ID:hsa-mir-548m |
Coordinate:chrX:95063141-95063226 - |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -60.5 |
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| mature | star |
|
TTATTTTCTTGTTGGTTCATATGAGTTTTTTTTGTTGGTGTTTATTCTAGATATTAGGTTGGTGCAAAGGTATTTGTGGTTTTTGTCATTAAAGTAATGCAAAAGCCACAAATACCTTTGCACCAACCTAATATTAGCCCCTCGGAATTATAGACATGGCAAGTATCTACTATCAGTAAGTTGACT
*************************************************((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((...)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))....*********************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139182 liver |
SRR139164 heart |
SRR139168 brain |
SRR139219 thymus |
SRR139167 heart |
SRR139171 kidney |
SRR139174 kidney |
SRR139178 liver |
SRR139184 lung |
SRR139186 lung |
SRR139207 spleen |
SRR139209 testes |
SRR139211 testes |
SRR139214 thymus |
SRR139216 thymus |
GSM450597 brain |
GSM450607 brain |
RoviraIPAgo2 breast |
SRR037876 fibroblast |
SRR342900 heart |
SRR039622 liver |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ................................................................CAAAGGTATTTGTGGT.......................................................................................................... | 16 | 0 | 5 | 6.00 | 30 | 0 | 5 | 0 | 0 | 5 | 0 | 5 | 0 | 5 | 5 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................AAAGGTATTTGTGGT.......................................................................................................... | 15 | 0 | 19 | 4.00 | 76 | 38 | 19 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 19 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................AAAGCCACAAATACCTTTGCACC.............................................................. | 23 | 0 | 1 | 2.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................GTGCAAAGGTATTTGTG............................................................................................................ | 17 | 0 | 4 | 2.00 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................CAAAAGCCACAAATA........................................................................ | 15 | 0 | 20 | 1.55 | 31 | 0 | 0 | 31 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............TTCATATGAGTTTTT............................................................................................................................................................ | 15 | 0 | 20 | 1.55 | 31 | 0 | 0 | 0 | 31 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................GGTATTTGTGGTTTTT...................................................................................................... | 16 | 0 | 8 | 1.00 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................GGTATTTGTGGTTTT....................................................................................................... | 15 | 0 | 18 | 1.00 | 18 | 18 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TGGTGCAATGGTATGTGTGGTT......................................................................................................... | 22 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................................TAGCACCTCGGAATTATGGTC............................... | 21 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TGGGGCAGTGGTATTTGTGGTTTT....................................................................................................... | 24 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................ACAAAGGTATTTGTGGTTTTT...................................................................................................... | 21 | 1 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................GTGCAAAGGTA.................................................................................................................. | 11 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 |
| ........................TTTTTTTTTGTTGGTGTTTA.............................................................................................................................................. | 20 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
AATAAAAGAACAACCAAGTATACTCAAAAAAAACAACCACAAATAAGATCTATAATCCAACCACGTTTCCATAAACACCAAAAACAGTAATTTCATTACGTTTTCGGTGTTTATGGAAACGTGGTTGGATTATAATCGGGGAGCCTTAATATCTGTACCGTTCATAGATGATAGTCATTCAACTGA
***********************************************((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((...)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))....************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139200 placenta |
SRR139209 testes |
SRR139211 testes |
SRR342900 heart |
SRR342897 heart |
TAX577744 breast |
SRR553574 heart |
TAX577740 breast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..........................................................................................................GTGTTTATGGAAACGTG............................................................... | 17 | 0 | 4 | 2.00 | 8 | 0 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................AAAAAACAACCACAAAT.............................................................................................................................................. | 17 | 0 | 7 | 1.00 | 7 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................TCGGGGAGCC......................................... | 10 | 0 | 20 | 0.70 | 14 | 0 | 0 | 0 | 9 | 5 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................GTTTCCATAAACAACAAAAGC..................................................................................................... | 21 | 2 | 14 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................ATGGAAACGTGGTTGGATTA...................................................... | 20 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................................................................................................CTAGAATCGGGGAGCCTT....................................... | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chrX:95063091-95063276 - | hsa-mir-548m | TTtTTTTgTTGTTGGTTgtTtTGtGTTTTTTTTGTTGGTGTTTtTTgTtGtTtTTtGGTTGGTGgtttGGTtTTTGTGGTTTTTGTgtTTtttGTttTGgttttGggtgtttTtggTTTGgtggttggTttTATTAGCCCCTCGGAATTATAGACATGGCAAGTATCTACTATCAGTAAGTTGACT |
| panTro4 | chrX:95192627-95192684 - | TTtTTTTgTTGTTGGTTgtTtTGtGTTT-TTTTGTTGGTGTTTtTTgTtGtTtTTtGGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rheMac3 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| mm10 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| rn5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| canFam3 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| monDom5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 10:51 AM