| Gene: Uqcr | ID: uc007gde.1_intron_1_0_chr10_79867032_r.5p | SPECIES: mm9 |
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(11) OTHER.mut |
(5) PIWI.ip |
(2) PIWI.mut |
(33) TESTES |
| ATGCTGAGCAGGTTTCTAGGCCCGCGCTACCGGGAACTGGCCAGAAACTGGTGAGGAGGTCACCCGCCATTCCACCGTGTGCTCTGGGGACTGGGGAAACCTGAGGCTGTAACAGGCAGAGTATTGCGGGACACAGTGCAGGTGGAAGCTCCGAGGTTAAGCTGCAATCGCCTTCGTTCGGTGTCTGAGGTGCTCCAAGCCTGGGTTTCCCCAGCTTGACCTGGGTAGCCTTGTGTGCGGCTCTGGGTGG ..........................................................................................................((((.....)))).........((((((...((((((((.((((.........))))....))))))..))...))))))................................................................ ........................................................................................................105...................................................................................191......................................................... |
Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) | SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes) | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes) | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes) | mjTestesWT4() Testes Data. (testes) | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) | mjTestesWT2() Testes Data. (testes) | mjTestesKO5() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes) | mjTestesWT3() Testes Data. (testes) | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | GSM509279(GSM509279) MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) | mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR248527(GSM733815) cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) | SRR029037(GSM433289) 18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | mjTestesWT1() Testes Data. (testes) | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR029038(GSM433290) 25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | SRR069811(GSM610967) small RNA sequencing; sample 3. (testes) | GSM509277(GSM509277) small RNA cloning by length. (piwi testes) | SRR029040(GSM433292) 6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | SRR029041(GSM433293) 6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | GSM179088(GSM179088) Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) | SRR029036(GSM433288) 18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...........................TACCGGGAACTGGCCAGAAACTGGTGA.................................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 11.00 | 11.00 | - | 3.00 | - | - | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - |
| .............................................................................................................TAACAGGCAGAGTATTGCGGGACACA................................................................................................................... | 26 | 1 | 7.00 | 7.00 | 2.00 | 2.00 | 2.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .TGCTGAGCAGGTTTCTAGGCCCGCGC............................................................................................................................................................................................................................... | 26 | 3 | 6.33 | 6.33 | 0.33 | - | - | 2.00 | - | - | - | - | 0.33 | 1.33 | - | 0.33 | - | 0.33 | - | - | 0.67 | - | - | - | - | - | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.33 | 0.33 |
| .......................................................................CCACCGTGTGCTCTGGGGACTGGGGA......................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 6.00 | 6.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 6.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................TGAGGCTGTAACAGGCAGAGTATTGC........................................................................................................................... | 26 | 1 | 6.00 | 6.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | 2.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................TAGGCCCGCGCTACCGGGAACTGGCC................................................................................................................................................................................................................ | 26 | 2 | 5.00 | 5.00 | 2.00 | - | - | - | - | 1.50 | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | 0.50 | - | - | - |
| ......................................................................TCCACCGTGTGCTCTGGGGACTGGGG.......................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 4.00 | 4.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................................................................TCCACCGTGTGCTCTGGGGACTGGGGA......................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 4.00 | 4.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................................................................................................................TTGCGGGACACAGTGCAGGTGGAAGCTCC.................................................................................................. | 29 | 1 | 4.00 | 4.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................................................................................................TGTAACAGGCAGAGTATTGCGGGACAC.................................................................................................................... | 27 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | 2.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................................TGTGCTCTGGGGACTGGGGAAACCTGA.................................................................................................................................................. | 27 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................................................................................................................................................................TGCAATCGCCTTCGTTCGGTGTCTG............................................................... | 25 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................TACCGGGAACTGGCCAGAAACTGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. | 29 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | 2.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................TAGGCCCGCGCTACCGGGAACTGGCCA............................................................................................................................................................................................................... | 27 | 2 | 2.50 | 2.50 | 1.00 | - | 0.50 | - | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................................................................................................................................................................................................................TGACCTGGGTAGCCTTGTGTGCGGCTC....... | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................TACCGGGAACTGGCCAGAAACTGGTGAG................................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................................................................TAACAGGCAGAGTATTGCGGGACACAGT................................................................................................................. | 28 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .................................................................................................................................................................................................................................TAGCCTTGTGTGCGGCTCTGGGTGG | 25 | 1 | 2.00 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................................TGTGCTCTGGGGACTGGGGAAACCTG................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................................................................................................................TAAGCTGCAATCGCCTTCGTTCGGTGTC................................................................. | 28 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................................................................TAACAGGCAGAGTATTGCGGGACACAtt................................................................................................................. | 28 | tt | 2.00 | 7.00 | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................CGCTACCGGGAACTGGCCAGA............................................................................................................................................................................................................. | 21 | 2 | 1.50 | 1.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................TAGGCCCGCGCTACCGGGAACTGGC................................................................................................................................................................................................................. | 25 | 2 | 1.50 | 1.50 | 1.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................TACCGGGAACTGGCCAGAAACTG........................................................................................................................................................................................................ | 23 | 2 | 1.50 | 1.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .TGCTGAGCAGGTTTCTAGGCCCGCGCT.............................................................................................................................................................................................................................. | 27 | 3 | 1.33 | 1.33 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................................................................................................................................TCGTTCGGTGTCTGAGGTGCTCCAAGC.................................................. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................TGAGGCTGTAACAGGCAGAGTATTGCGGGA....................................................................................................................... | 30 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................................................................................................................................CAGGTGGAAGCTCCGAGG.............................................................................................. | 18 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................................................................................................................................................................TTCGTTCGGTGTCTGAGGTGCTCCAA.................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................................................................CACCGTGTGCTCTGGGGACTGGGGAA........................................................................................................................................................ | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................................................................................................................................................................TTCGTTCGGTGTCTGAGGTGCTCCAAGCC................................................. | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................TAGGCCCGCGCTACCGGGAACTGGCCAGA............................................................................................................................................................................................................. | 29 | 2 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...............................................................................TGCTCTGGGGACTGGGGAAACCTGA.................................................................................................................................................. | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................................................................................................................................ACAGTGCAGGTGGAggac.................................................................................................... | 18 | ggac | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................TACCGGGAACTGGCCAGAAACTGG....................................................................................................................................................................................................... | 24 | 2 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................................................................................GGGGAAACCTGAGGCTGTAACAGGCAGA.................................................................................................................................. | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................................................................................................................................................................TTCGTTCGGTGTCTGAGGTGCTCCA..................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................GGGGACTGGGGAAAaaat................................................................................................................................................... | 18 | aaat | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..............................................................................................................................CGGGACACAGTGCAGGTGGAAGCTCCG................................................................................................. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .................................GAACTGGCCAGAAACTGGTGAGG.................................................................................................................................................................................................. | 23 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................................................................ATTCCACCGTGTGCTCTGGGGACTGa............................................................................................................................................................ | 26 | a | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................................................................................................GCTGCAATCGCCTTCGTTCGGTGTCTGt.............................................................. | 28 | t | 1.00 | 0.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................................................................................................................GGCAGAGTATTGCGGGACACAGTGCAG............................................................................................................. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................................................................................................................TGCGGGACACAGTGCAGGTGGA........................................................................................................ | 22 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................................................................TAACAGGCAGAGTATTGCGGGACACAG.................................................................................................................. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................TGAGGCTGTAACAGGCAGAGTATTGaa.......................................................................................................................... | 27 | aa | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...................................................................................................................................CACAGTGCAGGTGGAAGCTCCGAGGT............................................................................................. | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................TACCGGGAACTGGCCAGAAACTGGTGAGGA................................................................................................................................................................................................. | 30 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................................................................................................TGTAACAGGCAGAGTATTGCGGGAC...................................................................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................................................................TCCACCGTGTGCTCTGGGGACTGtgga......................................................................................................................................................... | 27 | tgga | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..............................CGGGAACTGGCCAGAA............................................................................................................................................................................................................ | 16 | 3 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............TTCTAGGCCCGCGCTACCGGGAACT.................................................................................................................................................................................................................... | 25 | 2 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................................................................................................................TTGCGGGACACAGTGCAGGTGGAAGCTC................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .TGCTGAGCAGGTTTCTAGGCCCGCG................................................................................................................................................................................................................................ | 25 | 3 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.33 | - | 0.33 | - | - | - | - | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .........................................................................................................................TATTGCGGGACACAGTGCAGGTGGA........................................................................................................ | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................................................................................................................ATTGCGGGACACAGTGCAGGTGGAAGCTC................................................................................................... | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................................................................................................................................................GGTTAAGCTGCAATCGCCTTCGTTCG...................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................TACCGGGAACTGGCCAGAAACTGGTGt.................................................................................................................................................................................................... | 27 | t | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................TGAGGCTGTAACAGGCAGAGTATTGCGGG........................................................................................................................ | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................TGAGGCTGTAACAGGCAGAGTATTGCGG......................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................TACCGGGAACTGGCCAGAAACTGGT...................................................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................TACCGGGAACTGGCCAGAAAC.......................................................................................................................................................................................................... | 21 | 2 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................TACCGGGAACTGGCCAGAAACTGGTG..................................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................................................................................................TGTAACAGGCAGAGTATTGCGGGACACA................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................................................................TAACAGGCAGAGTATTGCGGGACACAGgg................................................................................................................ | 29 | gg | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .TGCTGAGCAGGTTTCTAGGCCCGC................................................................................................................................................................................................................................. | 24 | 3 | 0.67 | 0.67 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.33 | - | - | - | - | - | - | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............TTCTAGGCCCGCGCTACCGGGAACTGGCC................................................................................................................................................................................................................ | 29 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................TAGGCCCGCGCTACCGGGAACTGG.................................................................................................................................................................................................................. | 24 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - |
| ............................ACCGGGAACTGGCCAGAA............................................................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................TACCGGGAACTGGCCAGA............................................................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................GCGCTACCGGGAACTGGC................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 2 | 0.50 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................TAGGCCCGCGCTACCGGGAACTGGCCAG.............................................................................................................................................................................................................. | 28 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .........................GCTACCGGGAACTGGCCAGAA............................................................................................................................................................................................................ | 21 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................CGCGCTACCGGGAACTGGCCAGAAAC.......................................................................................................................................................................................................... | 26 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .TGCTGAGCAGGTTTCTAGGCCC................................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 0.33 | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..GCTGAGCAGGTTTCTAGGC..................................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 0.33 | 0.33 | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................CCGGGAACTGGCCAGAA............................................................................................................................................................................................................ | 17 | 3 | 0.33 | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ATGCTGAGCAGGTTTCTAGGCCCGCGCTACCGGGAACTGGCCAGAAACTGGTGAGGAGGTCACCCGCCATTCCACCGTGTGCTCTGGGGACTGGGGAAACCTGAGGCTGTAACAGGCAGAGTATTGCGGGACACAGTGCAGGTGGAAGCTCCGAGGTTAAGCTGCAATCGCCTTCGTTCGGTGTCTGAGGTGCTCCAAGCCTGGGTTTCCCCAGCTTGACCTGGGTAGCCTTGTGTGCGGCTCTGGGTGG ..........................................................................................................((((.....)))).........((((((...((((((((.((((.........))))....))))))..))...))))))................................................................ ........................................................................................................105...................................................................................191......................................................... |
Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) | SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes) | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes) | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes) | mjTestesWT4() Testes Data. (testes) | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) | mjTestesWT2() Testes Data. (testes) | mjTestesKO5() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes) | mjTestesWT3() Testes Data. (testes) | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | GSM509279(GSM509279) MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) | mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR248527(GSM733815) cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) | SRR029037(GSM433289) 18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | mjTestesWT1() Testes Data. (testes) | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR029038(GSM433290) 25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | SRR069811(GSM610967) small RNA sequencing; sample 3. (testes) | GSM509277(GSM509277) small RNA cloning by length. (piwi testes) | SRR029040(GSM433292) 6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | SRR029041(GSM433293) 6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | GSM179088(GSM179088) Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) | SRR029036(GSM433288) 18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ................................................................................................................................................................GCTGCAATCGCCTTCGTTCGGTGTCTGA.............................................................. | 28 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...................................................................................................................................................................GCAATCGCCTTCGTTCGGTGTCTGA.............................................................. | 25 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................................................................................................................................................................CGCCTTCGTTCGGTGTCTGAG............................................................. | 21 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................................................................................................TGCAATCGCCTTCGTTCGGTGTCTGAGGTtc........................................................... | 31 | tc | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - |
| ........................................................................................................................................................................CGCCTTCGTTCGGTGTCTGAGGTGCTCCA..................................................... | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .........................................................................................................................................................................GCCTTCGTTCGGTGTCTGAGGTGCTCCA..................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .........................................................................................................GCTGTAACAGGCAGAGTATTGCGGGACA..................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |