ID:hsa-mir-8068 |
Coordinate:chr11:28477481-28477548 - |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -28.1 | -27.7 | -27.5 | -27.1 |
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|
GGAAATGAAGAAGGCTATTTTATGTTAGTTGTGAGACAGAGTTCCATTCAGGCTAACTCATGTTTGTTGTAAGGATCGTTGTGGCAATACAGTTATCCTTACAACAAATACTTTGCCAGATATTCAAGAATAAAAATTGCAATATGCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAG
***********************************......((....((.(((.......((((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))))....))).))...........))*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139201 placenta |
SRR139209 testes |
GSM450598 brain |
SRR342896 heart |
SRR039623 liver |
GSM450601 brain |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..........................AGTTGTGAGACAGAGT.............................................................................................................................. | 16 | 0 | 4 | 1.00 | 4 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................ACAGAGTTCCATTCA...................................................................................................................... | 15 | 0 | 7 | 1.00 | 7 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....ATGAAGAAGGCTATTTT................................................................................................................................................... | 17 | 0 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................GCTAACTCATG.......................................................................................................... | 11 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| ...........................GTTGTGCGACAGAGTTACA.......................................................................................................................... | 19 | 2 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .....TGAAGAAGGATATTTTATATTA............................................................................................................................................. | 22 | 2 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
CCTTTACTTCTTCCGATAAAATACAATCAACACTCTGTCTCAAGGTAAGTCCGATTGAGTACAAACAACATTCCTAGCAACACCGTTATGTCAATAGGAATGTTGTTTATGAAACGGTCTATAAGTTCTTATTTTTAACGTTATACGGGTCGTGAAACCCTCCGGTTC
***********************************......((....((.(((.......((((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))))....))).))...........))*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR342897 heart |
SRR342894 heart |
SRR342898 heart |
SRR139164 heart |
SRR139176 kidney |
SRR139190 lung |
SRR139209 testes |
SRR342896 heart |
SRR342900 heart |
SRR342899 heart |
SRR330904 skin |
SRR330907 skin |
SRR330908 skin |
SRR342901 heart |
GSM532879 cervix |
SRR330905 skin |
SRR330919 skin |
SRR330922 skin |
SRR330923 skin |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ....................................GTCTCAAGGTAAGT...................................................................................................................... | 14 | 0 | 20 | 13.05 | 261 | 164 | 25 | 28 | 0 | 0 | 0 | 0 | 15 | 18 | 3 | 0 | 1 | 2 | 2 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| ....................................GTCTCAAGGTAAGTC..................................................................................................................... | 15 | 0 | 6 | 1.50 | 9 | 5 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................GGTAAGTCCGATTGAGT............................................................................................................ | 17 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................CTTATTTTTAACGTTAT........................ | 17 | 0 | 4 | 1.00 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................AACACCGTTATGTCA........................................................................... | 15 | 0 | 9 | 1.00 | 9 | 0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................AACACCGTTATGTCAA.......................................................................... | 16 | 0 | 6 | 1.00 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................TGTCAATAGG...................................................................... | 10 | 0 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................GTCTCAAGGTGAGTCC.................................................................................................................... | 16 | 1 | 20 | 0.10 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................GTCTCAAGGTGACTCTGATTG............................................................................................................... | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................GTCTCAAGGTAA........................................................................................................................ | 12 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ....................................GTCTCAAGGTAAGGCC.................................................................................................................... | 16 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................GTCTCAAGGTAGGTCCG................................................................................................................... | 17 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................CAATCACCATTCCTAGCA......................................................................................... | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................GTTGTTTATGA........................................................ | 11 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr11:28477431-28477598 - | hsa-mir-8068 | GGtAATGAAGAAGGCTATTTTATGTTAGTTGTGAGA--CAGAGTTCCATTCAGGCTAACTCATGTTTGTTGTAAGGATCGTTGTGGCAATACAGTTATCCTTACAACAAATACTTTGCCAGATATTCAAGAATAAAAATTGCAATATGgggtGgtgTTTGGGtGGggttG |
| panTro4 | chr11:28361400-28361567 - | GGtAATGAAGAAGGCTATTTTATGTTAGTTGTGAGA--CAGAGTTCCATTCAGGCTAACTCATGTTTGTTGTAAGGATAGTTGTGGCAATACAGTTATCCTTACAACAAATACTTTGCCAGATATTCAAGAATAAAAATTGCAATATGgggtGgtgTTTGGGtGGggttG | |
| rheMac3 | chr14:43560051-43560217 + | GGtAATGAAGAAGGTTATTTTA-GTTAGTTGCAAGA--CAGAGTTCCACTCAGGCTAACTCATGTTTGTTGTAAGGACAGTTGTGGCAATACAGTTATCCTTACAACAAATAACTTGCCAGATATTCAAGAACAGAAATTGCAATATGgggtGgtgTTTGGGtGGggttG | |
| mm10 | chr2:108934703-108934712 + | G------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------tGGtGTTtG---------- | |
| rn5 | chr3:106659395-106659485 + | GAAAGCTAAGGATGTTATGTTACATTAGTTGGAAGAACTAAAGTTATATTCAGAGTCATTTT---------------------------------TATATTACACAAAGATACTTTTCTAAATA---------------------------------------------- | |
| canFam3 | chr21:48861717-48861841 - | GGAAATGAAGGTTGTTATATTATTTTAGTGGCAAAACACAGAGTTCCATTCAAGCCAACTCATG----TTATACGGATAATTGTGGCAATAGGGT---------AAAGAAACGTTTGCCAGACTCTCGTGAATAGACC-------------------------------- | |
| monDom5 | Unknown | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 10:50 AM