(10)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(8)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(48)
TESTES

Sense strand
AGTTTGGCCCCAGAACGCTGATGGAGATAGCAGCAAAAACTGAGAACCAGGTAACCAGCCACGTGTGGCAGAACTTAGAATAACGGGATGATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAAGCTTATGGTGGTGACCGTCTGCGGCCACAACTTCTGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCTGGGGCCAGCAACTTAGAAAAGTTGTGGACAGCGAGTGCTAAACTAGAAAGCCAGGCACGGCTTCTCTCCCGTA
............................................................((.(((((((((.(((.((.........(((((.......)))))........)).))).....(((.(((.(((....))).))).)))))))))))).))........................................................................................
............................................................61...................................................................................................................178......................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
.................................................................TGGCAGAACTTAGAATAACGGGATGAT.............................................................................................................................................................. 27 1 65.00 65.00 13.00 19.00 15.00 1.00 - 5.00 1.00 - 3.00 - - 2.00 1.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGGCAGAACTTAGAATAACGGGATGA............................................................................................................................................................... 26 1 46.00 46.00 17.00 14.00 3.00 - 1.00 3.00 2.00 - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.................................................................TGGCAGAACTTAGAATAACGGGATGATT............................................................................................................................................................. 28 1 21.00 21.00 5.00 3.00 6.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TTCTGCCGCGAGTGTATCTGACGTT............................................................................ 25 1 15.00 15.00 - - - 2.00 4.00 - - - - 3.00 - - - - - - - - 3.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.....................TGGAGATAGCAGCAAAAACTGAGAACC.......................................................................................................................................................................................................... 27 1 14.00 14.00 5.00 2.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...........................TAGCAGCAAAAACTGAGAACCAGGTA..................................................................................................................................................................................................... 26 1 11.00 11.00 4.00 3.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.................................................................TGGCAGAACTTAGAATAACGGGATGATTA............................................................................................................................................................ 29 1 8.00 8.00 4.00 - 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TTGGCCCCAGAACGCTGATGGAGATAGC........................................................................................................................................................................................................................... 28 1 6.00 6.00 - 2.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCAGGAAACAGTCAAAGCTTATGGTG.......................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGCCCCAGAACGCTGATGGAGATAGC........................................................................................................................................................................................................................... 27 1 5.00 5.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGATGGAGATAGCAGCAAAAACTGAGAAC........................................................................................................................................................................................................... 29 1 4.00 4.00 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GATAGCAGCAAAAACTGAGAACCAGGT...................................................................................................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCAGGAAACAGTCAAAGCTTATGGTGt......................................................................................................................... 27 t 3.00 5.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCAGGAAACAGTCAAAGCTTATGGTGGT........................................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TAGAAAAGTTGTGGACAGCGAGTGC................................... 25 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGATGGAGATAGCAGCAAAAACTGAGA............................................................................................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TGTGGCAGAACTTAGAATAACGGGAT................................................................................................................................................................. 26 1 3.00 3.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TTAGAATAACGGGATGATTATGCAC....................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TCTGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCT......................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TTGGCCCCAGAACGCTGATGGAGATA............................................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
......................................................................GAACTTAGAATAACGGGATGATTATG.......................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGGCAGAACTTAGAATAACGGGATG................................................................................................................................................................ 25 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGGCAGAACTTAGAATAACGGGATGATa............................................................................................................................................................. 28 a 2.00 65.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGATGGAGATAGCAGCAAAAACTGAGAACC.......................................................................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TAGAAAAGTTGTGGACAGCGAGTGCT.................................. 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................GAAAAGTTGTGGACAGCGAGTGCTAA................................ 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TTATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAA.................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TTGGCCCCAGAACGCTGATGGAGATAGCt.......................................................................................................................................................................................................................... 29 t 2.00 6.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TAACGGGATGATTATGCACGAATCAGG............................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGGCAGAACTTAGAATAACGGGAT................................................................................................................................................................. 24 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................CAACTTCTGCCGCGAGTGTATCTGACG.............................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................GAAAAGTTGTGGACAGCGAGTGCTA................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGGTGGTGACCGTCTGCGGCCACAAC..................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................ACTTAGAATAACGGGATGATTATGC......................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGCCCCAGAACGCTGATGGAGATAGCAG......................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................GAAAAGTTGTGGACAGCGAGTGCTAAA............................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................CAGAACTTAGAATAACGGGATGATTAT........................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
..............................................................................................................................................................................................TAGAAAAGTTGTGGACAGCGggtg.................................... 24 ggtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................................................................................ACGGGATGATTATGCACG...................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GAGTGTATCTGACGTTGCTGG....................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGGCAGAACTTAGAATAAC...................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................CTGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCT......................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TAGCAGCAAAAACTGAGAACCAGGTAt.................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 11.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGCCCCAGAACGCTGATGGAGATAGCA.......................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TTGGCCCCAGAACGCTGATGGAGATAGCtt......................................................................................................................................................................................................................... 30 tt 1.00 6.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TAGAATAACGGGATGATTATGCACGAATC.................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................GAACTTAGAATAACGGGATGATTATGCAC....................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGGAGATAGCAGCAAAAACTGAGAACCAGG....................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TAGCAGCAAAAACTGAGAACCAGGTAAC................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TTCTGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGC.......................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................ACTTAGAATAACGGGATGATTATGCAC....................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................GAAAAGTTGTGGACAGCGAGTGCTAAACT............................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCTGGGG..................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................GCGAGTGTATCTGACG.............................................................................. 16 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGACAGCGAGTGCTAAACTAGAAAGC...................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGC.......................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGGCAGAACTTAGAATAACGGGATGATTAT........................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................CCGTCTGCGGCCACAAC..................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TAGCAGCAAAAACTGAGAACCAGG....................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TTATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAAGC.................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................TTAGAAAAGTTGTGGACAGCGAGTGCT.................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................ACTTAGAATAACGGGATGATTATGCAt....................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TGTGGCAGAACTTAGAATAACGGGATG................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................CACGTGTGGCAGAACTTAGAATAACGGGAT................................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................TGCACGAATCAGGAAACAGTCA...................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................ATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCA...................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................TGCACGAATCAGGAAACAGTCAAAGCTT................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TGCTAAACTAGAAAGCCAGGCACGGCTTC......... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGGAGATAGCAGCAAAAACTGAGAACCA......................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TAGCAGCAAAAACTGAGAACCAGGTAA.................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAAGC.................................................................................................................................. 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................AAAGTTGTGGACAGCGAG...................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................CCACGTGTGGCAGAACTTAGAATAAC...................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGGCAGAACTTAGAATAACGGGATGATTt............................................................................................................................................................ 29 t 1.00 21.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................GCAGAACTTAGAATAACGGGATGATT............................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGACAGCGAGTGCTAAACTAGAAAGCC..................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..........CAGAACGCTGATGGAGATAGCAGCAA...................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................CGTGTGGCAGAACTTAGAATAACGGGA.................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................GGCAGAACTTAGAATAACGGGATGATT............................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CCCAGAACGCTGATGGAGAT.............................................................................................................................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TCAAAGCTTATGGTGGTGACCGTCTt............................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................TTAGAAAAGTTGTGGACAGCGAGTGC................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................AACTTAGAATAACGGGATGATTATGC......................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.................................................................................................................TCAAAGCTTATGGTGGTGACCGTCTG............................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCAGGAAACAGTCAAAGCTTATGGTatt........................................................................................................................ 28 att 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.......................................................................AACTTAGAATAACGGGATGATTATGCAC....................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TAGAATAACGGGATGATTATGCACGA..................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................GAACTTAGAATAACGGGATGATTATGC......................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TAGCAGCAAAAACTGAGAACCAGGacc.................................................................................................................................................................................................... 27 acc 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................AAAAACTGAGAACCAGGTAACCAGCCA............................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GCAAAAACTGAGAAC........................................................................................................................................................................................................... 15 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGTTTGGCCCCAGAACGCTGATGGAGATAGCAGCAAAAACTGAGAACCAGGTAACCAGCCACGTGTGGCAGAACTTAGAATAACGGGATGATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAAGCTTATGGTGGTGACCGTCTGCGGCCACAACTTCTGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCTGGGGCCAGCAACTTAGAAAAGTTGTGGACAGCGAGTGCTAAACTAGAAAGCCAGGCACGGCTTCTCTCCCGTA
............................................................((.(((((((((.(((.((.........(((((.......)))))........)).))).....(((.(((.(((....))).))).)))))))))))).))........................................................................................
............................................................61...................................................................................................................178......................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
.............................................................................................ATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAAGCTTA............................................................................................................................... 30 1 12.00 12.00 - 1.00 1.00 - - - - 3.00 - - - - - 1.00 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................GATGATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCA...................................................................................................................................... 30 1 12.00 12.00 - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - 4.00 3.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................GATGATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCAt...................................................................................................................................... 31 t 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................TGCACGAATCAGGAAACAGTCAAAGCT................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCTG........................................................................ 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................CTGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCT......................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................GATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAAt.................................................................................................................................... 30 t 2.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAA.................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCA...................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TTCTGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGC.......................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCT......................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................TGCACGAATCAGGAAACAGTCAAAGCTTA............................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................ATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAA.................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................CTGCGGCCACAACcc..................................................................................................... 15 cc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................AACCAGGTAACCAGCCACGTGTGGCA.................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................ATGATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCA...................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAAGCT................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CCCCAGAACGCTGATGGAGATAGCA.......................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................ATGGAGATAGCAGCAAAAACTGAGAACCAG........................................................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TTCTGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCT......................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......GCCCCAGAACGCTGATGGAGATAGCA.......................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............AACGCTGATGGAGATAGCAGCAAAAACTGA............................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................GCCACAACTTCTGCCGCGAGTGTA..................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..................................................................................................................................................AACTTCTGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGC.......................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................GGATGATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCA...................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCTGG....................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................CCGCGAGTGTATCTGACGTTGCTGaa........................................................................ 26 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................GTTGTGGACAGCGAGTGCTAAACTAG........................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
......................................................................................................................................................TCTGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCT......................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................GATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCAt...................................................................................................................................... 28 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................ATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAAG................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................CAGGAAACAGTCAAAGCTTA............................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
...........................................................................................TTATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAA.................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TGTGGACAGCGAGTGCTAAACTAGA.......................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................AACCAGCCACGTGTGGCAGAACTTAGAATA........................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAA.................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................GATTATGCACGAATCAGGAAACAGTCA...................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TGCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCTca......................................................................... 27 ca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................GCCGCGAGTGTATCTGACGTTGCTGc........................................................................ 26 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................ACAACTTCTGCCGCGAGTGTATCTGAC............................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGCCCCAGAACGCTGATGGAGATAGCA.......................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..........................................AGAACCAGGTAACCAGCCACGTGTGGCA.................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................CAGAACTTAGAATAACGGGATGATTA............................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................ACAACTTCTGCCGCGAGTGTATCTGACGT............................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTAACCAGCCACGTGTGGCAGAACTTA............................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TTAGAATAACGGGATGATTATGCACGAATCA................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................ATGCACGAATCAGGAAACAGTCAAAGCT................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................GGAAACAGTCAAAGCTTAT.............................................................................................................................. 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -