ID:hsa-mir-619 |
Coordinate:chr12:108836908-108837006 - |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -28.0 | -27.8 |
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GTGTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACCCCTGACCTCAAGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCGGTCGACCATGACCTGGACATGTTTGTGCCCAGTACTGTCAGTTTGCAGAGTGTCCCTCAGTGTGAGTGTGTCTGATGTTCTTGTGTGATTCCACCGGG
**********************************************************..............(((((((..((((((((((..(((....((((......))))))).)))))))))))))))))...************************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139164 heart |
SRR139166 heart |
SRR139170 heart |
SRR139208 testes |
SRR191439 breast |
SRR330904 skin |
GSM450600 brain |
SRR040028 cervix |
SRR330923 skin |
SRR330908 skin |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...........................................................................................................CATGACCTGGACATGT............................................................................ | 16 | 0 | 2 | 2.00 | 4 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................CTCAGTGTGAGTGTGTC.......................... | 17 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................................CTTGTGTGATTCCACCGGG | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................................................CTGATGTTCTTGTGTG........... | 16 | 0 | 4 | 1.00 | 4 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................ACCTGGACATGTTTGTGCCCAGT................................................................. | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................TGTCTGATGATATTGTGTGATT........ | 22 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................TGTCAGTTTGTCGAGTGCCCCT......................................... | 22 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .........................................................................GCTGGGATTACAGGCATGAGCCAC...................................................................................................... | 24 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 |
| ............................................................................................................................................................CTCAGTGATAGTGTGTCTGAGG..................... | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
CACAACGGTACAACCGGTCCGACCAGAGCTTGGGGACTGGAGTTCACTAGGCGGGTGGAGTCGGAGGGTTTTACGACCCTAATGTCCGTACTCGGTGACGCCAGCTGGTACTGGACCTGTACAAACACGGGTCATGACAGTCAAACGTCTCACAGGGAGTCACACTCACACAGACTACAAGAACACACTAAGGTGGCCC
*************************************************************..............(((((((..((((((((((..(((....((((......))))))).)))))))))))))))))...********************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139171 kidney |
SRR444045 skin |
SRR040018 cervix |
SRR553573 cerebellum |
SRR039620 liver |
TAX577744 breast |
SRR040038 cervix |
SRR342901 heart |
SRR444061 skin |
SRR553576 testes |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ......................................................................................................................................................................CACACAGACTACAAGA................. | 16 | 0 | 9 | 1.00 | 9 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................GCGAGCTGGTACTG...................................................................................... | 14 | 1 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ......................................................................................................GGCTGGTACTGGACCTGTC.............................................................................. | 19 | 2 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................GTCTCACAGGGAGTC...................................... | 15 | 0 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................ACGTAATCGGTGACGCCAG............................................................................................... | 19 | 2 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................CGGAGACGCCAGCAGGTACTT...................................................................................... | 21 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................CCAGCTGGTAC........................................................................................ | 11 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...................................................................................GTCCGTCCCCGTTGACGCCAG............................................................................................... | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................CGACCAGAGCTTGGGGACTGGAGTTCAC........................................................................................................................................................ | 28 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr12:108836858-108837056 - | hsa-mir-619 | GTGTTGggtTGTTGGggtGGgTGGTgTgGttggggTGtggTgttGTGtTggGgggtggTgtGggTgggttttTGgTGGGtTTtgtGGgtTGtGggtgTGgGGTgGtggtTGtggTGGtgtTGTTTGTGgggtGTtgTGTgtGTTTGgtGtGTGTgggTgtGTGTGtGTGTGTgTGtTGTTgTTGTGTGtTTggtggGGG |
| panTro4 | chr12:109215166-109215364 - | GTGTTGggtTGTTGGggtGGgTGGTgTgtttggggTGtggTgttGTGtTggGgggtggTgtGggTgggttttTGgTGGGtTTtgtGGgtTGtGggtggGTGGTgGtggtTGtggTGGtgtTGTTTGTGgggtGTtgTGTgtGTTTGgtGtGTGTgggTgtGTGTGtGTGTGTgTGtTGTTggTGTGTGtTTggtgTGGG | |
| rheMac3 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| mm10 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rn5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| canFam3 | chr26:18090236-18090329 + | tTGttgGGGtTtgT--------------------------------------------------------TTTGg-------------------------------------------------tGGGGtTtGGggTtTgtTTTTGTtGttTGTgTgTgtGTTTtGgTTTGgGTGGTtTTgTgTGGtGtTTtGtTTTGG | |
| monDom5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 11:22 AM