGAAAACCAGTTTAGT........................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GGTTACAATCACCTCCAAACCCAGCTTAAGGTATATACTGAGAGGTGCACAGAAAACCAGTTTAGTAGGCTGAGAGGAGTCAAGAAGGTACTATACTCAAACCGGCCATGGAGTTCCAGGTGAGTCGGGCCACACAGCAAGACTTGCTTTCAAACAAAATCCACACGTGTGAATGTTTTCCCCTTCCATTTGTTTTCCAGGACTTGAGACTCTGTGACCCTCCCGGCCTGGAGATGGCTCAGAGTTTAAG
.........................................................(((((.....)))))...((((.((((((((....(((.(((...((....(((((((..(((..((((..((......))..))))..)))...)))....))))..))..))).))).....)))))...)))..))))....................................................
.........................................................58..................................................................................................................................................206..........................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
.................................................................................................................................CCACACAGCAAGACTTGCTTTCAAACA.............................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -