chr1:133920366 133920615 +
(11)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(7)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(45)
TESTES

Sense strand
AAATGCCTTAATTGGAGTCCAAGCTCCACCTCACTTCTTTTTTTAAAAAGGTGTTTTTTTGTTGTTGTTTTTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGCTTTGTGCAAAAAACATTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGCCTTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGAAAGTATGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACTTGTTAGCTATGTA
................................................................................................................((((((....(((((((((((.(((((.((((....)))).)))))..(((.((.....)).)))..)))).)))))))..))))))...................................................
............................................................................................................109..............................................................................................206..........................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGG................................................ 27 1 48.00 48.00 5.00 3.00 2.00 1.00 4.00 1.00 5.00 5.00 - - 3.00 3.00 5.00 - 5.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TAGAATCTGTTACTTAAATACTTGTTAGC...... 29 1 40.00 40.00 19.00 10.00 - - 7.00 - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACTT............ 27 1 32.00 32.00 15.00 10.00 1.00 - 3.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACTTG........... 28 1 25.00 25.00 13.00 8.00 - - - - - - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGG.................................................. 25 1 24.00 24.00 6.00 5.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - 6.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGAAAGTATGCTTAGAATCTGTTACTTAAAT................ 52 1 21.00 21.00 - - - - - - - - - 21.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTGTG............................................................................................................... 26 1 18.00 18.00 1.00 - 6.00 6.00 - 1.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGG................................................ 28 1 18.00 18.00 1.00 - - - - - 3.00 6.00 - - 2.00 1.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TTAGAATCTGTTACTTAAATACTTGTTAGC...... 30 1 16.00 16.00 8.00 2.00 - - 4.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACTTGT.......... 29 1 13.00 13.00 5.00 - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00
...........................................TAAAAAGGTGTTTTTTTGTTGTTGTT..................................................................................................................................................................................... 26 1 12.00 12.00 - 2.00 1.00 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGG................................................. 26 1 12.00 12.00 4.00 4.00 - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TAGAATCTGTTACTTAAATACTTGTTAG....... 28 1 10.00 10.00 2.00 6.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CAGCAGCTGTGTTTCTCAAGAGAGTC................................................................................................ 26 1 9.00 9.00 3.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - 2.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGA............................................ 27 1 8.00 8.00 - - 2.00 - - - - 1.00 1.00 - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..................................................................................................................................................AGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGC............................................................................. 27 1 7.00 7.00 4.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TTCTCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTC................................................................................... 27 1 7.00 7.00 3.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................AAAACATTGGTCTATTGGGGTTCAGC...................................................................................................................... 26 1 7.00 7.00 1.00 - 2.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGC............................................................................. 30 1 7.00 7.00 3.00 - - - - - - 1.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTGT................................................................................................................ 25 1 6.00 6.00 - 1.00 1.00 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TATGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACTT............ 29 1 6.00 6.00 4.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACT................................................................................ 27 1 6.00 6.00 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCT.......................................................................................................... 26 1 6.00 6.00 - - 1.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGC............................................................................. 29 1 5.00 5.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCAGCAGCTGTGTTTCTCAAGAGAGTC................................................................................................ 27 1 5.00 5.00 2.00 - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TCTGTTACTTAAATACTTGTTAGCTATGT. 29 1 5.00 5.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACT............. 26 1 5.00 5.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................CATTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGC................................................................................................................... 25 1 5.00 5.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAG............................................. 26 1 5.00 5.00 - - - - - - - 2.00 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGA............................................ 31 1 5.00 5.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGG.................................................. 26 1 5.00 5.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTGT................................................................................................................ 26 1 4.00 4.00 - - 2.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................AAAAACATTGGTCTATTGGGGTTCAGC...................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 1.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................GATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAG............................................. 28 1 4.00 4.00 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TGCAAAAAACATTGGTCTATTGGGGT........................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - - 1.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................CAGGGGGAGAAAGTATGCTTAGAATCT........................... 27 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGCCT........................................................................... 29 1 4.00 4.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTG............................................................................... 28 1 4.00 4.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGCCTT.......................................................................... 29 1 4.00 4.00 - - - - - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TAAAAAGGTGTTTTTTTGTTGTTGT...................................................................................................................................................................................... 25 1 4.00 4.00 - 1.00 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGA.............................................. 29 1 4.00 4.00 - - - - - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGA.............................................. 30 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGCCTTGGATGTTAGGACCCTTTGGC...................................................... 27 1 4.00 4.00 1.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TCTCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACT................................................................................ 29 1 3.00 3.00 - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TTTTAGCTTTGTGCAAAAAACATTGGT..................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TATGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACT............. 28 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TCTCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCAC................................................................................. 28 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTGTGT.............................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGC...................................................... 21 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................CATTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTG................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGTGCAAAAAACATTGGTCTATTGGGGT........................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTCA........................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAG................................................... 24 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGCC............................................................................ 28 1 3.00 3.00 - - - - - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGG............................................... 28 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................TCTATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTT............................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TCTGTTACTTAAATACTTGTTAGCTAT... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGAAAGTA....................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGCCT........................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTC......................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................GATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGt............................................... 26 t 2.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................AACATTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGC................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................AGTATGCTTAGAATCTGTTACTTAAATA............... 28 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCA.................................................... 23 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGG.............................................................................. 29 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................TTGTGCAAAAAACATTGGTCTATTGGG............................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGt............................................ 31 t 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - -
.................................................................................................................................AGCAGCTGTGTTTCTCAAGAGAGTC................................................................................................ 25 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CCTTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCA.................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................GATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGG............................................... 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTCA........................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGA.............................................. 25 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGCCTT.......................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TTCAGCAGCTGTGTTTCTCAAGAGA................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TCTGTTACTTAAATACTTGTTAGCTATG.. 28 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTCAAGA..................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGTGCAAAAAACATTGGTCTATTGGG............................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TTAAAAAGGTGTTTTTTTGTTGTTGT...................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TCACTGGCCTTGGATGTTAGGACCCTT.......................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................GATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGA.............................................. 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAG............................................. 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TTTTTAGCTTTGTGCAAAAAACATTGGTC.................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGC............................................................................. 26 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TTAGAATCTGTTACTTAAATACTTGTTAG....... 29 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TAGCTTTGTGCAAAAAACATTGGTCTA.................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................CACTGGCCTTGGATGTTAGGACCCTT.......................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTG................................................................................................................. 24 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................CTATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTC........................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGAAAGT........................................ 28 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TTAGAATCTGTTACTTAAATACTTGTTAtc...... 30 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................CTGTTACTTAAATACTTGTTAG....... 22 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TCTGTTACTTAAATACTTGTTAGC...... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTt......................................................................................................... 27 t 1.00 6.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TTTTTAGCTTTGTGCAAAAAACATTGGT..................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................GGATGTTAGGACCCTTTGGCCA.................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TTAAAAAGGTGTTTTTTTGTTGTTG....................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTC......................................................................................................... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CCTTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAG................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................AAAAACATTGGTCTATTGGGGTTCA........................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................GATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGta............................................. 28 ta 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TAAAAAGGTGTTTTTTTGTTGTTGTTT.................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TATGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACTTG........... 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGA............................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TTAGCTTTGTGCAAAAAACATTGGTCTA.................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................GCAAAAAACATTGGTCTATTGGGGTTCAGCA..................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................GAGAAAGTATGCTTAGAATCTGTTAC...................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................CATTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCT.................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................AACAAAGTCACTGGCCTTGGATGTTAGG................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTG................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................ACATTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCc.................................................................................................................. 27 c 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TAGAATCTGTTACTTAAATACTTGT.......... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAG................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................AACATTGGTCTATTGGGGT........................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTCtt....................................................................................................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGG.............................................................................. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................AGCTGTGTTTCTCAAGAGAGTCACAGAA.......................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGTTAGGACCCTTTGGC...................................................... 17 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGttt............................................ 31 ttt 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................GGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTG................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
...............................................................................................................................TCAGCAGCTGTGTTTCTCAAGAGAGTCA............................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................GACCCTTTGGCCAGGGGGAGAAAGT........................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAta............................................ 31 ta 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAtt............................................ 31 tt 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGG................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGCC............................................................................ 31 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TTTTTTTAAAAAGGTGTTTTTTTGTT........................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..................................................................................................TTGTGCAAAAAACATTGGTCTATTGGGG............................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTtt.......................................................................................................... 26 tt 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................AGTCACAGAACAAAGTCACTGGCCTTG......................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAttt........................................... 32 ttt 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTT............................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TTTGGCCAGGGGGAGAAAGTAc...................................... 22 c 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TAGAATCTGTTACTTAAATACTTGTTAGCT..... 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TTTTAGCTTTGTGCAAAAAACATTGGTC.................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................CTATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTC......................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TTTAAAAAGGTGTTTTTTTGTTGTTG....................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................CAGAACAAAGTCACTGGCCTTGGATGgtt.................................................................. 29 gtt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TTTTAGCTTTGTGCAAAAAACATTGG...................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TTAGAATCTGTTACTTAAATACTTGTT......... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTttc......................................................................................................... 27 ttc 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGag................................................ 27 ag 1.00 24.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TTCAGCAGCTGTGTTTCTCAAGAGAGTC................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................ATGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACTTG........... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GTGCAAAAAACATTGGTCTATTGGGGT........................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCT.................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGCt............................................................................ 30 t 1.00 5.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGta........................................... 28 ta 1.00 5.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................TTGTGCAAAAAACATTGGTCTATTGaa............................................................................................................................. 27 aa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTG............................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TGCAAAAAACATTGGTCTATTGGGGTTC......................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCA.................................................... 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGAt........................................... 32 t 1.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TGGCCAGGGGGAGAAAGTATGCTTAGAg.............................. 28 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TAGAATCTGTTACTTAAATACTTGatag....... 28 atag 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................GATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAt............................................. 28 t 1.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTT............................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................GCCAGGGGGAGAAAGTATGCTTAGAATC............................ 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTCAA....................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TAGAATCTGTTACTTAAATACTTGTTAGt...... 29 t 1.00 10.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................CAGCTGTGTTTCTCAAGAGAGTCAC.............................................................................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................AAACATTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGC................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TAGAATCTGTTACTTAAATACTTGTT......... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.............................................................................................................................................TCTCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTC................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGCTTAGAATCTGTTACTTAAATAattg........... 28 attg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................AACAAAGTCACTGGCCTTGGATGTTAGt................................................................ 28 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TAGCTTTGTGCAAAAAACATTGGTCTATTGGG............................................................................................................................. 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................ATGCTTAGAATCTGTTACTTAAATA............... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TAAAAAGGTGTTTTTTTGTTGTTGTTTTTG................................................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGt.............................................. 30 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
.................................................................................................................................AGCAGCTGTGTTTCTCAAGAGAGTCA............................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACTcgt.......... 29 cgt 1.00 5.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................GCAAAAAACATTGGTCTATTGGGGTTCAG....................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TTCTCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCA.................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GAGAGTCACAGAACAAAGTCtt................................................................................. 22 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TTGGATGTTAGGACCCTTTGGC...................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................TGTTTCTCAAGAGAGTCACAGAAC......................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGGTCTATTGGGGTTCAGCAG.................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTT............................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................ATGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACT............. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................CCCTTTGGCCAGGGGGAGAAAGTATGC.................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................ATGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACTTGT.......... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TTAAAAAGGTGTTTTTTTGTTGTTGTT..................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTGTGT.............................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TGCAAAAAACATTGGTCTATTGGGGTT.......................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGCTTAGAATCTGTTACTTAAATAat............. 26 at 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGAA........................................... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TTTCTCAAGAGAGTCACAGAACAAAGT.................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGCCTTGGATGTTAGGACCCTT.......................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGaa.............................................. 29 aa 1.00 48.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGg............................................ 27 g 1.00 5.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TGGCCAGGGGGAGAAAGTATGCTTAG................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................CTCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCA.................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACTTtt.......... 29 tt 1.00 32.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGAAAG......................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGGATGTTAGGACCCTTTGGCCcggg................................................. 26 cggg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TCACAGAACAAAGTCACTGGCCTTGGATGT.................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................CACAGAACAAAGTCACTGGCCTT.......................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TTTCTCAAGAGAGTCACAGAACAAAGcc................................................................................... 28 cc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGAGAGTCACAGAACAAAGTCgct................................................................................ 24 gct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TTTTTTAAAAAGGTGTTTTTTTGTTtt......................................................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................GCTTAGAATCTGTTACTTAAATAC.............. 24 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGTGCAAAAAACATTGGTCTATTGGGGTT.......................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGG............................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGTGTTTCTCAAGAGAGTCACAGAACA........................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TTTGGCCAGGGGGAGAAAGTATGCTTA................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TTAGCTTTGTGCAAAAAACATTGGTC.................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TTCTCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCAC................................................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTC........................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TAGAATCTGTTACTTAAATACT............. 22 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TAGCTTTGTGCAAAAAACATTGGTCTATTtgt............................................................................................................................. 32 tgt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTaa........................................................................................................ 28 aa 1.00 6.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TATGCTTAGAATCTGTTACTTAAATAt.............. 27 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................GGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTGT................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGTGCAAAAAACATTGGTCTATTGGGG............................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACTTGTTt........ 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AAGAGAGTCACAGAACAAAGTCAC................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TGTTACTTAAATACTTGTTAGCTATGT. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGTGCAAAAAACATTGGTCTATTGtggt........................................................................................................................... 28 tggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACa................................................................................ 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TTTTTTTAAAAAGGTGTTTTTTTGTTGTT........................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TTGGGGTTCAGCAGCTGT................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TTTTAGCTTTGTGCAAAAAACATTG....................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TCTCAAGAGAGTCACcgt........................................................................................... 18 cgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
........................................................................................................................................................................CTGGCCTTGGATGTTAGGACCCTTTGt....................................................... 27 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGCTTAGAATCTGTTACT..................... 18 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AAATGCCTTAATTGGAGTCCAAGCTCCACCTCACTTCTTTTTTTAAAAAGGTGTTTTTTTGTTGTTGTTTTTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGCTTTGTGCAAAAAACATTGGTCTATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTCAAGAGAGTCACAGAACAAAGTCACTGGCCTTGGATGTTAGGACCCTTTGGCCAGGGGGAGAAAGTATGCTTAGAATCTGTTACTTAAATACTTGTTAGCTATGTA
................................................................................................................((((((....(((((((((((.(((((.((((....)))).)))))..(((.((.....)).)))..)))).)))))))..))))))...................................................
............................................................................................................109..............................................................................................206..........................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
............................................................................................................................................................................................................GAAAGTATGCTTAGAATCTGTTACTTAAA................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................AAAACATTGGTCTATTGGGGTTCAGCA..................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................GGGGGAGAAAGTATGCTTAGAATCTGTTA....................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................ATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTCA........................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................GGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTCAAGA..................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................AGGGGGAGAAAGTATGCTTAGAATCTGT......................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
......................................................................................................................TATTGGGGTTCAGCAGCTGTGTTTCTCA........................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GGGGAGAAAGTATGCTTAGAATCTGTTA....................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GAGTCCAAGCTCCAtggc.............................................................................................................................................................................................................................. 18 tggc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................GCCAGGGGGAGAAAGTATGCTTAGAAT............................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................CAAAAAACATTGGTCTA.................................................................................................................................. 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................GTCACAGAACAAAGT.................................................................................... 15 15 0.07 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -