ID:hsa-mir-5700 |
Coordinate:chr12:94561789-94561859 + |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -40.8 | -40.4 | -40.2 |
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| mature | star |
|
ACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCGAGACTCTGTCTCACATAAATAAACTAATTAATTAATGCATTAAATTATTGAAGGCCCTTGGGCACCCCAGGCCTTCAATAATTTAATGCATTTATTGAGCATCTACGATCTCATCTAACCCCTATAATCCTAGGCAGTTAACAGTTTA
***********************************...............(((((.(((((((((((((((((((((((..((((...))))))))))))))))))))))))))).)))))...............*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139193 ovary |
SRR139209 testes |
SRR139164 heart |
SRR139166 heart |
SRR139168 brain |
SRR139174 kidney |
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SRR139208 testes |
GSM450603 brain |
SRR095854 brain |
SRR191594 breast |
SRR330915 skin |
SRR342897 heart |
SRR342898 heart |
SRR342899 heart |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ..........................................................TGCATTAAATTATTGAAGGCC............................................................................................ | 21 | 0 | 2 | 2.00 | 4 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................AATGCATTAAATTATTGAAGGC............................................................................................. | 22 | 0 | 2 | 1.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| .........................................................ATGCATTAAATTATTGAAGG.............................................................................................. | 20 | 0 | 2 | 1.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ....................GCGAGACTCTG............................................................................................................................................ | 11 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .........TGGGCAACAGAGCGAGAC................................................................................................................................................ | 18 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
TGAGGTCGGACCCGTTGTCTCGCTCTGAGACAGAGTGTATTTATTTGATTAATTAATTACGTAATTTAATAACTTCCGGGAACCCGTGGGGTCCGGAAGTTATTAAATTACGTAAATAACTCGTAGATGCTAGAGTAGATTGGGGATATTAGGATCCGTCAATTGTCAAAT
***********************************...............(((((.(((((((((((((((((((((((..((((...))))))))))))))))))))))))))).)))))...............*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139168 brain |
SRR139209 testes |
SRR139164 heart |
SRR139166 heart |
SRR139174 kidney |
SRR139190 lung |
SRR139193 ovary |
SRR139208 testes |
GSM450603 brain |
SRR095854 brain |
SRR037876 fibroblast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ............................................................................................CCGGAAGTTATTAAATTACGTA......................................................... | 22 | 0 | 2 | 3.00 | 6 | 0 | 0 | 2 | 0 | 2 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................CCGGAAGTTATTAAATTACGT.......................................................... | 21 | 0 | 2 | 2.00 | 4 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................GGAAGTTATTAAATTACGTA......................................................... | 20 | 0 | 2 | 1.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
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| ...............................................................................................GAAGTTATTAAATTACGTA......................................................... | 19 | 0 | 2 | 1.00 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ......................................................................................................................ACTCGTAGATGCTAG...................................... | 15 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ...........................................................................................................................TAGATGCACGAGTTGATTGGG........................... | 21 | 3 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr12:94561739-94561909 + | hsa-mir-5700 | actccagcctgggcaacagagcgagactctgtctcacataaataaaCTAATTAATTAATGCATTAAATTATTGAAGGCCCTTGGGCACCCCAGGCCTTCAATAATTTAATGCATTTATTGAGCATCTACGATCTCATCTAACCCCTATAATCCTAGGCAGTTAACAGTTTA |
| panTro4 | chr12:94786255-94786425 + | actccagcctgggcaacagagcgagactctgtctcacataaataaaCTAATTAATTAATGCATTAAATTATTGAAGGCTCCTGGGCACCCCAGGCCTTCAATAATTTAATGCATTTATTGAGCATCTACTATCTCATCTAACCCCTATAATCCTAGGCAGTTAACAGTTTA | |
| rheMac3 | chr11:96294024-96294182 + | actccagcct------------gagactccgtctcaaataaataaaCTAATTAATTAATGCATTAAATTACTGAAGGCCCTTGGGCACCCCAGGCCTTCAATAATTTAATGCATTTATTGAGCATCTACTATCTCATTTAATCCCTATAATTCTAGGCAGTTAACAGTTTA | |
| mm10 | Unknown | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rn5 | Unknown | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| canFam3 | chr15:34621017-34621087 + | AC---------------------------------------------------------ACATGAAATGACGCAGGTCCCCTT-----------------------CCACGCACTC--------------------TCTGAACCCCACAGCCCTGGGCACTCCACGGTTTA | |
| monDom5 | Unknown | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 10:48 AM