chr11:29447696 29447890 -
(1)
OTHER.ip 		(12)
OTHER.mut 		(2)
OVARY 		(10)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(53)
TESTES

Sense strand
GAGACCCCGTCGGCCACGCTCGGATCTTCCTTTCCGATCCGCCATCGTGGGTGAGTGTATGCTCTGTGGCCGCGCTCTGGCTAGTGGCGCTACGCGTCGCTCTCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTCTCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGCCACGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGAAA
....................................................(((((.((((...((.(((((((....))..)))))))...)))))))))..(((((((((....)))...))))))..................................................................
..................................................51.................................................................................134...........................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTC................................................................. 28 1 89.00 89.00 46.00 13.00 5.00 1.00 2.00 5.00 1.00 - 3.00 - 3.00 - 1.00 - 2.00 - 1.00 - - - - 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACG...... 26 4 42.50 42.50 - - 1.25 8.25 9.25 1.75 1.25 0.50 2.00 - - - 2.75 2.25 1.50 2.00 2.00 0.75 0.50 1.25 0.75 0.25 - 0.25 1.00 1.00 0.25 0.25 - - - - 0.25 0.50 - - 0.25 - - - - - 0.25 0.25 - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTAC....... 25 4 33.75 33.75 - - 1.50 8.25 6.75 0.25 0.75 - 1.00 - - - 2.25 0.50 0.50 1.00 1.75 1.25 1.00 1.75 - - - - 0.75 - 0.25 0.25 0.25 - - - 0.25 0.50 - - 1.25 - - 0.25 - - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - 0.25 0.25
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGT.................................................................. 27 1 23.00 23.00 11.00 2.00 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - 3.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................ATCGTGGGTGAGTGTATG...................................................................................................................................... 18 1 23.00 23.00 - - 16.00 1.00 - - - - 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCG...................................... 27 2 20.00 20.00 - - - - - - 5.00 4.00 - 6.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGA.. 30 4 16.50 16.50 - - 3.00 3.00 1.50 - 0.75 0.50 0.75 0.50 - 1.75 0.25 1.00 1.00 - - 1.25 - - - 0.25 0.25 0.25 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGAA. 31 4 15.25 15.25 - - 0.50 1.50 - 0.75 0.25 - 0.25 1.25 0.75 7.25 - - 0.25 - - 1.00 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - 0.25 0.25 - - 0.25 - - - - - - - 0.25 - - - - 0.25 - -
.........................................................................................................................TAATCCGTCTCTTTTCGAATGCAGGTG............................................... 27 2 12.50 12.50 2.00 2.00 - - 0.50 4.00 - - 0.50 - 1.00 1.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGG..... 27 4 11.25 11.25 - - - 1.00 2.75 - - 0.25 0.25 - - 0.25 - 1.50 1.75 - 0.75 0.25 - 0.25 - - - 0.25 - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 0.25 - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCC....................................... 26 2 10.50 10.50 - 0.50 - - 0.50 - 1.00 4.50 - 1.00 2.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TCTCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTC................................................................. 30 1 9.00 9.00 6.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTCTC............................................................... 30 1 9.00 9.00 3.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGG... 29 4 8.50 8.50 - - - 2.75 1.25 0.25 0.50 0.75 0.50 - - - - 0.50 1.50 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TCTCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCCG......................................... 26 2 7.50 7.50 0.50 - - - - - 3.00 1.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TCTCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGC........................................ 27 2 5.50 5.50 - - - - - - 1.00 2.00 - 1.00 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TCTCACGGGTGTCGTCGGATCTAATC..................................................................... 26 1 5.00 5.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................TGCTCTGTGGCCGCGCTCTGGCTAGTGGCGCTACGCG................................................................................................... 37 1 5.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTt................................................................. 28 t 5.00 23.00 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCC.................................................................... 25 1 4.00 4.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTCT................................................................ 29 1 4.00 4.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGC..................................... 28 2 3.50 3.50 - - - - - - 2.00 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TCTCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCC....................................... 28 2 3.50 3.50 - - - - - - 1.00 1.50 - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................CACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTCTC............................................................... 29 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................ATCGTGGGTGAGTGTATGC..................................................................................................................................... 19 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................ATCGTGGGTGAGTGTATGCTCTG................................................................................................................................. 23 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTa................................................................. 28 a 3.00 23.00 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TACGCGTCGCTCTCACGGGTGTCGTCGGA............................................................................ 29 1 3.00 3.00 - - - - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGcc................................................................. 28 cc 3.00 0.00 - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TCTCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGT.................................................................. 29 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TCTCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCC.................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGt..... 27 t 2.50 42.50 - - - 0.50 0.25 0.25 0.25 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................CTCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCC....................................... 27 2 2.50 2.50 - - - - - - - 0.50 - 1.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTA........ 24 4 2.25 2.25 - - - 0.50 - - - - 0.25 - - - - - - - - 0.25 - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGCAGGTGGAGCCGCCGCCACGATGC............................. 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTTTCGAATGCAGGTGaagt........................................... 20 aagt 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATC..................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGt.. 30 t 2.00 8.50 - - - - - - - - - 0.25 0.25 0.25 - - 0.75 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TACGCGTCGCTCTCACGGGTGTCGTCGG............................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................GCCATCGTGGGTGAGTGTATG...................................................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TCGCTCTCACGGGTGTCGTCGGATCT......................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGAAA 32 4 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGt..................................... 26 t 2.00 0.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TCCGCCATCGTGGGTGAG............................................................................................................................................ 18 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TCCGCCATCGTGGGTGAGT........................................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCtt.................................................................. 27 tt 2.00 4.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGC..................................... 26 2 2.00 2.00 - - - - - - 1.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTCTCT.............................................................. 31 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGG..... 30 4 1.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGCCA................................... 27 2 1.50 1.50 1.00 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACt...... 26 t 1.00 33.75 - - - - - - 0.25 - 0.25 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................CGCCATCGTGGGTGAGTGTA........................................................................................................................................ 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................ATCCGTCTCTTTTCGAATtcag.................................................. 22 tcag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTGTATGCTCTGTGGCCGCGCTC...................................................................................................................... 27 2 1.00 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TCGTGGGTGAGTGTATGCT.................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................TGCTCTGTGGCCGCGCTCTGGCTAGTGGC........................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGCCACG................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGA.. 33 4 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 0.75 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGCAGGTGGAGCCGCCGCCACGATG.............................. 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................CACGGGTGTCGTCGGATCTAATCC.................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGCCAC.................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TCTCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCG................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................GGGTGAGTGTATGCTCTG................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................GCTCTGGCTAGTGGCGCTACG..................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TTCGAATGCAGGTGaaga........................................... 18 aaga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................GCCGCGCTCTGGCTAGTGG............................................................................................................ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TTCGAATGCAGGTGactc........................................... 18 actc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATttgg.................................................................. 27 ttgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TGGCCGCGCTCTGGCTAGTGGCGCTACGCG................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TGGCTAGTGGCGCTACGCG................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TACGCGTCGCTCTCACGGGTGTgga................................................................................ 25 gga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................CGCCATCGTGGGTGAGTGTATG...................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGCCAC.................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TGTGGCCGCGCTCTGGCTAGTGGCG.......................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................CTCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGct................................................................. 29 ct 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGca................................................................. 28 ca 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTcat...................................................................... 23 cat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................CACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTC................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGGAGCCGCCGCCggt................................. 16 ggt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TCCGCCATCGTGGGTGAGTG.......................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTGTATGCTCTGTGGCCGCGCc....................................................................................................................... 26 c 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TTCCGATCCGCCATCGTGGGTGAGTG.......................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TCTCACGGGTGTCGTCGGATC.......................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGCC.................................... 26 2 1.00 1.00 - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................CAGGTGGAGCCGCCGCaggt................................. 20 aggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................CCGATCCGCCATCGTGGGTGAG............................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGC........................................ 23 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................ACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTCTCT.............................................................. 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCCTTTCCGATCCGCCATCGTcggc............................................................................................................................................... 25 cggc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................ACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGcc................................................................. 26 cc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TCTCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGgc................................................................. 30 gc 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GTGGGTGAGTGTATGCTCTG................................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGCCACGctg.............................. 30 ctg 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................CTTTGTGAAGACCCTTgtg...... 19 gtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCctc................................................................. 28 ctc 1.00 4.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CTTTCCGATCCGCCATCGTGGGTGAGTG.......................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................ACGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTT......... 27 4 1.00 1.00 - - - 0.50 - 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGt..................................... 28 t 1.00 20.00 - - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................CGCCATCGTGGGTGAGTGTATGCTCTG................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................ATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTAC....... 26 4 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 0.25 0.25 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TTTCGAATGCAGGTGaagt........................................... 19 aagt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGGAGCCGCCGCCACGATGCAGATCTTTt.................... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................CGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTC................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTCcc............................................................... 30 cc 1.00 89.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGAt. 31 t 0.75 16.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................CCACGATGCAGATCTTTGTGAAGACC............ 26 4 0.75 0.75 - - - 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................ACGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGG..... 31 4 0.75 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................CAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGAA. 29 4 0.75 0.75 - - - - - - 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................ACGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCT.......... 26 4 0.75 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - -
................................................................................................................................................................CGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTA........ 27 4 0.75 0.75 - - - 0.25 - - - - - - - 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTT......... 26 4 0.75 0.75 - - - - - 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCC........... 21 14 0.71 0.71 - - - 0.07 0.07 - - - - - - - 0.07 - 0.14 - - 0.14 - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTGTATGCTCTGTGGCCGCGCT....................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AGTGTATGCTCTGTGGCCGCGCTCTGGC.................................................................................................................. 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTCCTTTCCGATCCGCCATCGTGGG................................................................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGCCA................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................CCGTCTCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCC.......................................... 28 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................ATCCGTCTCTTTTCGAATGCAGGTG............................................... 25 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................CCGTCTCTTTTCGAATGCAGGTGGAGC........................................... 27 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGCC.................................... 25 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TCTAATCCGTCTCTTTTCGAATGCAGGT................................................ 28 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................CGCGCTCTGGCTAGTG............................................................................................................. 16 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GTATGCTCTGTGGCCGCGCTCTGGC.................................................................................................................. 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................GCCACGATGCAGATCTTTGTGAAGACCC........... 28 4 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................GTCGGATCTAATCCG................................................................... 15 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TAATCCGTCTCTTTTCGAATGCAGGT................................................ 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACagt.... 28 agt 0.50 33.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TCCGTCTCTTTTCGAATGCAGGTG............................................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - -
..................................................................................................................................................................ATGCAGATCTTTGTGAAGA.............. 19 14 0.50 0.50 - - - 0.07 - - - - - - - - - - - 0.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGa..... 27 a 0.50 42.50 - 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................AATCCGTCTCTTTTCGAATGCAGGTG............................................... 26 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GTATGCTCTGTGGCCGCGC........................................................................................................................ 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................ATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACG...... 27 4 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCa...................................... 27 a 0.50 10.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.AGACCCCGTCGGCCACGCTCGGAT.......................................................................................................................................................................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGCCA................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................GCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGA.. 29 4 0.50 0.50 - - - - 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................GAGCCGCCGCCACGATGCAGATCTTTGT................... 28 4 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TCCGTCTCTTTTCGAATGCAGGTGGA............................................. 26 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTgt....... 25 gt 0.50 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TCTGTGGCCGCGCTCTGG................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGTCGTCGGATCTAATCCG................................................................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TCTAATCCGTCTCTTTTCGAATGCAGG................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGTATGCTCTGTGGCCGCGCTCTGGCTAG............................................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCCG......................................... 24 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCCTTTCCGATCCGCCATCGTGGGTG.............................................................................................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................ATGCTCTGTGGCCGCGCTC...................................................................................................................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................CCGCCGCCACGATGCAGATCTTTGT................... 25 4 0.50 0.50 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................GCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGAAA 31 4 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGC..................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATGCAGATCTTTGTGAAGACC............ 22 8 0.38 0.38 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................ATGCAGATCTTTGTGAAGACC............ 21 14 0.36 0.36 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - 0.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TCTTTTCGAATGCAGGTGGAG............................................ 21 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGGAGCCGCCGCCACGATGC............................. 20 6 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCT.......... 22 14 0.29 0.29 - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................CGCCACGATGCAGATCTTTGTGAAG............... 25 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTAC....... 27 4 0.25 0.25 - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTT......... 23 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................CAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGG..... 25 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................CCGCCACGATGCAGATCTTTGTGAAGACCC........... 30 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................GCCACGATGCAGATCTTTGTGAAGA.............. 25 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................CCACGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACG...... 32 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGAAAt 33 t 0.25 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGtt... 29 tt 0.25 11.25 - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................CCGCCGCCACGATGCAGATCTTTGTGAA................ 28 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGG.... 28 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTAt....... 25 t 0.25 2.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................GCAGATCTTTGTGAAGACCCTTAC....... 24 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGc... 29 c 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGa.... 28 a 0.25 11.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGt... 29 t 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACa...... 26 a 0.25 33.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................CACGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTT......... 28 4 0.25 0.25 - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GCCGCCACGATGCAGATCTTTGTGAAGACC............ 30 4 0.25 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................CCGCCACGATGCAGATCTTTGTGAAGACC............ 29 4 0.25 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................ATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTA........ 25 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGg.. 30 g 0.25 8.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGG... 32 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................ACGATGCAGATCTTTGTGAAGAC............. 23 4 0.25 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GGAGCCGCCGCCACGATGCAGATCTTT..................... 27 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................CCGCCGCCACGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCT.......... 34 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGcgga.. 30 cgga 0.25 42.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................CACGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTA........ 29 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CTTTCCGATCCGCCATCGTGGGTG.............................................................................................................................................. 24 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGt.... 28 t 0.25 11.25 - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGcggt.. 30 cggt 0.25 42.50 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................ATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGG.... 29 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTAC....... 28 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................CGCCGCCACGATGCAGATCTTTGTGA................. 26 4 0.25 0.25 - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACt...... 29 t 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................CACGATGCAGATCTTTGTGAAGACC............ 25 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CGATGCAGATCTTTGTGAA................ 19 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................CGATGCAGATCTTTGTGA................. 18 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................GCAGATCTTTGTGAAGACCCT.......... 21 14 0.14 0.14 - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TTTGTGAAGACCCTTACGGGGA.. 22 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGA.............. 18 14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCtga......... 23 tga 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCgaca....... 25 gaca 0.07 0.71 - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTcaca...... 26 caca 0.07 0.29 - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................CAGATCTTTGTGAAGAC............. 17 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................GCAGATCTTTGTGAAGACC............ 19 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................ATGCAGATCTTTGTGAAGAC............. 20 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACC............ 20 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCTcacg...... 26 cacg 0.07 0.29 - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................ATGCAGATCTTTGTGAAGACCC........... 22 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGCAGATCTTTGTGAAGACCCata........ 24 ata 0.07 0.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................GATCTTTGTGAAGACCC........... 17 15 0.07 0.07 - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GAGACCCCGTCGGCCACGCTCGGATCTTCCTTTCCGATCCGCCATCGTGGGTGAGTGTATGCTCTGTGGCCGCGCTCTGGCTAGTGGCGCTACGCGTCGCTCTCACGGGTGTCGTCGGATCTAATCCGTCTCTTTTCGAATGCAGGTGGAGCCGCCGCCACGATGCAGATCTTTGTGAAGACCCTTACGGGGAAA
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..................................................51.................................................................................134...........................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)