ID: uc004daw.2_intron_6_0_chrX_23897152_r.5p
GENE: (2)
chrX:23898762-23899011-


(1)
B-CELL 		(1)
BREAST 		(10)
CELL-LINE 		(2)
CERVIX 		(1)
FIBROBLAST 		(3)
HEART 		(3)
LIVER 		(8)
OTHER 		(1)
SKIN

Sense strand
CAGCACCAAAAAAGGACTCACCTCCCAAAAATTCCGTGAAGGTTGATGAGGTAACATGTTGTTCATGTTGCGATATATTTTGAGTGTCTGATTTAGTTACTGTAGGATAATTTTTTACAAATTGTATATCAGGAAGATGTGACTGTTTAAAATACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTGAGACGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGCGATCTCGG
...................................................................................................(((....(((((((.....)))))))....)))..(((((((...........)))))))...........................................................................................
.................................................................................................98..................................................................................182..................................................................
SizePerfect hitTotal NormPerfect NormSRR189775(GSM714635)
cell line: HEK293clip variant: CLIPenzymatic . (cell line)		SRR189776(GSM714636)
cell line: HEK293clip variant: CLIPenzymatic . (cell line)		SRR189777(GSM714637)
cell line: HEK293clip variant: PAR-CLIPenzyma. (cell line)		SRR189778(GSM714638)
cell line: HEK293clip variant: PAR-CLIPenzyma. (cell line)		SRR189780(GSM714640)
cell line: HEK293clip variant: PAR-CLIPenzyma. (cell line)		SRR189781(GSM714641)
cell line: HEK293clip variant: PAR-CLIPenzyma. (cell line)		SRR189779(GSM714639)
cell line: HEK293clip variant: PAR-CLIPenzyma. (cell line)		SRR343334SRR343335SRR343337SRR189782SRR189785SRR189784SRR033722(GSM497067)
KMS12 cell line (KMS12). (B cell)		SRR342895(SRX096791)
small RNA seq of Left atrial tissue. (heart)		SRR342897(SRX096793)
small RNA seq of Left atrial tissue. (heart)		GSM532876(GSM532876)
G547T. (cervix)		SRR039625(GSM531988)
HBV(-) HCV(-) HCC Tissue Sample. (liver)		SRR189787SRR343336SRR040008(GSM532893)
G727N. (cervix)		SRR363675(GSM830252)
cell type: human foreskin fibroblasts (HFF)tr. (fibroblast)		GSM956925F181A(GSM956925)
"cell line: HEK293 cell linepassages: 15-20ip. (cell line)		DRR000559(DRX000317)
"THP-1 whole cell RNA, no treatment". (cell line)		SRR060168(GSM565978)
5-8F_nucleus. (cell line)		TAX577744(Rovira)
total RNA. (breast)		SRR342898(SRX096794)
small RNA seq of Right atrial tissue. (heart)		SRR330886(SRX091724)
tissue: skin psoriatic uninvolveddisease stat. (skin)		SRR039623(GSM531986)
HCV(+) HCC Tissue Sample. (liver)		SRR039622(GSM531985)
HCV(+) Adjacent Tissue Sample. (liver)
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........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATG................................................................3447.000.003.009.0022.0013.00--------------------------
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.......................................................................................................................................................ATACATTTATTTATTTATTTATTTATTTTG.....................................................................3025.000.00-1.0012.0012.00--------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTAAG................................................................3224.000.001.006.008.009.00--------------------------
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..................................................................................................................................................................TATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCAG......................................................348.000.002.00-4.002.00--------------------------
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........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATCTTG.....................................................................296.000.00--1.003.00-2.00------------------------
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...........................................................................................................................................................ATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCTCG.................................................................304.000.00-4.00----------------------------
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...............................................................................................................................................................ATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCTGC.............................................................304.000.00------4.00-----------------------
.................................................................................................................................................................TTATTTATTTATTTATTTATTTATCTCG.............................................................284.000.00--4.00---------------------------
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........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTCATG................................................................343.000.00--3.00---------------------------
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.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTACTG...................................................................303.000.00-1.002.00---------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTACCT...............................................................333.000.00--3.00---------------------------
...............................................................................................................................................................ATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCCTG.........................................................343.000.00--3.00---------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATAG...............................................................343.000.00-3.00----------------------------
..............................................................................................................................................................TATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCTGC.............................................................313.000.00----3.00-------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTCCG.....................................................................283.000.00--2.001.00--------------------------
...................................................................................................................................................................ATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCCG......................................................333.000.003.00-----------------------------
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..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCTTG.............................................................352.000.00---2.00--------------------------
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........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATC....................................................................301.000.00----1.00-------------------------
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..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATAAAG.....................................................................271.000.00---1.00--------------------------
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.....................................................................................................................................................................................................................................AGTGCAATGGTGCGATCTCGGAAAA251.000.00------------------------1.00-----
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATAG...................................................................301.000.00--1.00---------------------------
.......................................................................................................................................................ATACATTTATTTATTTATTTATTTATCTAG.....................................................................301.000.00--1.00---------------------------
............................................................................................................................................................................................................GTTTCGCTCTTGTTGCCGAGT.........................211.000.00---------------------------1.00--
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTCTG.............................................................................211.000.00--1.00---------------------------
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........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTTCG....................................................................301.000.00---1.00--------------------------
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..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTCTG.................................................................311.000.00-1.00----------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTCCA.....................................................................281.000.00--1.00---------------------------
...................................................................................................................................................TAAAATACATTTATTTATTTATTTATTTTG.........................................................................301.000.00--1.00---------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTCTCG...........................................................................231.000.00--1.00---------------------------
..................................................................................................................................................................................................................................TGGAGTGCAATGGTGCGT......181.000.00----------------------1.00-------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTAGAG............................................................361.000.00---1.00--------------------------
....................................................................................................................................................................................................................CTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCTCTG............261.000.00---------------1.00--------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTCTC................................................................321.000.00--1.00---------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATCTAG.........................................................................231.000.00---1.00--------------------------
.......................................................................................................................................................ATACATTTATTTATTTATTTAGGAG..........................................................................251.000.00----1.00-------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTCTAG...................................................................301.000.00--1.00---------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTCTT.............................................................351.000.001.00-----------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTAAG.............................................................351.000.00--1.00---------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTCTCG...........................................................................221.000.00-1.00----------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTCCTG.......................................................................261.000.00---1.00--------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTACG........................................................................261.000.00--1.00---------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATCTCG.....................................................................281.000.00--1.00---------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTACG................................................................341.000.00---1.00--------------------------
......................................................................................................................................................AATACATTTATTTATTTATTTATTTATTG.......................................................................291.000.001.00-----------------------------
..............................................TGAGGTAACATGTTGCATC.........................................................................................................................................................................................191.000.00------------1.00-----------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTCATG................................................................321.000.00--1.00---------------------------
..............................................................................................................................................................................................TATTTTGAGACGGAGGCA..........................................181.000.00-----------------1.00------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCTTG.................................................................331.000.00--1.00---------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTTAT....................................................................301.000.00--1.00---------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTGTCG....................................................................291.000.00-1.00----------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTCTT........................................................................251.000.00--1.00---------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATCAAG.........................................................................231.000.001.00-----------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCG...............................................................331.000.00---1.00--------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTCG..................................................................311.000.00--1.00---------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTAG...................................................................311.000.00-----1.00------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTCCG....................................................................291.000.001.00-----------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTACT.........................................................................241.000.00-1.00----------------------------
......................................................................................................................................................AATACATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTTT...................................................................331.000.00-1.00----------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTA...................................................................311.000.001.00-----------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTCTCG............................................................................211.000.00--1.00---------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTCTCG...............................................................................191.000.00---1.00--------------------------
...............................................................................................................................................................................ATTTATTTATTTATTTATTTTGAGACGGAGCCA..........................................331.000.00------1.00-----------------------
.................................................................................................................................................................................TTATTTATTTATTTATTTTGAGACGGAGTTCT.........................................321.000.00----1.00-------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTAAG.................................................................311.000.00---1.00--------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTACG.........................................................................241.000.001.00-----------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTACA................................................................331.000.00---1.00--------------------------
......................................................................................................................................................AATACATTTATTTATTTATTTTTG............................................................................241.000.00---1.00--------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTCAG.....................................................................281.000.00--1.00---------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTCTTG...............................................................341.000.00---1.00--------------------------
......................................................................................................................................................AATACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTT................................................................361.000.00--1.00---------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCAG..............................................................341.000.00--1.00---------------------------
.........................................................................................................................................................................TTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTGACTC.................................................321.000.00----1.00-------------------------
......................................................................................................................................................AATACATTTATTTATTTATTTATG............................................................................241.000.00---1.00--------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCGG..................................................................301.000.00---1.00--------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTACG....................................................................301.000.00--1.00---------------------------
..........................................................................................................................................................................................................................GCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTTGTC......261.000.00-------------------------1.00----
...........................AAAATTCCGTGAAGGTTGATGAGC.......................................................................................................................................................................................................241.000.00--------------1.00---------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTACTTG......................................................................281.000.00--1.00---------------------------
.................TCACCTCCCAAAAATTCCGTGAAGG................................................................................................................................................................................................................2511.001.00---------------1.00--------------
.......................................................................................................................................................ATACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTAG.................................................................341.000.00-1.00----------------------------
.......................CCCAAAAATTCCGTGAAGG................................................................................................................................................................................................................1911.001.00--------------------1.00---------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTCACA....................................................................291.000.00---1.00--------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATGTAG.....................................................................271.000.00---1.00--------------------------
..............................................TGAGGTAACATGTTGTGTAT........................................................................................................................................................................................201.000.00----------1.00-------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATATG......................................................................281.000.00-1.00----------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTGTGG............................................................................201.000.00-1.00----------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTCTTG....................................................................301.000.00---1.00--------------------------
................................................................................................................................................................................................TTTTGAGACGGAGTTTCGCTAAGA..................................241.000.00---------------------1.00--------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATCTTT.................................................................321.000.00--1.00---------------------------
......................................................................................................TAGGATAATTTTTTAGT...................................................................................................................................171.000.00--------------1.00---------------
....................................................................................................................................................AAAATACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTT..................................................................361.000.001.00-----------------------------
...............ACTCACCTCCCAAAAATTG........................................................................................................................................................................................................................191.000.00-----------1.00------------------
.............................................................................................................................................................................................................TTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGACCGC................291.000.00----1.00-------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTCGGG.......................................................................261.000.00----1.00-------------------------
.......................................................................................................................................................................ATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTGATATT................................................351.000.001.00-----------------------------
.............................................................................................................................................................................................................TTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCTGG.............321.000.00-----1.00------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATCTTA.........................................................................241.000.00--1.00---------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTCG.................................................................331.000.00--1.00---------------------------
.......................................................................................................................................................ATACATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTTT...................................................................321.000.00-1.00----------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTCCTG................................................................321.000.00--1.00---------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTCTTG...............................................................331.000.00---1.00--------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTATTG........................................................................251.000.00--1.00---------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTAAC................................................................331.000.00--1.00---------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTCTG.............................................................351.000.00--1.00---------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTTAG....................................................................301.000.00--1.00---------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTCG......................................................................281.000.001.00-----------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTCTTG...................................................................301.000.00---1.00--------------------------
......................................................................................................................................................AATACATTTATTTATTTATTTATTACTA........................................................................281.000.001.00-----------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATATTG.................................................................321.000.001.00-----------------------------
.......AAAAAAGGACTCACCCCC.................................................................................................................................................................................................................................181.000.00--------------------------1.00---
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATGGGG.....................................................................281.000.00----1.00-------------------------
..........................................................................................................................................................CATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTACG................................................................321.000.00-1.00----------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTACTG.......................................................................271.000.00---1.00--------------------------
................................................................................................................................................................................TTTATTTATTTATTTATTTTGAGACGGAGAG...........................................311.000.00----1.00-------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATCTT......................................................................271.000.00-1.00----------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTCAAG....................................................................291.000.00--1.00---------------------------
..............................................................................................................................................................................................TATTTTGAGACGGAGTTTCGTTA.....................................231.000.00----1.00-------------------------
.........................................................................................................................................................ACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATA................................................................331.000.00---1.00--------------------------
........................................................................................................................................................TACATTTATTTATTTATTTATTTATTTGTTG...................................................................311.000.001.00-----------------------------
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........AAAAAGGACTCACCTCCC................................................................................................................................................................................................................................1820.500.50-----------------------------0.50
.....................................................................................................................................................AAATACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTAT.................................................................3660.330.33--0.33---------------------------
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....................................................................................................................................................AAAATACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATG....................................................................3450.200.20--0.20---------------------------

Antisense strand
CAGCACCAAAAAAGGACTCACCTCCCAAAAATTCCGTGAAGGTTGATGAGGTAACATGTTGTTCATGTTGCGATATATTTTGAGTGTCTGATTTAGTTACTGTAGGATAATTTTTTACAAATTGTATATCAGGAAGATGTGACTGTTTAAAATACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTGAGACGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGCGATCTCGG
...................................................................................................(((....(((((((.....)))))))....)))..(((((((...........)))))))...........................................................................................
.................................................................................................98..................................................................................182..................................................................
SizePerfect hitTotal NormPerfect NormSRR189775(GSM714635)
cell line: HEK293clip variant: CLIPenzymatic . (cell line)		SRR189776(GSM714636)
cell line: HEK293clip variant: CLIPenzymatic . (cell line)		SRR189777(GSM714637)
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cell line: HEK293clip variant: PAR-CLIPenzyma. (cell line)		SRR189779(GSM714639)
cell line: HEK293clip variant: PAR-CLIPenzyma. (cell line)		SRR343334SRR343335SRR343337SRR189782SRR189785SRR189784SRR033722(GSM497067)
KMS12 cell line (KMS12). (B cell)		SRR342895(SRX096791)
small RNA seq of Left atrial tissue. (heart)		SRR342897(SRX096793)
small RNA seq of Left atrial tissue. (heart)		GSM532876(GSM532876)
G547T. (cervix)		SRR039625(GSM531988)
HBV(-) HCV(-) HCC Tissue Sample. (liver)		SRR189787SRR343336SRR040008(GSM532893)
G727N. (cervix)		SRR363675(GSM830252)
cell type: human foreskin fibroblasts (HFF)tr. (fibroblast)		GSM956925F181A(GSM956925)
"cell line: HEK293 cell linepassages: 15-20ip. (cell line)		DRR000559(DRX000317)
"THP-1 whole cell RNA, no treatment". (cell line)		SRR060168(GSM565978)
5-8F_nucleus. (cell line)		TAX577744(Rovira)
total RNA. (breast)		SRR342898(SRX096794)
small RNA seq of Right atrial tissue. (heart)		SRR330886(SRX091724)
tissue: skin psoriatic uninvolveddisease stat. (skin)		SRR039623(GSM531986)
HCV(+) HCC Tissue Sample. (liver)		SRR039622(GSM531985)
HCV(+) Adjacent Tissue Sample. (liver)
...............................................................................................GTTACTGTAGGATAATTTCA....................................................................................................................................... 2015.000.00-------6.002.006.00---------1.00----------
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...............................................................................................GTTACTGTAGGATAATTTCAG...................................................................................................................................... 215.000.00-------1.004.00---------------------
................................................................................................TTACTGTAGGATAATAGG........................................................................................................................................ 182.000.00-----------2.00------------------
...............................................................................................................................................................................................................................GGCTGGAGTGCAATGGTGCGATGGCG. 261.000.00----1.00-------------------------
.............................................................................................................................................................................................................................CAGGCTGGAGTGCAATGGTGCGATCGAC. 281.000.00------1.00-----------------------
..................................................................................................................................................................................................TTGAGACGGAGTTTCGCTCT.................................... 201.000.00-----------1.00------------------
...............................................................................................................................................................................................................................GGCTGGAGTGCAATGGTGCGATGACC. 261.000.00------1.00-----------------------
...............................................................................................................................................................................................................................GGCTGGAGTGCAATGGTGAGC...... 211.000.00------1.00-----------------------
...................................................................................................................................................................................................................................GGAGTGCAATGGTGCGAGGC... 201.000.00-----------------------1.00------
...............................................................................................................................................................................................................................GGCTGGAGTGCAATGGTGCGATGC... 241.000.00----1.00-------------------------
...............................................................................................GTTACTGTAGGATAATCAGA....................................................................................................................................... 201.000.00--------1.00---------------------
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........................................................................................................................................................................TTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTGCACG................................................. 331.000.00--1.00---------------------------
....ACCAAAAAAGGACTCCG..................................................................................................................................................................................................................................... 171.000.00----------------1.00-------------
...............................................................................................................................................................................................................................GGCTGGAGTGCAATGGTGCGATGAGC. 261.000.00----1.00-------------------------
...............................................................................................................................................................................................ATTTTGAGACGGAGTTCATA....................................... 201.000.00----------------------------1.00-
...............................................................................................................................................................................................................................GGCTGGAGTGCAATGGTGCGAGGTC.. 251.000.00----1.00-------------------------