(1)
OTHER.ip
(4)
OTHER.mut
(6)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(33)
TESTES

Sense strand
TCCAGAAGCGAGTCCCTAATGCCTACGACAAGACAGCCTTGGCTTTGGAGGTACATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGATCTGCTCCAGGGTCTCCCTTTCAGACCTCTTCCGGCTTTGTAGGAATGCTGATACAGCGCCAGCTTTGTGATGTTGTAGATGTCAAACCATTAAGTACTGACTTTGGCATTTTATGTGGGTTTTCTCTTTTTTAGAGAAAACCTATTTTACAATGAGTAAATTTAAAA
...................................................(((((((.((((........(((((..(((((((......))))))).))))).(((.(((..((((....((.(((.((((.........))))))).))..)))).))).)))......................)))).)))))))..................................................
..................................................51...................................................................................................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR363964(GSM822766)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
.......................................................TAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGATC...................................................................................................................................................................... 29 1 27.00 27.00 7.00 3.00 4.00 4.00 2.00 1.00 2.00 - - 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................ACATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACG........................................................................................................................................................................... 27 1 15.00 15.00 2.00 2.00 3.00 - 1.00 1.00 - 1.00 1.00 - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.......................................................TAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGA........................................................................................................................................................................ 27 1 7.00 7.00 - 3.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
....................................................ACATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAG......................................................................................................................................................................... 29 1 6.00 6.00 2.00 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGAT....................................................................................................................................................................... 28 1 6.00 6.00 1.00 - - 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
............................................................................................................................................................................TTAAGTACTGACTTTGGCATTTTATGT................................................... 27 1 6.00 6.00 - 1.00 2.00 - - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................ACATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGA.......................................................................................................................................................................... 28 1 5.00 5.00 2.00 - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TAAGTACTGACTTTGGCATTTTATGTG.................................................. 27 1 4.00 4.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGATCTGC................................................................................................................................................................... 29 1 4.00 4.00 - - 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...................................................................TGTAGAAAGACGAGATCTGCTCCAGGGT........................................................................................................................................................... 28 1 4.00 4.00 1.00 1.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TGTGATGTTGTAGATGTCAAACCATTA........................................................................... 27 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
....................................................ACATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGt.......................................................................................................................................................................... 28 t 3.00 15.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................ACATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGATC...................................................................................................................................................................... 32 1 3.00 3.00 - - - - - - 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAG......................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGATCTG.................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGATCT..................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................CATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGA.......................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................GCAAAATGTAGAAAGACGAGATCTGCTC................................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TGTAGAAAGACGAGATCTGCTCCAGGG............................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TAAGTACTGACTTTGGCATTTTATGT................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................CAAACCATTAAGTACTGACTTTGGCATT......................................................... 28 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GTCAAACCATTAAGTACTGACTTTGGCATT......................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................ACATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGA........................................................................................................................................................................ 30 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGATC...................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TTAAGTACTGACTTTGGCATTTTATG.................................................... 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.CCAGAAGCGAGTCCC.......................................................................................................................................................................................................................................... 15 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CGACAAGACAGCCTTGGCTTTGGAGGT...................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...AGAAGCGAGTCCCTAATGCCTACGAC............................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
......................................................................AGAAAGACGAGATCTGCTCCAGGGT........................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGTCAAACCATTAAGTACTGACTTTGGCA........................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................ATGTTGTAGATGTCAAACCATTAAGTAC...................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................AGTACTGACTTTGGCAT.......................................................... 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................GTAGAAAGACGAGATCTGCTCCAGGGT........................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGTCAAACCATTAAGTACTGACTTTGGCATT......................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TGCAAAATGTAGAAAGACGAGATCTG.................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................AATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGA........................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................GCTTTGTGATGTTGTAGATGTCAAACCATTAAGTACTGACTTTGGCATTTTA...................................................... 52 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
........................................................................AAAGACGAGATCTGCTCCAGGG............................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGTCAAACCATTAAGTACTGACTTTGGCAT.......................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGATCTGt................................................................................................................................................................... 29 t 1.00 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................CATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGATC...................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TTTTATGTGGGTTTTCTCTTTTTTAGAGAA............................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
........................................................AATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGATC...................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................CCATTAAGTACTGACTTTGGCATTTTAT..................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTACATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACG........................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TGTAGGAATGCTGATACAGCGCCAG......................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................AAGTACTGACTTTGGCATTTTATGTGGG................................................ 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................ACATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAa......................................................................................................................................................................... 29 a 1.00 5.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TGCAAAATGTAGAAAGACGAGATCTGC................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TTTCAGACCTCTTCCGGCTTTGTAGGt........................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TGCAAAATGTAGAAAGACGAGATCTGCTC................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GTCAAACCATTAAGTACTGACTTTGGCA........................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................ATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAG......................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGATCT..................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TTAAGTACTGACTTTGGCATTTTATGTGGt................................................ 30 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TGTAGGAATGCTGATACAGCGC............................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TGTAGGAATGCTGATACAGCGCCAGC........................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TACGACAAGACAGCCaag................................................................................................................................................................................................................. 18 aag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
......................................................................................................................................TACAGCGCCAGCTTTGTGATGTTGTA.......................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TGTAGGAATGCTGATACAGCGCCAGCTT...................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.............................................................................................................................................................................TAAGTACTGACTTTGGCATTTTctgt................................................... 26 ctgt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................AACCATTAAGTACTGACTTTGGCATT......................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TTGGAGGTACATAATGTGCAAAATGTAG.................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TGTAGGAATGCTGATACAGCGCCAGaa....................................................................................................... 27 aa 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TTTCAGACCTCTTCCGGC.................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
.............................................................................................................................................................................TAAGTACTGACTTTGGCATTTTATGTGt................................................. 28 t 1.00 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TACAGCGCCAGCTTTGTGATGTTGTAGA........................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -

Antisense strand
TCCAGAAGCGAGTCCCTAATGCCTACGACAAGACAGCCTTGGCTTTGGAGGTACATAATGTGCAAAATGTAGAAAGACGAGATCTGCTCCAGGGTCTCCCTTTCAGACCTCTTCCGGCTTTGTAGGAATGCTGATACAGCGCCAGCTTTGTGATGTTGTAGATGTCAAACCATTAAGTACTGACTTTGGCATTTTATGTGGGTTTTCTCTTTTTTAGAGAAAACCTATTTTACAATGAGTAAATTTAAAA
...................................................(((((((.((((........(((((..(((((((......))))))).))))).(((.(((..((((....((.(((.((((.........))))))).))..)))).))).)))......................)))).)))))))..................................................
..................................................51...................................................................................................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR363964(GSM822766)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
...........................................................................CGAGATCTGCTCCAGga.............................................................................................................................................................. 17 ga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -