ID:hsa-mir-8086 |
Coordinate:chr10:28289258-28289350 - |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -38.5 | -37.9 | -37.9 |
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TTAACCAGAGGAGGAAGCGCACGGGAAACAGTTCATCTCAGCTTCCTTAATCCACTAGTCTGCTAGTCTGGACTGATATGGTTAGCTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGCATGGTCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGAGTCTCC
***********************************....((((......(((((((.((((.(((((((((..(((((.((((((((((.((((......)))).)))).)))))).))))).))))))))))).))))))).))......))))...*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR040038 cervix |
SRR330921 skin |
SRR342899 heart |
SRR444043 skin |
TAX577738 breast |
TAX577743 breast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ........AGGAGGAAGCGCACGGGAA...................................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................CACGGGAAACAG.................................................................................................................................................................. | 12 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......AGAGGAGCGAGCGCACGGG........................................................................................................................................................................ | 19 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ................................................................................................................GGCTCTGTTG....................................................................... | 10 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................ATACGGTTAGCTTTTTTTAGTT................................................................................................ | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .........GGAGCAAGCGCACGGG........................................................................................................................................................................ | 16 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................TGTTGCCCAGGCTG.............................................................. | 14 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
|
AATTGGTCTCCTCCTTCGCGTGCCCTTTGTCAAGTAGAGTCGAAGGAATTAGGTGATCAGACGATCAGACCTGACTATACCAATCGAAAAAAAAAAAAAACTCTACCTCAGACCGAGACAACGGGTCCGACCTCATGTCACCGTACCAGAACCGAGTGACGTTGGAGGCGGAGGACCCAAGTTCGCTCAGAGG
***********************************....((((......(((((((.((((.(((((((((..(((((.((((((((((.((((......)))).)))).)))))).))))).))))))))))).))))))).))......))))...*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139211 testes |
GSM450606 brain |
TAX577740 breast |
SRR191597 breast |
SRR342896 heart |
SRR330919 skin |
SRR039622 liver |
GSM450608 brain |
SRR039618 liver |
SRR330907 skin |
SRR342895 heart |
SRR342897 heart |
SRR553572 frontal-cortex |
SRR553576 testes |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .................................................................................................AAACTCTACCTCAGACCGAGACAACGGG.................................................................... | 28 | 0 | 20 | 11.35 | 227 | 227 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................TTGTCAAGCAGAGGCGTAGGAAT................................................................................................................................................ | 23 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................AGGCGGAGGACCCAAGTTC......... | 19 | 0 | 20 | 0.30 | 6 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................AAGTCGTGTCGAAGGAATTTGGT........................................................................................................................................... | 23 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................AAGTAGAGTCGAAGGA.................................................................................................................................................. | 16 | 0 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................CCGAGTGACGTTGGAGGCGGA..................... | 21 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................GTCAAGTAGACTCGAAGGAG................................................................................................................................................. | 20 | 2 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........CCTCCTTCGCATGCCC........................................................................................................................................................................ | 16 | 1 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................CGAAGGAATTAGGT........................................................................................................................................... | 14 | 0 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................CGAGTGACGTTGGAGGCGGAGGACCCAAGTTCG........ | 33 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ......................................................................................................................CAACGGGTCCGACCTCATGTCAC.................................................... | 23 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................CGAGACAACGGGTCCGACCTCATGTCACCGTA................................................ | 32 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...........................................................................................................TCAGACCGAGACAAC....................................................................... | 15 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................AGAGTCGAAGGA.................................................................................................................................................. | 12 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................CGTTGGAGGCGGAGGAC................. | 17 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr10:28289208-28289400 - | hsa-mir-8086 | TTAACCAGAGGAGGAAGCGCACGGGAAACAGTTCATCTCAGCTTCCTTAATCCACTAGTCTGCTAGTCTGGACTGATATGGTTAGCTTTTTT-------TTTTTTTTGtGtTGGtGTgTGGgTgTGTTGgggtGGgTGGtGTtgtGTGGgtTGGTgTTGGgTgtgTGgttggTggGggTggTGGGTTgttGgGtGTgTgg |
| panTro4 | chr10:28702809-28703001 - | TTAACCAGAGGAGGAAGCGCACGGGAAACAGTTCGTCTCAGCTTCCTTAATCCACTAGTCTGCTAGTCTGGACTGATATGGTTAGCTTTTTT-------TTTTTTTTGtGtTGGtGTgTGGgTgTGTTGgggtGGgTGGtGTtgtGTGGgtTGGTgTTGGgTgtgTGgttggTggGggTggTGtGTTgttGgGtGTgTgg | |
| rheMac3 | chr9:28331410-28331595 - | TTAACCAGAG--------------GAAACAGTTCACCTCAGCTTCCTTAATCTACCAGTCTGCTAGTCTGGACTGATATGGTTAGCTTTTTTgTTTTTgTTTTTTTTGtGtTGGtGTgTGGgTgTGTTGgggtGGgTGGtGTtgtGTGGgtTGGTgTTGGgTgtgTGgttggTggGggTggTGGGTTgttGgGtTTgTgg | |
| mm10 | Unknown | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rn5 | Unknown | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| canFam3 | Unknown | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| monDom5 | Unknown | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 11:08 AM