(8)
OTHER.mut
(2)
OVARY
(7)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(32)
TESTES

Sense strand
ACCTGGAGGTCAGGGTGCCCGTGCCCAAGCATGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAGCAGTGGGCAGGGCCTCCCTGCAGCCAGTCTGAGCTCCAGGCACAGAGCAGAGACTACAAGAAAATTAGGATTGTTTTTCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGGTTGCCTTTGCTGTTTCGGCCTTTGCGTCTGCCTGTGAGCCCTTTTCACCTGGTCTTCAGGTTTTCCTGGGGACAGTCAGCCGTATTCT
.........................................................................................................................................................((.((((((.(((....((((...))))....))).)))))).))....................................................
...................................................................................................................................132.................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGC................................................................................................................................................................................................ 27 1 63.00 63.00 17.00 15.00 - - 5.00 3.00 5.00 1.00 3.00 - 5.00 1.00 2.00 - 3.00 - - 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAG................................................................................................................................................................................................. 26 1 21.00 21.00 8.00 5.00 - - - 2.00 - - 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACA.................................................................................................................................................................................................. 25 1 20.00 20.00 5.00 4.00 1.00 - - 1.00 3.00 - 2.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGCTGTTTCGGCCTTTGCGTCTGCCTG...................................................... 27 1 19.00 19.00 5.00 8.00 - - - - 3.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TTCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGGTT...................................................................................... 28 1 14.00 14.00 2.00 - 2.00 - 1.00 3.00 - - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - -
........................................................................................................................................TTCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGGT....................................................................................... 27 1 12.00 12.00 1.00 3.00 - - 4.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TTCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGG........................................................................................ 26 1 12.00 12.00 - 1.00 2.00 - 3.00 - - 3.00 - - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAAC................................................................................................................................................................................................... 24 1 11.00 11.00 1.00 - - - - 1.00 - - - 3.00 - 2.00 - - - - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGt................................................................................................................................................................................................ 27 t 9.00 21.00 3.00 4.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGC................................................................................................................................................................................................ 25 1 6.00 6.00 - 1.00 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................TCCAGGCACAGAGCAGAGACTACAAGA................................................................................................................................. 27 1 6.00 6.00 1.00 - 1.00 - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAG.............................................................................................................................................................................................. 29 1 6.00 6.00 - - - - 2.00 - 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TCAGGTTTTCCTGGGGACAGTCAGCCG...... 27 1 4.00 4.00 - 1.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................GGCACAGAGCAGAGACTACAAGAAAATTA........................................................................................................................... 29 1 4.00 4.00 3.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAGC............................................................................................................................................................................................. 25 1 4.00 4.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAG.............................................................................................................................................................................................. 27 1 4.00 4.00 - - 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................TCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGGT....................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 -
............................GCATGTGATGAAGGGGAAGCAGGTA..................................................................................................................................................................................................... 25 1 4.00 4.00 2.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TAGGATTGTTTTTCTGAATCTTGTCCCC................................................................................................. 28 1 4.00 4.00 - - 3.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCA............................................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTctct.................................................................................................................................................................................................. 25 ctct 3.00 0.00 - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................GAAAATTAGGATTGTTTTTCTGAATC......................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................GCAGAGACTACAAGAAAATTAGGATTGT.................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGCTGTTTCGGCCTTTGCGTCTGCCT....................................................... 26 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACt.................................................................................................................................................................................................. 25 t 3.00 11.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCA............................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................GAGCAGAGACTACAAGAAAATTAGGATT...................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................TCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGG........................................................................................ 25 1 2.00 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAa................................................................................................................................................................................................. 26 a 2.00 20.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................AGCAGAGACTACAAGAAAATTAGGATT...................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TCAGGTTTTCCTGGGGACAGTCAGaa....... 26 aa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TTCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGGTa...................................................................................... 28 a 2.00 12.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TACAAGAAAATTAGGATTGTTTTTC............................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
....................................TGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAGCAa........................................................................................................................................................................................... 27 a 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................GCTGTTTCGGCCTTTGCGTCTGCCTG...................................................... 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAGCA............................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................GAGACTACAAGAAAATTAGGATTGTTT.................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGCAGCCAGTCTGAGCTCCAGGCACA.................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAGC............................................................................................................................................................................................. 30 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TTGCTGTTTCGGCCTTTGCGTCTGCCT....................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................CCAGGCACAGAGCAGAGACTACAAGAt................................................................................................................................ 27 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAG................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................GAGCTCCAGGCACAGAGCAGAGACTAC..................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................CAGAGACTACAAGAAAATTAGGATTGTT................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................ATTAGGATTGTTTTTtttg............................................................................................................ 19 tttg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
..................................................................................................................TACAAGAAAATTAGGATTGTTTTTCTGt............................................................................................................ 28 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAAaa.................................................................................................................................................................................................. 25 aa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGaaaa................................................................................................................................................................................................... 24 aaaa 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TTGTTTTTCTGAATCTTGTCCCCCGGG............................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................AAAATTAGGATTGTTTTTCTGAATCTT....................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................AGCAGAGACTACAAGAAAATTAGGATTG..................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTctc................................................................................................................................................................................................... 24 ctc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................TTCACCTGGTCTTCAGGTTTTCCTGGG.................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGGTTGCC................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TTCGGCCTTTGCGTCTGCCTGTGAGC................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CCGTGCCCAAGCATGTGATGAAGGGGg............................................................................................................................................................................................................. 27 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................TGTGAGCCCTTTTCACCTGGTCTTCAGGTT.......................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TTCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGGg....................................................................................... 27 g 1.00 12.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................GCACAGAGCAGAGACTACAAGAAAATT............................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................GGGAAGCAGGTAACAGCAGCAGTGG........................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAAatt................................................................................................................................................................................................. 26 att 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGCAGCCAGTCTGAGCTCCAGGCA.................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................CCAGGCACAGAGCAGAGACTACAAGAAAATT............................................................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGCAGCCAGTCTGAGCTCCAGGCACAGA................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TGTTTCGGCCTTTGCGTCTGCCTGTG.................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..CTGGAGGTCAGGGTGCCCGTGCCCAAGC............................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TTCTGAATCTTGTCCCCCGGG............................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................AGCAGCAGTGGGCAGGGCtgtg............................................................................................................................................................................. 22 tgtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................CTCCAGGCACAGAGCAGAGACTACAA................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................AGCAGCAGTGGGCAGGGCtgt.............................................................................................................................................................................. 21 tgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGCTGTTTCGGCCTTTGCGTCTGCCTGTa.................................................... 29 a 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................GAAAATTAGGATTGTTTTTCTGAATCTT....................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGCTGTTTCGGCCTTTGCGTCTGC......................................................... 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................CAGAGCAGAGACTACAAGAAAATTAGG......................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TGAGCTCCAGGCACAGAGCAGAGACTA...................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................TGCGTCTGCCTGTGAGCCCTTTTCACCT...................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................TCCAGGCACAGAGCAGAGACTACAAGAA................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TTCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGT.......................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................GGGGGTGGTTGCCTTTGCTGTTT......................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................AGGGGAAGCAGGTAACAGCAGCAGTG......................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGC................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAGC............................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TTGCGTCTGCCTGTGAGCCCTTTTCACC....................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GGGTGCCCGTGCCCAAGCATGTGATG.................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAAaag................................................................................................................................................................................................. 26 aag 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................CCAGGCACAGAGCAGAGACTACAAGAA................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................GGCACAGAGCAGAGACTACAAGAAcat............................................................................................................................. 27 cat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...............................................................................................CCAGGCACAGAGCAGAGACTACAAGAAA............................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................CTACAAGAAAATTAGGATTGTTTTTC............................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................AGAAAATTAGGATTGTTTT................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGCAGCCAGTCTGAGCTCCAGGCACAG................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TGAGCTCCAGGCACAGAGCAGAGACTAC..................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................CACAGAGCAGAGACTACAAGAAAATTA........................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGtt............................................................................................................................................................................................... 28 tt 1.00 21.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................AACAGCAGCAGTGGGCAGGGCCTCCCTGCAGC...................................................................................................................................................................... 32 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGTAACAGCAGCAGTGGGCAGGGCCTCCC............................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAGCAGT.......................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAt.............................................................................................................................................................................................. 29 t 1.00 3.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................GCCAGTCTGAGCTCCAGGCACAGAGC.............................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GCATGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAAC................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CCCAAGCATGTGATGAAGGGGAAGC.......................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................GCAGAGACTACAAGAAAATTAGGATTGTTT.................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGGTTGC.................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................AGGCACAGAGCAGAGACTACAAGAAAAT............................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................TCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGGTTGtc................................................................................... 30 tc 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TACAAGAAAATTAGGATTGTTTT................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TCAGGTTTTCCTGGGGACAGTCAGCCGT..... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGCCCAAGCATGTGATGAAGGGGgagc.......................................................................................................................................................................................................... 27 gagc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.............................................................................................................................TAGGATTGTTTTTCTGAATCTTGTCCCCC................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGCCCAAGCATGTGATGAAGGGGAAG........................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
....................................................................................................................................................................................................TGAGCCCTTTTCACCTGGTCTTCAGGTT.......................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TTCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGTG......................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAGt............................................................................................................................................................................................. 30 t 1.00 6.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAGCAGa.......................................................................................................................................................................................... 28 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TTCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGGTc...................................................................................... 28 c 1.00 12.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................GGCACAGAGCAGAGACTACAAGAAAATT............................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................GAAAATTAGGATTGTT................................................................................................................... 16 4 0.25 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
ACCTGGAGGTCAGGGTGCCCGTGCCCAAGCATGTGATGAAGGGGAAGCAGGTAACAGCAGCAGTGGGCAGGGCCTCCCTGCAGCCAGTCTGAGCTCCAGGCACAGAGCAGAGACTACAAGAAAATTAGGATTGTTTTTCTGAATCTTGTCCCCCGGGGGTGGTTGCCTTTGCTGTTTCGGCCTTTGCGTCTGCCTGTGAGCCCTTTTCACCTGGTCTTCAGGTTTTCCTGGGGACAGTCAGCCGTATTCT
.........................................................................................................................................................((.((((((.(((....((((...))))....))).)))))).))....................................................
...................................................................................................................................132.................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029036(GSM433288)
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mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
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SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
...............................................................................................................................................................................................................................CTGGGGACAGTCAGCCtgcg....... 20 tgcg 41.00 0.00 - - - 29.00 - - - 3.00 - - - - 4.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................CTGGGGACAGTCAGCCtgc....... 19 tgc 16.00 0.00 - - - 3.00 - - - 10.00 - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................CCTGGGGACAGTCAGCCgcg....... 20 gcg 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CGGCCTTTGCGttgg.............................................................. 15 ttgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -