chr1:95519054 95519303 -
(1)
OTHER.ip 		(9)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(8)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(40)
TESTES

Sense strand
AGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAGAAACAAAAACAAAACAACAAAAAAAGATTGCTGTGGACTGTACATCTAAGAGGCTTGCGAGGTGTTGCTGACGTGCATGTCCAGGGACGGTAATGGTACCTTTCACTTGACAGGTTCTCACACAGCAGGAACCACCTGACATCTACCCGCTGAACAACCAACT
...................................................(((((((.(((....(((.......)))((.....))............................))).))).))))..........................................................................................................................
..................................................51..............................................................................................147.....................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTatt....................................................................................................................................................................................................................... 26 att 75.00 0.00 31.00 4.00 3.00 5.00 6.00 8.00 5.00 - 2.00 - 1.00 5.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaaaa...................................................................................................................................................................................................................... 27 aaaa 36.00 0.00 10.00 2.00 5.00 4.00 2.00 3.00 5.00 - - 2.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaat....................................................................................................................................................................................................................... 26 aat 28.00 0.00 13.00 - - 2.00 2.00 1.00 - - 2.00 - 1.00 - 2.00 - 1.00 - - - - 2.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTagt....................................................................................................................................................................................................................... 26 agt 16.00 0.00 - - 1.00 6.00 2.00 - 4.00 - - - - - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGAGTTCGAGGCCAGCCgctc.......................................................................................................................................................................................................................... 21 gctc 11.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 5.00 - - - 4.00 - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTatta...................................................................................................................................................................................................................... 27 atta 10.00 0.00 1.00 1.00 1.00 - 1.00 2.00 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTattt...................................................................................................................................................................................................................... 27 attt 9.00 0.00 1.00 - 2.00 1.00 1.00 - 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaaaa...................................................................................................................................................................................................................... 29 aaaa 8.00 0.00 - 4.00 1.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTatt....................................................................................................................................................................................................................... 28 att 7.00 0.00 3.00 1.00 - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCag.......................................................................................................................................................................................... 31 ag 6.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TGCTGTGGACTGTACATCTAAGAGGCTT........................................................................................................... 28 1 6.00 6.00 - - 1.00 - 2.00 - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaaga...................................................................................................................................................................................................................... 27 aaga 5.00 0.00 - - - 1.00 - 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................AGGCCAGCCTGGTCTACACAttta............................................................................................................................................................................................................... 24 ttta 4.00 0.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
.......TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTagt....................................................................................................................................................................................................................... 28 agt 4.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTtta.......................................................................................................................................................................................................................... 28 tta 3.00 0.00 - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTatt....................................................................................................................................................................................................................... 27 att 3.00 0.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaat....................................................................................................................................................................................................................... 27 aat 3.00 0.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaata...................................................................................................................................................................................................................... 27 aata 3.00 0.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CGAGGCCAGCCTGGTCTACACAttta............................................................................................................................................................................................................... 26 ttta 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaaa....................................................................................................................................................................................................................... 31 aaa 3.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTatga...................................................................................................................................................................................................................... 27 atga 2.00 0.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................CAAAAAAAGATTGCTGTGGACTGTA......................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................GCCAGCCTGGTCTACACAttta............................................................................................................................................................................................................... 22 ttta 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.......TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaat....................................................................................................................................................................................................................... 28 aat 2.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAttt.............................................................................................................................................................................................................................. 24 ttt 2.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACgcag........................................................................................................................................................................... 31 gcag 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TTGCTGTGGACTGTACATCTAAGAGGCTT........................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TGCTGTGGACTGTACATCTAAGAGGCT............................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGcaa........................................................................................................................................................................................................................ 30 caa 2.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAtttt............................................................................................................................................................................................................................. 27 tttt 2.00 0.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TTGCTGTGGACTGTACATCTAAGAGGC............................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTatta...................................................................................................................................................................................................................... 29 atta 2.00 0.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGcatt....................................................................................................................................................................................................................... 26 catt 2.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TGACATCTACCCGCTGAACAACCAACT 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaatt...................................................................................................................................................................................................................... 29 aatt 2.00 0.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TCCAGGACAGCCAGGGCTACACcat.................................................................................................................................................................................... 25 cat 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGACAGCCAGGGCTACACAGcgt.................................................................................................................................................................................. 24 cgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTtaag......................................................................................................................................................................................................................... 29 taag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................ACAGTGAGTTCCAGGACAGCCggt.............................................................................................................................................................................................. 24 ggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................AGCCTGGTCTACACActtc............................................................................................................................................................................................................... 19 cttc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTgttt...................................................................................................................................................................................................................... 27 gttt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAtttt.................................................................................................................................................................................. 28 tttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........TTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaatt...................................................................................................................................................................................................................... 28 aatt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCgta...................................................................................................................................................................................................................... 32 gta 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCggt.............................................................................................................................................................................................. 27 ggt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................AACAACAAAAAAAGATTGCTGTGGACTGTAC........................................................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................ACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTAaaa....................................................................................................................................................................................... 31 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGta............................................................................................................................................................................................ 29 ta 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAtaaa............................................................................................................................................................................................................................. 25 taaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................CTACACAGTGAGTTCCAGGACAGaaat............................................................................................................................................................................................... 27 aaat 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TTGCGAGGTGTTGCTGACGTGCATGT................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTgata...................................................................................................................................................................................................................... 27 gata 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......ATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTatt....................................................................................................................................................................................................................... 29 att 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................CAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGcca........................................................................................................................................................................................... 26 cca 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTagt....................................................................................................................................................................................................................... 31 agt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................AGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACcgt.................................................................................................................................................................................... 28 cgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCggta..................................................................................................................................................................................................................... 28 ggta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........CTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCgtta..................................................................................................................................................................................................................... 27 gtta 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaaaa...................................................................................................................................................................................................................... 31 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAct............................................................................................................................................................................................................. 29 ct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCcggg............................................................................................................................................................................................. 28 cggg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................CATCTAAGAGGCTTGgga....................................................................................................... 18 gga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TCTAAGAGGCTTGCGAGGTGTTGCT.............................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................GTGGACTGTACATCTAAGAGGCTTGC......................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCcaga............................................................................................................................................................................................. 28 caga 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCgaag..................................................................................................................................................................................................................... 26 gaag 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGcgt.................................................................................................................................................................................. 27 cgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGGTCTACACAGTGAGTTCCAGGAaatg.................................................................................................................................................................................................. 28 aatg 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCaaga........................................................................................................................................................................................ 33 aaga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACtgt................................................................................................................................................................................................................. 30 tgt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGtc............................................................................................................................................................................................ 29 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTta......................................................................................................................................................................................... 32 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCggtt.......................................................................................................................................................................................................................... 28 ggtt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCgtc........................................................................................................................................................................................................................... 24 gtc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...CAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCctt........................................................................................................................................................................................................................... 28 ctt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGAGTTCGAGGCCAGCCTGGcatt....................................................................................................................................................................................................................... 24 catt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........CTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCgact..................................................................................................................................................................................................................... 27 gact 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCcgcg............................................................................................................................................................................................. 28 cgcg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAtcca............................................................................................................................................................................................................................. 25 tcca 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........CTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGccgc....................................................................................................................................................................................................................... 25 ccgc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCgt............................................................................................................................................................................................................................ 26 gt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACcggc................................................................................................................................................................................................. 24 cggc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
......ATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaat....................................................................................................................................................................................................................... 29 aat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCggcg..................................................................................................................................................................................................................... 26 ggcg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGAGTTCGAGGCCAGCCTGGctaa....................................................................................................................................................................................................................... 24 ctaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TAAGAGGCTTGCGAGGTGTTGCTGACGT......................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTtaga......................................................................................................................................................................................................................... 29 taga 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................CACAGTGAGTTCCAGGACAGCacca.............................................................................................................................................................................................. 25 acca 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAttta............................................................................................................................................................................................................... 28 ttta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCgttt..................................................................................................................................................................................................................... 28 gttt 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................CAGGACAGCCAGGGCTACACcgt.................................................................................................................................................................................... 23 cgt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TCTACACAGTGAGTTCCAGGACAttt................................................................................................................................................................................................. 26 ttt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCgt............................................................................................................................................................................................... 26 gt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaag....................................................................................................................................................................................................................... 31 aag 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTact....................................................................................................................................................................................................................... 27 act 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCgcg........................................................................................................................................................................................................................... 24 gcg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGcaat....................................................................................................................................................................................................................... 26 caat 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAtt.............................................................................................................................................................................................. 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................ACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAtggt............................................................................................................................................................................................ 28 tggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTaaaa...................................................................................................................................................................................................................... 32 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCgt....................................................................................................................................................................................................................... 31 gt 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CAGCCTGGTCTACACActtc............................................................................................................................................................................................................... 20 cttc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TCACACAGCAGGAACCACCTGACAT..................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGcaca....................................................................................................................................................................................................................... 26 caca 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGaccg............................................................................................................................................................................................................................ 26 accg 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................AACAAAAAAAGATTGCTGTGGA.............................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCcat.............................................................................................................................................................................................. 27 cat 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GAGGCCAGCCTGGTCTACACAttta............................................................................................................................................................................................................... 25 ttta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGggtg.............................................................................................................................................................................................................. 27 ggtg 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TGTGGACTGTACATCTAAGAGGCTTGCGt....................................................................................................... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TGCTGACGTGCATGTCCAGGGACGGT........................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCgaaa.......................................................................................................................................................................................................................... 28 gaaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................ACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCcagt........................................................................................................................................................................................ 32 cagt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGtt............................................................................................................................................................................................. 28 tt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAtta.............................................................................................................................................................................................................................. 27 tta 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................CAAAAAAAGATTGCTGTGGACTGTACATC..................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTagta...................................................................................................................................................................................................................... 32 agta 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................CACAGTGAGTTCCAGGACcgtc................................................................................................................................................................................................. 22 cgtc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTGAGTTCGAGGCCAGCCggta.......................................................................................................................................................................................................................... 23 ggta 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGcgc........................................................................................................................................................................................................................ 27 cgc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........CTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCgcg...................................................................................................................................................................................................................... 26 gcg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAGAAACAAAAACAAAACAACAAAAAAAGATTGCTGTGGACTGTACATCTAAGAGGCTTGCGAGGTGTTGCTGACGTGCATGTCCAGGGACGGTAATGGTACCTTTCACTTGACAGGTTCTCACACAGCAGGAACCACCTGACATCTACCCGCTGAACAACCAACT
...................................................(((((((.(((....(((.......)))((.....))............................))).))).))))..........................................................................................................................
..................................................51..............................................................................................147.....................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
...................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAaa......................................................................................................................................................................................................... 30 aa 21.00 0.00 - - - - - - - 17.00 - - - - - 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAca......................................................................................................................................................................................................... 28 ca 12.00 0.00 - - - - 2.00 - - - 5.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - -
....................CAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAcca......................................................................................................................................................................................................... 29 cca 7.00 0.00 - - 1.00 - 1.00 - - - 3.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAca............................................................................................................................................................................................................... 29 ca 7.00 0.00 - - - - - - - - - - - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAcaa......................................................................................................................................................................................................... 29 caa 6.00 0.00 - - 2.00 - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAga......................................................................................................................................................................................................... 30 ga 5.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................GCCTGGTCTACACAGTGAGTccga............................................................................................................................................................................................................. 24 ccga 5.00 0.00 - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAac............................................................................................................................................................................................................... 30 ac 4.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAtaa......................................................................................................................................................................................................... 26 taa 3.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAct......................................................................................................................................................................................................... 28 ct 3.00 0.00 - - 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAta......................................................................................................................................................................................................... 30 ta 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.....................GCCTGGTCTACACAGTGAgggc............................................................................................................................................................................................................... 22 gggc 2.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAttta......................................................................................................................................................................................................... 27 ttta 2.00 0.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAccta......................................................................................................................................................................................................... 30 ccta 2.00 0.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAataa......................................................................................................................................................................................................... 32 ataa 2.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................AGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGtt........................................................................................................................................................................................................ 28 tt 2.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTattt............................................................................................................................................................................................................. 28 attt 2.00 0.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAaa......................................................................................................................................................................................................... 26 aa 2.00 0.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAtttt......................................................................................................................................................................................................... 27 tttt 2.00 0.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCtata.......................................................................................................................................................................................................... 26 tata 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAtac............................................................................................................................................................................................................... 29 tac 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................AGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGta........................................................................................................................................................................................................ 28 ta 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAcca......................................................................................................................................................................................................... 27 cca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GGCCAGCCTGGTCTACACAGTGacg................................................................................................................................................................................................................ 25 acg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................GCCTGGTCTACACAGTGAGTTCgggc........................................................................................................................................................................................................... 26 gggc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGggc........................................................................................................................................................................................................ 27 ggc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAta......................................................................................................................................................................................................... 25 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........GAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAtgt................................................................................................................................................................................................................... 30 tgt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGt.............................................................................................................................................................................................................. 28 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAtat......................................................................................................................................................................................................... 26 tat 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGccg........................................................................................................................................................................................................ 30 ccg 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAttaa......................................................................................................................................................................................................... 29 ttaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TCTACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAaa................................................................................................................................................................................................ 29 aa 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCatta........................................................................................................................................................................................................... 30 atta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAttat......................................................................................................................................................................................................... 27 ttat 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAat......................................................................................................................................................................................................... 26 at 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGttt........................................................................................................................................................................................................ 30 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACaaaa......................................................................................................................................................................................... 36 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GACAGCCAGGGCTACACAGAGAAAgtaa................................................................................................................................................................................ 28 gtaa 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAtctc......................................................................................................................................................................................................... 27 tctc 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCActta......................................................................................................................................................................................................... 30 ctta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGtttt........................................................................................................................................................................................................ 28 tttt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGtta........................................................................................................................................................................................................ 29 tta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAtaa......................................................................................................................................................................................................... 29 taa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAtta......................................................................................................................................................................................................... 31 tta 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TGGTCTACACAGTGAGTTCCAGGAtga...................................................................................................................................................................................................... 27 tga 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTatta............................................................................................................................................................................................................. 28 atta 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAtgc................................................................................................................................................................................................ 28 tgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAttcc......................................................................................................................................................................................................... 29 ttcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................AGCCTGGTCTACACAGTGAGTtt............................................................................................................................................................................................................. 23 tt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................CCTGGTCTACACAGTGAgg............................................................................................................................................................................................................... 19 gg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.AGATTTCTGAGTTCGAGGCCAttt................................................................................................................................................................................................................................. 24 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.....................GCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAagga......................................................................................................................................................................................................... 28 agga 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................GGTCTACACAGTGAGTTCCAGcgg........................................................................................................................................................................................................ 24 cgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCtgga.......................................................................................................................................................................................................... 28 tgga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAttt......................................................................................................................................................................................................... 29 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCtttt.......................................................................................................................................................................................................... 26 tttt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAtt............................................................................................................................................................................................................... 28 tt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................GGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAaaaa......................................................................................................................................................................................................... 33 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAtc......................................................................................................................................................................................................... 30 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GACAGCCAGGGCTACACAGAGAAAgtga................................................................................................................................................................................ 28 gtga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAt............................................................................................................................................................................................................... 28 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAttcc......................................................................................................................................................................................................... 27 ttcc 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAtcgg......................................................................................................................................................................................................... 27 tcgg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCat.......................................................................................................................................................................................................... 25 at 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGca........................................................................................................................................................................................................ 29 ca 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTgtt............................................................................................................................................................................................................ 28 gtt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCtagc.......................................................................................................................................................................................................... 26 tagc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAttta......................................................................................................................................................................................................... 29 ttta 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
GCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAaaa................................................................................................................................................................................................................................. 26 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
GCAGATTTCTGAGTTCGAac...................................................................................................................................................................................................................................... 20 ac 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TCTACACAGTGAGTTCCAGGACAGga................................................................................................................................................................................................... 26 ga 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACaatt.................................................................................................................................................................................................................... 27 aatt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TCGAGGCCAGCCTGGTCTACACttag.................................................................................................................................................................................................................... 26 ttag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
AGATTTCTGAGTTCGActtg...................................................................................................................................................................................................................................... 20 cttg 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAaaa......................................................................................................................................................................................................... 31 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAgcct......................................................................................................................................................................................................... 27 gcct 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTgatt............................................................................................................................................................................................................. 27 gatt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTgg............................................................................................................................................................................................................. 26 gg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAttat......................................................................................................................................................................................................... 32 ttat 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................AGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAtt......................................................................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -