chr1:8872042 8872291 -
(1)
OTHER.ip 		(12)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(8)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(50)
TESTES

Sense strand
GTCGGGGTATCCAGGACTGGGTGAGGTGGGAGTTCTGCATTCTGATGATGGTGAGTGGTCTTGGTTTGTGTTAGTAAGATTCTCACGTTTGCCTTTTGCCATCTGGTAATCTCAGAAGTTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGTTCCCCTTGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTGAGTCTAGATCTCTCCTGAGTCTCAGTGGTCAGTGTATTCTCTGCAGGTAAGCTCTCGT
.............................................................................................................................((((((..((((((((..((.(((.....................))).))..)))).)))))))))).........................................................
.................................................................................................................114..............................................................................195.....................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGC...................................................................................................... 30 7 26.43 26.43 5.00 - 8.00 - - 0.43 - 0.43 - 0.14 1.00 0.29 - - - - 5.14 - 0.14 - - - 0.71 - 3.43 - 0.71 - 0.71 - - 0.14 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGT........................................................... 31 3 14.67 14.67 - 7.67 - - - - - - - - - - - - 2.33 2.33 - - - - - - - 1.00 - - 0.33 - - - 0.33 - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGA........................................................................................................ 28 7 10.57 10.57 3.29 - 0.57 - - 0.57 0.43 0.43 - 1.14 - 1.29 0.29 - - - 0.29 - 0.86 - - - 0.71 - - - 0.43 - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - 0.14 - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGG......................................................................................................... 27 7 9.00 9.00 2.00 - 0.29 - 0.29 0.29 1.14 0.14 - - 0.29 1.29 0.86 - - - 0.29 - 1.43 - - - - - - - 0.14 - 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - 0.14 0.14 - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGT........................................................... 30 3 5.33 5.33 - 4.00 - - - - - - - - - - - - 0.67 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGT........................................................... 33 2 5.00 5.00 - 3.50 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGggga............................................................. 23 ggga 5.00 0.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTt.......................................................... 26 t 4.50 0.50 - - - - - - - - 1.50 - - - - 0.50 - - - 1.00 - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................GATGATGGTGAGTGGTCaa............................................................................................................................................................................................ 19 aa 4.00 0.00 - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGgtt......................................................... 32 gtt 4.00 0.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGC...................................................................................................... 29 7 4.00 4.00 1.00 - 1.14 - - - - - - 0.43 0.43 0.14 - - - - 0.57 - - - - - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTG.......................................................................................................... 26 7 3.14 3.14 0.29 - - - 0.14 0.14 1.14 0.29 - - - 0.14 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGAaa.............................................................. 24 aa 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGaaa................................................................. 27 aaa 3.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCa............................................................. 29 a 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAG....................................................................................................... 29 7 3.00 3.00 0.86 - 1.14 - - - - - - - 0.29 0.14 - - - - 0.14 - 0.29 - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGtt.................................................................. 26 tt 2.00 0.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGggtt........................................................ 28 ggtt 2.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TGATGATGGTGAGTGGTCTTGGTaaa...................................................................................................................................................................................... 26 aaa 2.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGgtt......................................................... 27 gtt 2.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGAtt.............................................................. 28 tt 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCgg................................................................. 27 gg 2.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCTGTCAGCAGACCTGTGAGTCTAGATCTCTC............................................ 32 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAag................................................................ 28 ag 2.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................ATTCTGATGATGGTGAGTGGTCTTGatta....................................................................................................................................................................................... 29 atta 2.00 0.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................ATTCTGATGATGGTGAGTGGTCTTGataa....................................................................................................................................................................................... 29 ataa 2.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGG......................................................................................................... 26 7 1.71 1.71 - - - - - 0.14 1.00 - - - - - 0.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCT..................................................................................................... 31 7 1.57 1.57 0.14 - 0.29 - - - - - - - 0.14 - - - - - 0.43 - 0.14 - - - - - - - - - 0.14 - - 0.14 - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTt.......................................................... 32 t 1.33 14.67 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGt...................................................................................................... 30 t 1.29 3.00 0.14 - 0.86 - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACgc............................................................. 28 gc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGgg........................................................................................................... 25 gg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGgc.......................................................... 31 gc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGaga................................................................. 27 aga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGaaa................................................................. 19 aaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CAGGACTGGGTGAGGTGtgac.......................................................................................................................................................................................................................... 21 tgac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................ATTCTGATGATGGTGAGTGGTCTTGaaa........................................................................................................................................................................................ 28 aaa 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................GTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGc.................................................................................................. 28 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGAaa.............................................................. 30 aa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCcggg.......................................................... 26 cggg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TCAGTGGTCAGTGTATTCTCTGCAGGct......... 28 ct 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCctc........................................................... 33 ctc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCcaat.................................................................. 26 caat 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TCTGATGATGGTGAGTGGTCTaaaa......................................................................................................................................................................................... 25 aaaa 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGtga................................................................. 27 tga 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCcgcc.................................................................. 26 cgcc 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGgttt........................................................ 33 gttt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGAaa.............................................................. 27 aa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTgaaa........................................................................................................ 28 gaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTtgtc..................................................................... 23 tgtc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGAaatt............................................................ 32 aatt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGAaa.............................................................. 22 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TCTGATGATGGTGAGTGGTCTTGttta....................................................................................................................................................................................... 27 ttta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTtggt......................................................... 27 tggt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCggtc............................................................... 27 ggtc 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGat.......................................................... 26 at 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTtgct......................................................... 27 tgct 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAta................................................................... 25 ta 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TCTCTCCTGAGTCTCAGTGGTCAGcgca...................... 28 cgca 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAtc...................................................................................................... 26 tc 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTcgg......................................................................................................... 27 cgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGaat......................................................... 27 aat 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCcgt........................................................... 33 cgt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTaaa........................................................................................................ 28 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TGATGATGGTGAGTGGTCTTGGTaa....................................................................................................................................................................................... 25 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................GCATTCTGATGATGGTGAGTGGTga............................................................................................................................................................................................. 25 ga 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAag................................................................ 20 ag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTta........................................................... 33 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TGATGATGGTGAGTGGTCTTGGctaa...................................................................................................................................................................................... 26 ctaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGttt................................................................. 27 ttt 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCctg........................................................... 30 ctg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TTAGCCTCTGTCAGCAGggga............................................................. 21 ggga 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGgtat........................................................ 28 gtat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTaat.......................................................... 26 aat 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TCTGATGATGGTGAGTGGTCTTGatac....................................................................................................................................................................................... 27 atac 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTGAtt....................................................... 26 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAaga............................................................... 27 aga 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TCTGATGATGGTGAGTGGTCTTaaa......................................................................................................................................................................................... 25 aaa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TCTGTCAGCAGACCTGTGAGTCTAGt.................................................. 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGgtt......................................................... 30 gtt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGcgg......................................................... 27 cgg 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCcgc................................................................ 28 cgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCcggg.......................................................... 31 cggg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................CATTCTGATGATGGTGAGTGGTCTTGatta....................................................................................................................................................................................... 30 atta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGgatt........................................................ 28 gatt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTa.......................................................... 26 a 1.00 0.50 - - - - - - - - 0.75 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGT........................................................... 28 4 1.00 1.00 - - - - - - - - 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - -
...............................................ATGGTGAGTGGTCTTGGTagaa..................................................................................................................................................................................... 22 agaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGATGGTGAGTGGTCTTGGTaa....................................................................................................................................................................................... 22 aa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCgt................................................................. 27 gt 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................GCTTGTTCCCCTTGTGgatt.................................................................................... 20 gatt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................ATGATGGTGAGTGGTCTTGGTTgt...................................................................................................................................................................................... 24 gt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAaaca.............................................................. 30 aaca 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGAaaa............................................................. 23 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................ATGATGGTGAGTGGTCTTGGTTTGTaa................................................................................................................................................................................... 27 aa 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGggg.............................................................. 22 ggg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTagga........................................................................................................ 28 agga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCagg........................................................... 30 agg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCcgg........................................................... 30 cgg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGAgctt............................................................ 32 gctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCat............................................................ 30 at 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCa............................................................. 31 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TTAGCCTCTGTCAGCAGggg.............................................................. 20 ggg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCggtc............................................................... 29 ggtc 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TACAGTTGTCTCTGGTTGGAGt...................................................................................................... 22 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTta......................................................... 27 ta 1.00 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGAtt.............................................................. 30 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................CATTCTGATGATGGTGAGTGGTCTTGGTa........................................................................................................................................................................................ 29 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGAaa.............................................................. 28 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGtag....................................................................................................... 25 tag 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TGCATTCTGATGATGGTGAGTGGTCTTcaaa........................................................................................................................................................................................ 31 caaa 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTta........................................................... 32 ta 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGAat.............................................................. 30 at 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCaggt.......................................................... 31 aggt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................TCTCCTGAGTCTCAGTGGTCAGTGca...................... 26 ca 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TGATGATGGTGAGTGGTCTTGtctt....................................................................................................................................................................................... 25 tctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTGA......................................................... 27 4 0.75 0.75 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTttt........................................................ 28 ttt 0.75 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAG....................................................................................................... 28 7 0.71 0.71 0.14 - 0.29 - - - - - - - 0.14 - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................AGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGA........................................................................................................ 26 7 0.71 0.71 0.14 - - - - - 0.14 - - - - - 0.29 - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCT..................................................................................................... 30 7 0.71 0.71 - - 0.14 - - 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTc.......................................................... 31 c 0.67 5.33 - 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGT........................................................... 32 3 0.67 0.67 - 0.33 - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTT.................................................................................................... 27 12 0.58 0.58 - - 0.08 - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - 0.08
...........................................................................................................................TGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGC...................................................................................................... 25 12 0.50 0.50 - - 0.17 - - 0.08 0.08 - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - -
....................................................................................................................................................................TCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGT........................................................... 27 4 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGT........................................................... 25 4 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTG.......................................................... 26 4 0.50 0.50 - - - - - - 0.25 - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTG................................................................................................... 26 14 0.50 0.50 - - - - - 0.14 0.21 - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................CTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGT........................................................... 26 4 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTG................................................................................................... 28 11 0.45 0.45 - - - - - 0.18 - - - 0.09 - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.09 - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAa....................................................................................................... 29 a 0.43 10.57 - - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGA........................................................................................................ 27 7 0.43 0.43 - - - - - 0.14 - - - 0.14 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................AGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGC...................................................................................................... 28 7 0.43 0.43 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTG.......................................................................................................... 25 7 0.43 0.43 - - - - - 0.14 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GTTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAG....................................................................................................... 30 6 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTa.......................................................... 33 a 0.33 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GTTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGC...................................................................................................... 31 6 0.33 0.33 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTc.......................................................... 32 c 0.33 14.67 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTtt......................................................... 33 tt 0.33 14.67 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTaa......................................................... 32 aa 0.33 5.33 - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTt.......................................................... 31 t 0.33 5.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGg...................................................................................................... 30 g 0.29 3.00 - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGt........................................................................................................ 28 t 0.29 9.00 0.14 - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGt........................................................................................................ 27 t 0.29 1.71 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGTT................................................................................................. 27 14 0.29 0.29 - - - - 0.07 0.07 - 0.07 - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGa...................................................................................................... 30 a 0.29 3.00 - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGtt..................................................................................................... 31 tt 0.29 3.00 0.14 - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGT.................................................................................................. 26 14 0.29 0.29 0.14 - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGa......................................................................................................... 27 a 0.29 3.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTatt........................................................ 28 att 0.25 0.50 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTGA......................................................... 30 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTt.......................................................... 28 t 0.25 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - -
...................................................................................................................................................................TTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTt.......................................................... 29 t 0.25 1.00 - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTtt......................................................... 27 tt 0.25 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TAGCCTCTGTCAGCAGACCTGT........................................................... 22 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGTTCC............................................................................................... 29 13 0.23 0.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.15 - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTG................................................................................................... 25 14 0.21 0.21 - - - - 0.07 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................ACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGTT................................................................................................. 26 14 0.21 0.21 - - - - 0.07 - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - -
..............................................................................................................................TACAGTTGTCTCTGGTTGGAGC...................................................................................................... 22 15 0.20 0.20 0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07
..........................................................................................................................TTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTT.................................................................................................... 28 12 0.17 0.17 - - - - - 0.08 - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGC...................................................................................................... 26 12 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................AGTTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGC...................................................................................................... 32 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGAGTCTCAGTGGTCAGTGTATTCT.................. 25 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - -
.....................................................................................................................GTTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGt...................................................................................................... 31 t 0.17 0.33 - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGTTCCtt............................................................................................. 31 tt 0.15 0.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.15 - - - - - - - -
.......................................................................................................................TAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGc........................................................................................................ 27 c 0.14 1.71 - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................AGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCT..................................................................................................... 29 7 0.14 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGtc..................................................................................................... 31 tc 0.14 3.00 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGTTC................................................................................................ 28 14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGtgc...................................................................................................... 30 tgc 0.14 9.00 - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGTTCC............................................................................................... 27 14 0.14 0.14 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAtt...................................................................................................... 30 tt 0.14 10.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................AGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTa.................................................................................................... 30 a 0.14 0.14 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGT.................................................................................................. 27 14 0.14 0.14 - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGaaaa...................................................................................................... 30 aaaa 0.14 3.14 - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGt......................................................................................................... 27 t 0.14 3.14 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGt......................................................................................................... 26 t 0.14 0.43 - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAt....................................................................................................... 29 t 0.14 10.57 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................GTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGC...................................................................................................... 24 15 0.13 0.13 - - - - - - - 0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TAGTAAGATTCTCACGTTTGC.............................................................................................................................................................. 21 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTT.................................................................................................... 22 16 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - -
.........................................................................................................................GTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGA........................................................................................................ 25 9 0.11 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TCTCTCCTGAGTCTCAGTGGTCAGTGTA...................... 28 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TCTCTCCTGAGTCTCAGTGGTCAGTGT....................... 27 10 0.10 0.10 - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGT.................................................................................................. 29 11 0.09 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.09 -
...........................................................................................................................TGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCT..................................................................................................... 26 12 0.08 0.08 - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................ACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGTTC................................................................................................ 27 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTT.................................................................................................... 24 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - -
...............................................................................................................................ACAGTTGTCTCTGGTTGGAGC...................................................................................................... 21 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TACAGTTGTCTCTGGTTGG......................................................................................................... 19 17 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTCTGCATTCTGATGATG........................................................................................................................................................................................................ 18 19 0.05 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GTCGGGGTATCCAGGACTGGGTGAGGTGGGAGTTCTGCATTCTGATGATGGTGAGTGGTCTTGGTTTGTGTTAGTAAGATTCTCACGTTTGCCTTTTGCCATCTGGTAATCTCAGAAGTTAGTTGTTACAGTTGTCTCTGGTTGGAGCTTGTTCCCCTTGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGACCTGTGAGTCTAGATCTCTCCTGAGTCTCAGTGGTCAGTGTATTCTCTGCAGGTAAGCTCTCGT
.............................................................................................................................((((((..((((((((..((.(((.....................))).))..)))).)))))))))).........................................................
.................................................................................................................114..............................................................................195.....................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
..............................................................................................CCATCTGGTAATCTCaaat......................................................................................................................................... 19 aaat 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................CTGTTAGCCTCTGTCAGCAGAc................................................................ 22 c 2.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................GATGATGGTGAGTGGTCTggat............................................................................................................................................................................................. 22 ggat 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................AGTGGTCAGTGTATTCTCTGCAGGTAA........ 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................ACGTTTGCCTTTTGCCATCTGGTAAaga............................................................................................................................................. 28 aga 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................CGTTTGCCTTTTGCCATCTGGTAATaag............................................................................................................................................ 28 aag 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TGCATTCTGATGATGGTGAGTGGTCTTGGaa.......................................................................................................................................................................................... 31 aa 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................GTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAcc.................................................................. 27 cc 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TTGCCATCTGGTAATCTCtat......................................................................................................................................... 21 tat 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................TCAGTGTATTCTCTGCAGGTAAGCTCTCa.. 29 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................CCATCTGGTAATCTCaatt......................................................................................................................................... 19 aatt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TCTGTTAGCCTCTGttcc........................................................................ 18 ttcc 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................CGTTTGCCTTTTGCCATCTGGTAacag.............................................................................................................................................. 27 acag 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................ACGTTTGCCTTTTGCCATCTGGTAacg.............................................................................................................................................. 27 acg 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TGCCTTTTGCCATCTGGTAATCTCcgc......................................................................................................................................... 27 cgc 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CTCTCCTGAGTCTCAGTGGTCAgggt........................... 26 gggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................ACGTTTGCCTTTTGCCATCTGGTAATCTCtttt......................................................................................................................................... 33 tttt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................GTCTCAGTGGTCAGTGTATTCTCTGCAGGaaaa........... 33 aaaa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................CCTTTTGCCATCTGGTAATCTCgagc......................................................................................................................................... 26 gagc 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAcgac..................................................................... 27 cgac 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................TGATTCTGTTAGCCTCTGTCAtgat..................................................................... 25 tgat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TCTGATGATGGTGAGTGGTCTccaa............................................................................................................................................................................................. 25 ccaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGTTAGCCTCTGTCAtcag..................................................................... 19 tcag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGGTCTTGGTTTGTcagc..................................................................................................................................................................................... 19 cagc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TTGCCTTTTGCCATCTGGTAATCTCccgc......................................................................................................................................... 29 ccgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TCTCACGTTTGCCTTTTGCCA..................................................................................................................................................... 21 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GGACTGGGTGAGGTGGGAGTTCTGCA................................................................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................GCTTGTTCCCCTTGTGATTCTGTTAGCCTC.......................................................................... 30 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................GAGCTTGTTCCCCTTGTGATTCTGTTA............................................................................... 27 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGCTTGTTCCCCTTGTGATTCTGTTAGCC............................................................................ 29 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - -
............................................................................AGATTCTCACGTTTGCCTT........................................................................................................................................................... 19 10 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TCTCTCCTGAGTCTCAGTGGTCAGTGTA...................... 28 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGAGTGGTCTTGGTTTGTGTTAGTAA............................................................................................................................................................................. 26 10 0.10 0.10 - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TTGTGATTCTGTTAGCCTCTGTCAGCAGA................................................................ 29 13 0.08 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TTGTTACAGTTGTCTCTGGTTG.......................................................................................................... 22 13 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -