chr10:128357114 128357664 -
(1)
OTHER.ip 		(5)
OTHER.mut 		(6)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(37)
TESTES

Sense strand
AGACAGGCCAGTGGATTGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGCACTTAAGGTGGGCCTCACTCAGTACATCACTGCCTTTAACTGAACCGACATTGGCTGTCTCCAGTCTCATAAATATCCCAGACCTAGGGTTAATGAGGAAGTGGGGATGGTCCCAGATACTCTTTTCTATGGCTATAGTATCAGAAAAACTAGAAAGAAAAAGGGCAGGATCTCAGGATATAGCTCGGTGACATGTTTAGGGCCCTAGTACATGTCTGGGTTCAATCCCCAGCACTACAAAATAAAAGTACTCAGAAAACCCTGAGTATGGTACATGGACCAGTGCTACCAGCTCGTCTGGACGCTGATGCAGGAGATAGCTTAAGCCCAGGAATTGAAGCCAACCTGAGCAACACTGCAGTAATTCATCTCAAAAGAATGCGAGACAGACAGAAAAGCAGTTGATGGGTCTGAGTAAGCCACCCCAGCTGGCCTCAATCTCTTCTCCCCTTTCCCAGGAAATTGGGGATGTGGAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGACATGCG


 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
................TGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 47.00 47.00 21.00 11.00 3.00 5.00 3.00 - - - - - 1.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TTGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 23.00 23.00 6.00 8.00 4.00 - 4.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 2 17.00 17.00 5.50 4.00 1.00 1.50 1.00 1.50 - 1.00 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGC.......... 27 1 11.00 11.00 1.00 6.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGGTGGAGAACTTCAACCAGGCACTTAA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 8.00 8.00 1.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGGTGGAGAACTTCAACCAGGCACTTAAG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 6.00 6.00 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCGAGACAGACAGAAAAGCAGTTGATG..................................................................................................... 28 1 5.00 5.00 - - - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAG........... 26 1 5.00 5.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTCTGGACGCTGATGCAGGAGATAGC........................................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGC.......... 26 1 4.00 4.00 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGAC..... 27 1 4.00 4.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...............TTGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 2 3.50 3.50 - 1.00 1.00 - - 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTG........ 26 1 3.00 3.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GTGGAGAACTTCAACCAGGCACTTAAGG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGCAC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGGTGGAGAACTTCAACCAGGCACTTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGACA.... 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGAGCATCGAGCTGGACATGCGcatt 27 catt 3.00 0.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGA...... 27 1 3.00 3.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGG....... 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGAAATTGGGGATGTGGAGAACTG........................... 25 2 2.50 2.50 - - - - - 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50
...CAGGCCAGTGGATTGGAATGGTGGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 2 2.50 2.50 1.00 0.50 - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TCTCAGGATATAGCTCGGTG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 20 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCT......... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGAGCATCGAGCTGGACATGCG 24 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGACATG.. 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAAATTGGGGATGTGGAGAACTGGGC........................ 27 2 2.00 2.00 - 0.50 - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGt....... 26 t 2.00 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGCAt.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 t 2.00 47.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGGATTGGAATGGTGGAGAACTTCAACC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 2 2.00 2.00 - - - - - 0.50 - - 1.00 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCT......... 28 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGC.......... 25 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTGGGGATGTGGAGAACTGGG......................... 22 2 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGA...... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGAGCATCGAGCTGGACATGCGct 26 ct 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GGAGAACTTCAACCAGGCACTTAAGGa................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 a 2.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGAC..... 28 1 2.00 2.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GGAATGGTGGAGAACTT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 2 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGAAATTGGGGATGTGGAGAACTGG.......................... 26 2 2.00 2.00 - - - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGGAGAACTGGGCTAGGAGCATCGA............ 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TGGAGAACTTCAACCAGGCACTTAAGG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TGGAGAACTTCAACCAGGCACTTAAGGa................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 a 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................GAGAACTTCAACCAGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 17 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGGATTGGAATGGTGGAGAACTTCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 2 1.50 1.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTAGGAGCATCGAGCTGGACA.... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGGAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAG........... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGGTGGAGAACTTCAACCAGGCACTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GACAGGCCAGTGGATTGGAATGGTGGt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................GGATATAGCTCGGTGACATGTTTAGGGCC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................AGAACTTCAACCAGGCACTTAAGGaaat................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 aaat 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGa.......... 26 a 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TGGAGAACTTCAACCAGGCACT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TCTCAGGATATAGCTCGGTGACATGTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................GAGAACTTCAACCAGGCACTTAAGGaat................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 aat 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGAGCATCGAGCTGGACATGagca 26 agca 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGAGCATCGAGCTGGACATGCGt 25 t 1.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACAGAAAAGCAGTTGATGGGTCTGA.............................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
......GCCAGTGGATTGGAATGGTGGAGgact...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 gact 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGACAa... 30 a 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TCAGGATATAGCTCGGTGACATGTTTA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAAGCCAACCTGAGCAACACTGCAGTA................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGGTGGAGAACTTCAACCAGGCACTTAt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 t 1.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................GAGAACTTCAACCAGGCACTTAAG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTG........ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGGTGGAGAACTTCAACCAGGCACTTAAGt.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 t 1.00 6.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................GGGATGGTCCCAGATACTCTTTTCTATGGC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGAAATTGGGGATGTGGAGAACTGGGC........................ 28 2 1.00 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGACATGCGtt 31 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGAAGCCAACCTGAGCAACACTGCAGT.................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGACGCTGATGCAGGAGATAGCTTA........................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................GTGACATGTTTAGGac................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 16 ac 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GATTGGAATGGTGGAGA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 2 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAcaa......... 28 caa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAGCAACACTGCAGTAATTCATCTCA....................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACTGGGCTAGGAGCATCcagc.......... 27 cagc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGAAATTGGGGATGTGGA................................. 19 2 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGACCAGTGCTACCAGCTCGTCTGGAC............................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GGAGAACTTCAACCAGGCACTTAAGGaat................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 aat 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GATTGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGACA.... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACTGGGCTAGGAGaatc.............. 23 aatc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGGACGCTGAatcc.................................................................................................................................................................................................... 16 atcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGAGCATCGAGCTGGACATGCGa 25 a 1.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGACATG.. 32 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAa........... 26 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGGGATGTGGAGAACTGGGCTAGtt................... 26 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GGATTGGAATGGTGGAGAACTTCAACC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 2 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGAAGCCAACCTGAGCAACACTGCAGTA................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGGAGAACTGGGCTAGGAGCATCG............. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCT......... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGACATGCGcat 32 cat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................TGGTGGAGAACTTCAACCAGGCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGACAGACAGAAcagc............................................................................................................. 19 cagc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCGAGACAGACAGAAAAGCAGTTGA....................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGAGCATCGAGCTGGACATGCGcat 27 cat 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGGGATGTGGAGAACTGGGCTAGG.................... 25 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGAC..... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TTGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGCAC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TGGAGAACTTCAACCAGGCACTTAAGGaa.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 aa 1.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 2 1.00 1.00 - - - - - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GTGGAGAACTTCAACCAGGCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCTAGGAGCATCGAGCTGGACATGCGt 28 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTG........ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TAGCTCGGTGACATGTTTAGGGCC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCGAGACAGACAGAAAAGCAGTTGAT...................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCT......... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTGGGGATGTGGAGAACTGGGC........................ 23 2 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGAAATTGGGGATGTGGAGAACT............................ 24 2 1.00 1.00 - - - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGACATGC. 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGATGTGGAGAACTG........................... 17 5 0.60 0.60 - - - - - - 0.40 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGGGATGTGGAGAACTGG.......................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AATTGGGGATGTGGAGAACTGGGCTAG..................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAAATTGGGGATGTGGAGAACTGGG......................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GACAGGCCAGTGGATTGGAATGGTGt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 t 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGATGTGGAGAACTGGGCTAGGAG.................. 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGATGTGGAGAACTGGGCTAGGAGCA................ 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGtt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 tt 0.50 1.00 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGAAATTGGGGATGTGGAG................................ 20 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGGAGAACTGGGCTAGG.................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
............GGATTGGAATGGTGGAGAACTTCAA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 t 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GGCCAGTGGATTGGAATGGTGGAGAA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CCAGTGGATTGGAATGGTGGAGAAC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GACAGGCCAGTGGATTGGAATGGTGtt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 tt 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGGATTGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGGATTGGAATGGTGGAGAACTTCAAC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
.....GGCCAGTGGATTGGAATGGTGGAGAAC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGGGATGTGGAGAACTGGGCTAGGAGC................. 28 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..ACAGGCCAGTGGATTGGAATGGTGGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATGTGGAGAACTGGGCTAGGAGCATC.............. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AATGGTGGAGAACTTCAACC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
.GACAGGCCAGTGGATTGGAATGGTG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAATTGGGGATGTGGAGAACTGGGC........................ 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAATTGGGGATGTGGAGA............................... 18 3 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TTGGAATGGTGGAGA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 15 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGACAGGCCAGTGGATTGGAATGGTGGAGAACTTCAACCAGGCACTTAAGGTGGGCCTCACTCAGTACATCACTGCCTTTAACTGAACCGACATTGGCTGTCTCCAGTCTCATAAATATCCCAGACCTAGGGTTAATGAGGAAGTGGGGATGGTCCCAGATACTCTTTTCTATGGCTATAGTATCAGAAAAACTAGAAAGAAAAAGGGCAGGATCTCAGGATATAGCTCGGTGACATGTTTAGGGCCCTAGTACATGTCTGGGTTCAATCCCCAGCACTACAAAATAAAAGTACTCAGAAAACCCTGAGTATGGTACATGGACCAGTGCTACCAGCTCGTCTGGACGCTGATGCAGGAGATAGCTTAAGCCCAGGAATTGAAGCCAACCTGAGCAACACTGCAGTAATTCATCTCAAAAGAATGCGAGACAGACAGAAAAGCAGTTGATGGGTCTGAGTAAGCCACCCCAGCTGGCCTCAATCTCTTCTCCCCTTTCCCAGGAAATTGGGGATGTGGAGAACTGGGCTAGGAGCATCGAGCTGGACATGCG


 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTAATTCATCTCAtag....................................................................................................................................... 18 tag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -