ID:hsa-mir-613 |
Coordinate:chr12:12764649-12764743 + |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -26.4 | -26.1 | -26.1 |
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TAATATATTTTCTATTTCTACTAGGTGTGGGCTTTATTGGTTGATTTCTCGGTGAGTGCGTTTCCAAGTGTGAAGGGACCCTTCCTGTAGTGTCTTATATACAATACAGTAGGAATGTTCCTTCTTTGCCACTCATACACCTTTATGTGCATCTCACATGGTGTTCTTCCCCAGGTGGATGTGATTCTCCATGCC
**********************************************.....(((((((.((..........(((((((((((..(((((.(((.......))).))))).)))...))))))))...))))))))).....****************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139201 placenta |
SRR039622 liver |
SRR139219 thymus |
SRR444061 skin |
SRR342900 heart |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ......................................................................................................................................................................TTCCCCAGGTGGATG.............. | 15 | 0 | 18 | 3.00 | 54 | 54 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................TTCCAAGTGTGAAGGGACCCTTC............................................................................................................... | 23 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..................................................................AGTGTGAAGGGACCCTTCCT............................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........CTATTTCTACTAGGT......................................................................................................................................................................... | 15 | 0 | 8 | 1.00 | 8 | 0 | 0 | 8 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................GAATGTTCCTTCTT..................................................................... | 14 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
ATTATATAAAAGATAAAGATGATCCACACCCGAAATAACCAACTAAAGAGCCACTCACGCAAAGGTTCACACTTCCCTGGGAAGGACATCACAGAATATATGTTATGTCATCCTTACAAGGAAGAAACGGTGAGTATGTGGAAATACACGTAGAGTGTACCACAAGAAGGGGTCCACCTACACTAAGAGGTACGG
******************************************************.....(((((((.((..........(((((((((((..(((((.(((.......))).))))).)))...))))))))...))))))))).....********************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139215 thymus |
SRR139168 brain |
SRR139194 ovary |
SRR139200 placenta |
TAX577745 breast |
GSM450602 brain |
SRR342896 heart |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ATTATATAAAAGATA.................................................................................................................................................................................... | 15 | 0 | 20 | 6.35 | 127 | 127 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................ATATATGTTATGTCA..................................................................................... | 15 | 0 | 18 | 1.00 | 18 | 0 | 0 | 0 | 18 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................ACAGAATATATGTTAT......................................................................................... | 16 | 0 | 11 | 1.00 | 11 | 0 | 0 | 11 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................GCAAAGGTTCACACTTC........................................................................................................................ | 17 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................TATGTGGAAATACACGGCGAG........................................ | 21 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................TATGTGGATATACACGTAGGGT....................................... | 22 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ....................................................ACTCACGCAA..................................................................................................................................... | 10 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr12:12764599-12764793 + | hsa-mir-613 | taatatattttctatttctaCTAGGTGTGGGCTTTATTGGTTGATTTCTCGGTGAGTGCGTTTCCAAGTGTGAAGGGACCCTTCCTGTAGTGTCTTATATACAATACAGTAGGAATGTTCCTTCTTT----GCCACTCATACACCTTTATGTGCATCTCACATGGTGTTCTTCCCCAGGTGGATGTGATTCTCCATGCC |
| panTro4 | chr12:13033662-13033856 + | taatatattttttatttCTACTAGGTGTGGGCTTTATTGGTTGATTTCTCAGTGAGTGCATTTCCAAGTGTGAAGGGACCCTTCCTGTAGTGTCTTATATACAATACAGTAGGAATGTTCCTTCTTT----GCCACTCATACACCTTTATGTGCATCTCACATGGTGTTCTTCCCCAGGCGGATGTGATTCTCCATGCC | |
| rheMac3 | chr11:13031648-13031846 + | ttatatattttttatttCTACTAAGTGTGGGCTTTATTGGTTGATTTCTTGGTGAGTACATTTCCAAGTGTGAAGGTACCCTTCCAGCAGTGTCTTAGATACAGTACGGTAGGAACGCTCCTTATTCTCCAGTCACTCATACACGTTTATGTGTATCTCACATGGTGTTCTTCCCCAGGTGGATGTGATTCTTCATGCC | |
| mm10 | chr6:134969195-134969234 + | CAATTCCACCTTCAATTTTA-------TGGTTGTCATTTGTTTGTTT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rn5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| canFam3 | chr27:33558304-33558306 - | TAA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| monDom5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 11:07 AM