ID:hsa-mir-4418 |
Coordinate:chr1:22266239-22266300 + |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -25.8 | -25.8 | -25.7 | -25.5 |
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| mature | star |
|
CAGCAGAGCCTCTGTGTCACCCAGGGGCCTGGGGGGCCTCCTGGGGGCTTTGGTTTTTGCTCTGAGTGACCGTGGTGGTTGTGGGAGTCACTGCAGGACTCAGCAGGAATTCTGGATAGTAAGTGGGAGGTGGGGGACCAGTGAGGAGGCTGTCGCCAGAAC
***********************************.((..............((((((((..(((((..(((((((((((.....))))))))).)))))))))))))))...............))*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139170 heart |
SRR139172 kidney |
SRR139174 kidney |
SRR139199 placenta |
SRR139202 spleen |
SRR139216 thymus |
SRR342900 heart |
SRR342899 heart |
GSM450602 brain |
TAX577743 breast |
SRR330906 skin |
SRR037876 fibroblast |
SRR330916 skin |
SRR342896 heart |
SRR342897 heart |
SRR444048 skin |
SRR553572 frontal-cortex |
SRR553573 cerebellum |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .........................................TGGGGGCTTTGGTTT.......................................................................................................... | 15 | 0 | 20 | 1.40 | 28 | 28 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................CTTTGGTTTTTGCTCTG.................................................................................................. | 17 | 0 | 6 | 1.00 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................CTGGGGGCTTTGGTTTTT........................................................................................................ | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................CTGCAGGACTCAGCAGGA...................................................... | 18 | 0 | 2 | 1.00 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................TGGGGGCTTTGGTTTTT........................................................................................................ | 17 | 0 | 9 | 1.00 | 9 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................GGATAGTAAGTGGGA.................................. | 15 | 0 | 3 | 1.00 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..GCAGAGCCTC...................................................................................................................................................... | 10 | 0 | 20 | 0.20 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................CAGGACTCAGCAGGA...................................................... | 15 | 0 | 20 | 0.15 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 |
| ..........................................GGGGGCCTTGGTTTTTGCG..................................................................................................... | 19 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................TGCGGCCGTGGTGGTTGTGGGA............................................................................ | 22 | 3 | 15 | 0.07 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................GAGTAGGTCGTCGCCAGAAC | 20 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................................GAGGAGGTCGTCGCCAGTAC | 20 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................CAGGACTCAGCAGG....................................................... | 14 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................GTGGGGGACCA...................... | 11 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................GAGGCTGTCGCCGGA.. | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .................................................................................................ACTCAGCAGG....................................................... | 10 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................CCAGTGAGGAGGC............ | 13 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
|
GTCGTCTCGGAGACACAGTGGGTCCCCGGACCCCCCGGAGGACCCCCGAAACCAAAAACGAGACTCACTGGCACCACCAACACCCTCAGTGACGTCCTGAGTCGTCCTTAAGACCTATCATTCACCCTCCACCCCCTGGTCACTCCTCCGACAGCGGTCTTG
***********************************.((..............((((((((..(((((..(((((((((((.....))))))))).)))))))))))))))...............))*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139219 thymus |
SRR342897 heart |
SRR553572 frontal-cortex |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ........................................................................ACCACCAACACCCTC........................................................................... | 15 | 0 | 20 | 1.00 | 20 | 20 | 0 | 0 |
| .......AGGAGACAAAGTGGGTCCCC....................................................................................................................................... | 20 | 2 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| .....................GTCCCCGGACCCCCC.............................................................................................................................. | 15 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr1:22266189-22266350 + | hsa-mir-4418 | cagcagagcctctgtgtcacccag---------gggcctggg-gggcctc-ctgggggctttggtttttgctctgagtgaccgtggtggttgtgggagtcactgcaggact--cagcaggaattctggatagtaagtgggaggtgggggaccagtgaggaggctgtcgccagaac |
| panTro4 | chr1:22264885-22265047 + | cagcagagcctctgtgtcacccag---------gggcctgggggggcctg-ctgggggctttggtttttgctctgagtgaccatggtggttgtgggagtcactgcaggact--cagcaggaattctgggtagtaagtgggaggtgggggaccagtgaggaggctgtcgccagaac | |
| rheMac3 | chr1:25044488-25044632 + | cagcggagcctctgggtcacccgg---------gg-------------------ggggctttggtttttgctttgagtgaccgtggtggtcgtgggagtcactgcaggact--cagcaggaatgctgggtagtaggtgggaggtgggggaccagtgaggaggctgtcgccagaac | |
| mm10 | chr4:137175945-137175994 - | CA-CAGGGCCTCTGA----------------------------GGGCCTAAGCAGGGGCTTTGGTTTCCCTTCTGAGTG------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| rn5 | chr5:159301646-159301695 - | ca-tagggCCTCTGA----------------------------GGGCATCACCTGGAGCTTTGGTTTCTCTTCTGAGCG------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| canFam3 | chr2:76992210-76992355 - | cagcaaagtcacggggccacaagatcgcgtgtggg-------------------gagcttttggcttttgctctgagtggcag----------gggagccattgcaggacttgaagcagggtcactcgggactaaggggaggcagggagaccagtgaggaggctgatgcgtgatg | |
| monDom5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 11:23 AM