chr1:59761003 59761517 +
(11)
OTHER.mut 		(6)
PIWI.ip 		(2)
PIWI.mut 		(44)
TESTES

Sense strand
CAGAGGTTTCTGAAGAAGATATTTGCAACATTCTACATCTGTGTACGCAGGTACATTACATCCACAGGGGGCAGTTGAGGTCTAAGTCTGATAATTTGCAGGTGGCAATGATGATTTTTCTTATTTGTTCACCTGACAATATATGAAGGTGTTCAGTCACTACCTCATCTGATGCCATCTTTTTGTGCATATTTAGGTAGACATGGTGAGATAGATAAGTGAATCCTTTATGTTACACAGTTTTTTGTTTAGTTTTTGCTTTTATAAGATAGCTCTGTATCTTATTTTTATCAGGCTCCCAGGCTTGCCTCTAACTCCCATACTCACATAATCTCAGCTCAGCCCTGTACTTTTAGGATCTGTCAGTGAGTTGCCTGTGCATTTCCATTTGTGAATGTTGAAATCTAAAAGTTTCAAAGTGAATTAAGTGTATACTTTGACTTCCTTATTTTATTCTTACTTTAGGTAATTGAAATTTCTGAATATAGGACTCAGCTCTATGAATATCTGCAAAA
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((........((((((........))))))((((((....(((..((((((((.((.....)).)))))))))))....))))))..))))).......................................................
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................366................................................................................................465................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
...........................................................................................................................................................GTCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 44.00 44.00 - 11.00 2.00 - 2.00 2.00 3.00 - - - 6.00 9.00 3.00 - - 1.00 2.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTCTTATTTGTTCACCTGACAATATATGAAGGTGTTCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 52 1 40.00 40.00 40.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCAATGATGATTTTTCTTATTTGTTCACCTGACAATATATGAAGGTGTTC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 52 1 30.00 30.00 30.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TTCAGTCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 26.00 26.00 - 4.00 6.00 - - - - 1.00 3.00 - - 1.00 4.00 - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TCAGTCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 14.00 14.00 - 4.00 5.00 1.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCAATGATGATTTTTCTTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 21 1 14.00 14.00 - - - 7.00 1.00 2.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
......................................................................................................TGGCAATGATGATTTTTCTT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 12.00 12.00 - - - 5.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCAATGATGATTTTTC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 9.00 9.00 - - - - 1.00 3.00 - - - - - - - 3.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GTTCAGTCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 9.00 9.00 - - 4.00 - 2.00 - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 16 2 7.50 7.50 - - - - 0.50 - 3.00 0.50 1.00 2.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGTTCAGTCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 7.00 7.00 - 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCAATGATGATTTTTCT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 6.00 6.00 - - - 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................CAGTCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 5.00 5.00 - 3.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................CAGTCACTACCTCATCTGA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 5.00 5.00 - - - - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTCT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 5.00 5.00 - - - - 1.00 - 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................TCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 2 4.00 4.00 - 1.50 - - - 1.00 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTCTTATTTGTTCAC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 4.00 4.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TACCTCATCTGATGCCAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 1 4.00 4.00 - - - 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................CACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 2 3.50 3.50 - - 2.50 - - - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAAATTTCTGAATATAGGACTCAGC................... 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.........................................................................................................................................................CAGTCACTACCTCATCTGATGCCA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 3.00 3.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTCTTATT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGACTCAGCTCTATGAATATCTGC.... 26 1 3.00 3.00 - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAATTGAAATTTCTGAATATAGGACTCA..................... 28 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAAATTTCTGAATATAGGACTCAGCTC................. 28 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCAATGATGATTTTT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 17 2 2.50 2.50 - - - 1.00 - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTCTT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TGACAATATATGAAGGTG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCAATGATGATTTTTCTTATT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................AGTCACTACCTCATCTGATGCCAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTCTTAT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAATATAGGACTCAGCTCT................ 19 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TCAGTCACTACCTCATCTGATGC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...AGGTTTCTGAAGAAGATATTTGCAACA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATAGGACTCAGCTCTATGAATATCTGC.... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTACCTCATCTGATGCCAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 20 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATAGGACTCAGCTCTATGAATATCTGC.... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGAAATTTCTGAATATAGGACTCAGCTC................. 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 16 3 1.67 1.67 - - - - 0.67 - 0.67 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................GAAGGTGTTCAGTCACTACCTCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................GTGTTCAGTCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AATTGAAATTTCTGAATATAGGACa....................... 25 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAATTGAAATTTCTGAATATAGGACTCAGC................... 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCAATGATGATTTTTCTTATa...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 a 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................ATGAAGGTGTTCAGTCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................GTGTTCAGTCACTACCTCATCTGATGCCA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTCTTATTTGTTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................CCTGACAATATATGAAGGTG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATATAGGACTCAGCTCT................ 20 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................GTTCACCTGACAATATATGAAGGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTCTTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................GAAGGTGTTCAGTCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
........................................................................................................GCAATGATGATTTTTCTTATTTGT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAATTTCTGAATATAGGACTCAG.................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................ACATTCTACATCTGTGTACGCAGGTA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................ACCTCATCTGATGCCATCTTT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTATGAATATCTGCAAAA 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AATTTCTGAATATAGGACTC...................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................GTGGCAATGATGATTTTTCT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TGAAGGTGTTCAGTCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAATTGAAATTTCTGAATATAGGACTCAGCT.................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTGAAATTTCTGAATATAGGACTCAGC................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCAATGATGATTTTTCTTATTTGT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAATATAGGACTCAGCTCTATGAATATCT...... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................CTACCTCATCTGATGCCAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCAATGATGATTTTTCTTAT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAATTTCTGAATATAGGACTCAGCTCT................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................AGTCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AAGGTGTTCAGTCACTACCTCATCTGATG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TCTGAAGAAGATATTTGCAACATTCTACA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATATAGGACTCAGCTCTATGAA........... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.....................................................................................................GTGGCAATGATGATTTTTCTT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................CTACCTCATCTGATGCCA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGTTCACCTGACAATATATGAAGG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAATATAGGACTCAGCTCTATGAATATC....... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATAGGACTCAGCTCTATGAATATCTGCAA.. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTCTTATTTGTTCACCTGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................GTCACTACCTCATCTGATGCCA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................CACTACCTCATCTGATGCCA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................ACTACCTCATCTGATGCCA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTCTTATTaaa................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 aaa 1.00 3.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................GTCACTACCTCATCTGgtg..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 gtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTGAATATAGGACTCAGCT.................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGTTCACCTGACAATATATGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................ACAATATATGAAGGTGTTCAGTCACTACCTC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................AATGATGATTTTTCTTATTTGTTCACCTGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTCTTATTT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AATTTCTGAATATAGGACTCAG.................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................CAATGATGATTTTTCTTATT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TATTTGCAACATTCTACATCTGTGTACGC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TTCTTATTTGTTCAgact............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 gact 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................CAGTCACTACCTCATCTGATGCa................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................GGCAATGATGATTTTTCTTATaa..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 aa 1.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................CACTACCTCATCTGATGC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TTTGCAACATTCTACATCTGTGTACGCAG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCAATGATGATTTTTCTTATTTGTTCAC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AATTTCTGAATATAGGACTCAGCTCTA............... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
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......................................................................................................TGGCAATGATGATTTT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 16 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................ACCTGACAATATATGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 16 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................GTCACTACCTCATCTGA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................CCTCATCTGATGCCA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 15 10 0.20 0.20 - - - - 0.10 - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATATCTGCAAAA 15 12 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 0.08
...................................................................................................................................................................CTCATCTGATGCCAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 15 7 0.14 0.14 - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCAATGATGATTT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 15 9 0.11 0.11 - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................AATGATGATTTTTCTT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 16 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CAGAGGTTTCTGAAGAAGATATTTGCAACATTCTACATCTGTGTACGCAGGTACATTACATCCACAGGGGGCAGTTGAGGTCTAAGTCTGATAATTTGCAGGTGGCAATGATGATTTTTCTTATTTGTTCACCTGACAATATATGAAGGTGTTCAGTCACTACCTCATCTGATGCCATCTTTTTGTGCATATTTAGGTAGACATGGTGAGATAGATAAGTGAATCCTTTATGTTACACAGTTTTTTGTTTAGTTTTTGCTTTTATAAGATAGCTCTGTATCTTATTTTTATCAGGCTCCCAGGCTTGCCTCTAACTCCCATACTCACATAATCTCAGCTCAGCCCTGTACTTTTAGGATCTGTCAGTGAGTTGCCTGTGCATTTCCATTTGTGAATGTTGAAATCTAAAAGTTTCAAAGTGAATTAAGTGTATACTTTGACTTCCTTATTTTATTCTTACTTTAGGTAATTGAAATTTCTGAATATAGGACTCAGCTCTATGAATATCTGCAAAA
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((........((((((........))))))((((((....(((..((((((((.((.....)).)))))))))))....))))))..))))).......................................................
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................366................................................................................................465................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO6()
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cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
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Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM475280(GSM475280)
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Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
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small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
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testes_rep4. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509280(GSM509280)
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Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR034118(GSM466728)
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25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034120(GSM466730)
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2 dpp total. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
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testes_rep2. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)