ID:hsa-mir-548f-3 |
Coordinate:chr5:110513829-110513915 - |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -44.5 | -43.6 |
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AGATATTTTTGGCATACTGATTTTATTTCTTCTGAATATGTACTCAAAATATTAGGTTGGTGCAAACCTAATTGCAATTTTTGCAGTTTTTTTAAGTAATTGCAAAAACTGTAATTACTTTTGCACCAACCTAATACAATTGCCGTATCATATGGTAGTTCTATTTCTAATTTATTGAGGAACTTCC
******************************************..(((..(((((((((((((((((..((((((((.(((((((((((.........))))))))))).))))))))..)))))))))))))))))...)))........************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139177 liver |
SRR139195 ovary |
SRR139188 lung |
SRR139171 kidney |
SRR139200 placenta |
SRR139217 thymus |
SRR039625 liver |
SRR363675 fibroblast |
SRR039190 blood |
SRR139173 kidney |
SRR139179 liver |
SRR139183 lung |
SRR139202 spleen |
SRR139204 spleen |
SRR139168 brain |
SRR139191 ovary |
SRR139192 ovary |
SRR139193 ovary |
SRR139196 ovary |
SRR139214 thymus |
SRR139219 thymus |
SRR363673 fibroblast |
SRR039621 liver |
SRR363676 fibroblast |
SRR039613 liver |
SRR039620 liver |
SRR094130 uterus |
SRR342895 heart |
SRR039624 liver |
SRR342899 heart |
RoviraIPAgo2 breast |
SRR037876 fibroblast |
SRR330915 skin |
SRR342898 heart |
SRR039611 liver |
SRR039612 liver |
SRR330923 skin |
SRR191607 breast |
SRR191603 breast |
SRR330919 skin |
SRR039615 liver |
SRR039618 liver |
SRR094132 uterus |
SRR330917 skin |
SRR330920 skin |
SRR330921 skin |
SRR363674 fibroblast |
SRR553572 frontal-cortex |
SRR553575 Kidney |
TAX577590 breast |
TAX577741 breast |
TAX577743 breast |
TAX577745 breast |
GSM450597 brain |
GSM450601 brain |
GSM450605 brain |
SRR015446 breast |
SRR015447 breast |
SRR039623 liver |
SRR040010 cervix |
SRR040028 cervix |
SRR094129 uterus |
SRR094131 uterus |
SRR191406 breast |
SRR191412 breast |
SRR191421 breast |
SRR191447 breast |
SRR191500 breast |
SRR191535 breast |
SRR191546 breast |
SRR191555 breast |
SRR191564 breast |
SRR191582 breast |
SRR191602 breast |
SRR191605 breast |
SRR191610 breast |
SRR191611 breast |
SRR191621 breast |
SRR330906 skin |
SRR330908 skin |
SRR330912 skin |
SRR330914 skin |
SRR330916 skin |
SRR342900 heart |
TAX577580 breast |
TAX577589 breast |
TAX577739 breast |
TAX577746 breast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| .........................................................TGGTGCAAACCTAATT.................................................................................................................. | 16 | 0 | 6 | 37.00 | 222 | 0 | 90 | 78 | 6 | 18 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................CAAAAACTGTAATTACTTTTGC............................................................... | 22 | 0 | 20 | 20.65 | 413 | 0 | 22 | 0 | 44 | 0 | 0 | 30 | 30 | 22 | 22 | 22 | 22 | 22 | 22 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 18 | 12 | 12 | 7 | 5 | 6 | 7 | 4 | 6 | 4 | 5 | 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | 2 | 3 | 3 | 2 | 2 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| ......................................................................................................CAAAAACTGTAATTACT.................................................................... | 17 | 0 | 20 | 1.80 | 36 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 36 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................AACCTAATTGCAATTTT.......................................................................................................... | 17 | 0 | 3 | 1.00 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..........................................................................................................AACTGTAATTACTTTTGCACCAA.......................................................... | 23 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ......................................................................................................CAACAACTGTAATTACTTTTGC............................................................... | 22 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................CTTATCAGATGGTAGTTCAATT...................... | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................CAAAAACTGTAATTACTTTCGC............................................................... | 22 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
TCTATAAAAACCGTATGACTAAAATAAAGAAGACTTATACATGAGTTTTATAATCCAACCACGTTTGGATTAACGTTAAAAACGTCAAAAAAATTCATTAACGTTTTTGACATTAATGAAAACGTGGTTGGATTATGTTAACGGCATAGTATACCATCAAGATAAAGATTAAATAACTCCTTGAAGG
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Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139205 spleen |
SRR139166 heart |
SRR139204 spleen |
SRR139207 spleen |
SRR139216 thymus |
SRR039191 blood |
SRR040040 cervix |
SRR342899 heart |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .....................................................................................................................GAAAACGTGGTTGGATTATGT................................................. | 21 | 0 | 20 | 12.90 | 258 | 258 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................AACGGCATAGTATA.................................. | 14 | 0 | 8 | 2.00 | 16 | 0 | 8 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................CGTCAAAAAAATTCATT........................................................................................ | 17 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................TTGGATTATGTTAACGGC.......................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................ATTAATGAAAACGTGGTTGGATT..................................................... | 23 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................CAAGATAAAGA................... | 11 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .................................................................................................TCAACGTTTTTGACATTA........................................................................ | 18 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr5:110513779-110513965 - | hsa-mir-548f-3 | tGtTtTT--TTTGGgtTtgTGtTTTTtTTTgTTgTGttTtTGTtgTgttttTtTTtGGTTGGTGgtttggTttTTGgttTTTTTGgtGTTTTTTTttGTttTTGgtttttgTGTttTTtgTTTTGgtggttggTttTtgt----------------tTTGggGTtTgtTtTGGTtGTTgTtTTTgTttTTTtTTGtGGttgTTgg------------------ |
| panTro4 | chr5:110961160-110961346 - | tGtTtTT--TTTGGgtTtgTGtTTTTtTTTgTTgTGttTtTGTtgTgttttTtTTtGGTTGGTGgtttggTttTTGgttTTTTTGgtGTTTTTTTttGTttTTGgtttttgTGTttTTtgTTTTGgtggttggTttTtgt----------------tTTGggtTtTgtTtTGGTtGTTgTtTTTgTttTTTtTTGtGGttgTTgg------------------ | |
| rheMac3 | chr6:107792206-107792405 - | tGtTtTTTgTTTGtgtTtgTGtTTTTtTTTgTTgTGttTtTtTtgTgtGttTATTtGGTTGGTGgtttggTgtTTTgttTTTTTGgttTTTTTtttttTttTTGgtttttGTtTttTTtgTTTTGgtggt-----tTTGTATTACTATATAATACAtTTGggtTtTgtTtTtGTtGTTgTtTTTgTttTTTtTTGtGGttgTTgg------------------ | |
| mm10 | Unknown | CAATAAT--CCTTCC-------------------------------ACACTGAGTCAGGTCATAATTCTATTTTCATCTTTTTGAAGATTCC--CCCACCCCAAATATCTGGACCATC-------------------------AATATA--------------------------------------TGAATGCACTATTTAAAATTTTtTTTTtTTtTTtTG | |
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| canFam3 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| monDom5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 11:07 AM