ID:hsa-mir-645 |
Coordinate:chr20:50585786-50585879 + |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -17.6 | -17.1 | -17.1 |
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CTCAGGTGGTCATGCTCAGTCGCTCGCCACTCACCTCCTGCCATGCAGTCCAGTTCCTAACAGGCCTCAGACCAGTACCGGTCTGTGGCCTGGGGGTTGAGGACCCCTGCTCTAGGCTGGTACTGCTGATGCTTAAAAAGAGAGGGTTTGCCAGAAATCAGATGGGACAAAAGGGCAAAGGCCGTGCCACAGAG
*********************************************************************************.....((((((((((((...))))))).....))))).........(((.(((.......))).)))..******************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139162 brain |
SRR139175 kidney |
SRR139178 liver |
SRR139181 liver |
SRR139206 spleen |
SRR139173 kidney |
SRR040020 cervix |
SRR330905 skin |
SRR342896 heart |
SRR553572 frontal-cortex |
TAX577740 breast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ....................................................................................................................................................................GGACAAAAGGGCAAA............... | 15 | 0 | 20 | 4.20 | 84 | 21 | 21 | 0 | 21 | 21 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................GCTTAAAAAGAGAGG................................................. | 15 | 0 | 20 | 1.05 | 21 | 0 | 0 | 21 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................GGTACTGCTGATGCTTA........................................................... | 17 | 0 | 2 | 1.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................TTGGCTGGTACTGTTGATGGTT............................................................ | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ................................................................................................TTGAGGACCCCTGC.................................................................................... | 14 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .........................................................................AGTACCGGTCTGTGGCC........................................................................................................ | 17 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .....................................................................................TGGCCTGGGGGTT................................................................................................ | 13 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................GGCAACGGCCGTGCCACC... | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
GAGTCCACCAGTACGAGTCAGCGAGCGGTGAGTGGAGGACGGTACGTCAGGTCAAGGATTGTCCGGAGTCTGGTCATGGCCAGACACCGGACCCCCAACTCCTGGGGACGAGATCCGACCATGACGACTACGAATTTTTCTCTCCCAAACGGTCTTTAGTCTACCCTGTTTTCCCGTTTCCGGCACGGTGTCTC
********************************************.....((((((((((((...))))))).....))))).........(((.(((.......))).)))..********************************************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139170 heart |
SRR553576 testes |
SRR342894 heart |
TAX577739 breast |
SRR039624 liver |
SRR330905 skin |
SRR330908 skin |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...........................GTGAGTGGAGGACGG........................................................................................................................................................ | 15 | 0 | 20 | 3.10 | 62 | 62 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................GGTACGTCAGGTGAAGGAGTGT.................................................................................................................................... | 22 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............AGTCAGCGAGCG....................................................................................................................................................................... | 12 | 0 | 9 | 0.44 | 4 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..............................AGTGGAGGACGGTGGTTCAGGTCA............................................................................................................................................ | 24 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........GAACGAGTTAGCGAGCGGTG.................................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...............AGTCAGCGAGC........................................................................................................................................................................ | 11 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .......................................CGGTACGTCAGGT.............................................................................................................................................. | 13 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr20:50585736-50585929 + | hsa-mir-645 | ctcaggtggtcatgctcagtcgctcgccactcacctcctgccatgcagtccagttcctaacaggcctcagaccagtaccggtctgtggcctgggggttgaggacccctgCTCTAGGCTGGTACTGCTGATGCTTAAAAAGAGAG-----GGTTTGCCAGAAATCAGATGGGACAAAAGGGCAAAGGCCGTGCCACAGAG |
| panTro4 | chr20:47645563-47645756 + | ctcaggtggtcatgctcagtcgctcgccactcacctcctgccatgcagtacagttcctaacaggcctcagaccagtaccggtctgtggcctgggggttgaggacccctgCTCTAGGCTGGTACTGCTGATGCTTAAAAAGAGAG-----GGTTTGCCAGAAATCAGATGGGACAAAAGGGCAAAGGCCGTGCCACAGAG | |
| rheMac3 | chr10:13848380-13848578 - | ctcaggcagtaatgcttgctcgccggcctctcacctcctgccatgcagcccagttcctaacaggcctcagaccggtaccggtccgtggcctgggggttgaggacccctgCTCTAAGTGGGTACTGCTGATGCTTAAAAAAAGAGGAGGGGGTTTGCCAGAAATCAGATGGGGCAAAAGGGCAAAGGCTGTGCCACAGAG | |
| mm10 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rn5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| canFam3 | chr24:37006532-37006544 + | CGTG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACCCCCAAG | |
| monDom5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 11:05 AM