| (2) AGO1.ip | (1) AGO2.ip | (1) B-CELL | (1) BRAIN | (2) BREAST | (22) CELL-LINE | (1) CERVIX | (1) FIBROBLAST | (2) HEART | (1) HELA | (2) LIVER | (2) OTHER | (4) SKIN |
| GCAAGTACTGTCTGGGTGAGAGAAGGCGGCACCGCTCCTGCAACACGGATGTGAGTTCCCCCAAACCCCTTGAGGGGTGGGGGGAGGAAGCATTAAAAACAGCTATCAGAGGCCGGGCACCGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACATAGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGG ...................................................................((((((.((.((....................)).)).))).)))........(((((.((.(((((((..((((((....)))))).......))))))))))))))........................................................................... ...................................................................68..........................................................................................................176........................................................................ | Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR189779(GSM714639) cell line: HEK293clip variant: PAR-CLIPenzyma. (cell line) | SRR189780(GSM714640) cell line: HEK293clip variant: PAR-CLIPenzyma. (cell line) | SRR326279(GSM769509) cytoplasmic fraction was isolated using PARIS. (cell line) | SRR039622(GSM531985) HCV(+) Adjacent Tissue Sample. (liver) | SRR189784 | DRR000555(DRX000313) "THP-1 whole cell RNA, no treatment". (cell line) | SRR033722(GSM497067) KMS12 cell line (KMS12). (B cell) | SRR330906(SRX091744) tissue: normal skindisease state: normal. (skin) | DRR000557(DRX000315) "THP-1 whole cell RNA, after 3 day treatment . (cell line) | GSM956925PazD5(GSM956925) "cell line: HEK293 cell linepassages: 15-20ip. (cell line) | GSM956925Paz8D5(GSM956925) "cell line: HEK293 cell linepassages: 15-20ip. (cell line) | SRR342899(SRX096795) small RNA seq of Left atrial tissue. (heart) | SRR390724(GSM850203) small rna immunoprecipitated. (cell line) | SRR330880(SRX091718) tissue: skin psoriatic involveddisease state:. (skin) | GSM1105748AGO1(GSM1105748) small RNA sequencing data. (ago1 hela) | SRR342894(SRX096790) small RNA seq of Right atrial tissue. (heart) | SRR553572(SRX182778) source: Frontal Cortex. (Frontal Cortex) | SRR207113(GSM721075) IP against AGO 1 & 2. (ago1/2 cell line) | DRR000556(DRX000314) "THP-1 whole cell RNA, after 3 day treatment . (cell line) | SRR060985(GSM569189) Human naive B cell [09-001]. (cell line) | SRR037943(GSM510481) 293DcrTN. (cell line) | SRR553573(SRX182779) source: Cerebellum. (Cerebellum) | DRR000558(DRX000316) "THP-1 whole cell RNA, after 3 day treatment . (cell line) | SRR040036(GSM532921) G243N. (cervix) | GSM956925PAZD5 | SRR037876(GSM522374) fibroblasts_cell_culture. (fibroblast) | TAX577740(Rovira) total RNA. (breast) | SRR037937(GSM510475) 293cand2. (cell line) | SRR039192(GSM494811) K562 cell line is derived from a CML patient . (cell line) | TAX577590(Rovira) total RNA. (breast) | SRR038861(GSM458544) MM466. (cell line) | SRR330868(SRX091706) tissue: skin psoriatic involveddisease state:. (skin) | GSM956925Ago2(GSM956925) "cell line: HEK293 cell linepassages: 15-20ip. (ago2 cell line) | SRR330902(SRX091740) tissue: skin psoriatic uninvolveddisease stat. (skin) | SRR107296(GSM677703) 18-30nt fraction of small RNA. (cell line) | SRR037934(GSM510472) 293cand4_rep3. (cell line) | SRR060169(GSM565979) 5-8F_cytoplasm. (cell line) | SRR326280(GSM769510) total cell content of unperturbed cells was s. (cell line) | SRR039623(GSM531986) HCV(+) HCC Tissue Sample. (liver) | GSM450598(GSM450598) miRNA sequencing raw reads from post-mortem s. (brain) | SRR038852(GSM458535) QF1160MB. (cell line) |
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| ..AAGTACTGTCTGGGTGAGAGAAGGC............................................................................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| ...............................................................................................................................................................................AGGTCAGGAGATCGAGACCATCCGC.................................................. | 25 | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .............................................................................................................AGGCCGGGCACCGTGGCTCACACCC.................................................................................................................... | 25 | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ....................................................................................................................................................................................AGGAGATCGAGACCATCCTGGCTCTG............................................ | 26 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .................................................................................................................................................ACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGGGGG.............................................................................. | 27 | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .....................................................................................................................................................................................GGAGATCGAGACCATCCTGCCTA.............................................. | 23 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ..AAGTACTGTCTGGGTGAGAG.................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ..................................................................................................................................................CTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGGGGG.............................................................................. | 26 | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ....................................................................................................................................................................................AGGAGATCGAGACCATCCGGTG................................................ | 22 | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ........................................................................AGGGGTGGGGGGAGGCTAT............................................................................................................................................................... | 19 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | |
| ....................................................................................................................................................................................AGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAC............................................. | 25 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ...............................................................................................................GCCGGGCACCGTGGCTCACTTT..................................................................................................................... | 22 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| GCAAGTACTGTCTGGGTGAGAGAAGGCGGCACCGCTCCTGCAACACGGATGTGAGTTCCCCCAAACCCCTTGAGGGGTGGGGGGAGGAAGCATTAAAAACAGCTATCAGAGGCCGGGCACCGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACATAGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGG ...................................................................((((((.((.((....................)).)).))).)))........(((((.((.(((((((..((((((....)))))).......))))))))))))))........................................................................... ...................................................................68..........................................................................................................176........................................................................ | Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR189779(GSM714639) cell line: HEK293clip variant: PAR-CLIPenzyma. (cell line) | SRR189780(GSM714640) cell line: HEK293clip variant: PAR-CLIPenzyma. (cell line) | SRR326279(GSM769509) cytoplasmic fraction was isolated using PARIS. (cell line) | SRR039622(GSM531985) HCV(+) Adjacent Tissue Sample. (liver) | SRR189784 | DRR000555(DRX000313) "THP-1 whole cell RNA, no treatment". (cell line) | SRR033722(GSM497067) KMS12 cell line (KMS12). (B cell) | SRR330906(SRX091744) tissue: normal skindisease state: normal. (skin) | DRR000557(DRX000315) "THP-1 whole cell RNA, after 3 day treatment . (cell line) | GSM956925PazD5(GSM956925) "cell line: HEK293 cell linepassages: 15-20ip. (cell line) | GSM956925Paz8D5(GSM956925) "cell line: HEK293 cell linepassages: 15-20ip. (cell line) | SRR342899(SRX096795) small RNA seq of Left atrial tissue. (heart) | SRR390724(GSM850203) small rna immunoprecipitated. (cell line) | SRR330880(SRX091718) tissue: skin psoriatic involveddisease state:. (skin) | GSM1105748AGO1(GSM1105748) small RNA sequencing data. (ago1 hela) | SRR342894(SRX096790) small RNA seq of Right atrial tissue. (heart) | SRR553572(SRX182778) source: Frontal Cortex. (Frontal Cortex) | SRR207113(GSM721075) IP against AGO 1 & 2. (ago1/2 cell line) | DRR000556(DRX000314) "THP-1 whole cell RNA, after 3 day treatment . (cell line) | SRR060985(GSM569189) Human naive B cell [09-001]. (cell line) | SRR037943(GSM510481) 293DcrTN. (cell line) | SRR553573(SRX182779) source: Cerebellum. (Cerebellum) | DRR000558(DRX000316) "THP-1 whole cell RNA, after 3 day treatment . (cell line) | SRR040036(GSM532921) G243N. (cervix) | GSM956925PAZD5 | SRR037876(GSM522374) fibroblasts_cell_culture. (fibroblast) | TAX577740(Rovira) total RNA. (breast) | SRR037937(GSM510475) 293cand2. (cell line) | SRR039192(GSM494811) K562 cell line is derived from a CML patient . (cell line) | TAX577590(Rovira) total RNA. (breast) | SRR038861(GSM458544) MM466. (cell line) | SRR330868(SRX091706) tissue: skin psoriatic involveddisease state:. (skin) | GSM956925Ago2(GSM956925) "cell line: HEK293 cell linepassages: 15-20ip. (ago2 cell line) | SRR330902(SRX091740) tissue: skin psoriatic uninvolveddisease stat. (skin) | SRR107296(GSM677703) 18-30nt fraction of small RNA. (cell line) | SRR037934(GSM510472) 293cand4_rep3. (cell line) | SRR060169(GSM565979) 5-8F_cytoplasm. (cell line) | SRR326280(GSM769510) total cell content of unperturbed cells was s. (cell line) | SRR039623(GSM531986) HCV(+) HCC Tissue Sample. (liver) | GSM450598(GSM450598) miRNA sequencing raw reads from post-mortem s. (brain) | SRR038852(GSM458535) QF1160MB. (cell line) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ................................................................................................................................................................................................................AGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAACACC............. | 29 | 2.00 | 0.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .............................................................................................................................CTCACGCCTGTAATCCCAACAA....................................................................................................... | 22 | 2.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ....................................................................................................................GCACCGTGGCTCACGCCTGTTCCT.............................................................................................................. | 24 | 2.00 | 0.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .................................................................................................................................CGCCTGTAATCCCAACACTTTAGA................................................................................................. | 24 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .CAAGTACTGTCTGGGG......................................................................................................................................................................................................................................... | 16 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ..........................................................................................................................................................................................TCGAGACCATCCTGGCTAACCCT......................................... | 23 | 1.00 | 0.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .................................................................................................................................CGCCTGTAATCCCAACACTTTGGATA............................................................................................... | 26 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ..................................................................................................................................................................................................................TGAAACCCCGTCTCTACTAGCTC................. | 23 | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .................................................................................................................................CGCCTGTAATCCCAACACTTAAC.................................................................................................. | 23 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | |
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| .................................................................................................................................CGCCTGTAATCCCAAACCC...................................................................................................... | 19 | 1.00 | 0.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
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| ....................................................................................................................................................................................................................AAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAGTAG......... | 29 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
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| .............................................................................................................................CTCACGCCTGTAATCCCAACAA....................................................................................................... | 22 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ............................................................................................................................................................................ACGAGGTCAGGAGATCGAGATAG....................................................... | 23 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | |
| ....................................................................................................................................................................................................................AAACCCCGTCTCTACTAAAAATGCCG............ | 26 | 1.00 | 0.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
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| ............................................................................................................................................................................................CACTATGTTAGCCAGGATGGTCTC...................................... | 24 | 0 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
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| .................................................................................................................................CGCCTGTAATCCCAACACTTTGA.................................................................................................. | 23 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
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| ...............................................................................................................................CACGCCTGTAATCCCAACATGTG.................................................................................................... | 23 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ..................................................................................................................................................................................................................TGAAACCCCGTCTCTACGCA.................... | 20 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ....................................................................................................................................................................................AGGAGATCGAGACCATCCTTATA............................................... | 23 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
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| ..............................................................................................................................TCACGCCTGTAATCCCAATCGA...................................................................................................... | 22 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | |
| ....................................................................................................................................................................................................CCTGGCTAACATAGTGAGGTC................................. | 21 | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .....................................................................................................................TACAGGCGTGAGCCACGGTG................................................................................................................. | 20 | 0 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
| ...............................................................................................................................................ACACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGAG................................................................................ | 27 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ................................................................................................................................................................GGCAGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATAGG............................................................ | 30 | 1.00 | 0.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ....................................................................................................................................CTGTAATCCCAACACTTTGGGAGCAGC........................................................................................... | 27 | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ............................................................................................................................................................................................................ACATAGTGAAACCCCGTCTCTACTACGAC................. | 29 | 1.00 | 0.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ..............................................................................................................GGCCGGGCACCGTGGCTCACGCCTGTGGCA.............................................................................................................. | 30 | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ......................................................................................................................ACCGTGGCTCACGCCTGTACAGG............................................................................................................. | 23 | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ...............................................................................................................................CACGCCTGTAATCCCAACACTTTC................................................................................................... | 24 | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| ............................................................................................................................................................................................................ACATAGTGAAACCCCGTCTCGGA....................... | 23 | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .....................................................................................................................CACCGTGGCTCACGCCTGTAGCCT............................................................................................................. | 24 | 1.00 | 0.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| .....................................................................................................................................................................................GGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACATAAGC...................................... | 31 | 1.00 | 0.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |