ID:hsa-mir-5186 |
Coordinate:chr3:151565876-151565995 - |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -65.9 | -65.6 | -65.1 |
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TGCTTTCTGCACTGATTCTCCCAGGACTGGACCCCTGCCTACTCCCCAACTCAGCCAGCTTATGACTTGACCCTCTCACCTGATTTCTACCAACCTTTCCTCAGCTGATTTCTTTCTGGGGAGAGATTGGTAGAAATCAGGTGAGAGGGTCATGCCATAAGCTGGCTAACACTTTCATGCATTAATTAATACAGGAATCATAGCTATCATCTTAATCTAT
*************************************************...........((((...((((((((((((((((((((((((((.((((((((((...........)))))))))).))))))))))))))))))))))))))...))))************************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR553576 testes |
SRR139209 testes |
TAX577589 breast |
TAX577744 breast |
SRR139188 lung |
SRR139202 spleen |
SRR139210 testes |
SRR139211 testes |
SRR330904 skin |
SRR330909 skin |
TAX577740 breast |
SRR330905 skin |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .........................................................................................................................AGAGATTGGTAGAAATCAGGTGA............................................................................ | 23 | 0 | 1 | 4.00 | 4 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................AGAGATTGGTAGAAATCAGGTG............................................................................. | 22 | 0 | 1 | 4.00 | 4 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................AGAGATTGGTAGAAATCAGGT.............................................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................AGAGATTGGTAGAAATCAGGTAT............................................................................ | 23 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................AGAGATTGGTAGAAATCAGGTT............................................................................. | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................GAGAGATTGGTAGAAATCAGGTT............................................................................. | 23 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................GAGATTGGTAGAAATCAGG............................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................................TGGCTAACACTTTCATGCATTAAT.................................. | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................ACTGGACCCCTGCCTACTCCC.............................................................................................................................................................................. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................ACTTGACCCTCTCACCT........................................................................................................................................... | 17 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................CCCAAGTAAGCCAGCTTATGAT.......................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 8 | 0.13 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...........CTGATTCTCCC...................................................................................................................................................................................................... | 11 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
ACGAAAGACGTGACTAAGAGGGTCCTGACCTGGGGACGGATGAGGGGTTGAGTCGGTCGAATACTGAACTGGGAGAGTGGACTAAAGATGGTTGGAAAGGAGTCGACTAAAGAAAGACCCCTCTCTAACCATCTTTAGTCCACTCTCCCAGTACGGTATTCGACCGATTGTGAAAGTACGTAATTAATTATGTCCTTAGTATCGATAGTAGAATTAGATA
*************************************************************...........((((...((((((((((((((((((((((((((.((((((((((...........)))))))))).))))))))))))))))))))))))))...))))************************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139172 kidney |
SRR139207 spleen |
SRR330906 skin |
TAX577589 breast |
TAX577744 breast |
SRR330919 skin |
TAX577580 breast |
SRR039623 liver |
TAX577742 breast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ......................................................................................................................................................GTACGGTATTC........................................................... | 11 | 0 | 20 | 42.40 | 848 | 848 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................CTCCCAGTACGGTAT............................................................. | 15 | 0 | 7 | 1.00 | 7 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................AATGGACTAAAGATGGTTGGAAA.......................................................................................................................... | 23 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................TGGACTAAAGATGGTTGGAAA.......................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................TGTGGACTAAAGATGGTTGGAAA.......................................................................................................................... | 23 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................GGTTGGAAAG......................................................................................................................... | 10 | 0 | 20 | 0.45 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................GCGGACGGATGAGCGGTTGCG........................................................................................................................................................................ | 21 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ................AGAGGGTCCTGACGTGGTGACG...................................................................................................................................................................................... | 22 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...............AAGAGGGTCATGACCTG............................................................................................................................................................................................ | 17 | 1 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ................AGAGGGTCCTGACGTGGTGACA...................................................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr3:151565826-151566045 - | hsa-mir-5186 | TGCTTTCTGCACTGATTCTCCCAGGACTGGACCCCTGCCTACTCCCCAACTCAGCCAGCTTATGACTTGACCCTCTCACCTGATTTCTACCAACCTTTCCTCAGCTGATTTCTTTCTGGGGAGAGATTGGTAGAAATCAGGTGAGAGGGTCATGCCATAAGCTGGCTAACACTTTCATGCATTAATTAATACAGGAATCATAGCTATCATCTTAATCTAT |
| panTro4 | chr3:155254322-155254540 - | TGCTTTCTGCACTGATTCTCCCAGGACTGGACCCCTGCCTACTCCCCAACTCAGCCAGCTTATGACTTGACCCTCTCACCTGATTTCTACCAACCTTTCCTCAGCTGATTTCTTTCTGGGGAGAGATTGGTAGAAATCAGGTGAGAGGGTCATGCCATAAGCTGGCTAACACTTTCATGCATTAATTGATACAAGAATCATAGCTATCATCT-GATCTAT | |
| rheMac3 | chr2:138691689-138691907 + | TGCCTTCTGCACCGATTCTCCAAGGACCGGACCCCTGCCTACTCCCCAACTCAGCCAGCTTACACCTTGACCCTCTCACCTGATTTCTACCAGCCTTTCCTCAGCTGATTTCTTTCTGGGGAAAGGCTGGTAGAAATCAGGTGAGAGGGTCAGGCCATAAGCTGGCTAACAATTTCATGCATTAATTGATACAAGAGTCATAGATATCATCT-AATCTAT | |
| mm10 | Unknown | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rn5 | Unknown | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| canFam3 | Unknown | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| monDom5 | Unknown | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 10:34 AM