ID:hsa-mir-620 |
Coordinate:chr12:116148560-116148654 - |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -30.6 | -30.5 | -30.2 |
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| mature | star |
|
TATGCTCCTCTTTCCCAAAATAAGAAAATCAAGATAAACTACTTATATCTATATATATCTATATCTAGCTCCGTATATATATATATATATATATAGATATCTCCATATATATGGAGATAGATATAGAAATAAAACAAGCAAAGAAGTTTTTAGTATGGATTGTCAACTTGACATCACTTTTTCAGTGATTTTATC
***********************************(((((.(((.........(((.((((((((((.((((((((((((....((((........))))....)))))))))))).)))))))))).))).........))).)))))...........*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR342901 heart |
SRR039621 liver |
TAX577739 breast |
SRR037876 fibroblast |
TAX577744 breast |
TAX577579 breast |
TAX577740 breast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ........................AAAATCAAGATAAACTACT........................................................................................................................................................ | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................AAGAAGTTTTTAGTATGGATTGTC............................... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................ATGGAGATAGATATAGAA................................................................... | 18 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................ATCACATTTTCAGTGATTTT... | 20 | 1 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................ATCACTTTTCCAGTGATTT.... | 19 | 1 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................ATCACATTTTCAGTGATTT.... | 19 | 1 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................TTCACATTTTCAGTGATTTTAT. | 22 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ............................................................................................................................................................................ATCACTTTGTCAGGGATTTT... | 20 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................ATCACTTTTCCCGTGATTTT... | 20 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
ATACGAGGAGAAAGGGTTTTATTCTTTTAGTTCTATTTGATGAATATAGATATATATAGATATAGATCGAGGCATATATATATATATATATATATCTATAGAGGTATATATACCTCTATCTATATCTTTATTTTGTTCGTTTCTTCAAAAATCATACCTAACAGTTGAACTGTAGTGAAAAAGTCACTAAAATAG
***********************************(((((.(((.........(((.((((((((((.((((((((((((....((((........))))....)))))))))))).)))))))))).))).........))).)))))...........*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139200 placenta |
SRR094131 uterus |
SRR342896 heart |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..........................................................GATATAGATCGAGGC.......................................................................................................................... | 15 | 0 | 3 | 1.00 | 3 | 3 | 0 | 0 |
| ........................TTTTAGTTCTATTCGAT.......................................................................................................................................................... | 17 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| ...CGAGGAGAAAG..................................................................................................................................................................................... | 11 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr12:116148510-116148704 - | hsa-mir-620 | TATGCTCCTCTTTCCCAAAATAAGAAAATCAAGATAAACTACTTtTtTgTtTtTtTtT------------------------------------gTtTtTgTtGgTggGTtTtTtTtTtTtTtTtTtTtTtGtTtTgTggtTtTtTtTGGtGtTtGtTtTtGt--------------------------------ttTtAAACAAGCAAAGAAGTTTTTAGTATGGATTGTCAACTT--GACATCACTTTT-TCAGTGATTTTATC |
| panTro4 | chr12:116657109-116657298 - | TATGCTCCTCTTTCCCAAAATAAGAAAATCAAGATAAACTACGTtTtTgTtTtTtTtT------------------------------------gTGTtTgTtGgTggGTtTtTtTt------TtTtTtTtGtTtTgTggtTtTtTtTGGtGtTtGtTtTtGt--------------------------------TtTtAAACAAGCAAAGAAGTTTTTAGTATGGATTGTCAACTT--GACATCACTTTTTTCAGTGATTTTATC | |
| rheMac3 | chr11:117968413-117968565 - | TACGTTCCTCTTTCCCAAAATAACAAAATCAAGATAAACTACTTtTtTgTtTtGtTtGtTtTtGtTtTtGtgtTtGtGtTtgGTtTGTtGtGtT------------------------------------------------------------------tTt--------------------------------TtTtAAACAAGCAAAGAAGTTTTTAGTATGGATTGTCAACTT--GACGTCACTTTT-T------------C | |
| mm10 | Unknown | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rn5 | Unknown | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| canFam3 | chr26:12949702-12949877 - | AACTTTTTTC-CCCACAAGATAACAAAATAAAAAGAAGCTACTTTTtTTTtTTTtTTTTTttTGCGAGT----------------------GGT------------------------------------------------------------------TTTAGCTAGAAATGTAGAGCAGAGTTACTGAGCAGGCATAAACAAGCAAACAGGTTTTCAGTATACATTGTCAACTAGACACATCACTTTT-TTGCCAATTTGATC | |
| monDom5 | Unknown | -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 11:21 AM