chr10:80291078 80291255 +
(10)
OTHER.mut 		(3)
OVARY 		(10)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(46)
TESTES

Sense strand
GAGGGAACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTGTACTCCGTGAGTACCTGTGGAGAGCCCGGGGGTGCCTGGCACTGGCAAAGTAAGCTGGCCAACCTGACAACCCTGCTCCCCTAGGACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAGACCAG


 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR037899(GSM510435)
ovary_rep4. (ovary)
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACA....... 27 2 68.50 68.50 13.50 18.00 3.00 8.00 - - 4.50 3.50 - 4.50 1.00 0.50 2.50 - 1.50 - - 0.50 0.50 - 3.00 1.00 0.50 - - - - - - - - - 1.50 - - - - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAA...... 28 2 58.50 58.50 19.50 12.00 4.50 4.50 - - 3.50 2.50 - 2.00 - - 2.50 - 1.00 - 1.00 0.50 0.50 - 1.00 1.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 0.50 - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAG..... 29 2 43.00 43.00 13.50 11.00 5.00 5.00 0.50 - 3.00 1.00 - 0.50 - - 0.50 - - - - - - 1.00 - 1.00 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGAC........ 26 2 39.00 39.00 10.00 7.50 2.50 1.00 0.50 - 1.00 2.00 - 2.50 0.50 1.50 1.50 - 1.00 - 1.00 0.50 - - 2.00 1.00 0.50 - 0.50 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTC............... 25 2 10.00 10.00 1.50 1.00 0.50 0.50 2.00 - 0.50 0.50 - - - 1.00 - 0.50 - - - 0.50 - - 0.50 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGAC........ 28 2 9.50 9.50 2.50 1.00 - - 1.50 - - - - 0.50 - 1.00 0.50 - 0.50 - - 0.50 - - 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCT.............. 26 2 7.00 7.00 1.50 2.00 0.50 - - - 0.50 - - 1.00 - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACG.......... 26 2 6.50 6.50 2.50 1.00 0.50 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................CAACCTGACAACCCTGCTCCCCTAGaa................................................ 27 aa 6.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGA......... 27 2 6.00 6.00 2.00 1.50 - - - - 1.00 - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................ACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGGA........................ 25 2 5.50 5.50 - - - - - 2.00 - 0.50 2.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGC...................... 18 3 5.00 5.00 - - - - - 4.67 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................GACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGGA........................ 26 2 5.00 5.00 - 0.50 - - 0.50 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TGACAACCCTGCTCCCCTAGa................................................. 21 a 5.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................AGCGGCTGAATGTGACAGAGGAGC...................... 24 2 5.00 5.00 - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTACCTGTGGAGAGC............................................................................................................. 19 1 5.00 5.00 - - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................GAGCGGCTGAATGTGACAGAGGAGC...................... 25 2 4.50 4.50 - - - - - 2.00 - - 2.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTACCTGTGGAGAGCCCGGGG....................................................................................................... 25 1 4.00 4.00 - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCTA............. 27 2 3.50 3.50 1.50 1.00 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAGA.... 30 2 3.50 3.50 - 0.50 0.50 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACGT................ 24 2 3.00 3.00 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
............................................................................................................TGACAACCCTGCTCCCCTAGt................................................. 21 t 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAAC........... 25 2 3.00 3.00 - - - - - - - 2.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTACCTGTGGAGAGCCCGGGGG...................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................CTGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTC............... 26 2 2.50 2.50 - 0.50 - - - - 1.00 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACG................. 23 2 2.50 2.50 - - - - 1.50 - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................CTGAATGTGACAGAGGAGC...................... 19 2 2.50 2.50 - - - - - - - - 2.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....AACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTT.................................................................................................................................................... 25 2 2.00 2.00 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................GACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACA....... 26 2 2.00 2.00 - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................GCCAACCTGACAACCCTGCTCCCCTAG.................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAGAC... 31 2 2.00 2.00 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................CAACCTGACAACCCTGCTCCCCTAG.................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAGACC.. 32 2 2.00 2.00 - - - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACA....... 29 2 2.00 2.00 - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAt...... 28 t 2.00 68.50 0.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGA......... 25 2 2.00 2.00 - - - - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................CAACCTGACAACCCTGCTCCCCTAGaga............................................... 28 aga 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................AGCGGCTGAATGTGACAGAGGAGCCa.................... 26 a 2.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGA................... 21 2 1.50 1.50 - - - - - - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................CTGAATGTGACAGAGGAGCCGACGT................ 25 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................GAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCTA............. 26 2 1.50 1.50 1.00 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................ACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGGAGC...................... 27 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - - - 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCG.................... 20 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TCACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTGTA.................................................................................................................................... 27 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................GCTGAATGTGACAGAGGAGCCGACGT................ 26 2 1.50 1.50 - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAA...... 30 2 1.50 1.50 - - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
........AGTCAGCGGGATCACAGTCTTTaac................................................................................................................................................. 25 aac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTACCTGTGGAGAGCCCGGG........................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...........................TTTCAGCTAGCATCCTGTACTCt................................................................................................................................ 23 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TGACAACCCTGCTCCCCTAG.................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAAC........... 29 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................ACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGGAG....................... 26 2 1.00 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................GACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGGAG....................... 27 2 1.00 1.00 - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAa..... 29 a 1.00 58.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TGACAACCCTGCTCCCCTAGta................................................ 22 ta 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......ACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGt................................................................................................................................................ 28 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................GACGAGCGGCTGAATGTGACAGAcgt........................ 26 cgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................GGACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGG......................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................ACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAG..... 27 2 1.00 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACcgcc....... 27 cgcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGAGTACCTGTGGAGAGCCCGG......................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAccg.......... 26 ccg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGgcaa...... 28 gcaa 1.00 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAtc........... 25 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAt..... 29 t 1.00 58.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.AGGGAACAGTCAGCGGGATCACAGTC....................................................................................................................................................... 26 2 1.00 1.00 - - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAA............ 28 2 1.00 1.00 - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................CCCGGGGGTGCCTGGCACTGGCAAAGTAAG................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................GAGTACCTGTGGAGAGCCCGGG........................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................CTGACAACCCTGCTCCCCTAGt................................................. 22 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................AGAGCCCGGGGGTGCCTGGCACTGGC........................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACGg................ 24 g 1.00 2.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTACCTGTGGAGAGCCCGG......................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
............................................................................................AGTAAGCTGGCCAACCTGACA................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACaaca....... 27 aaca 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........AGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAG................................................................................................................................................. 25 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTACCTGTGGAGAGCCCGGa........................................................................................................ 24 a 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCTt............. 27 t 1.00 7.00 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGAa........ 26 a 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................CCCGGGGGTGCCTGGCAC............................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.AGGGAACAGTCAGCGGGATCACAGT........................................................................................................................................................ 25 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................GCAAAGTAAGCTGGCCAACCTGACAACCCTGCT......................................................... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......ACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGC................................................................................................................................................ 28 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................CCAACCTGACAACCCTGCTCCCCTAGa................................................. 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................GTAAGCTGGCCAACCTGAC.................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGAGTACCTGTGGAGAGCCCGGGGGTGC................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....AACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTC................................................................................................................................................... 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGg......... 31 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................ACGAGCGGCTGAATGT................................. 16 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.AGGGAACAGTCAGCGGGATCACAG......................................................................................................................................................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................GACGAGCGGCTGAATGTGA............................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................AATGTGACAGAGGAGCCGACGTCT.............. 24 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAG..... 31 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................CTGAATGTGACAGAGGAG....................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............AGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGC............................................................................................................................................ 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - -
..................................................................................................................................CGAGCGGCTGAATGTGACAGAGGAGC...................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................GCTGAATGTGACAGAGGAG....................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACc....... 27 c 0.50 39.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................CGAGCGGCTGAATGTGACAG............................ 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50
................................................................................................................................GACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGGAGCC..................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGcc........ 28 cc 0.50 6.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................AGCGGCTGAATGTGACAGAG.......................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................GAGCGGCTGAATGTGACAGAGGAGCC..................... 26 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................AATGTGACAGAGGAGCCGACGT................ 22 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................GCTGAATGTGACAGAGGA........................ 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........GTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTA.............................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................ATGTGACAGAGGAGCCGACGT................ 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................CAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAGA.... 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACGgc............... 25 gc 0.50 2.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................GCTGAATGTGACAGAGGAGCCGACG................. 25 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................AGCCGACGTCTAACGACAAGACC.. 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................CTTTCAGCTAGCATCCTGTACTC................................................................................................................................. 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................GAGGAGCCGACGTCTAACGAC........ 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................GAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAAC........... 28 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACcac........ 28 cac 0.50 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
......................................................................................................................................CGGCTGAATGTGACAGA........................... 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................GGCTGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTC............... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGC................................................................................................................................................ 27 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CAGTCTTTCAGCTAGCATCCTGTACTCC................................................................................................................................ 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................ACAGAGGAGCCGACGTCTAACGAC........ 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......ACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCA.................................................................................................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................AGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAGACCAG 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................ACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGGAGt...................... 27 t 0.50 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGAt........ 26 t 0.50 2.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................GAATGTGACAGAGGAGCCGAC.................. 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTa............... 25 a 0.50 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - -
..................................................................................................................................................ACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAA...... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGA......... 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............AGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCATC......................................................................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACG.......... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................GACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGG......................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCATC......................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................CGGCTGAATGTGACAGAGGAGCC..................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CAGTCTTTCAGCTAGCATCCTGTACTC................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................GAGGAGCCGACGTCTAACGACAAGACC.. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................GACAGAGGAGCCGACGTCTAACGA......... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGAgaag..... 29 gaag 0.50 2.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................GACGAGCGGCTGAATGTGACA............................. 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACt....... 29 t 0.50 9.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGAta....... 27 ta 0.50 2.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................CTGAATGTGACAGAGGA........................ 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................GACGAGCGGCTGAATGTGACAGAG.......................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGc......... 25 c 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................GAATGTGACAGAGGAGCCGACGT................ 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................ATGTGACAGAGGAGCCG.................... 17 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCATC......................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................AGCCGACGTCTAACGACAAGAC... 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................CTGAATGTGACAGAGGAGCCG.................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGC............................................................................................................................................ 27 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGAaa....... 29 aa 0.50 6.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............AGCGGGATCACAGTCTTTCAGCT............................................................................................................................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................GCTGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCT.............. 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.AGGGAACAGTCAGCGGGATCACAGTCT...................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGt......... 27 t 0.50 6.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................ACGAGCGGCTGAATGTG................................ 17 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................GACGAGCGGCTGAAT................................... 15 4 0.25 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACG................. 17 4 0.25 0.25 - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GAGGGAACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTGTACTCCGTGAGTACCTGTGGAGAGCCCGGGGGTGCCTGGCACTGGCAAAGTAAGCTGGCCAACCTGACAACCCTGCTCCCCTAGGACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAGACCAG


 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR037899(GSM510435)
ovary_rep4. (ovary)
......ACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCA.................................................................................................................................................. 26 2 5.00 5.00 - - - - 1.50 - - - - - 1.00 - - - - - 0.50 - 1.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GATCACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTG...................................................................................................................................... 27 2 4.50 4.50 - 0.50 0.50 - 1.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 1.00 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCA........................................................................................................................................... 26 2 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - 0.50 0.50 - - 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................ATCACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTG...................................................................................................................................... 26 2 2.50 2.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....AACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCA.................................................................................................................................................. 27 2 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 0.50 - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCA........................................................................................................................................... 28 2 2.00 2.00 - - - - 0.50 - - - - - - 1.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACA....... 27 2 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TCACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTG...................................................................................................................................... 25 2 2.00 2.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............AGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCA........................................................................................................................................... 27 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................AGGAGCCGACGTCTAACGACAAGACCA. 27 2 1.50 1.50 0.50 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GAACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCA.................................................................................................................................................. 28 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTA.............................................................................................................................................. 25 2 1.50 1.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................GGAGCCGACGTCTAACGACAAGACCA. 26 2 1.50 1.50 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................GGATCACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTG...................................................................................................................................... 28 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................GAGCCGACGTCTAACGACAAGACCA. 25 2 1.00 1.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCA........................................................................................................................................... 25 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CAGTCTTTCAGCTAGCATCCTGcgct...................................................................................................................................... 26 cgct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCA.................................................................................................................................................. 25 2 1.00 1.00 - - - - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TCTTTCAGCTAGCATCCTG...................................................................................................................................... 19 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTGTA.................................................................................................................................... 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............GGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTG...................................................................................................................................... 29 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................CGAGCGGCTGAATGTGACAGAGGAGCCGAa................... 30 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........AGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTA.............................................................................................................................................. 28 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........AGCGGGATCACAGTCTTTCAGCcact................................................................................................................................................ 26 cact 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................ACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGtgga.......................... 27 tgga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GGAGCCGACGTCTAACGACAAGcccc..... 26 cccc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............AGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCATC......................................................................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................GAGGAGCCGACGTCTAACGACAAGACC.. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................GAGGAGCCGACGTCTAACGACAAGACCA. 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................ACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTGTACTC................................................................................................................................. 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....AACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAG................................................................................................................................................. 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................GTCTTTCAGCTAGCATCCTG...................................................................................................................................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................GACGAGCGGCTGAATGTGACAGAGGA........................ 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........CAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAgc.............................................................................................................................................. 27 gc 0.50 0.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTG...................................................................................................................................... 24 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................ATCACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTGtc...................................................................................................................................... 28 tc 0.50 0.00 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................AGTCTTTCAGCTAGCATCCTGTACTC................................................................................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TGACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAA...... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GAACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTT.................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GGGAACAGTCAGCGGGATCACAGTCTT..................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CACAGTCTTTCAGCTAGCATCCTGTACTC................................................................................................................................. 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GATCACAGTCTTTCAGCTAGCATCCT....................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................AGGAGCCGACGTCTAACGACAAGA.... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................GTCTTTCAGCTAGCATCCTGagtg...................................................................................................................................... 24 agtg 0.50 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................GCCGACGTCTAACGACAAG..... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCAT.......................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......ACAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTA.............................................................................................................................................. 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGC................................................................................................................................................ 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CAGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCT............................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TCTTTCAGCTAGCATCCTGTACTC................................................................................................................................. 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCA........................................................................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CGGGATCACAGTCTTTCAGCTA.............................................................................................................................................. 22 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GATCACAGTCTTTCAGCTAGCATCC........................................................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................ACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACA....... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCT............................................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCAT.......................................................................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................GACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAA...... 27 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............AGCGGGATCACAGTCTTTCAGCTAGCAT.......................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CAGTCTTTCAGCTAGCATCCTGTACTC................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................GCTGAATGTGACAGAGGAGCCGACGTCTA............. 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................ACAGAGGAGCCGACGTCTAACGACAAGA.... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........AGTCAGCGGGATCACAGTCTTTCAGCT............................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -