| Gene: Rpl7 | ID: uc007ajl.1_intron_5_0_chr1_16093766_r.5p | SPECIES: mm9 |
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(9) OTHER.mut |
(1) OVARY |
(6) PIWI.ip |
(3) PIWI.mut |
(36) TESTES |
| TGCGCCACCTTTCTCTCTTCTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTTCCGTAAGTCGATTCTTCTCTCCCCCAGAATCCTTCTCCATCCCCCAAACTAGAGGCATTTTGTCTCACTTTTCCTGTATCTGAGTGTAGCCTGGAACCACTGCCTGCCTGTCTGGGTGTTTGTGACGCCGTGTGGTACTAGGAGGGAGTGCGGGGGGCCTCCGCGCGGAGGCCTTGGCAGTACCAGGAGCAAACTGAGGGCA ..............................................................................................................................(((..((...))..)))..((((.(((.(((((((.((((((...))))))....)).)).)))))).)))).................................................... .........................................................................................................................122...........................................................................200................................................ |
Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | mjTestesWT4() Testes Data. (testes) | mjTestesWT1() Testes Data. (testes) | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | mjTestesWT3() Testes Data. (testes) | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes) | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes) | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes) | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | mjTestesWT2() Testes Data. (testes) | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | GSM509279(GSM509279) MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) | mjTestesKO5() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) | SRR029037(GSM433289) 18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | SRR037900(GSM510436) testes_rep1. (testes) | SRR029039(GSM433291) 25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes) | GSM179088(GSM179088) Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) | GSM509275(GSM509275) MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) | SRR363956(GSM822758) P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) | GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes) | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) | SRR042486(GSM539878) mouse ovaries [09-002]. (ovary) | SRR248527(GSM733815) cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) | SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes) | SRR014232(GSM319956) 16.5 dpc MILI. (mili testes) | GSM509280(GSM509280) small RNA cloning by length. (testes) | SRR029038(GSM433290) 25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ...................................CATGGAGGCTGTTCCG....................................................................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 6.00 | 6.00 | 6.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................................................................................................................................TAGCCTGGAACCACTGCCTGCCTGTCTGG....................................................................................... | 29 | 1 | 4.00 | 4.00 | - | 4.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................TGGAGGCTGTTCCGTAAGTC................................................................................................................................................................................................. | 20 | 1 | 4.00 | 4.00 | - | - | - | 4.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................TCTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGC.............................................................................................................................................................................................................. | 26 | 6 | 3.50 | 3.50 | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | 0.50 | 0.17 | 0.67 | 0.50 | - | 0.33 | - | - | - | - | 0.83 | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.33 | - | - | - | - | - | - |
| ..............................................................................................................................................................................................................................TGGCAGTACCAGGAGCAAACTGAGGG.. | 26 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| .......................................................................................................................................................................TTGTGACGCCGTGTGGTACTAGGAGG......................................................... | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| .................................ACCATGGAGGCTGTTCtg....................................................................................................................................................................................................... | 18 | tg | 2.00 | 0.00 | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................................................................................................................................................................................TGTGGTACTAGGAGGGAGTGCGGGG............................................... | 25 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| ...............TCTTCTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGG............................................................................................................................................................................................................... | 28 | 4 | 1.25 | 1.25 | 1.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................TTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGT........................................................................................................................................................................................................... | 27 | 5 | 1.20 | 1.20 | - | - | - | - | - | 0.20 | 0.20 | - | - | - | - | 0.40 | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......CCTTTCTCTCTTCTTTTCCGGCTGG.......................................................................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .................................ACCATGGAGGCTGTTCCGT...................................................................................................................................................................................................... | 19 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................CTTCTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTt............................................................................................................................................................................................................ | 30 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................................................................................................................................................TGCCTGCCTGTCTGGGTGTTTGTGAC............................................................................ | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................................................................................................................................................................TGACGCCGTGTGGTACTAGGAGGGAG...................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................................................................................................................................................TGCCTGTCTGGGTGTcgct............................................................................... | 19 | cgct | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................................................................TGAGTGTAGCCTGGAACCACTGC................................................................................................... | 23 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........CTTTCTCTCTTCTTTTCCGGCTGGAAC....................................................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .................................ACCATGGAGGCTGTTCCGTA..................................................................................................................................................................................................... | 20 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..............................................................................................................................TCTGAGTGTAGCCTGGAACCACTGCCT................................................................................................. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................................................................................................TGTCTCACTTTTCCTGTATCTGAGTGTA.................................................................................................................. | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................................................................................................................................................................TGTGACGCCGTGTGGTACTAGGAGGGA....................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTTCCGTAA.................................................................................................................................................................................................... | 31 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..............................................................................................................................................................TCTGGGTGTTTGTGACGCCGTGTGGTAC................................................................ | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................................GAGGCTGTTCCGTAAGTC................................................................................................................................................................................................. | 18 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................................................................................................................................................................TGTGACGCCGTGTGGTACTAGGAGGG........................................................ | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................................................................................................TGGGTGTTTGTGACGCCGTGTGGTAC................................................................ | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .................................................................................................................................GAGTGTAGCCTGGAACCACTGCCTGC............................................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .........................CGGCTGGAACCATGGAtg............................................................................................................................................................................................................... | 18 | tg | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..............................................................................................................................................................................................................................TGGCAGTACCAGGAGCAAACTGAGG... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................................................................................................................TGTATCTGAGTGTAGCCTGGAACCACT..................................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..............CTCTTCTTTTCCGGCTt........................................................................................................................................................................................................................... | 17 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................................................................................................................................................................................................................TTGGCAGTACCAGGAGCAAACTGAGGG.. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...............................................................................................................................................................CTGGGTGTTTGTGACGCCGTGTGttac................................................................ | 27 | ttac | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| ...............TCTTCTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGa............................................................................................................................................................................................................... | 28 | a | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTTCCG....................................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...............................................................................................................................................................CTGGGTGTTTGTGACGCCGTGTGGTAC................................................................ | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................................................................................................................................................GCCTGCCTGTCTGGGTGTTTGTGACG........................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................................................................................................................TATCTGAGTGTAGCCTGGAACCACTG.................................................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................................................................TGAGTGTAGCCTGGAACCACTGCCTGCCT............................................................................................. | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| .........................CGGCTGGAACCATGGAGGCT............................................................................................................................................................................................................. | 20 | 7 | 0.86 | 0.86 | - | 0.57 | - | - | - | - | - | - | - | 0.14 | - | - | 0.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................TTCCGGCTGGAACCATGGAGGCT............................................................................................................................................................................................................. | 23 | 6 | 0.83 | 0.83 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................TTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTT.......................................................................................................................................................................................................... | 28 | 5 | 0.80 | 0.80 | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | 0.20 | 0.40 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............TCTCTTCTTTTCCGGCTGGAACCATGGAG................................................................................................................................................................................................................ | 29 | 4 | 0.75 | 0.75 | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGGA................................................................................................................................................................................................................. | 18 | 7 | 0.71 | 0.71 | - | - | - | 0.29 | - | - | - | - | - | 0.14 | - | - | 0.14 | - | 0.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTTCC........................................................................................................................................................................................................ | 27 | 5 | 0.60 | 0.60 | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | 0.20 | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTTC......................................................................................................................................................................................................... | 26 | 5 | 0.60 | 0.60 | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGGAG................................................................................................................................................................................................................ | 19 | 7 | 0.57 | 0.57 | - | 0.29 | - | - | - | - | - | - | 0.29 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................TTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGgt.......................................................................................................................................................................................................... | 26 | gt | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - |
| ......................TTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTG............................................................................................................................................................................................................ | 24 | 6 | 0.50 | 0.50 | - | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...............TCTTCTTTTCCGGCTGGAACCAT.................................................................................................................................................................................................................... | 23 | 4 | 0.50 | 0.50 | - | - | 0.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.25 | - | - | - |
| ......................TTCCGGCTGGAACCATGGAGGC.............................................................................................................................................................................................................. | 22 | 7 | 0.43 | 0.43 | - | - | - | 0.29 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................TTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTTCC........................................................................................................................................................................................................ | 30 | 5 | 0.40 | 0.40 | - | - | - | - | - | 0.40 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................TCTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCT............................................................................................................................................................................................................. | 27 | 5 | 0.40 | 0.40 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................TTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTTCC........................................................................................................................................................................................................ | 28 | 5 | 0.40 | 0.40 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.40 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .................TTCTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCT............................................................................................................................................................................................................. | 28 | 5 | 0.40 | 0.40 | - | - | - | - | - | 0.40 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................TTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTT.......................................................................................................................................................................................................... | 26 | 5 | 0.40 | 0.40 | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................TTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTT.......................................................................................................................................................................................................... | 27 | 5 | 0.40 | 0.40 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .....................TTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGT........................................................................................................................................................................................................... | 26 | 5 | 0.40 | 0.40 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.40 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGGAGGCTG............................................................................................................................................................................................................ | 23 | 6 | 0.33 | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | 0.17 | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGGAGGC.............................................................................................................................................................................................................. | 21 | 7 | 0.29 | 0.29 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.14 | 0.14 | - | - | - | - |
| ............CTCTCTTCTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGC.............................................................................................................................................................................................................. | 32 | 4 | 0.25 | 0.25 | - | - | - | 0.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............TCTCTTCTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGC.............................................................................................................................................................................................................. | 31 | 4 | 0.25 | 0.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................TTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTTC......................................................................................................................................................................................................... | 29 | 5 | 0.20 | 0.20 | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................TCTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTG............................................................................................................................................................................................................ | 28 | 5 | 0.20 | 0.20 | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...................CTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTG............................................................................................................................................................................................................ | 27 | 5 | 0.20 | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................TTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTTt......................................................................................................................................................................................................... | 27 | t | 0.20 | 0.40 | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...................CTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCT............................................................................................................................................................................................................. | 26 | 5 | 0.20 | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - |
| ......................TTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGT........................................................................................................................................................................................................... | 25 | 5 | 0.20 | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTT.......................................................................................................................................................................................................... | 25 | 5 | 0.20 | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................TTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGgt.......................................................................................................................................................................................................... | 28 | gt | 0.17 | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGgtcc........................................................................................................................................................................................................ | 27 | gtcc | 0.17 | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGGAGGCT............................................................................................................................................................................................................. | 22 | 6 | 0.17 | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ....................TTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGgtc......................................................................................................................................................................................................... | 29 | gtc | 0.17 | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGgtc......................................................................................................................................................................................................... | 26 | gtc | 0.17 | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .........................CGGCTGGAACCATGGAGGCTGTT.......................................................................................................................................................................................................... | 23 | 6 | 0.17 | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 |
| ........................CCGGCTGGAACCATGGAGGCTGg........................................................................................................................................................................................................... | 23 | g | 0.17 | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - |
| ....................TTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGgttt........................................................................................................................................................................................................ | 30 | gttt | 0.17 | 0.17 | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ......................TTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGgtt......................................................................................................................................................................................................... | 27 | gtt | 0.17 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................CCGGCTGGAACCATGGAGGCTG............................................................................................................................................................................................................ | 22 | 6 | 0.17 | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - |
| ....................TTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTG............................................................................................................................................................................................................ | 26 | 6 | 0.17 | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...................CTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGG............................................................................................................................................................................................................... | 24 | 6 | 0.17 | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .......................TCCGGCTGGAACCATGG.................................................................................................................................................................................................................. | 17 | 7 | 0.14 | 0.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................CCGGCTGGAACCATGGAG................................................................................................................................................................................................................ | 18 | 7 | 0.14 | 0.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ........................CCGGCTGGAACCATGGA................................................................................................................................................................................................................. | 17 | 7 | 0.14 | 0.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................CTGGAACCATGGAGGCTGTTC......................................................................................................................................................................................................... | 21 | 7 | 0.14 | 0.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................AACCATGGAGGCTGTTCC........................................................................................................................................................................................................ | 18 | 8 | 0.12 | 0.12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .........................CGGCTGGAACCATGGAG................................................................................................................................................................................................................ | 17 | 8 | 0.12 | 0.12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................CTGGAACCATGGAGGCTGT........................................................................................................................................................................................................... | 19 | 8 | 0.12 | 0.12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.12 | - | - | - | - | - |
| .............................TGGAACCATGGAGGCTGTTCC........................................................................................................................................................................................................ | 21 | 8 | 0.12 | 0.12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ................................................................................................................................TGAGTGTAGCCTGGA........................................................................................................... | 15 | 9 | 0.11 | 0.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................GCTGGAACCATGGAGGCTG............................................................................................................................................................................................................ | 19 | 9 | 0.11 | 0.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ............................CTGGAACCATGGAGGCTG............................................................................................................................................................................................................ | 18 | 9 | 0.11 | 0.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| .............................TGGAACCATGGAGGCTGT........................................................................................................................................................................................................... | 18 | 9 | 0.11 | 0.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...........................GCTGGAACCATGGAGGCT............................................................................................................................................................................................................. | 18 | 9 | 0.11 | 0.11 | - | - | - | - | 0.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..........................GGCTGGAACCATGGAGGC.............................................................................................................................................................................................................. | 18 | 10 | 0.10 | 0.10 | - | - | - | 0.10 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| TGCGCCACCTTTCTCTCTTCTTTTCCGGCTGGAACCATGGAGGCTGTTCCGTAAGTCGATTCTTCTCTCCCCCAGAATCCTTCTCCATCCCCCAAACTAGAGGCATTTTGTCTCACTTTTCCTGTATCTGAGTGTAGCCTGGAACCACTGCCTGCCTGTCTGGGTGTTTGTGACGCCGTGTGGTACTAGGAGGGAGTGCGGGGGGCCTCCGCGCGGAGGCCTTGGCAGTACCAGGAGCAAACTGAGGGCA ..............................................................................................................................(((..((...))..)))..((((.(((.(((((((.((((((...))))))....)).)).)))))).)))).................................................... .........................................................................................................................122...........................................................................200................................................ |
Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | mjTestesWT4() Testes Data. (testes) | mjTestesWT1() Testes Data. (testes) | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | mjTestesWT3() Testes Data. (testes) | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes) | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes) | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes) | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) | mjTestesWT2() Testes Data. (testes) | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) | GSM509279(GSM509279) MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) | mjTestesKO5() Testes Data. (Zcchc11 testes) | SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) | SRR029037(GSM433289) 18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | SRR037900(GSM510436) testes_rep1. (testes) | SRR029039(GSM433291) 25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes) | GSM179088(GSM179088) Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) | GSM509275(GSM509275) MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) | SRR363956(GSM822758) P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) | GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes) | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) | SRR042486(GSM539878) mouse ovaries [09-002]. (ovary) | SRR248527(GSM733815) cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) | SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes) | SRR014232(GSM319956) 16.5 dpc MILI. (mili testes) | GSM509280(GSM509280) small RNA cloning by length. (testes) | SRR029038(GSM433290) 25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) |
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