chr10:62787904 62788153 -
(1)
OTHER.ip 		(9)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(8)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(41)
TESTES

Sense strand
CAGTGGTTAAGAGCACCAACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCTCCTCTGGTACATCTGAAATCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGATATAATAATAAATAAATATTAAAAAAAAAAATAAATGTTCTATTTTGGTTGTTTTAGGTTCCTTTGCAACAGCATCTTGCCTGATTTGTAAATACAAAGTTGATTGT
...................................................(((.((((...((.((((((.....((((......)))).))).)))))..))))...(((.........)))..))).........................................................................................................................
..................................................51................................................................................133...................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
......................................................................................................TGGTACATCTGAAATCTGAAGACAGCT......................................................................................................................... 27 1 11.00 11.00 - - 1.00 4.00 - - - - - - 1.00 - - - - 2.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..........................................................................................................ACATCTGAAATCTGAAGACA............................................................................................................................ 20 1 8.00 8.00 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TCTGGTACATCTGAAATCTGAAGACAGCT......................................................................................................................... 29 1 6.00 6.00 - 1.00 3.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TCTGGTACATCTGAAATCTGAAGACAGC.......................................................................................................................... 28 1 5.00 5.00 - - 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TCTGGTACATCTGAAATCTGAAGACAG........................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................CCATCTGTAATGAGATCTGACGCTCCTa.................................................................................................................................................... 28 a 4.00 0.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGTACATCTGAAATCTGAAGACAGCTA........................................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCaa....................................................................................................................................................................................................... 28 aa 3.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
...............................................................................TGTAATGAGATCTGACGCTCCTCTGG................................................................................................................................................. 26 3 2.33 2.33 - 0.33 - - 0.67 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TCTGAAATCTGAAGACAGCTACAGTGT.................................................................................................................. 27 3 2.33 2.33 - 0.33 0.67 1.00 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................CTGTAATGAGATCTGACGCTCCTCTGGTA............................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCaaaa..................................................................................................................................................................................................... 27 aaaa 2.00 0.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................TCACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGaa........................................................................................................................................................ 30 aa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................CTGGTACATCTGAAATCTGAAGACAGC.......................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TCCTCTGGTACATCTGAAATCTGAAGAC............................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................TCACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGta........................................................................................................................................................ 30 ta 2.00 0.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TCCTCTGGTACATCTGAAATCTGAAGACAG........................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGTACATCTGAAATCTGAAGACA............................................................................................................................ 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................CATCTGAAATCTGAAGACA............................................................................................................................ 19 3 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCgctt..................................................................................................................................................................................................... 28 gctt 2.00 0.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATaga....................................................................................................................................................................................................... 26 aga 2.00 0.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGTACATCTGAAATCTGAAGACA............................................................................................................................ 24 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGTACATCTGAAATCTGAAGACAGCTAC....................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGTACATCTGAAATCTGAAGAC............................................................................................................................. 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
................................................................................................CTCCTCTGGTACATCTGAAATCTGAAGACAG........................................................................................................................... 31 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATaaaa...................................................................................................................................................................................................... 27 aaaa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................CTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCg........................................................................................................................................................ 31 g 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCaa....................................................................................................................................................................................................... 25 aa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................CTCCTCTGGTACATCTGAAATCTGAAGACA............................................................................................................................ 30 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TCTGTAATGAGATCTGACGCTCCTCTG.................................................................................................................................................. 27 3 2.00 2.00 - - - - 0.33 0.67 - - - - - 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGAAATCTGAAGACAGCTACAGTGTA................................................................................................................. 26 5 1.60 1.60 - 0.20 - 0.20 - - - - - - - - - - - 0.20 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TCTGAAATCTGAAGACAGCTACAGT.................................................................................................................... 25 3 1.33 1.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.33 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGTACATCTGAAATCTGAAGACAGC.......................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................ATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCtata................................................................................................................................................................................ 28 tata 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................CAACCATCTGTAATGAGATCTGACGagc....................................................................................................................................................... 28 agc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAAaaaa....................................................................................................................................................................................................... 28 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................GTAATGAGATCTGACGCTtct..................................................................................................................................................... 21 tct 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGaaa.............................................................................................................................................................................................................. 19 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TCCAAAGGTCCTGAGTTCAtccc......................................................................................................................................................................................................... 23 tccc 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAcacc......................................................................................................................................................................................................... 24 cacc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................AACCATCTGTAATGAGATCTGACGag........................................................................................................................................................ 26 ag 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAAatct....................................................................................................................................................................................................... 26 atct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCtca........................................................................................................................................................................................................... 28 tca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TCAAATCCCAGCAACCACATtcgc........................................................................................................................................................................................ 24 tcgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..........................TCCAAAGGTCCTGAGTTCAAAga......................................................................................................................................................................................................... 23 ga 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................ACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGaaa....................................................................................................................................................... 29 aaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................CAACCATCTGTAATGAGATCTGACGgct....................................................................................................................................................... 28 gct 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................CAGTGTACTTAGATATAtaag................................................................................................... 21 taag 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................CACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGaaa....................................................................................................................................................... 30 aaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................CCATCTGTAATGAGATCTGACGCTtctt.................................................................................................................................................... 28 tctt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGgga......................................................................................................... 27 gga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
..........................TCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCcaa.................................................................................................................................................................................................... 28 caa 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................GTACATCTGAAATCTGAAGACA............................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
....................................................................................................................TCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGATAgt....................................................................................................... 31 gt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCtt.................................................................................................................................................................................................. 31 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................TCACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGaaa....................................................................................................................................................... 31 aaa 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAtcc.......................................................................................................................................................................................................... 25 tcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TGTAATGAGATCTGACGCTat...................................................................................................................................................... 21 at 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAAaaa........................................................................................................................................................................................................ 31 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATaat....................................................................................................................................................................................................... 26 aat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCaaa...................................................................................................................................................................................................... 27 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCctt.................................................................................................................................................................................................... 29 ctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................TCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGgaa......................................................................................................... 29 gaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGTACATCTGAAATCTGAAGACAG........................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TGACGCTCCTCTGGTACATCTGAAATCTGAAGA.............................................................................................................................. 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................GTACATCTGAAATCTGAAGA.............................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................ACCATCTGTAATGAGATCTGACGCTtt...................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGAAATCTGAAGACAGCTACAGTGTACT............................................................................................................... 28 5 1.00 1.00 - 0.20 - - - - - - - - 0.20 - - - - 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - -
...............................................................................TGTAATGAGATCTGACGCTtcct.................................................................................................................................................... 23 tcct 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................AACAGCATCTTGCCTtgac..................... 19 tgac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................CCTCTGGTACATCTGccgc..................................................................................................................................... 19 ccgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAtccc......................................................................................................................................................................................................... 24 tccc 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................GCTCCTCTGGTACATCTGAAATCTGAAGACA............................................................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................CCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCatgc.................................................................................................................................................................................................... 27 atgc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................ACAGCTACAGTGTACTTAGATATAATttt.................................................................................................. 29 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................CAGCTACAGTGTACTTAGATATAtttt................................................................................................... 27 tttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................TACATCTGAAATCTGAAGACA............................................................................................................................ 21 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TAATGAGATCTGACGCTtc...................................................................................................................................................... 19 tc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TCTTGCCTGATTTGTAAAT.............. 19 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................ACCATCTGTAATGAGATCTGACGgcaa...................................................................................................................................................... 27 gcaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCaa....................................................................................................................................................................................................... 26 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TAATGAGATCTGACGCTCCTCTGa................................................................................................................................................. 24 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................CTGGTACATCTGAAATCTGAAGACA............................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TCCTCTGGTACATCTGAAATCTGAAGACA............................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAtca.......................................................................................................................................................................................................... 25 tca 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................CAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCaca...................................................................................................................................................... 29 aca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TCTGTAATGAGATCTGACGCaa....................................................................................................................................................... 22 aa 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAtcc.......................................................................................................................................................................................................... 23 tcc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAcgt.......................................................................................................................................................................................................... 25 cgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................CTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCaa....................................................................................................................................................................................................... 27 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATggca...................................................................................................................................................................................................... 27 ggca 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TAATGAGATCTGACGCTCCTCTGGa................................................................................................................................................ 25 a 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TACAGTGTACTTAGATATAATAATAgctc............................................................................................. 29 gctc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATag........................................................................................................................................................................................................ 27 ag 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TCTGTAATGAGATCTGACGCgctt..................................................................................................................................................... 24 gctt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TGTAATGAGATCTGACGCTtc...................................................................................................................................................... 21 tc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATaata...................................................................................................................................................................................................... 27 aata 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGAatt........................................................................................................ 28 att 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................ACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGaaaa............................................................................................................................................................................................................. 27 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................CAACCATCTGTAATGAGATCTGACGaa........................................................................................................................................................ 27 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................ATCTGAAGACAGCTACAGTGTAaag.............................................................................................................. 25 aag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATatt....................................................................................................................................................................................................... 31 att 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCatg..................................................................................................................................................................................................... 28 atg 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGAAATCTGAAGACAGCTACAGTGTAC................................................................................................................ 27 5 0.80 0.80 - - - 0.40 - - - - - - 0.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TCTGAAATCTGAAGACAGCTACAGTG................................................................................................................... 26 3 0.67 0.67 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TGTAATGAGATCTGACGCTCCTCTGGa................................................................................................................................................ 27 a 0.67 2.33 - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................TCACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCT........................................................................................................................................................ 30 13 0.46 0.46 - 0.08 - 0.08 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 -
...............................................................................TGTAATGAGATCTGACGCTCCTCTGGaa............................................................................................................................................... 28 aa 0.33 2.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TCTGAAATCTGAAGACAGCTACAGTGTAC................................................................................................................ 29 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TCTGTAATGAGATCTGACGCTCCTC.................................................................................................................................................... 25 3 0.33 0.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TCTGTAATGAGATCTGACGCTCCTCTGGT................................................................................................................................................ 29 3 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TCTGAAATCTGAAGACAGCTACAGTGTt................................................................................................................. 28 t 0.33 2.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TCTGTAATGAGATCTGACGCTCCTCT................................................................................................................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................ATCTGAAATCTGAAGACAG........................................................................................................................... 19 3 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TGTAATGAGATCTGACGCTCCTCTGt................................................................................................................................................. 26 t 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TCTGAAATCTGAAGACAGCTACAGTGTA................................................................................................................. 28 3 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TCTGTAATGAGATCTGACGCTCCTCTGta................................................................................................................................................ 29 ta 0.33 2.00 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................ATCTGAAATCTGAAGACA............................................................................................................................ 18 3 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TGTAATGAGATCTGACGCTCCTCTG.................................................................................................................................................. 25 3 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................CCATCTGTAATGAGATCTGACGCTCCTC.................................................................................................................................................... 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TGTAATGAGATCTGACGCTCCT..................................................................................................................................................... 22 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TCTGAAATCTGAAGACAGCTACAG..................................................................................................................... 24 3 0.33 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................ACCATCTGTAATGAGATCTGACGCTCC...................................................................................................................................................... 27 4 0.25 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGAAATCTGAAGACAGCTACAGTGTACTT.............................................................................................................. 29 5 0.20 0.20 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TGAAATCTGAAGACAGC.......................................................................................................................... 17 5 0.20 0.20 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TCTGTAATGAGATCTGACGCTtctt.................................................................................................................................................... 25 tctt 0.18 0.12 - 0.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................TCACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCTC....................................................................................................................................................... 31 13 0.15 0.15 - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 -
.............................................................................TCTGTAATGAGATCTGACGCT........................................................................................................................................................ 21 17 0.12 0.12 0.06 - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................AACCATCTGTAATGAGATCTGACGCTC....................................................................................................................................................... 27 13 0.08 0.08 - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................CAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCTC....................................................................................................................................................... 28 13 0.08 0.08 - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................CACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCTC....................................................................................................................................................... 30 13 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TCTGTAATGAGATCTGACGCTC....................................................................................................................................................... 22 17 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06

Antisense strand
CAGTGGTTAAGAGCACCAACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGACGCTCCTCTGGTACATCTGAAATCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGATATAATAATAAATAAATATTAAAAAAAAAAATAAATGTTCTATTTTGGTTGTTTTAGGTTCCTTTGCAACAGCATCTTGCCTGATTTGTAAATACAAAGTTGATTGT
...................................................(((.((((...((.((((((.....((((......)))).))).)))))..))))...(((.........)))..))).........................................................................................................................
..................................................51................................................................................133...................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
.........................................................................................................................CAGCTACAGTGTACTTAGATATAAgca...................................................................................................... 27 gca 11.00 0.00 1.00 2.00 - - - 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAcaa............................................................................................................................................................................................................. 27 caa 8.00 0.00 - - 1.00 - - - - 6.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................CAGCTACAGTGTACTTAGATATAATgca..................................................................................................... 28 gca 7.00 0.00 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................CAGCTACAGTGTACTTAGATATAAgcta...................................................................................................... 28 gcta 5.00 0.00 - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................CAACCACATGGTGGCTCACAACCATaaaa............................................................................................................................................................................ 29 aaaa 5.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..............ACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAagaa............................................................................................................................................................................................................. 31 agaa 5.00 0.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TCCAAAGGTCCTGAGTTCAAAgaca........................................................................................................................................................................................................... 25 gaca 4.00 0.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............ACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAgga............................................................................................................................................................................................................ 31 gga 4.00 0.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAaaa............................................................................................................................................................................................................. 28 aaa 4.00 0.00 - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.......................CCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAtagt...................................................................................................................................................................................................... 29 tagt 3.00 0.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAAta........................................................................................................................................................................................................... 29 ta 3.00 0.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAcga............................................................................................................................................................................................................. 24 cga 3.00 0.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAAaa........................................................................................................................................................................................................... 29 aa 3.00 0.00 - - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAAcga........................................................................................................................................................................................................... 26 cga 3.00 0.00 - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAta............................................................................................................................................................................................................. 27 ta 3.00 0.00 - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAggac................................................................................................................................................................................................... 26 ggac 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............CCAACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAaaa.................................................................................................................................................................................................................. 28 aaa 2.00 0.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAgaca...................................................................................................................................................................................................... 30 gaca 2.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................CAACCACATGGTGGCTCACAACCATCaaa........................................................................................................................................................................... 29 aaa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................CAGCTACAGTGTACTTAGATATAATAgca.................................................................................................... 29 gca 2.00 0.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................CAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGaaa......................................................................................................................................................................... 31 aaa 2.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAatta............................................................................................................................................................................................................. 27 atta 2.00 0.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAaaag............................................................................................................................................................................................................. 27 aaag 2.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAAaaa........................................................................................................................................................................................................... 30 aaa 2.00 0.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAcgaa............................................................................................................................................................................................................. 25 cgaa 2.00 0.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACAgggc............................................................................................................................................................................................. 31 gggc 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAaga...................................................................................................................................................................................................... 33 aga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAttt...................................................................................................................................................................................................... 31 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................................................CACAACCATCTGTAATGAGAtgtg................................................................................................................................................................. 24 tgtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................CAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAttat...................................................................................................................................................................................................... 28 ttat 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAcgc...................................................................................................................................................................................................... 29 cgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................GAAGACAGCTACAGTGTACTTAcatt............................................................................................................. 26 catt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............CAACTGCTCTTCCAAAGGTcgtg....................................................................................................................................................................................................................... 23 cgtg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................CAACCACATGGTGGCTCACAACCATCaca........................................................................................................................................................................... 29 aca 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAcgta............................................................................................................................................................................................................ 26 cgta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............CAACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAtaaa.................................................................................................................................................................................................................. 28 taaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............CAACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAtag.................................................................................................................................................................................................................. 27 tag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............ACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAAaaaa........................................................................................................................................................................................................... 33 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............AACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAtt.................................................................................................................................................................................................................. 25 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................GCTCACAACCATCTGTAATGAGAgact................................................................................................................................................................. 27 gact 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............AACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAta.................................................................................................................................................................................................................. 25 ta 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCtata....................................................................................................................................................................................................... 28 tata 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................CAAATCCCAGCAACCACcc.............................................................................................................................................................................................. 19 cc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CAACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAaa............................................................................................................................................................................................................. 31 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................CAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAttaa...................................................................................................................................................................................................... 28 ttaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAta.................................................................................................................................................................................................................. 22 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......AAGAGCACCAACTGCTCTTCCAAAGGTtt....................................................................................................................................................................................................................... 29 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CTTCCAAAGGTCCTGAGTTCActa............................................................................................................................................................................................................. 24 cta 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CAACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGaa................................................................................................................................................................................................................. 27 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAggc...................................................................................................................................................................................................... 29 ggc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............CCAACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAcga............................................................................................................................................................................................................ 34 cga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................CCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAtata................................................................................................................................................................................. 29 tata 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGcgt....................................................................................................................................................................................... 28 cgt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAcaga............................................................................................................................................................................................................ 27 caga 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAAttaa........................................................................................................................................................................................................... 31 ttaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................GGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAttaa................................................................................................................................................................... 29 ttaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GTCCTGAGTTCAAATCCCAgtca...................................................................................................................................................................................................... 23 gtca 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................GCTCACAACCATCTGTAATGAGAgag................................................................................................................................................................. 26 gag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................ACAGTGTACTTAGATATAATAATAggca................................................................................................. 28 ggca 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................ACCATCTGTAATGAGATCTGACgta........................................................................................................................................................... 25 gta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................CCATCTGTAATGAGATCTGACatga........................................................................................................................................................... 25 atga 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAAaat........................................................................................................................................................................................................... 31 aat 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................CCATCTGTAATGAGATCTGACagt........................................................................................................................................................... 24 agt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAcga............................................................................................................................................................................................................ 25 cga 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................CAGCTACAGTGTACTTAGATATAAgcaa...................................................................................................... 28 gcaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................ACCATCTGTAATGAGAata................................................................................................................................................................. 19 ata 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................AGCTACAGTGTACTTAGATATAAttat...................................................................................................... 27 ttat 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................CAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCAttg................................................................................................................................................................................... 31 ttg 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................CAGCTACAGTGTACTTAGATATAAacta...................................................................................................... 28 acta 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGaa..................................................................................................................................................................................................... 35 aa 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........CACCAACTGCTCTTCCAAAGGTgtga....................................................................................................................................................................................................................... 26 gtga 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................CACAACCATCTGTAATGAGATCTGAcgct............................................................................................................................................................ 29 cgct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGaagt............................................................................................................ 30 aagt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
......................................................................ACCATCTGTAATGAGATCTGAaga............................................................................................................................................................ 24 aga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................CAGCTACAGTGTACTTgcct.............................................................................................................. 20 gcct 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................AGACAGCTACAGTGTACTTAGATATAATAa.................................................................................................... 30 a 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTaga............................................................................................................................................................................................................... 26 aga 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAttt...................................................................................................................................................................................................... 30 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TTGTTTTAGGTTCCTTTGCAACAGCAT................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................AATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCAggga................................................................................................................................................................................... 30 ggga 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGaaaa..................................................................................................................................................................................................... 37 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................CAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCAttaa................................................................................................................................................................................... 32 ttaa 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAatga............................................................................................................................................................................................................. 27 atga 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............AACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTtt................................................................................................................................................................................................................ 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................CAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAtttt...................................................................................................................................................................................................... 28 tttt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................AAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAgata...................................................................................................................................................................................................... 26 gata 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCtttt....................................................................................................................................................................................................... 31 tttt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................CAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAtatt...................................................................................................................................................................................................... 28 tatt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAaat............................................................................................................................................................................................................. 28 aat 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................CAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCAccc................................................................................................................................................................................... 31 ccc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCActag............................................................................................................................................................................................................. 29 ctag 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................AAATCTGAAGACAGCTACAGTGtctt................................................................................................................... 26 tctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................ACAACCATCTGTAATGAcaga................................................................................................................................................................... 21 caga 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................CAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTaaaa.......................................................................................................................................................................... 31 aaaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCaca....................................................................................................................................................................................................... 32 aca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAta............................................................................................................................................................................................................ 28 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATcct.......................................................................................................................................................................................................... 28 cct 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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...............CTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAagga............................................................................................................................................................................................................ 31 agga 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAttaa............................................................................................................................................................................................................. 29 ttaa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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...............CTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAaaaa...................................................................................................................................................................................................... 37 aaaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.................................................................................................................AAATCTGAAGACAGCTACAGTGTAC................................................................................................................ 25 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - -
..................................................................................................................AATCTGAAGACAGCTACAGTGTACTT.............................................................................................................. 26 18 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -