(8)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(3)
PIWI.ip
(1)
PIWI.mut
(21)
TESTES

Sense strand
ACCGTGGTGGGTGACCGCTGGCTGCTGTCTGCCGCCCACTGTTTCAACCAGTAAGGCCTCCCAAGAGCCCTGATAGCAGTCCCTCACTGCATGCAGCAGGCACCAACTAGCTAGTGTGGTGCTTTCCTGTCAGTCGGGGCTCAAAATTGACAAACCAAACCAAGCAAGACAATAAACAGGAAGCACTTATTGTTCGCTGAATGCACATACAATGGGGGTCGCCCAGAACCACAATCGCTCTGGCTCTGGC
....................................................................((((.....((((((..((((...((((.(((((((((((....))).))))))))..)))))))).)))))).....(((......)))..................))))......................................................................
....................................................................69.............................................................................................................180....................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
.........................................................................TAGCAGTCCCTCACTGCATGCAGCAGGC..................................................................................................................................................... 28 1 7.00 7.00 5.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TGAATGCACATACAATGGGGGTCGC............................ 25 1 5.00 5.00 - - 4.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TGACAAACCAAACCAAGCAAGACAATAAA.......................................................................... 29 1 3.00 3.00 - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................TTGTTCGCTGAATGCACATACAATGGGG................................. 28 1 3.00 3.00 - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TGAATGCACATACAATGGGGGTCGCCCAGA....................... 30 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TAAACAGGAAGCACTTATTGTTCGCTG................................................... 27 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TGAATGCACATACAATGGGGGTCGCCCA......................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TGGGGGTCGCCCAGAACCACAATCGCTCTG........ 30 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TGACAAACCAAACCAAGCAAGACAATAA........................................................................... 28 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TACAATGGGGGTCGCCCAGAACCACA................. 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................AAGCACTTATTGTTCGCTGAATGCACA........................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TGACAAACCAAACCAAGCAAGACAATAAAa......................................................................... 30 a 1.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TCGGGGCTCAAAATTGACAAACCAAACCAAa...................................................................................... 31 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TGACAAACCAAACCAAGCAAGACAA.............................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TGACAAACCAAACCAAGCAAGACAATAAAaa........................................................................ 31 aa 1.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TACAATGGGGGTCGCCCAGAACCACAATC.............. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TGTCAGTCGGGGCTCAAAATTGACAAA................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AAACCAAGCAAGACAATAAACAGGA..................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TGATAGCAGTCCCTCACTGCATGCA........................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TGACAAACCAAACCAAGCAAGACAATAAAC......................................................................... 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................GAACCACAATCGCTCTGGCTCTGGC 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TGAATGCACATACAATGGGGGTCGCC........................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TTCCTGTCAGTCGGGGCTCAAAATTGACA.................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................AGCAAGACAATAAACAGGAAGCACTTA............................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TTGACAAACCAAACCAAGCAAGACAATAA........................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
...........................................................................................................TAGCTAGTGTGGTGCTTTCCTGTCAGTC................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................GTTCGCTGAATGCACATACAATGGGGGT............................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TGTCAGTCGGGGCTCAAAATTGACA.................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
ACCGTGGTGGGTGACCGCTGGCTGCTGTCTGCCGCCCACTGTTTCAACCAGTAAGGCCTCCCAAGAGCCCTGATAGCAGTCCCTCACTGCATGCAGCAGGCACCAACTAGCTAGTGTGGTGCTTTCCTGTCAGTCGGGGCTCAAAATTGACAAACCAAACCAAGCAAGACAATAAACAGGAAGCACTTATTGTTCGCTGAATGCACATACAATGGGGGTCGCCCAGAACCACAATCGCTCTGGCTCTGGC
....................................................................((((.....((((((..((((...((((.(((((((((((....))).))))))))..)))))))).)))))).....(((......)))..................))))......................................................................
....................................................................69.............................................................................................................180....................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
.............................TGCCGCCCACTGTTTCAACCAGTA..................................................................................................................................................................................................... 24 1 7.00 7.00 - - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................ACCAGTAAGGCCTCCCAAGAGCCCTGA................................................................................................................................................................................. 27 1 4.00 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................AGCAAGACAATAAACAGGAAGCACTTA............................................................. 27 1 4.00 4.00 2.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................GCTCAAAATTGACAAACCAAACCAAGCA.................................................................................... 28 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - -
.......................................................GCCTCCCAAGAGCCCTGATAGCA............................................................................................................................................................................ 23 1 4.00 4.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
....................................CACTGTTTCAACCAGTAAGGCCTCCCAA.......................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................GATAGCAGTCCCTCACTGCATGCAGCA........................................................................................................................................................ 27 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................CTCAAAATTGACAAACCAAACCAAGCA.................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CTGCCGCCCACTGTTTCAACCAGTA..................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................CCAGTAAGGCCTCCCAAGAGCCCTGA................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................CCACAATCGCTCTGGCT..... 17 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCTGCCGCCCACTGTTTCAACCAGTA..................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................AACTAGCTAGTGTGGTGCTTTCCTGTCA...................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................GCATGCAGCAGGCACCAACTAGCTA......................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................ACTAGCTAGTGTGGTGCTTTCCTGTCA...................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................GTGGTGCTTTCCTGTCAGTCGGGGCTCA........................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................GGGGTCGCCCAGAACCACAATCGCTC.......... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TCCTGTCAGTCGGGGCTCAAAATTGACA.................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - -
................................................................................CCCTCACTGCATGCAGCAGGCACCAACTA............................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................GTCCCTCACTGCATGCAGCAGGCACCA................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................AAACCAAACCAAGCAAGACAATAAt........................................................................... 25 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AGGCCTCCCAAGAGCCCTGATAGCA............................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GCTGTCTGCCGCCCACTGTTTCAACC......................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TACAATGGGGGTCGCCCAGAACCA................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GGTGCTTTCCTGTCAGTCGGGGCTCAA.......................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................GTCGCCCAGAACCAC.................. 15 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CTGCCGCCCACTGTTTCAACC......................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................CCAACTAGCTAGTGTGGTGCTTTCCTG......................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
........................................................................ATAGCAGTCCCTCACTGCATGCAGCA........................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................GCTGCTGTCTGCCGCCCACTGTTTCA............................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.........................TGTCTGCCGCCCACTGTTTCAACCAGTA..................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................GAGCCCTGATAGCAGTCCCTCACTGCA............................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................GCTTTCCTGTCAGTCGGGGCTCAAAA........................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................AGTCGGGGCTCAAAATTGACAAACCA............................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................GCCCTGATAGCAGTCCCTCACTGCA............................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................AAGCAAGACAATAAACAGGAAGCACTTA............................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..............................GCCGCCCACTGTTTCAACCAGTA..................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................GTCAGTCGGGGCTCAAAATTGACAAACCAt............................................................................................. 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................ATGGGGGTCGCCCAGAACCACAATCGCT........... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CAATGGGGGTCGCCCAggag......................... 20 ggag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
..................................................................................................................................................................................GGAAGCACTTATTGTTCGCTGAATGCACA........................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TCAAAATTGACAAACCAAACCAAGCA.................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................CCTGTCAGTCGGGGCTCAAAATTGACA.................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.............................................................................................................GCTAGTGTGGTGCTTTCCTGTCAGTCGGG................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TGTTTCAACCAGTAAGGCCTCCCActg........................................................................................................................................................................................... 27 ctg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................GACAAACCAAACCAAGCAAGACAATA............................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
......................................................................................................................................................CAAACCAAACCAAGCAAGACAATAA........................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
........................................................................................................................................................AACCAAACCAAGCAAGACAATAAACA........................................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................GACAATAAACAGGAAGCACTTATTGTTCGC..................................................... 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................AATTGACAAACCAAACCAAGCAAGACAA.............................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.......................................................GCCTCCCAAGAGCCCTGATAGCAGT.......................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................GACAAACCAAACCAAGCAAGACAATAA........................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CTGCATGCAGCAGGCACCAACTAGCTA......................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..........................GTCTGCCGCCCACTGTTTCAACCAGTA..................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................CACTGTTTCAACCAGTAAGGCCTCCCA........................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CAATGGGGGTCGCCCggat.......................... 19 ggat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.........................................................................................CATGCAGCAGGCACCAACTAGCTA......................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................CAAAATTGACAAACCAAACCAAGCAAttc................................................................................... 29 ttc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AAACCAAGCAAGACAATA............................................................................ 18 3 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.......................GCTGTCTGCCGCCCACTGTTTCAACCA........................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
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