ID:hsa-mir-4752 |
Coordinate:chr19:54282109-54282180 + |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -48.3 |
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CATTTATTAGGGGGACCTCTGCACAGTGGGGCATCCTTGTCTTCTTGCCCAGTGTCTCCTTGTGGATCTCAAGGATGTGCTTCCACATAGCAGCATGTTCTTCAGATGGACAAGGAGACACTGGGTATTCTATCCAAAGCTTTAACCTAAAATAAAAACAAAACCAAAAATA
********************************************.((((((((((((((((((..((((.(((((((((((..........))))))))))).))))..))))))))))))))))))......*************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139207 spleen |
SRR040036 cervix |
SRR191597 breast |
SRR330913 skin |
SRR330914 skin |
SRR330921 skin |
SRR342895 heart |
TAX577588 breast |
TAX577740 breast |
SRR039621 liver |
SRR040010 cervix |
SRR342897 heart |
SRR342899 heart |
TAX577453 breast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .............................................TGCCCAGTGTCTCCTT............................................................................................................... | 16 | 0 | 12 | 1.00 | 12 | 12 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TTGTGGATCTCAAGGATGTGCT........................................................................................... | 22 | 0 | 9 | 0.44 | 4 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................TCAGATGGACAAGGAGA...................................................... | 17 | 0 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TTGTGGATCTCAAGGATGTGC............................................................................................ | 21 | 0 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................ATGGGGATCTCAAGGATGTGCT........................................................................................... | 22 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................CTTGTGGATCTCAAGGATGTGCT........................................................................................... | 23 | 0 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................TTGATGATCTCAAGGATGGGCT........................................................................................... | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................TGGACAAGGAGAC..................................................... | 13 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .....................................................................................................................................................AAATAAAAACAAAACCAA..... | 18 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .AATTATTAGGGGGAACTCTG....................................................................................................................................................... | 20 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................ACAAGGAGATACTGGGT.............................................. | 17 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
GTAAATAATCCCCCTGGAGACGTGTCACCCCGTAGGAACAGAAGAACGGGTCACAGAGGAACACCTAGAGTTCCTACACGAAGGTGTATCGTCGTACAAGAAGTCTACCTGTTCCTCTGTGACCCATAAGATAGGTTTCGAAATTGGATTTTATTTTTGTTTTGGTTTTTAT
***************************************.((((((((((((((((((..((((.(((((((((((..........))))))))))).))))..))))))))))))))))))......******************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139173 kidney |
SRR139201 placenta |
SRR139202 spleen |
SRR444043 skin |
GSM450602 brain |
SRR330920 skin |
SRR363673 fibroblast |
SRR039621 liver |
SRR444048 skin |
SRR039611 liver |
SRR444060 skin |
SRR330915 skin |
SRR330919 skin |
SRR342896 heart |
SRR342898 heart |
SRR342897 heart |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .........................................................................................................TACCTGTTCCTCTGTGACCCA.............................................. | 21 | 0 | 8 | 1.00 | 8 | 0 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................AGGTTTCGAAATTGG......................... | 15 | 0 | 6 | 1.00 | 6 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................AGGTGTATCGTCGTA............................................................................ | 15 | 0 | 19 | 1.00 | 19 | 0 | 19 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................TACAAGAAGTCTACC............................................................... | 15 | 0 | 10 | 1.00 | 10 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................GGTTTCGAAATTGG......................... | 14 | 0 | 19 | 0.32 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 |
| .................................................................................................................................GATAGGTTTCGGAATTGGA........................ | 19 | 1 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................GATAGGTTTCGGAATTGG......................... | 18 | 1 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................CTGTGACCCATAAG.......................................... | 14 | 0 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................AAGCTAGGTTTCGGAATTG.......................... | 19 | 2 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................CGTCGTACAAGAAG..................................................................... | 14 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr19:54282059-54282230 + | hsa-mir-4752 | catttattagggggacctctgcacagtgggGCATCCTTGTCTTCTTGCCCAGTGTCTCCTTGTGGATCTCAAGGATGTGCTTCCACATAGCAGCATGTTCTTCAGATGGACAAGGAGACACTGGGTATTCTATCCAAAGCTTTAACCTAAAATAAAAACAAAACCAAAAATA |
| panTro4 | chr19:59208874-59209045 + | catttattagggggacctctgcacagtgggGCGTCCTTGTCTTCTTGCCCAGTGTCTCCTTGTGGATCTCAAGGATGTGCTTCCACATAGCAGCATGTTTTTCAGATGGACAAGGAGACACTGGGTATTCTATCCAAAGCTTTAACCTAAAATAAAAACAAAACCAAAAATA | |
| rheMac3 | Unknown | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| mm10 | Unknown | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rn5 | Unknown | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| canFam3 | Unknown | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| monDom5 | Unknown | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 11:39 AM