chr1:75209754 75210200 +
(10)
OTHER.mut 		(9)
PIWI.ip 		(2)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(45)
TESTES

Sense strand
TTTTTTCTGTGCAAAGCCACTGTGTCATCGATGAGCGGACTGATGTCTGGGTGAGGAGCTTGTGGGTGGGAACCTGGGTGGGGAAGGGTGTGGCTTTGTAACTCTTGGAGTACAGGGAAGGAGACCTTTGGTTTCTGTTGCATGGAACCCCAGAACCACAGGATGTCTCCACAACCGTCTACTTCCTTCCTGAGAACCATCACTGATACTGTTCTCAGGAAGCCGTGCAATCGTTGTGGCACTAGCTAAGCAGGGGCCACAGAGGCCTCCCTCCTGCCAACATGGTTCCTCTGGGTGAGGTTGGCATATATTTAGCTTACATGGTCTTCTTTTACCATAGCAATAAGGAGATAGATGACATTTTTCACCTTCCAGGAACTAACCAAATTATGCTCAGTCCCTAGGCTGTGTGCTTTATGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCTTACGA
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((..........(((...(((((........)))))))).....(((...((.(((......))).))))).....))))))...............................................................
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................298................................................................................................397................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
..........................................................................................................................................TGCATGGAACCCCAGAACCACAGGATGTC........................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 12.00 12.00 10.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCAATCGTTGTGGCACTAGCTAAGCAG.................................................................................................................................................................................................. 28 1 8.00 8.00 - - - - - - - 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCTTA... 27 1 8.00 8.00 - - - 3.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - -
..........................................................................................................................................TGCATGGAACCCCAGAACCACAGGATGT......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 7.00 7.00 2.00 - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGTAACTCTTGGAGTACAGGGAAGGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 6.00 6.00 - 2.00 - - - - 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCAATAAGGAGATAGATGACATTTT................................................................................... 27 1 5.00 5.00 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGTGTCATCGATGAGCGGACTGATGT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 5.00 5.00 - - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TGATACTGTTCTCAGGAAGCCGTGC........................................................................................................................................................................................................................... 25 1 5.00 5.00 - 1.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TGATACTGTTCTCAGGAAGCCGTGCA.......................................................................................................................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 1.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCAATCGTTGTGGCACTAGCTAAGCAGG................................................................................................................................................................................................. 29 1 4.00 4.00 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGCTGTGTGCTTTATGCCATGATGT................... 27 1 4.00 4.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGTGTCATCGATGAGCGGACTGATGTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 4.00 4.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................CGTTGTGGCACTAGCTAAGCAGGGG............................................................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGTAACTCTTGGAGTACAGGGAAGGAG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TGTCATCGATGAGCGGACTGATGTCT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCAATAAGGAGATAGATGACATTTa................................................................................... 27 a 3.00 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCTTAC.. 28 1 3.00 3.00 - - - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCTTACGt 30 t 3.00 1.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TGCAAAGCCACTGTGTCATCGATGAGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGTGTCATCGATGAGCGGACTGATG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 3.00 3.00 - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TCTCAGGAAGCCGTGCAATCGTTGTG................................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............AGCCACTGTGTCATCGATGAGCGGACT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CACTGTGTCATCGATGAGCGGACTG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCTTACGtt 31 tt 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............AGCCACTGTGTCATCGATGAGCGGAC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.....................GTGTCATCGATGAGCGGACTGATGTCT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............GCCACTGTGTCATCGATGAGCGGACT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00
..............................................................................................................................................................................................................TACTGTTCTCAGGAAGCCGTGCAATCG...................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TACTGTTCTCAGGAAGCCGTGCAATC....................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................AGGGTGTGGCTTTGTAACTCTTGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGTGTCATCGATGAGCGGACTGATGTCT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATGCCATGATGTTTGGGGAAGG......... 23 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAGCTTACATGGTCTTCTTTTACCATAGt.......................................................................................................... 30 t 2.00 0.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCGATGAGCGGACTGATGTCTG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATGTTTGGGGAAGGCCCTTACGA 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGCTGTGTGCTTTATGCCATGATGTT.................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATGTTTGGGGAAGGCCCTTA... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TCACTGATACTGTTCTCAGGAAGCCGT............................................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGTAACTCTTGGAGTACAGGGAAGGAGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTATGCCATGATGTTTGGGGAAGGC........ 25 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGCAATCGTTGTGGCACTAGCTAAGCAGa................................................................................................................................................................................................. 29 a 1.00 8.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TGTCATCGATGAGCGGACTGATGTCTGa............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 a 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCGATGAGCGGACTGATGTCTGGGTG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTTTATGCCATGATGTTTGGGGAAGGC........ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GCAAAGCCACTGTGTCATCGATGAGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGAGCGGACTGATGTCTGGGTGAGGAGCT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTGTGTCATCGATGAGCGGACTtatg.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 tatg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TCATCGATGAGCGGACTGATGTCTGGt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TGTCATCGATGAGCGGACTGATGTCTGGt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TGATACTGTTCTCAGGAAGCCGTGCAATC....................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................CTGTTGCATGGAACCCCAGAACCACA............................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCAATAAGGAGATAGATGACATTTTT.................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TCATCGATGAGCGGACTGATGTCTG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............AAGCCACTGTGTCATCGATGAGCGGAC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............AGCCACTGTGTCATCGATGAGCGGACTGA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCTTACG. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..............................................................................................................................................TGGAACCCCAGAACCACAGGATGT......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............AGCCACTGTGTCATCGATGAGCGGACTG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...............................TGAGCGGACTGATGTCTGGGTGAGGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGTGCAAAGCCACTGTGTCATCGATGAGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GATGTTTGGGGAAGGCCCTTACGct 25 ct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCCTAGGCTGTGTGCTTTATGCCATGAT..................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CTGTGTCATCGATGAGCGGACTGATG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTCCCTAGGCTGTGTGCTTTATGCCA......................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATGTTTGGGGAAGGCCCTT.... 21 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCTT.... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAGGAGATAGATGACATTTTTCACCTT............................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGGAACCCCAGAACCACAGGATGTCTC...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................AGCGGACTGATGTCTGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCTTACGA 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCctac.. 28 ctac 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGTAACTCTTGGAGTACAGGGAAGGtt.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............AAGCCACTGTGTCATCGATGAGCGGACTG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCAATAAGGAGATAGATGACATTT.................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATGTTTGGGGAAGGCCCTTAC.. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CCACTGTGTCATCGATGAGCGGACTG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGCTGTGTGCTTTATGCCATGATGTTT................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGAACTAACCAAATTATGCTCAG.................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAACTAACCAAATTATGCTCAG.................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGAGCGGACTGATGTCTGGGTGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TGATACTGTTCTCAGGAAGCCG.............................................................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.................................................................................................................................................................................................................TGTTCTCAGGAAGCCGTGCAATCGTT.................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGTGCTTTATGCCATGATGTTTGGG.............. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGGAACCCCAGAACCACAGGATGTCat...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 at 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................GTGTCATCGATGAGCGGACTGATGTCTGGt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 30 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGCTTTATGCCATGATGTTTGGGGA............ 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................ACTGTGTCATCGATGAGCGGACTGATGTCT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATAGCAATAAGGAGATAGATGACATTTT................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TTTTCTGTGCAAAGCCACTGTGTCATCGATG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............AGCCACTGTGTCATCGATGAGCG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTTTATGCCATGATGTTTGGGGAtt.......... 27 tt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCTTt... 29 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................CCACAGAGGCCTCCCTCCTGCCAACAT.................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................TGGAGTACAGGGAAGGAGACCTTTGtt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCTAGGCTGTGTGCTTTATGCCATGATt.................... 29 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CATGATGTTTGGGGAAGGCCCTTACGt 27 t 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................TTGTGGCACTAGCTAAGCAGGGGCCACAGAG....................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGTGCAAAGCCACTGTGTCATCGATGA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATGTTTGGGGAAGGCCCTTACG. 24 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTAGGCTGTGTGCTTTATGCCATGATG.................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTAGCTTACATGGTCTTCTTTTACC............................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCGATGAGCGGACTGATGTCTGGt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATGTTTGGGGAAGGCCCTTACGt 25 t 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GATGTTTGGGGAAGGCCCTTACGAtt 26 tt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGAGCGGACTGATGTCTGGGTGAGGAG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGAGCGGACTGATGTCTGGGTGAGG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGCATGGAACCCCAGAACCACAGGATG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TGTCATCGATGAGCGGACTGATGTCTG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCTAGGCTGTGTGCTTTATGCCATGAg..................... 28 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TTTTTTCTGTGCAAAGCCACTGTGTCATCGATGAGCGGACTGATGTCTGGGTGAGGAGCTTGTGGGTGGGAACCTGGGTGGGGAAGGGTGTGGCTTTGTAACTCTTGGAGTACAGGGAAGGAGACCTTTGGTTTCTGTTGCATGGAACCCCAGAACCACAGGATGTCTCCACAACCGTCTACTTCCTTCCTGAGAACCATCACTGATACTGTTCTCAGGAAGCCGTGCAATCGTTGTGGCACTAGCTAAGCAGGGGCCACAGAGGCCTCCCTCCTGCCAACATGGTTCCTCTGGGTGAGGTTGGCATATATTTAGCTTACATGGTCTTCTTTTACCATAGCAATAAGGAGATAGATGACATTTTTCACCTTCCAGGAACTAACCAAATTATGCTCAGTCCCTAGGCTGTGTGCTTTATGCCATGATGTTTGGGGAAGGCCCTTACGA
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((..........(((...(((((........)))))))).....(((...((.(((......))).))))).....))))))...............................................................
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................298................................................................................................397................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
........................................................................................................................................................................CCACAACCGTCTACTTCCTTCCTGA.............................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 6.00 6.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGTGCTTTATGCCATGATGTTTGGGGAAG.......... 30 1 3.00 3.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGATGACATTTTTCACCTTCCAGGAACTA.................................................................. 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................ACCGTCTACTTCCTTCCTGAGAACCA........................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TTCCTTCCTGAGAACCATCACTGATA............................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TCTCCACAACCGTCTga........................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 ga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................AACCACAGGATGTCTCCACAACCGTCT........................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................CGTCTACTTCCTTCCTGAGAACCAt........................................................................................................................................................................................................................................................ 25 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACTAACCAAATTATGCTCAGTCCCTA............................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................CCGTCTACTTCCTTCCTGAGAACCA........................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................CACAGAGGCCTCCCTCCTGCCAACAa..................................................................................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTTACATGGTCTTCTTTTACCATAGCAATA...................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCACCTTCCAGGAACTAACCAAATTA......................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................ACCGTCTACTTCCTTCCTGAGAACCAT....................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................CCTGAGAACCATCACTGATACTGTTC......................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................CTACTTCCTTCCTGAGAACCATCACTG.................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTTCACCTTCCAGGAACTAACCA.............................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............AGCCACTGTGTCATCGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................AACCGTCTACTTCCTTCCTGAGAACCAt........................................................................................................................................................................................................................................................ 28 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............GCCACTGTGTCATCGATGAGCGGACTGA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -