(1)
OTHER.ip
(6)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(10)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(36)
TESTES

Sense strand
AAGAGGTTCAGAACTTTCTGCAATCAGGGTCTGTCAACAGGATGAGTACGGTAAGTAACTCACTATCCCAGGATTGGGATTAGGCTCTCAGTAAAGAGACAATAAGGCTCTCGGTAAAGAAACAAATAGGCTCTCCGGCTCTGGAGACAATAAAGGCTCTCTCTGGCTCAGGAGATGAGAAAGTGAAAGTAAGAGGGTAGTGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTATGGGTTACTTTCTTTTTCTA
.........................................................................................................((((....((......)).....))))((((((((..(((((..........)))))..))))..))))............................................................................
.................................................................................................98...............................................................................179.....................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
..................TGCAATCAGGGTCTGTCAACAGGATG.............................................................................................................................................................................................................. 26 1 11.00 11.00 1.00 1.00 1.00 - 3.00 - 1.00 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................TGCAATCAGGGTCTGTCAACAGGAT............................................................................................................................................................................................................... 25 1 7.00 7.00 - - 1.00 1.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAGGCTCTCGGTAAAGAAACAAATAGGC....................................................................................................................... 29 1 6.00 6.00 1.00 1.00 2.00 - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAG........................ 26 15 4.20 4.20 1.13 1.47 - 1.33 - - - 0.07 - - - 0.07 - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAt........................ 26 t 4.00 0.00 - 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TAAAGAAACAAATAGGCTCTCCGGCTC............................................................................................................. 27 1 4.00 4.00 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGT....................... 27 15 3.00 3.00 0.87 1.00 - 0.80 - 0.07 - 0.07 - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - 0.07 - -
.......................................................................................................................................................................................................................AATAGGGACAGTCggg................... 16 ggg 3.00 0.00 - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTC...................... 28 14 2.79 2.79 0.93 1.00 - 0.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAGGCTCTCGGTAAAGAAACAAATAGG........................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TCTCGGTAAAGAAACAAATAGGCTCTCCGG................................................................................................................ 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................GGCTCTCGGTAAAGAAACAAATAGGCT...................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................GGCTCTCGGTAAAGAAACAAATAGGCTC..................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAGGCTCTCGGTAAAGAAACAAATA.......................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TCTGCAATCAGGGTCTGTCAACAGGATG.............................................................................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TGGGATTAGGCTCTCAGTAAAGAGACA..................................................................................................................................................... 27 13 1.54 1.54 0.38 0.38 - 0.54 - - - 0.08 0.08 - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCT..................... 29 14 1.50 1.50 1.07 0.14 - 0.21 - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TAAAGGCTCTCTCTGGCTCAGGAGA........................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................CGGTAAGTAACTCACTATCCCAGGATTG.............................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGCAATCAGGGTCTGTCAACAGGATGAG............................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACtgtc...................... 28 tgtc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TCTGCAATCAGGGTCTGTCAACAGGA................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................CTCAGGAGATGAGAAAGTGAAAGTAAG......................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TAAAGGCTCTCTCTGGCTCAGGAG............................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGCAATCAGGGTCTGTCAACAGGATGAGT........................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................GCTCTCGGTAAAGAAACAAATAGGC....................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TCTGGAGACAATAAAGGCTCTCTCTGGCT.................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................AGGCTCTCGGTAAAGAAACAAATAGGCTC..................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGCAATCAGGGTCTGTCAACAGGATGA............................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TCTGCAATCAGGGTCTGTCAACAGGAT............................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................ATAGGGACAGTCgtgg.................. 16 gtgg 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................AGGATGAGTACGGTAAGTAACTtaca.......................................................................................................................................................................................... 26 taca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................GACAATAAGGCTCTCGGTAAAGAAAC............................................................................................................................... 26 2 1.00 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GAGGTTCAGAACTTTCTGCAATCAGGG............................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GAGGTTCAGAACTTTCTGCAATCAGGGT............................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................AAGGCTCTCGGTAAAGAAACAAATAGGC....................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TAATAGGGACAGTCgggg.................. 18 gggg 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TCTGCAATCAGGGTCTGTCAACAG.................................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................AATAGGGACAGTCgggg.................. 17 gggg 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GAACTTTCTGCAATCAGGGTCTGTCAAC.................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TAAGAGGATAATAGGGACAGTCTATGt................. 27 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................GTGAAAGTAAGAGGGTAGTGAAAGa........................................... 25 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGTCAACAGGATGAGTACGGTAAGT.................................................................................................................................................................................................. 25 2 1.00 1.00 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TGCAATCAGGGTCTGTCAACAGGA................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................AAGAGACAATAAGGCTCTCGGTAAAaaa................................................................................................................................. 28 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGGCTCAGGAGATGAGAAAGTGAAAG............................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................AATAAAGGCTCTCTCTGGCTCAGGAG............................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................AGACAATAAGGCTCTCGGTAAAGAgat............................................................................................................................... 27 gat 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................TCGGTAAAGAAACAAATAGGCTCTCCGGC............................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAGGCTCTCGGTAAAGAAACAAATAGGCT...................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................AATAGGGACAGTCTgggg................. 18 gggg 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TAACTCACTATCCCAGGATTGGGATTAGGCT.................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGGTAGTGAAAGTAAGt....................................... 28 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................AAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTA.................... 27 14 0.86 0.86 0.43 0.07 - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TAGGGACAGTCTATGGGTTACTTTCT....... 26 17 0.65 0.65 0.29 0.18 - 0.06 0.06 - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................AAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTAT................... 28 14 0.57 0.57 0.36 0.07 - 0.07 - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TGGGATTAGGCTCTCAGTAAAGAGACAA.................................................................................................................................................... 28 11 0.55 0.55 0.09 0.18 - 0.09 - - 0.09 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................GAGACAATAAGGCTCTCGGTAAAGAAAC............................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TCTGTCAACAGGATGAGTACGGTAAG................................................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TTCAGAACTTTCTGCAATCAGGG............................................................................................................................................................................................................................. 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - -
................................................................................................AGACAATAAGGCTCTCGGTAAAGAAAC............................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................GACAATAAGGCTCTCGGTAAAGAAACA.............................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
......TTCAGAACTTTCTGCAATCAGGGT............................................................................................................................................................................................................................ 24 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................AGGATTGGGATTAGGCTCTCAGTAAAGAGAC...................................................................................................................................................... 31 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TAGGGACAGTCTATGGGTTACTTTCTT...... 27 17 0.47 0.47 0.35 0.06 - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TAAGAGGATAATAGGGACAGTCTATGG................. 27 13 0.38 0.38 0.31 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TGGGATTAGGCTCTCAGTAAAGAGACAAT................................................................................................................................................... 29 11 0.36 0.36 0.09 - - - - - - - 0.09 - - 0.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................AAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTC...................... 25 14 0.36 0.36 0.29 - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TAATAGGGACAGTCTATGGGTTACTTTC........ 28 17 0.35 0.35 0.06 0.12 - - - - - - 0.06 - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 -
..........................................................................................................................CAAATAGGCTCTCCGGCTCTGGAGACA..................................................................................................... 27 3 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGAGAAAGTGAAAGTAAGAGGGTAGT................................................. 26 13 0.31 0.31 - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - 0.08 - - - - - - - - - - - 0.08 0.08 - - - - - - -
...............................................................................TTAGGCTCTCAGTAAAGAGACAATAAGGC.............................................................................................................................................. 29 13 0.31 0.31 - - 0.15 - - - 0.08 - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TAGGGACAGTCTATGGGTTACTTTC........ 25 17 0.29 0.29 0.06 - - 0.06 - - - - 0.12 - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TAATAGGGACAGTCTATGGGTTACTTTCT....... 29 17 0.29 0.29 0.18 - - 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TAGGGACAGTCTATGGGTTACTTTCTTT..... 28 17 0.29 0.29 0.12 0.12 - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................AAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTA.................... 28 14 0.29 0.29 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTA.................... 30 14 0.29 0.29 0.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TAAGAGGATAATAGGGACAGTCTATGGt................ 28 t 0.23 0.38 0.15 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................GAGGATAATAGGGACAGTCTATGGGTT.............. 27 13 0.23 0.23 0.15 - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................AGAGGATAATAGGGACAGTCTATGG................. 25 13 0.23 0.23 0.15 - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TAAGAGGATAATAGGGACAGTCTATGGGT............... 29 13 0.23 0.23 0.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................AGAGGATAATAGGGACAGTCTATGGGTTA............. 29 13 0.23 0.23 0.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TAAGAGGATAATAGGGACAGTCTAT................... 25 14 0.21 0.21 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TAGGGACAGTCTATGGGTTACTTTCTTTT.... 29 17 0.18 0.18 0.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................TTGGGATTAGGCTCTCAGTAAAGAGACA..................................................................................................................................................... 28 12 0.17 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................TTGGGATTAGGCTCTCAGTAAAGAGAC...................................................................................................................................................... 27 12 0.17 0.17 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................AGAGGATAATAGGGACAGTCTATGGG................ 26 13 0.15 0.15 0.08 - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TGGGATTAGGCTCTCAGTAAAGAGAC...................................................................................................................................................... 26 13 0.15 0.15 - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................AGAGGATAATAGGGACAGTCTATGGGTT.............. 28 13 0.15 0.15 0.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................AGAGGATAATAGGGACAGTCTATGGGT............... 27 13 0.15 0.15 0.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................AGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTA.................... 26 14 0.14 0.14 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................GAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTA.................... 29 14 0.14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................AAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTATG.................. 29 14 0.14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTt...................... 28 t 0.13 3.00 - 0.07 - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................GAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGT....................... 26 15 0.13 0.13 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TAATAGGGACAGTCTATGGGTTACTTT......... 27 18 0.11 0.11 - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................AAGAGACAATAAGGCTCTCGGTAAAGA.................................................................................................................................. 27 19 0.11 0.11 - 0.05 - 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................GAGATGAGAAAGTGAAAGTAAGAGGGTAGT................................................. 30 11 0.09 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TGAGAAAGTGAAAGTAAGAGGGTAGTG................................................ 27 12 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................TTGGGATTAGGCTCTCAGTAAAGAGA....................................................................................................................................................... 26 12 0.08 0.08 - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................ATAATAGGGACAGTCTATGGGTTACTTTC........ 29 12 0.08 0.08 - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................AAGAGGATAATAGGGACAGTCTATGGGT............... 28 13 0.08 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................GGATAATAGGGACAGTCTATGGGTTACTTT......... 30 13 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TAAGAGGATAATAGGGACAGTCTATGGGTa.............. 30 a 0.08 0.23 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................AGAGGATAATAGGGACAGTCTATGGaa............... 27 aa 0.08 0.23 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TGGGATTAGGCTCTCAGTAAAGAGACActa.................................................................................................................................................. 30 cta 0.08 1.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TAGGCTCTCAGTAAAGAGACAATAAGGC.............................................................................................................................................. 28 13 0.08 0.08 - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................GAGGATAATAGGGACAGTCTATGGGTTA............. 28 13 0.08 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................AGGATAATAGGGACAGTCTATGGGTT.............. 26 13 0.08 0.08 - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................AAGAGGATAATAGGGACAGTCTATGGG................ 27 13 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................GAGGATAATAGGGACAGTCTATGGGT............... 26 13 0.08 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................GAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTC...................... 27 14 0.07 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................AAGAGGATAATAGGGACAGTCTAT................... 24 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................AAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTt.................... 27 t 0.07 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................AAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTC...................... 26 14 0.07 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................GAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCT..................... 28 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................AAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTATt.................. 29 t 0.07 0.57 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GTGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCT..................... 30 14 0.07 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................AGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTAT................... 27 14 0.07 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCa..................... 29 a 0.07 2.79 - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................AAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCT..................... 27 14 0.07 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTAT................... 31 14 0.07 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................AAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTATGt................. 30 t 0.07 0.14 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCc..................... 29 c 0.07 2.79 - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................AAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCT..................... 26 14 0.07 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TAAAGAGACAATAAGGCTCTCGGTAAAGA.................................................................................................................................. 29 15 0.07 0.07 - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GTGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGT....................... 28 15 0.07 0.07 - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGct...................... 28 ct 0.07 4.20 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGa....................... 27 a 0.07 4.20 - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TAGGGACAGTCTATGGGTTACTTTCTTTTT... 30 17 0.06 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TAGGGACAGTCTATGGGTTACTTTCc....... 26 c 0.06 0.29 - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................GACAGTCTATGGGTTACTTTCTTTT.... 25 17 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06
..........................................................................................................................................................................................................................AGGGACAGTCTATGGGTTACTTTCTTTT.... 28 17 0.06 0.06 - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................GGACAGTCTATGGGTTACTTTCTTTT.... 26 17 0.06 0.06 - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................ACAGTCTATGGGTTACTTTCTTTTT... 25 17 0.06 0.06 - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TAGGGACAGTCTATGGGTTACTTT......... 24 18 0.06 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TAATAGGGACAGTCTATGGGTTACT........... 25 18 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................AAGAGACAATAAGGCTCTCGGTAAAGAgat............................................................................................................................... 30 gat 0.05 0.11 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................CAATAAGGCTCTCGGTAAAGA.................................................................................................................................. 21 19 0.05 0.05 - - 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AAGAGGTTCAGAACTTTCTGCAATCAGGGTCTGTCAACAGGATGAGTACGGTAAGTAACTCACTATCCCAGGATTGGGATTAGGCTCTCAGTAAAGAGACAATAAGGCTCTCGGTAAAGAAACAAATAGGCTCTCCGGCTCTGGAGACAATAAAGGCTCTCTCTGGCTCAGGAGATGAGAAAGTGAAAGTAAGAGGGTAGTGAAAGTAAGAGGATAATAGGGACAGTCTATGGGTTACTTTCTTTTTCTA
.........................................................................................................((((....((......)).....))))((((((((..(((((..........)))))..))))..))))............................................................................
.................................................................................................98...............................................................................179.....................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
...............................................................................................................................................................TCTCTGGCTCAGGAGATGAGAAAGTGAA............................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........AACTTTCTGCAATCAGGGTCTGTCAACA................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................TCACTATCCCAGGATTGGGATTAGGCTCTCA................................................................................................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GCAATCAGGGTCTGTCAACAGG................................................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................CAGGATGAGTACGGTAAGTAAc................................................................................................................................................................................................ 22 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................CTCAGTAAAGAGACAATAAGGCTCTCGGTAt...................................................................................................................................... 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..GAGGTTCAGAACTTTCTGCAATCAGG.............................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TATCCCAGGATTGGGATTAGGCTCTCAGTA............................................................................................................................................................. 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................GGTCTGTCAACAGGATGAGTACGGTAAGTAA................................................................................................................................................................................................ 31 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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