ID:hsa-mir-4462 |
Coordinate:chr6:37555365-37555422 - |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -34.7 | -34.7 | -34.5 | -34.5 |
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CCCGAGGGAGGGACGGGAAGATATAAATAAGACACGTAAAGGCCTCTGTGCTTCCCAGCTGCCCTAAGTCAGGAGTGGCTTTCCTGACACGGAGGGTGGCTTGGGAAATGAAAAGTGAATGGGTTGCTAAAATGTTTTACTTCCCCGGTGTTGTTGGT
**************************************.....((........(((.((((((((..((((((((.....))))))))....))))))))..)))........))******************************************* |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139195 ovary |
SRR139201 placenta |
SRR139196 ovary |
SRR342894 heart |
GSM450600 brain |
SRR330922 skin |
TAX577744 breast |
TAX577740 breast |
TAX577741 breast |
SRR553572 frontal-cortex |
SRR330904 skin |
SRR330919 skin |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..................................................................................................................GTGAATGGGTTGCTA............................. | 15 | 0 | 5 | 3.00 | 15 | 10 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................CCCAGCTGCCCTAAGTCAG...................................................................................... | 19 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................CTTGGGAAATGAAAAG........................................... | 16 | 0 | 10 | 1.00 | 10 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................CGGAGGGTGGC.......................................................... | 11 | 0 | 20 | 0.65 | 13 | 0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................TGACGCGGAGGGTTGCTTAGGA.................................................... | 22 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................TCCCAGCTCCCCTAAGTCGTGA.................................................................................... | 22 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................TCCCAGCTACCCTAAGTCGTGA.................................................................................... | 22 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................TCCCAGCGACCCTAACTCAGGA.................................................................................... | 22 | 3 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................TCTGTGCTGCACAGCTGCCCTGA........................................................................................... | 23 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .CCGAGGGAGG................................................................................................................................................... | 10 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ...................................................................................................CTTGGGAAATGAAAAGGG......................................... | 18 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
|
GGGCTCCCTCCCTGCCCTTCTATATTTATTCTGTGCATTTCCGGAGACACGAAGGGTCGACGGGATTCAGTCCTCACCGAAAGGACTGTGCCTCCCACCGAACCCTTTACTTTTCACTTACCCAACGATTTTACAAAATGAAGGGGCCACAACAACCA
*******************************************.....((........(((.((((((((..((((((((.....))))))))....))))))))..)))........))************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139200 placenta |
SRR139208 testes |
TAX577744 breast |
SRR342897 heart |
SRR342901 heart |
SRR094129 uterus |
SRR342894 heart |
SRR342896 heart |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ....................................ATTTCCGGAGACACGA.......................................................................................................... | 16 | 0 | 5 | 1.00 | 5 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................CCCAACGATTTTAC........................ | 14 | 0 | 18 | 1.00 | 18 | 0 | 18 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| GGGCTCCCTCC................................................................................................................................................... | 11 | 0 | 20 | 0.25 | 5 | 0 | 0 | 0 | 3 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................AATGGATTCAGTCCTCACCG............................................................................... | 20 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................GGCCACAACA.... | 10 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ...................................................................................GACTGTGCCTC................................................................ | 11 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..............................................................................................................................GATTCTACAAAGTGAAGGGG............ | 20 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr6:37555315-37555472 - | hsa-mir-4462 | CCCGAGGGAGGGACGGGAAGATATAAATAAGACACGTAAAGGCCTCTGTGCTTCCCAGCTGCCCTAAGTCAGGAGTGGCTTTCCTGACACGGAGGGTGGCTTGGGAAATGAAAAGTGAATGGGTTGCTAAAATGTTTTACTTCCCCGG--------------------------------------------------TGTTGTTGGT |
| panTro4 | chr6:38057290-38057447 - | CCCGAGGGAGGGACGGGAAGATATAAATAAGACATGTAAAGGCCTCTGTGCTTCCCAGCTGCCCTAAGTCAGGAGTGGCTGTCCTGACACGGAGGGTGGCTTGGGAAATGAAAAGTGAATGGGTTGCTAAAATGTTTTACTTCCCTGG--------------------------------------------------TGTCGTTGGT | |
| rheMac3 | chr4:37896933-37897090 - | CCCGAGGGAGGGACGGGAAGATATAAATAAGACATTTAAAGGCCTCTGTGCTTCCCAGCTGCCCTAAGTCAGGAGTGGCTTTCCTGACGCGGAGGGTGGCTTGGGACATGAAAAGTGAACGGGTTGCTAAAATGTTTTACTTCCCTGG--------------------------------------------------TGGTGTTGGC | |
| mm10 | chr17:29763626-29763744 - | -------------------------------------------------------------------------------------GAGACAGAGAGGGGCTTAGAAGATATAAAGCAAACGGCTTACCAAAATGTTCTAGAAACACTATCTCGAttttgttttgttttgttttgttt----tATGCTCTACTTCTCTATGCAGTCGGC | |
| rn5 | Unknown | CT--AGGGAAGGA---------------------------------------------------------------------------ACAGAGAGGGGCTTAGACAATATAAAGTGAATGGCTTGCTAAAATGTTCTGGAAACACTGTCTCAAAAttgttgttgttgttgttgttAAAAAAATGCTC----------------CAGC | |
| canFam3 | chr12:6576829-6576993 - | -----GGGATGGAGGAAAGGATGGAAATAAGGCATTTGAAGGCCACTGTGTTGCCCAGCTGCCCTAAGTCAGGAGCAGCTTTCCTGACAGGGACGGTGACTCAGGAAATGAAAAGTGAATGGGTTGCTAAAATGTTTTACTTCCCTGGCTGCACCATCAC--------------------------------------TGTTGGTGTG | |
| monDom5 | Unknown | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 11:31 AM