chr10:127930573 127930914 -
(1)
OTHER.ip 		(6)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(7)
PIWI.ip 		(5)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(46)
TESTES

Sense strand
CGGAGCCATTACTGCCGGAAAAGGTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGATGGTGGGCCCTGGGAATCGGGAGATCAGGGGGATTTGGGGCAAGGAGAGGACCGCGGGTGGGAGTAGAGAAAGCAGTGGACGTGGGCACGCCCAGGTTTTGGAAGGTTGGCTGTGGGATTGGAATGTCTAGGGCTTTGCCCTGGGAAGCGAATCCTCGGCTTCAAACAGGAGTTTGTAAAGCCGGGATAGAAGCTTGCGGGGTTGGACCTCAGGTAACTGACCAATCCCTTCTTCTCCGAGCAGTGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAGGTAGGCAGTCTCTGACCCGCAG


 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCA....................... 27 2 85.50 85.50 26.00 28.50 6.00 8.50 - - 8.00 4.50 - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGC........................ 26 2 20.00 20.00 4.50 4.50 1.00 3.00 - - 0.50 1.50 0.50 - 1.50 - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - 0.50
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAG...................... 28 2 17.50 17.50 5.50 5.00 - 1.50 - - 2.00 2.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
.........................CCAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGATGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 8.00 8.00 - - - - - 7.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAG...................... 26 2 5.00 5.00 0.50 1.00 1.50 - - - 1.00 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................AAGATGGTGGGCCCTGGG........................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 1 4.00 4.00 - - - - - - - - 1.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGGTCCAGCAGAGCTCAGCAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 21 2 3.50 3.50 - - - - - 3.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAt...................... 28 t 3.50 85.50 1.00 1.50 - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACTTCACCGAGGACCAGACCGCAG...................... 25 2 3.00 3.00 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 1.00 - - - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGGTCCAGCAGAGCTCAGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 2 2.50 2.50 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGGTCCAGCAGAGCTCAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 2 2.50 2.50 - - - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACTTCACCGAGGACCAGACCGCA....................... 25 2 2.50 2.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................ACAGGAGTTTGTAAAGCCGG............................................................................................................. 20 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGACCAGACCGCAGGTAGG................. 20 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGGTCCAGCAGAGCTCAGCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 20 2 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................GGGGCAAGGAGAGGACCG................................................................................................................................................................................................................................................ 18 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CCGGAAAAGGTCCAGCAGAGCTCAGCAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................AGATGGTGGGCCCTGGG........................................................................................................................................................................................................................................................................................ 17 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TCAGCAGCCAAGATGGTGGGCCCTGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAG...................... 29 2 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCA....................... 28 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 0.50 - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGt........................ 26 t 1.50 1.00 - 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................AAAAGGTCCAGCAGAGCTCAGCAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 2 1.50 1.50 - - - - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGC........................ 27 2 1.50 1.50 1.00 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAtt..................... 29 tt 1.50 85.50 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................AGCAGAGCTCAGCAGCCAAGATGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...............CGGAAAAGGTCCAGCAtc..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 tc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AAGGTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGATGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCA....................... 26 2 1.00 1.00 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGGACCAGACCGCAGGTA................... 19 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TTGGAAGGTTGGCTGTGGGATTGGAAT......................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACtgca....................... 27 tgca 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGGTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGATGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................AAAAGGTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................ATCGGGAGATCAGGGGGA..................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................CACCGAGGACCAGACCGC........................ 18 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................AGCCAAGATGGTGGGCCCTGGttt...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 ttt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGGTGGGAGTAGAGAAAG............................................................................................................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCtt...................... 28 tt 1.00 20.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................AGCAGCCAAGATGGTGGGCCCTGGGA....................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................ATGGTGGGCCCTGGGAAT..................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................AAGGAGAGGACCGCGGGTGGGAGTAGAGAA............................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TGTAAAGCCGGGATAGAAGCTTGCGG.............................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GCAGAGCTCAGCAGCCAAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 7 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................GCAAGGAGAGGACCGCG.............................................................................................................................................................................................................................................. 17 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGTAGGCAGTCTCTGACCCGCAG 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACCAGACCGCAGGTAGGCAG.............. 20 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGGCCCTGGGAATCGGG................................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TTTGTAAAGCCGGGccgt........................................................................................................ 18 ccgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................AGGAGTTTGTAAAGCCGGGATAGAAGCTTGCG............................................................................................... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................GCGGGTGGGAGTAGAGAA............................................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................CAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGATGGTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACCG......................... 25 2 1.00 1.00 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................GCGGGTGGGAGTAGAGAAAGCAGTGGA...................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................AGATGGTGGGCCCTGGGt....................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 t 1.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GTCCAGCAGAGCTCAGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 17 3 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CAGAGCTCAGCAGCCAAGATGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................GGGCAAGGAGAGGACCGCGGGTGG......................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGCAGTCTCTGACCCGC.. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................AGGTTGGCTGTGGGATTGGAATGTCTAG................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GCAGAGCTCAGCAGCCAAGATGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCA....................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GCAGAGCTCAGCAGCCAAGATGGTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AAAGGTCCAGCAGAGCTCAGCAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 23 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................CAGGAGTTTGTAAAGCCGGGATAGA....................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TTCAAACAGGAGTTTGTAAAGCCGG............................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCGAGCAGTGTGACTTCACCGAGGAC................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................AAAGCCGGGATAGAAGCT................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................ACTGACCAATCCCTTCTTCTCCGAGCAGa................................................. 29 a 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CTGCCGGAAAAGGTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 37 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................AGCCAAGATGGTGGGCCCTGGGA....................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................CAGGGGGATTTGGGGCAAGGA........................................................................................................................................................................................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................AGGAGTTTGTAAAGCCGGGA........................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GGTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGATGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CCGGAAAAGGTCCAGCAGAG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................ACTGACCAATCCCTTCTTCTCCGAGCAGTG................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CCAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGATGGTGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................CCCAGGTTTTGGAAGGTTGGCTGT.................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................GCCAAGATGGTGGGCCCTG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GATGGTGGGCCCTGGGAA...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................GGAGATCAGGGGGATTTGGGGCAAGGAGAG..................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................CAAGATGGTGGGCCCTGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................GCCGGGATAGAAGCTTGCG............................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTTCACCGAGGACCAGACCGCA....................... 22 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................ACCGCGGGTGGGAGTAGAG................................................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 2 1.00 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................GGGCCCTGGGAATCGGGA................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................GGAAAAGGTCCAGCAGAGCTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 21 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........ACTGCCGGAAAAGGTCCA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................AAAAGGTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAt...................... 26 t 0.50 2.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACTTCACCGAGGACCAGACCGC........................ 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAt...................... 29 t 0.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAGt..................... 27 t 0.50 5.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CCAGCAGAGCTCAGCAGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCcg...................... 28 cg 0.50 20.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................GGGATTTGGGGCAAGGAG....................................................................................................................................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGGTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAGt..................... 29 t 0.50 17.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGATG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GCCGGAAAAGGTCCAGCAGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................GGAAAAGGTCCAGCAGAGCTCAGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACTTCACCGAGGACCAGACCGCA....................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................GGAAAAGGTCCAGCAGAGCTCAGCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAa...................... 28 a 0.50 85.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCACCGAGGACCAGACCGCA....................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
....................AAGGTCCAGCAGAGCTCAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGTGACTTCACCGAGGACCAGACCG......................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGGTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GCAGAGCTCAGCAGCCAAGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 6 0.50 0.50 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AAAGGTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCAA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TCCAGCAGAGCTCAGCAGCC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................GCAGCCAAGATGGTGGGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAG...................... 27 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................AAAAGGTCCAGCAGAGCTCAGCAGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GCCGGAAAAGGTCCAGCAGAGCTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAat..................... 27 at 0.50 2.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGGACCAGACC.......................... 24 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CAGAGCTCAGCAGCCAAGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 7 0.43 0.43 - - - - 0.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AAGGTCCAGCAGAGCTCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTCACCGAGG.................................. 16 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GAAAAGGTCCAGCAGAGCTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 20 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AAAGGTCCAGCAGAGCTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................AGATGGTGGGCCCTGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 16 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - -
..............................AGAGCTCAGCAGCCAAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 9 0.22 0.22 - - - - 0.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CAGAGCTCAGCAGCCAAGATG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGACCAGACCGCAG...................... 15 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CAGAGCTCAGCAGCCAAGAT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GCAGAGCTCAGCAGCCA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 11 0.18 0.18 - - - - 0.09 - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GAGCTCAGCAGCCAAGAT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CGGAGCCATTACTGCCGGAAAAGGTCCAGCAGAGCTCAGCAGCCAAGATGGTGGGCCCTGGGAATCGGGAGATCAGGGGGATTTGGGGCAAGGAGAGGACCGCGGGTGGGAGTAGAGAAAGCAGTGGACGTGGGCACGCCCAGGTTTTGGAAGGTTGGCTGTGGGATTGGAATGTCTAGGGCTTTGCCCTGGGAAGCGAATCCTCGGCTTCAAACAGGAGTTTGTAAAGCCGGGATAGAAGCTTGCGGGGTTGGACCTCAGGTAACTGACCAATCCCTTCTTCTCCGAGCAGTGTGACTTCACCGAGGACCAGACCGCAGGTAGGCAGTCTCTGACCCGCAG


 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCGAGGACCAGACCGCA....................... 17 2 1.50 1.50 - - - - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GCCGGAAAAGGTCCAGCAG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -