ID:hsa-mir-5692b |
Coordinate:chr21:42950928-42951014 - |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -42.3 |
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ATATCACAGTATGTACACTCACTGTGATATTAGGAGTCCCATTTTCCTAGGATATTATGAATAATATCACAGTAGGTGTTCACACATAATGTGTACACCATGTGTGTACACCCATGTGATATTTGAAGTAGTATGTCCCTAGGATCTTATGAATAATCTCAAAAGGTGTACACCCCATGTGACATTA
***********************************....(((..((((((((((((((....(((((((((...(((((.(((((((..((....))..))))))).)))))..)))))))))....)))))))...)))))))....))).*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139185 lung |
SRR139174 kidney |
SRR553576 testes |
TAX577740 breast |
SRR330906 skin |
SRR191409 breast |
SRR191570 breast |
SRR037876 fibroblast |
SRR039625 liver |
TAX577738 breast |
TAX577743 breast |
TAX577744 breast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...................................................................................................................................................................AGGTGTACACCCCAT......... | 15 | 0 | 15 | 1.00 | 15 | 15 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..ATCACAGTATGTACACTC....................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................ATAATATCACAGTAG................................................................................................................ | 15 | 0 | 15 | 1.00 | 15 | 15 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................TAGGATCTTATGAATAATCTCAAAAGG..................... | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................AATAATATCACAGTAGGTGT............................................................................................................ | 20 | 0 | 6 | 0.67 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................TACAGCCATGTGATAATTGAAG........................................................... | 22 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................GTCCCGTTTTCCCAGGATA..................................................................................................................................... | 19 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................TGTGATGTTTGAGGTAGTAGGT................................................... | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ...........................................................................................................................TGAAGTAGTATGTTCCTTGGTT.......................................... | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .........................................................................................................GTACAGCAATGTGATAATTGAA............................................................ | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................GTACACCCCTTTGATATCTGA............................................................. | 21 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
TATAGTGTCATACATGTGAGTGACACTATAATCCTCAGGGTAAAAGGATCCTATAATACTTATTATAGTGTCATCCACAAGTGTGTATTACACATGTGGTACACACATGTGGGTACACTATAAACTTCATCATACAGGGATCCTAGAATACTTATTAGAGTTTTCCACATGTGGGGTACACTGTAAT
***********************************....(((..((((((((((((((....(((((((((...(((((.(((((((..((....))..))))))).)))))..)))))))))....)))))))...)))))))....))).*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139171 kidney |
SRR139176 kidney |
SRR139173 kidney |
SRR039625 liver |
SRR139212 testes |
SRR330922 skin |
SRR191479 breast |
SRR553575 Kidney |
SRR191587 breast |
SRR330905 skin |
SRR553572 frontal-cortex |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ............CATGTGAGTGACACTATAATCC......................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 20 | 6.95 | 139 | 92 | 0 | 46 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..............TGTGAGTGACACTATAATCC......................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 20 | 2.35 | 47 | 0 | 47 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................ATACAGGGATCCTAGAATAA.................................... | 20 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................GGGATCCTAGAATA..................................... | 14 | 0 | 13 | 1.00 | 13 | 0 | 0 | 0 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................AGGGTAAAAGGATCCTATAATAC................................................................................................................................ | 23 | 0 | 15 | 0.13 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TCACTATAGTGTCATCCACAA........................................................................................................... | 21 | 2 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .ATAGTGTCATACATG........................................................................................................................................................................... | 15 | 0 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............ATGTGAGTGACACTATAATCC......................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ................................CCTCAGGTTAAAAGGAT.......................................................................................................................................... | 17 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .................................CTCAGGGTAACAGGAT.......................................................................................................................................... | 16 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr21:42950878-42951064 - | hsa-mir-5692b | tTtTgtgtGTtTGTtgtgTgtgTGTGtTtTTtGGtGTgggtTTTTggTtGGtTtTTtTGttTttTtTgtgtGTtGGTGTTgtgtgtTttTGTGTtgtggtTGTGTGTtgtgggtTGTGtTtTTTGttGTtGTtTGTgggTtGGtTgTTtTGttTttTgTgttttGGTGTtgtggggtTGTGtgtTTt |
| panTro4 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rheMac3 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| mm10 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rn5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| canFam3 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| monDom5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 10:51 AM