(1)
OTHER.ip
(7)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(7)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(32)
TESTES

Sense strand
AACCAGCTGTTTGCACAGGCCAAGGCCTGCAAGGTGCAAGTGGAGAAATGGTGAGCCTTCCCACCCCACTCTCCTGGTCATAGTGACAAGGCAGGACACGGCCACTTGCAGGGAGCTCAGGGCCGAAGGCAGACAAGCCAAGTCCTTACGTCTTGTCGCACTGGGGAGTGGGTGCAAACTGGGGACATTGGTCTGGGAGATGGGAACAAGGCCACACTGGCACCCCCTGACCTCCCTCCTGCCCACAGCACAGTGAGTGTGCAGGACATCCAAGTACACCTGGCGCAGGGCCATGTGGCCATTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTACACTGCGACCTGTGCTCCAGCCCTGTCAAGTACTGCTGCTTTACTCCCAGTGGCCACCGCTGCTTCTGCCGCACCCCCGACTACCAAGGCCACTTCATCG
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((..(((((....((((.(((......))).)))).((..(((..((....))..)))..)).)))))..))...................................................
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................297.............................................................................377................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCT..................................................................................................... 25 1 26.00 26.00 1.00 1.00 - 9.00 - 5.00 - - 4.00 - 3.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTA.................................................................................................... 26 1 19.00 19.00 - - - 3.00 - 8.00 - - 7.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAGGACATCCAAGTACACCTGGCGCA............................................................................................................................................ 28 1 15.00 15.00 - - - - 6.00 - - - - 5.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGC...................................................................................................... 24 1 11.00 11.00 - - - 1.00 - 1.00 4.00 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAGGACATCCAAGTACACCTGGCGC............................................................................................................................................. 27 1 9.00 9.00 - - - - 6.00 - - - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCAAGGTGCAAGTGGAGAAATGca....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 ca 6.00 1.00 - - - 4.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTGAATTCCGGGGTGCTACACTGC.............................................................................................. 26 1 4.00 4.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGGCCATTGTGTTGGTGAATTCCGG........................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 - - - 1.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTAC................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGGCCATTGTGTTGGTGAATTCCGGG.......................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACACTGCGACCTGTGCTCCAGCCCTGTC......................................................................... 29 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAGGACATCCAAGTACACCTGGCGt............................................................................................................................................. 27 t 3.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACTCCCAGTGGCCACCGCTGCTTCTG................................ 27 1 3.00 3.00 - - - 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCAAGGTGCAAGTGGAGAAATGcac...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 cac 3.00 1.00 - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATTCCGGGGTGCTACACTGCGA............................................................................................ 25 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCATTGTGTTGGTGAATTCCGGGGT........................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGcgct..................................................................................................... 25 cgct 2.00 0.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TAGTGACAAGGCAGGACACGGCCACT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGC...................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTACAC................................................................................................. 29 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCAAGGTGCAAGTGGAGAAATGc........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 c 2.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTt.................................................................................................... 26 t 2.00 26.00 - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCAAGGTGCAAGTGGAGAAATGGTG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCAAGTACTGCTGCTTTACTCCCAG.................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTG....................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGCTCCAGCCCTGTCAAGTACTGC................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCAAGGTGCAAGTGGAGAAATGGTt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 t 2.00 0.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGCAAGTGGAGAAATGGTGAGCCTTC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GCAAGGTGCAAGTGGAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 17 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACTCCCAGTGGCCACCGCTGCTTCT................................. 26 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................GTCCTTACGTCTTGTCGCACTGGGGA.................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................AGGACATCCAAGTACACCTGGCGCAGtgc........................................................................................................................................ 29 tgc 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGGTGAATTCCGGGGTGC...................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTACA.................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TTGCACAGGCCAAGGCCTGCAAGGTGCAAGT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TAGTGACAAGGCAGGACACGGCCACTT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCAAGGTGCAAGTGGAGAAAT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTGCTTTACTCCCAGTGGCCACCGCTGC..................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................CATAGTGACAAGGCAGGACACGGCCAC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCCATTGTGTTGGTGAATTCCGGGG......................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCAAGGTGCAAGTGGAGAAATGtgt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 tgt 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTta................................................................................................... 27 ta 1.00 26.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CACCGCTGCTTCTGCCGCACCCCCGAC................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTACAC................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTGAATTCCGGGGTGCTACACTGCGt............................................................................................ 28 t 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTGCTTTACTCCCAGTGGCCACCGCTGt..................................... 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGGGGACATTGGTCTGGGAGATGGGA.............................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGtt..................................................................................................... 25 tt 1.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TACGTCTTGTCGCACTGGGGAGTGGGT.............................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AAGGCCTGCAAGGTGCAAGTGGAGAAA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................TGACCTCCCTCCTGCCCACAGCACAGT............................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGagct..................................................................................................... 25 agct 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTACAtt................................................................................................ 29 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAGGACATCCAAGTACACCTGGCa.............................................................................................................................................. 26 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGCTCCAGCCCTGTCAAGTACTGCa............................................................... 27 a 1.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GGCCAAGGCCTGCAAGGTGCAAGTGGA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCATTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGC...................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCCAGTGGCCACCGCTGCTTCTGCCGt............................ 28 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTAC................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCGACCTGTGCTCCAGCCCTGTCAAG...................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAGGACATCCAAGTACACCTGGCGtt............................................................................................................................................ 28 tt 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCAAGGTGCAAGTGGAGAAATGcaa...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 caa 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAGGACATCCAAGTACACCTGGCG.............................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCAAGGTGCAAGTGGAGAAATG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTCCAGCCCTGTCAAGTACTGCTGCTTT.......................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTACACTGCGACCgtg....................................................................................... 18 gtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................GTCCTTACGTCTTGTCGCACTGGGG..................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCAAGTACTGCTGCTTTACTCCCAGTGt............................................... 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.................................GTGCAAGTGGAGAAATG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................AGGACATCCAAGTACACCTGGCGCAGGGC........................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGT........................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................ACAGTGAGTGTGCAGGACATCCAAGTA....................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...................CCAAGGCCTGCAAGGTGCAAGTGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTTCTGCCGCACCCCCGACTACCAtt............ 28 tt 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................ACATTGGTCTGGGAGATGGGAACAAGGCt...................................................................................................................................................................................................................... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTGAATTCCGGGGTGCTACACTGCG............................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................AGGGAGCTCAGGGCCGAAGGCAGAC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TTACGTCTTGTCGCACTGGGGAGTGGGT.............................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................GTCTTGTCGCACTGGGGAGTGGGTG............................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGAATTCCGGGGTGCTACACTGCGA............................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGt...................................................................................................... 24 t 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGg...................................................................................................... 24 g 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTcc................................................................................................... 26 cc 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCAAGTACTGCTGCTTTACT....................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAGGACATCCAAGTACACCTGGCGCt............................................................................................................................................ 28 t 1.00 9.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCATTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTG....................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................CAAGTACACCTGGCGCAGGGCCATGTGtc................................................................................................................................ 29 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................TCCAAGTACACCTGGCGCAGGGCCATGT................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTACAC................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTGAATTCCGGGGTGCTACACTGCGA............................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCCAGTGGCCACCGCTGCTTCTGCC.............................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTACACTGC.............................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTTCTGCCGCACCCCCGACTACCA.............. 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTACACTGCGACCagc....................................................................................... 18 agc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTACACTGCGACCTGTGCTCCAGC............................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGGCCATTGTGTTGGTGAATTCCtg........................................................................................................... 27 tg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGCTCCAGCCCTGTCAAGTACTGCT............................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTACACT................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACCAAGGCCACTTCATC. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...........TGCACAGGCCAAGGCCTGCAAGGTGCAAG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CACTGCGACCTGTGCTCCAGCCCTG........................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGGCCATTGTGTTGGTGAATTtcgg........................................................................................................... 27 tcgg 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TCCTGGTCATAGTGACAAGGCAGGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGGTGAATTCCGGGGTGCTACACTGC.............................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCGACCTGTGCTCCAGCCCTGTCAAGT..................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCAAGGTGCAAGTGGAGAAATGGTGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................AGGACATCCAAGTACACCTGGCG.............................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...........................TGCAAGGTGCAAGTGGAGAAATGcaca..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 caca 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTGCTTTACTCCCAGTGGCCACCGCa....................................... 28 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................CCAAGTCCTTACGTCTTGTCGCACTG........................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
...............................................................................................................................................................................AAACTGGGGACATTGGTCTGGGAGATG................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..................................TGCAAGTGGAGAAATG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 16 6 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AACCAGCTGTTTGCACAGGCCAAGGCCTGCAAGGTGCAAGTGGAGAAATGGTGAGCCTTCCCACCCCACTCTCCTGGTCATAGTGACAAGGCAGGACACGGCCACTTGCAGGGAGCTCAGGGCCGAAGGCAGACAAGCCAAGTCCTTACGTCTTGTCGCACTGGGGAGTGGGTGCAAACTGGGGACATTGGTCTGGGAGATGGGAACAAGGCCACACTGGCACCCCCTGACCTCCCTCCTGCCCACAGCACAGTGAGTGTGCAGGACATCCAAGTACACCTGGCGCAGGGCCATGTGGCCATTGTGTTGGTGAATTCCGGGGTGCTACACTGCGACCTGTGCTCCAGCCCTGTCAAGTACTGCTGCTTTACTCCCAGTGGCCACCGCTGCTTCTGCCGCACCCCCGACTACCAAGGCCACTTCATCG
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((..(((((....((((.(((......))).)))).((..(((..((....))..)))..)).)))))..))...................................................
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................297.............................................................................377................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACtggc................... 16 tggc 353.00 0.00 249.00 43.00 36.00 - - - 12.00 13.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACtgg................... 15 tgg 234.00 0.00 190.00 24.00 14.00 - - - 2.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACtggt................... 16 tggt 12.00 0.00 12.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACtgt................... 15 tgt 6.00 0.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACtgtc................... 16 tgtc 2.00 0.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACttgc................... 16 ttgc 2.00 0.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACtga................... 15 tga 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACtgac................... 16 tgac 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACtgtt................... 16 tgtt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACTAC................ 15 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACtagc................... 16 tagc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACtgga................... 16 tgga 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................GGGACATTGGTCTGGtggt....................................................................................................................................................................................................................................... 19 tggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGACTACtg................ 17 tg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCACCCCCGAtggc.................... 15 tggc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -