chr1:16092371 16092620 -
(1)
OTHER.ip 		(11)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(49)
TESTES

Sense strand
CAAGAAGCGGATTGCCTTGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGTAGGTAATGATTTTTCAGGGAGGGATTGATACTAGTCCAAGGTCATGTTTTCTGGCCAGACTTTAAATTTATTTTTTTACTTTTATTTTGTATACGTGTGGGTGGTGGCCCAAATGTCATGTGTCTTCCTTAATGACCCCACCACACGGTGGCTAGGTTCTCCCCAGAACCCAGAGTTGCATTCCAGCCTAGCTGACTG
..................................................(((((.(((((.(((..((....((((((....))))))..(((((.......)))))...))..))).)))))..)))))..................(((((....))))).......................................................................................
..................................................51...............................................................................................................164....................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTC............................................................................................................................................................................................................. 28 10 53.00 53.00 0.30 12.40 14.70 13.40 0.50 0.30 4.00 0.80 3.30 0.10 0.10 - 0.10 0.20 - - 0.20 0.10 0.10 - - 0.30 0.40 - - - - 0.10 - 0.10 0.50 - 0.30 0.10 0.20 0.10 0.10 - - - - - 0.10 - - - 0.10 - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGT.............................................................................................................................................................................................................. 27 10 41.30 41.30 1.20 11.70 7.60 8.50 0.80 0.20 2.40 1.80 1.90 0.10 0.50 0.40 0.70 0.20 0.20 0.80 - 0.10 0.10 0.10 - 0.60 0.30 - 0.30 - - 0.10 - 0.10 - - - 0.10 - - 0.20 - - - - - - 0.10 - - - - 0.10 0.10
..................................................GTAGGTAATGATTTTTCAGGGAGGGA.............................................................................................................................................................................. 26 1 41.00 41.00 17.00 - - - 12.00 7.00 - - - 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAGGTAATGATTTTTCAGGGAGGG............................................................................................................................................................................... 25 1 24.00 24.00 12.00 - - - 10.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGG............................................................................................................................................................................................................... 26 10 6.30 6.30 0.60 1.20 0.80 1.20 0.40 0.10 0.10 - 0.30 - - - 0.10 - 0.30 - 0.20 0.10 0.10 - 0.40 - - - - - - - - 0.10 - - 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - 0.10 - - - -
..................................................GTAGGTAATGATTTTTCAGGGAGGGATT............................................................................................................................................................................ 28 1 4.00 4.00 - - - - 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAGGTAATGATTTTTCAGGGAGGGAT............................................................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGtt.............................................................................................................................................................................................................. 27 tt 3.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTC............................................................................................................................................................................................................. 27 10 2.80 2.80 - 0.50 0.70 0.90 - - 0.30 - - - - - 0.10 - - - - 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAGGTAATGATTTTTCAGGGAGG................................................................................................................................................................................ 24 1 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................ACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTC............................................................................................................................................................................................................. 26 10 1.90 1.90 0.10 0.30 0.40 0.70 - - - - 0.20 - - - - - - - - 0.10 - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TTGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTC............................................................................................................................................................................................................. 29 10 1.10 1.10 - 0.30 0.20 0.30 - - 0.10 - 0.10 - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGC................................................................................................................................................................................................................... 22 10 1.10 1.10 - 0.20 0.40 0.30 - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTt............................................................................................................................................................................................................. 28 t 1.10 41.30 - 0.30 0.60 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAGGTAATGATTTTTCAGGGtggg............................................................................................................................................................................... 25 tggg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGttc............................................................................................................................................................................................................. 28 ttc 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGct.............................................................................................................................................................................................................. 27 ct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTtggt.............................................................................................................................................................................................................. 27 tggt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AAGCGGATTGCCTTGACAGATAAatcc........................................................................................................................................................................................................................... 27 atcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAGGTAATGATTTTTCAGGGA.................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGtc.............................................................................................................................................................................................................. 27 tc 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCtgt.............................................................................................................................................................................................................. 27 tgt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......GCGGATTGCCTTGACAGA.................................................................................................................................................................................................................................. 18 4 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....AGCGGATTGCCTTGACAGAT................................................................................................................................................................................................................................. 20 4 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TTGCCTTGACAGATAATTCCTTGActgc................................................................................................................................................................................................................... 28 ctgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................ACAGATAATTCCTTGATTGCTCGttc............................................................................................................................................................................................................. 26 ttc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCcct.............................................................................................................................................................................................................. 27 cct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGat.............................................................................................................................................................................................................. 27 at 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGt....................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TATTTTGTATACGTGTGGGTGGTGGC.......................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGt............................................................................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCT............................................................................................................................................................................................................ 29 10 1.00 1.00 0.10 0.20 0.10 0.20 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - 0.10 - - - - -
...................ACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCT............................................................................................................................................................................................................ 27 10 0.90 0.90 0.10 0.10 0.20 0.20 - - 0.10 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGTA..................................................................................................................................................................................................... 26 9 0.78 0.78 - 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - 0.22 - 0.11 - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CGGATTGCCTTGACAGATA................................................................................................................................................................................................................................ 19 4 0.75 0.75 - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....AGCGGATTGCCTTGACAG................................................................................................................................................................................................................................... 18 4 0.75 0.75 - - - - - - - - - - - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TTGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGT.............................................................................................................................................................................................................. 28 10 0.60 0.60 0.10 - - 0.10 - 0.10 - 0.10 - - - - - - - - - 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....AGCGGATTGCCTTGACAGATAAT.............................................................................................................................................................................................................................. 23 4 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CGGATTGCCTTGACAGA.................................................................................................................................................................................................................................. 17 4 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GAAGCGGATTGCCTTGA...................................................................................................................................................................................................................................... 17 5 0.40 0.40 - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTC........................................................................................................................................................................................................... 26 10 0.40 0.40 0.10 - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................ACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTC........................................................................................................................................................................................................... 28 10 0.40 0.40 - - 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - -
.....................AGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTT......................................................................................................................................................................................................... 28 10 0.30 0.30 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTa............................................................................................................................................................................................................. 28 a 0.30 41.30 - 0.10 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................ATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTT......................................................................................................................................................................................................... 26 10 0.30 0.30 - 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCT.......................................................................................................................................................................................................... 27 10 0.30 0.30 - - - 0.20 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGT.............................................................................................................................................................................................................. 26 10 0.30 0.30 - 0.10 - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....AGCGGATTGCCTTGACAGA.................................................................................................................................................................................................................................. 19 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..AGAAGCGGATTGCCTTGACAG................................................................................................................................................................................................................................... 21 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - -
....AAGCGGATTGCCTTGACAGATA................................................................................................................................................................................................................................ 22 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.AAGAAGCGGATTGCCTTGACAGATAA............................................................................................................................................................................................................................... 26 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.AAGAAGCGGATTGCCTTGACAGAT................................................................................................................................................................................................................................. 24 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......GCGGATTGCCTTGACAGAT................................................................................................................................................................................................................................. 19 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CGGATTGCCTTGACAGAT................................................................................................................................................................................................................................. 18 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GAAGCGGATTGCCTTGACAGA.................................................................................................................................................................................................................................. 21 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..AGAAGCGGATTGCCTTGACAGATAATT............................................................................................................................................................................................................................. 27 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.AAGAAGCGGATTGCCTTGACAGA.................................................................................................................................................................................................................................. 23 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - -
...GAAGCGGATTGCCTTGACAGATAATT............................................................................................................................................................................................................................. 26 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..AGAAGCGGATTGCCTTGACAGA.................................................................................................................................................................................................................................. 22 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - -
..AGAAGCGGATTGCCTTGACAGATAA............................................................................................................................................................................................................................... 25 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGT...................................................................................................................................................................................................... 32 9 0.22 0.22 - - - - - - - - - - - 0.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGTA..................................................................................................................................................................................................... 29 9 0.22 0.22 - - 0.11 - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGTA..................................................................................................................................................................................................... 28 9 0.22 0.22 - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTC........................................................................................................................................................................................................... 27 10 0.20 0.20 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTT......................................................................................................................................................................................................... 27 10 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTC........................................................................................................................................................................................................... 30 10 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCa............................................................................................................................................................................................................ 29 a 0.20 53.00 - 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TTGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGG............................................................................................................................................................................................................... 27 10 0.20 0.20 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................ATAATTCCTTGATTGCTCGG............................................................................................................................................................................................................... 20 10 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCT............................................................................................................................................................................................................ 26 10 0.20 0.20 - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - -
...................ACAGATAATTCCTTGATTGCTCGG............................................................................................................................................................................................................... 24 10 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTT......................................................................................................................................................................................................... 25 10 0.20 0.20 - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - -
..................GACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCT............................................................................................................................................................................................................ 28 10 0.20 0.20 - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......GCGGATTGCCTTGACA.................................................................................................................................................................................................................................... 16 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.AAGAAGCGGATTGCCTTGA...................................................................................................................................................................................................................................... 19 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGTt..................................................................................................................................................................................................... 26 t 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CCTTGATTGCTCGGTCTCTTGG....................................................................................................................................................................................................... 22 9 0.11 0.11 - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................ATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGTA..................................................................................................................................................................................................... 27 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................GATTGCTCGGTCTCTTGGTA..................................................................................................................................................................................................... 20 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGT...................................................................................................................................................................................................... 25 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGTAt.................................................................................................................................................................................................... 29 t 0.11 0.22 - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGTAta................................................................................................................................................................................................... 28 ta 0.11 0.78 - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGT...................................................................................................................................................................................................... 31 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGG....................................................................................................................................................................................................... 27 9 0.11 0.11 - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGTA..................................................................................................................................................................................................... 25 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................ATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGTAt.................................................................................................................................................................................................... 28 t 0.11 0.11 - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGcc............................................................................................................................................................................................................. 28 cc 0.10 6.30 - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AATTCCTTGATTGCTCGGTCT............................................................................................................................................................................................................ 21 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTaa............................................................................................................................................................................................................ 29 aa 0.10 41.30 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGa.............................................................................................................................................................................................................. 27 a 0.10 6.30 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................ATAATTCCTTGATTGCTCGGT.............................................................................................................................................................................................................. 21 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TTGCCTTGACAGATAATTCCTTGATTGC................................................................................................................................................................................................................... 28 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCT.......................................................................................................................................................................................................... 24 10 0.10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGc.............................................................................................................................................................................................................. 27 c 0.10 6.30 - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GATAATTCCTTGATTGCTCGGT.............................................................................................................................................................................................................. 22 10 0.10 0.10 - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CTTGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGG............................................................................................................................................................................................................... 28 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................ATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCT.......................................................................................................................................................................................................... 25 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TTGCCTTGACAGATAATTCCTTGATTG.................................................................................................................................................................................................................... 27 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGATAATTCCTTGATTGCTCGGTC............................................................................................................................................................................................................. 24 10 0.10 0.10 - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CCTTGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGG............................................................................................................................................................................................................... 29 10 0.10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................ACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGT.............................................................................................................................................................................................................. 25 10 0.10 0.10 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTC........................................................................................................................................................................................................... 25 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................ATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTG........................................................................................................................................................................................................ 27 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TTGCCTTGACAGATAATTCCTTGATTGCT.................................................................................................................................................................................................................. 29 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - -
.........................AATTCCTTGATTGCTCGGTC............................................................................................................................................................................................................. 20 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCT.......................................................................................................................................................................................................... 30 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTG........................................................................................................................................................................................................ 29 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AATTCCTTGATTGCTCGGTCTCT.......................................................................................................................................................................................................... 23 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................ATTCCTTGATTGCTCGGT.............................................................................................................................................................................................................. 18 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................ACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCT.......................................................................................................................................................................................................... 29 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTC........................................................................................................................................................................................................... 29 10 0.10 0.10 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GATAATTCCTTGATTGCTCGGTa............................................................................................................................................................................................................. 23 a 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCT............................................................................................................................................................................................................ 25 10 0.10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTC............................................................................................................................................................................................................. 25 10 0.10 0.10 - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CCTTGATTGCTCGGTC............................................................................................................................................................................................................. 16 10 0.10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CAAGAAGCGGATTGCCTTGACAGATAATTCCTTGATTGCTCGGTCTCTTGGTAGGTAATGATTTTTCAGGGAGGGATTGATACTAGTCCAAGGTCATGTTTTCTGGCCAGACTTTAAATTTATTTTTTTACTTTTATTTTGTATACGTGTGGGTGGTGGCCCAAATGTCATGTGTCTTCCTTAATGACCCCACCACACGGTGGCTAGGTTCTCCCCAGAACCCAGAGTTGCATTCCAGCCTAGCTGACTG
..................................................(((((.(((((.(((..((....((((((....))))))..(((((.......)))))...))..))).)))))..)))))..................(((((....))))).......................................................................................
..................................................51...............................................................................................................164....................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
.................TGACAGATAATTCCTTGATTGCT.................................................................................................................................................................................................................. 23 10 0.30 0.30 - - - - - - - - - - - - - - 0.30 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GCCTTGACAGATAATTCCTTGATTGCTC................................................................................................................................................................................................................. 28 10 0.20 0.20 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GCCTTGACAGATAATTCCTTGATTGCTCG................................................................................................................................................................................................................ 29 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -