ID:hsa-mir-8076 |
Coordinate:chr3:113432118-113432200 - |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -27.6 | -27.2 | -27.1 | -27.1 |
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| mature | star |
|
TCTGTGTTTTACTTATTTATCACAGCTCCTGGCACACAAGTTGATAATAACCTATCCACACGTCTGGTCTAGAGTTCTCCTGTGAGAGCTACTAAGTCTTATATGGACTTTTCTGATACAATGTAGTGGAAAGAGACCTGGACTTTGGTTTTGAGTCCTGGATCTACCATTTAGAGATGCTTG
***********************************.....((((.......((.(((((((((...(((.((((...((((((((((.((....))))))))).)))...)))))))...)))).))))).))...........))))*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139183 lung |
SRR139188 lung |
SRR139194 ovary |
SRR139217 thymus |
SRR342898 heart |
TAX577740 breast |
SRR037876 fibroblast |
TAX577588 breast |
SRR342894 heart |
TAX577453 breast |
SRR039623 liver |
TAX577579 breast |
TAX577744 breast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .......................................................................................................................................ACCTGGACTTTGGT.................................. | 14 | 0 | 20 | 1.20 | 24 | 24 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................AGCTACTAAGTCTTAT................................................................................. | 16 | 0 | 3 | 1.00 | 3 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................ACCTGGACTTTGGTT................................. | 15 | 0 | 5 | 1.00 | 5 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................GTAGTGGAAAGAGACCTGGACTTTGGTAG................................ | 29 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................CTTTGGTTTTGAGTC.......................... | 15 | 0 | 11 | 1.00 | 11 | 0 | 11 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................GAAAGCGGCCTGGACATTGGTTTT............................... | 24 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................TCCAGACGTCCGTTCTAGAGTT........................................................................................................... | 22 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................GAGCTACTGGGTCTTATATTGAC........................................................................... | 23 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................GAGCTAATAAGTTTTATATTGAC........................................................................... | 23 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................CACACGTCTCGTCGAGAG............................................................................................................. | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................AAAGAGATCTGTACTTTGGTT................................. | 21 | 2 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................TAGCTACTAAGACTTATATTGA............................................................................ | 22 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .....................................................................................................................ACGATGTAGTGGAAAGAG................................................ | 18 | 1 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................CGAGTCCGGGATCTACCA.............. | 18 | 2 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................ATAGAGGCCTGCACTTTGGTTT................................ | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ...................................................................................................................................AGAGACCTGGACT....................................... | 13 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
AGACACAAAATGAATAAATAGTGTCGAGGACCGTGTGTTCAACTATTATTGGATAGGTGTGCAGACCAGATCTCAAGAGGACACTCTCGATGATTCAGAATATACCTGAAAAGACTATGTTACATCACCTTTCTCTGGACCTGAAACCAAAACTCAGGACCTAGATGGTAAATCTCTACGAAC
***********************************.....((((.......((.(((((((((...(((.((((...((((((((((.((....))))))))).)))...)))))))...)))).))))).))...........))))*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139201 placenta |
SRR139202 spleen |
SRR139205 spleen |
SRR139208 testes |
SRR342900 heart |
SRR330920 skin |
SRR342896 heart |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..............................................................AGACCAGATCTCAAGA......................................................................................................... | 16 | 0 | 4 | 1.00 | 4 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................CTGAAACCAAAACTC............................ | 15 | 0 | 20 | 1.00 | 20 | 0 | 0 | 20 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................CTGAAACCAAAACTCAG.......................... | 17 | 0 | 2 | 1.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................ACCTGAAAAGACTATGTT.............................................................. | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................GTCTCAAGATGACACTCTCGATT........................................................................................... | 23 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................GGATAGGTGTGCA........................................................................................................................ | 13 | 0 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ......................GTCGAGGACCG...................................................................................................................................................... | 11 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................AGTGTCGAGGACC....................................................................................................................................................... | 13 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr3:113432068-113432250 - | hsa-mir-8076 | TgTGTGT----------------------TTTtgTTtTTTtTgtgtGgTggTGGgtgtgtAGTTGATAATAACCTATCCACACGTCTGGTCTAGAGTTCTCCTGTGAGAGCTACTAAGTCTTATATGGACTTTTCTGATACAATGTtGTGGtttGtGtggTGGtgTTTGGTTTTGtGTggTGGtTgTtggtTTTtGtGtTGgTTG |
| panTro4 | chr3:116757452-116757634 - | TgTGTGT----------------------TTTtgTTtTTTtTgtgtGgTggTGGgtgtgtAGTTGATAATAACCTATCCACACGTCTGGTCTAGAGTTCTCCTGTGAGAGCTACTAAGTCTTATATGGACTTTTCTGATACAATGTtGTGGtttGtGtggTGGtgTTTGGTTTTGtGTggTGGtTgTtggtTTTtGtGtTGgTTG | |
| rheMac3 | chr2:33532821-33533003 - | TgTGTGT----------------------TTTtggTGTTTtTgtgtGgTggTGGgtgtgtGGTTGATAATAACCTATACACACGTCTCGTCTAGAGTTCTCCTGTGAGAGCTACTAAGTCTTATATGGACTTTTCTGATACAATGTtGgGGtttGtGtggTGGtgTTTGGTTTTGtGTggTGTtTgTtggtTTTtGtGtTGgTTG | |
| mm10 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rn5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| canFam3 | chr33:17752475-17752649 - | tGtgTGGCACACAGAAGTTACTGTCAACTCTAT----------------------------GTTGATAATGACCTCTCTGAACATCTGGTGTTGCTCTCTCCTGTGAGGTCTACAAAGTCTTTAATGGACTTTTCTAATACAGTGTtGTtGtttGtGt--TGGtgTgTtGGTtTGtGGgTTGGGTgTtgTGgTTtGtGtTGgTTg | |
| monDom5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 11:22 AM