chr10:75386186 75386753 -
(1)
OTHER.ip 		(8)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(8)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(41)
TESTES

Sense strand
GCTGAGCCTGCCAATACTTTCCGCTGACAACACTTTGGATGCATTCAGGGGTACTGACTCCTGCCAGGGCACTTAGATCATGTAAGAGACCCACAGCCATATCTGTGGCTCTGGGCTTCAGGCATGGGACAGACAGGGCCTATGTCTCCTCAGGGGAGTGGGTTGGGGTGCAGCCACTGTTTGTAGGAACGACCATGCTGGTCATGGTCACCTGCCAACAATTGTCTCAGACTAGGCAAAGGCTTTGGTGTTACTTAAAAATAAGGGAGGTTTTGGGCTGGCAATATTTCAGCTACCAATAATCCACAGTCAGCCTGGTTGCCCAAGGTCTCCATCTCTGTCCCTCAAAGTAGAACCCCCACACAAACTCAGGAATCACCTGCAATGAGGTTCCTGTTGGGAGTGGTGTTGGTAATGAGATGCCCAGGGTACCATGCTGCCCCTGCTAAGCAACTGGACCAGTATCTTTCCTGGTAAGTCAGCTCTGGAGAGATAGTGAACTGATCATATTCTGGCAGGTGATTCAGACAAGTGCTTCCTGGAACTCAGGCCAAAAGGTACACAGCCA
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.(((((((((((((((((....))..))))..)))..((.(((((((((.(((......)))..))))))))).)).........))))))))))...................................................
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................419................................................................................................518................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
....................................................................................................ATCTGTGGCTCTGGGCTTCAGGCATG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTAAGTCAGCTCTGGAGAGATAGTG...................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GATAGTGAACTGATCATATTC........................................................ 21 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCTGGAACTCAGGCCAAAAGGTACACAGC.. 29 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TATCTGTGGCTCTGGGCTTCAGGCATG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................ATATCTGTGGCTCTGGGCTTCAGGCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..TGAGCCTGCCAATACTTTCCGC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CCACTGTTTGTAGGAACGACCATGCTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................CTGGGCTTCAGGCATGGGACAG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTAAGTCAGCTCTGGAGAGATAGTGAACT.................................................................. 31 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TATCTGTGGCTCTGGGCTTCAGGCAT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................ATCATGTAAGAGACCCACAGa....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 a 2.00 0.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GCTGACAACACTTTGGATGCATTCAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCTGGAACTCAGGCCAAAAGGTACACA.... 29 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTAGAACCCCCACACAAACTCAGG................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAGTCAGCTCTGGAGAGATAGTGA..................................................................... 25 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................ATATCTGTGGCTCTGGGCTTCAGGCATG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................TAGGCAAAGGCTTTGGTGTTACTTAA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAACTCAGGCCAAAAGGTACACAGC.. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.....................CGCTGACAACACTTTGGATGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATCATATTCTGGCAtagc............................................... 18 tagc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
......................................................................................................................................................................................................................................................................AAGGGAGGTTTTGGGCTGGCAA............................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................ATGTCTCCTCAGGGGAGTGGGTTGGGGggc............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 ggc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAACTCAGGCCAAAAGGTACACAGCC. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGAGTGGTGTTGGTAATGAGA.................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTAAGTCAGCTCTGGAGAGATAGTGAA.................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AATCACCTGCAATGgcaa................................................................................................................................................................................. 18 gcaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..........................................................................................................................................................................................................................CAATTGTCTCAGACTAGGCAAAGGCTT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................GACAGGGCCTATGTCTCCTCAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCTGCTAAGCAACTGGACCA........................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................AGACTAGGCAAAGGCTTTGGTGct............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 ct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
....................................................................................................................................................................................TTGTAGGAACGACCATGCTGGTCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTAAGTCAGCTCTGGAGAGATAGTGAAt................................................................... 30 t 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................AAAAATAAGGGAGGTTTTGGGCTGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................CCTGCCAGGGCACTTAGATCATGTAAG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................AACACTTTGGATGCATTCAGGGG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGAGATAGTGAACTGATCATATTCTGGCAGG................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGCAGCCACTGTTTGTAGGAACGACC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................CAATTGTCTCAGACTAGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAGTCAGCTCTGGAGAGATAGTGAAC................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCAGACAAGTGCTTCCTGGAACTCAGGCCAAA............. 32 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAGATAGTGAACTGATCATATTC........................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................CTAGGCAAAGGCTTTGGTGTTACTTAA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................ACAGGGCCTATGTCTCCTCAGGGGAGTG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................TTCAGGCATGGGACAGACAGGGCCT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACTGGACCAGTATgcc.................................................................................................... 17 gcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
.....................................................................................................................................................................................TGTAGGAACGACCATGCTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 19 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................AAAAATAAGGGAGGTTTTGGGCTGGCAAT........................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................GATCATGTAAGAGACCCACAGCCATATCT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTCTCCTCAGGGGAGTGGGTTGGGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTCTGGAGAGATAGTGAACTGATCAT............................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
................................................................................................................................................................................................................................TCTCAGACTAGGCAAAGGCTTTGGTGTT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTAAGTCAGCTCTGGAG.............................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......CCTGCCAATACTTTCCGCTGA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTAGAACCCCCACACAAACTCAGGA.................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAACTCAGGCCAAAAGGTACACAG... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTAGAACCCCCACACAAACTCAGGAA................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CTGACAACACTTTGGATGCATTCAGGG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TGACAACACTTTGGATGCATTCAGG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................GTAGGAACGACCATGCTGGTCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCATATTCTGGCAGGTGATTCAGACA...................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCAAAGTAGAACCCCCACACAAACTCAGGA.................................................................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCTCTGGAGAGATAGTGAACTG................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
......................GCTGACAACACTTTGGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 17 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGTGCTTCCTGGAACTC..................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTAAGTCAGCTCTGG................................................................................ 15 10 0.10 0.10 - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GCTGAGCCTGCCAATACTTTCCGCTGACAACACTTTGGATGCATTCAGGGGTACTGACTCCTGCCAGGGCACTTAGATCATGTAAGAGACCCACAGCCATATCTGTGGCTCTGGGCTTCAGGCATGGGACAGACAGGGCCTATGTCTCCTCAGGGGAGTGGGTTGGGGTGCAGCCACTGTTTGTAGGAACGACCATGCTGGTCATGGTCACCTGCCAACAATTGTCTCAGACTAGGCAAAGGCTTTGGTGTTACTTAAAAATAAGGGAGGTTTTGGGCTGGCAATATTTCAGCTACCAATAATCCACAGTCAGCCTGGTTGCCCAAGGTCTCCATCTCTGTCCCTCAAAGTAGAACCCCCACACAAACTCAGGAATCACCTGCAATGAGGTTCCTGTTGGGAGTGGTGTTGGTAATGAGATGCCCAGGGTACCATGCTGCCCCTGCTAAGCAACTGGACCAGTATCTTTCCTGGTAAGTCAGCTCTGGAGAGATAGTGAACTGATCATATTCTGGCAGGTGATTCAGACAAGTGCTTCCTGGAACTCAGGCCAAAAGGTACACAGCCA
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.(((((((((((((((((....))..))))..)))..((.(((((((((.(((......)))..))))))))).)).........))))))))))...................................................
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................419................................................................................................518................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCATCTCTGTCCCTCAAAGTAGAA..................................................................................................................................................................................................................... 25 1 7.00 7.00 - - - - - - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................ATGGTCACCTGCCAACAATTGTCTCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - - - - - - - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTCTGGAGAGATAGTGAACTGATCATA........................................................... 28 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTACCAATAATCCACAGTCAGCC............................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 3.00 3.00 - - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGGTCACCTGCCAACAATTGTCTCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGCAGCCACTGTTTGTAGGAACGACCA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................AGACTAGGCAAAGGCTTTGGTGTT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................GACAGACAGGGCCTATGTCTCCTCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GCTGACAACACTTTGGATGCATTCA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTTCAGCTACCAATAATCCACAGTC................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCTACCAATAATCCACAGTCAGCCt............................................................................................................................................................................................................................................................. 26 t 2.00 0.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCCACACAAACTCAGGAATCACCTGCAAt....................................................................................................................................................................................... 30 t 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCTACCAATAATCCACAGTCAGCC............................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................GCATTCAGGGGTACTGACTCCTGCCA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAACTGATCATATTCTGGCAGGTGATTCA.......................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................ACAGACAGGGCCTATGTCTCCTCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
........................................................ACTCCTGCCAGGGCACTTAGATCATGTA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................GACTCCTGCCAGGGCACTTAGATCATGTAAtt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 32 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCAATATTTCAGCTACCAATAATCCA...................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............AATACTTTCCGCTGACAACACTTTGGATGCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCTCCATCTCTGTCCCTCAAAGTA........................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CAATACTTTCCGCTGACAACACTTTGGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGACCAGTATCTTTCCTGGTAAGTa......................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACTGATCATATTCTGGCAGGTGATTCAGA........................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGTCTCCATCTCTGTCCCTCAAAGTA........................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................GTCACCTGCCAACAATTGTCTCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTGGCAATATTTCAGCTACCAATAATCCA...................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCTGCTAAGCAACTGGACCAGTA........................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GTTGGGGTGCAGCCACTGTTTGTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................CAGCCACTGTTTGTAGGAACGACCAaaaa..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGGAGAGATAGTGAACTGATCATA........................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACTGATCATATTCTGGCAGGTGATTCAG......................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TTGGGGTGCAGCCACTGTTTGTAGGA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................GGTGCAGCCACTGTTTGTAGGAACGACCA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................GCCACTGTTTGTAGGAACGACCATGCT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCAGCTACCAATAATCCACAGTCA................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................GGGGTGCAGCCACTGTTTGTAGGAACGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTGATCATATTCTGGCAGGTGATTCA.......................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................GACTCCTGCCAGGGCACTTAGATCATGTA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................ACAGGGCCTATGTCTCCTCAGGGGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTCCATCTCTGTCCCTCAAAGTAGA...................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................CAGCCACTGTTTGTAGGAACGACCAg..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 g 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTCTCCATCTCTGTCCCTCAAAGTA........................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GATCATATTCTGGCAGGTGATTCAGA........................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...AGCCTGCCAATACTTTCCGCTGACAt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCACACAAACTCAGGAATC............................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTTCAGCTACCAATAATCCACAGTCA................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTGAACTGATCATATTCTGGCAGGTGA.............................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGAGCCTGCCAATACTTTCC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GGGTTGGGGTGCAGCCACTGTTTGTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................AGCCACTGTTTGTAGGAACGACCATGC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -