(7)
OTHER.mut
(7)
PIWI.ip
(1)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(33)
TESTES

Sense strand
GCCCCCATGTGGGTGCCACAAGACAACTTCTAGAGTTGATTGTCTGCTGCCACAATGTGGGTCTTGGGGATTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAGGTGCCTTTACCCACTGACTCATCTACCAGCCCCTAAATGTTGTTTAGCCCTTGGCGTTCGGGAACATGCCAAAGTTACATGCTTTGCTTAACACTCTACAGGGAAACTGAAGCGGGTGCTGTCCGTTTGCCCTGAGGTTTTCACCATGCAT
.................................................................((((.((((((....((((.(((...(((((.(((((..((........))..))))).))))).)))))))...))))))))))....................................................................................................
.................................................................66...............................................................................................163.....................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
......................................................................TTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAGG...................................................................................................................................................... 30 1 19.00 19.00 - 3.00 5.00 2.00 - - - - - 4.00 - 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TAACACTCTACAGGGAAACTGAAGCGG.................................... 27 1 7.00 7.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
.....................................................................ATTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGC......................................................................................................................................................... 28 1 6.00 6.00 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................ATTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAtt...................................................................................................................................................... 31 tt 6.00 3.00 - - 2.00 3.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCA........................................................................................................................................................ 27 1 6.00 6.00 4.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TGGGGATTGAACTCAAGTTTCAGGTT................................................................................................................................................................ 26 1 5.00 5.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TACAGGGAAACTGAAGCGGGTGCTGTC............................ 27 1 5.00 5.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAGGT..................................................................................................................................................... 31 1 4.00 4.00 - 1.00 - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TAGAGTTGATTGTCTGCTGCCACAATG................................................................................................................................................................................................. 27 1 4.00 4.00 - - - - - - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
......................................................................TTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCA........................................................................................................................................................ 28 1 4.00 4.00 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
......................................................................TTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAG....................................................................................................................................................... 29 1 4.00 4.00 - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
......................................................................TTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGC......................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 1.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................ATTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCA........................................................................................................................................................ 29 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TGGGGATTGAACTCAAGTTTCAGGTTT............................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAGGT..................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TAAATGTTGTTTAGCCCTTGGCGTTCG........................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TTGGGGATTGAACTCAAGTTTCAGGTT................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAGt...................................................................................................................................................... 30 t 2.00 4.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.....................................................................ATTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAt....................................................................................................................................................... 30 t 2.00 3.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TACCAGCCCCTAAATGTTGTTTAGCCCT.................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TAGAGTTGATTGTCTGCTGCCACAAT.................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.......................................................................TGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGC......................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...................................................................GGATTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGC......................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................TTAACACTCTACAGGGAAACTGAAGCGG.................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................CACAATGTGGGTCTTGGGGATTGAA............................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
......................................................................TTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAGGc..................................................................................................................................................... 31 c 1.00 19.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................TTAACACTCTACAGGGAAACTGAAGCG..................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................ATTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAta...................................................................................................................................................... 31 ta 1.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TAAATGTTGTTTAGCCCTTGGCGTTCGGG......................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGACTCATCTACCAGCCCCTAAATGTT.............................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................ACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAGGTGt................................................................................................................................................... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGCTGTCCGTTTGCCCTGAGGTTTTC......... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
..............................TAGAGTTGATTGTCTGCTGCCACActg................................................................................................................................................................................................. 27 ctg 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TAAATGTTGTTTAGCCCTTGGCGTTCGGGA........................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGTGGGTCTTGGGGATTGAACTtaat......................................................................................................................................................................... 26 taat 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................ATTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAGG...................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TGCTTTGCTTAACACTCTACAGGGA............................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................GCTTAACACTCTACAGGGAAACTGAAG....................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TAAATGTTGTTTAGCCCTTGGCGTTC............................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GGGAAACTGAAGCGGGTGCTGTCCGTT........................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TTCTAGAGTTGATTGTCTGCTGCCAC..................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TACATGCTTTGCTTAACACTCTACAGGGA............................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................TCGGGAACATGCCAAAGTTACATGCTTTGC................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TACAGGGAAACTGAAGCGGGT.................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................GGGATTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGC............................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TCTACAGGGAAACTGAAGCGGGTGCTGTC............................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TAAATGTTGTTTAGCCCTTGGCGT.............................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................ACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAGGgg.................................................................................................................................................... 28 gg 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TGCCACAAGACAACTTCTAGAGTTGA................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TCTACAGGGAAACTGAAGCGGGTG................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
......................................................................TTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTtgca........................................................................................................................................................ 28 tgca 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................ACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAGGTGCCT................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TAGAGTTGATTGTCTGCTGCCACcatg................................................................................................................................................................................................. 27 catg 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................TTTGCTTAACACTCTACAGGGAAA............................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................TTTGCTTAACACTCTACAGGGAAACT........................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................ACAGGGAAACTGAAGCGGGTGCTGT............................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TTCTAGAGTTGATTGTCTGCTGCCACA.................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................ACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAGGTGCCTTT............................................................................................................................................... 33 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TAGAGTTGATTGTCTGCTGCCACA.................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
...........................................................................................................................................................................................TAACACTCTACAGGGAAACTGAAGCG..................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
....................................................................GATTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGC......................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TCTACAGGGAAACTGAAGCGGGTGC................................ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................GATTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCA........................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TGCTTAACACTCTACAGGGAAACTGAAG....................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GCCCCCATGTGGGTGCCACAAGACAACTTCTAGAGTTGATTGTCTGCTGCCACAATGTGGGTCTTGGGGATTGAACTCAAGTTTCAGGTTTGCTGGCAGGTGCCTTTACCCACTGACTCATCTACCAGCCCCTAAATGTTGTTTAGCCCTTGGCGTTCGGGAACATGCCAAAGTTACATGCTTTGCTTAACACTCTACAGGGAAACTGAAGCGGGTGCTGTCCGTTTGCCCTGAGGTTTTCACCATGCAT
.................................................................((((.((((((....((((.(((...(((((.(((((..((........))..))))).))))).)))))))...))))))))))....................................................................................................
.................................................................66...............................................................................................163.....................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)