ID:hsa-mir-4282 |
Coordinate:chr6:72967687-72967753 - |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -30.1 | -30.0 | -29.9 |
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| mature | star |
|
ACAACATAGTGAGAACCTACTGAGACATCTTTAACTTCTTAGGTGTGAATGGTGAAGTTCCAGGGGAAGATTTTAGTATGCCACATTTCTAAAATTTGCATCCAGGAACATCATCCTATTCACCTTCTGACTGATATCTTAAGTGACCTTAATGGTTTTTAGAACCT
***************************************((((.(((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((...)))..)))))))))...))).))))).))).)).))))))..))))...*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139175 kidney |
SRR139201 placenta |
SRR330907 skin |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ......................................................................................................CAGGAACATCATCCT.................................................. | 15 | 0 | 10 | 3.00 | 30 | 20 | 10 | 0 |
| ......................................................AAGTTCCAGGGGAAGATT............................................................................................... | 18 | 0 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 |
|
TGTTGTATCACTCTTGGATGACTCTGTAGAAATTGAAGAATCCACACTTACCACTTCAAGGTCCCCTTCTAAAATCATACGGTGTAAAGATTTTAAACGTAGGTCCTTGTAGTAGGATAAGTGGAAGACTGACTATAGAATTCACTGGAATTACCAAAAATCTTGGA
***********************************((((.(((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((...)))..)))))))))...))).))))).))).)).))))))..))))...*************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139187 lung |
SRR139191 ovary |
SRR139216 thymus |
SRR037876 fibroblast |
TAX577743 breast |
GSM450598 brain |
RoviraIPAgo2 breast |
TAX577740 breast |
TAX577746 breast |
TAX577580 breast |
TAX577742 breast |
SRR342897 heart |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ........................................................................................................CCTTGTAGTAGGATA................................................ | 15 | 0 | 11 | 3.00 | 33 | 11 | 11 | 11 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................AAGTGGTAGGCTGACTATACAAT.......................... | 23 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................AGTGGAAGTCAGACTATAGCAT.......................... | 22 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................TTAGGATAAGTGGAGGACTGAAT................................. | 23 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................................................................................AGGTGGAAGACAGACTATAGGAT.......................... | 23 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................GTGGTAGGCAGACTATAGAAT.......................... | 21 | 3 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................AGTGGAAGTCCGACTATGGAAT.......................... | 22 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................AGTGGAAGTCAGACTATTGAAT.......................... | 22 | 3 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................AGTGGTAGTCTGACTATACAAT.......................... | 22 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................AGTGGTAGTCAGACTATAGAAT.......................... | 22 | 3 | 19 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .................................................ACCACTTCAAGGT......................................................................................................... | 13 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr6:72967637-72967803 - | hsa-mir-4282 | tgttgtTtGTGtGttggTACTGAGACATCTTTAACTTCTTAGGTGTGAATGGTGAAGTTCCAGGGGAAGATTTTAGTATGCCACATTTCTAAAATTTGCATCCAGGAACATCATCCTATTCACCTTCTGACTGATATCTTAAGTGACCTTAATGGTTTTTAGAACCT |
| panTro4 | chr6:73284715-73284881 - | tgttgtTtGTGtGttggTACTGAGACACCTTTAACTTCTTAGGTGTGAATGGTGAAGTTCCAGGGGAAGATTTTAGTATGCCACATTTCTAAAATTTGCATCCAGGAACATCATCCTATTCACCTTCTGACTGATATCTTAAGTGACCTTAATGGTTTTTAGAACCT | |
| rheMac3 | chr4:70310929-70311092 - | tgttgtTtGTGtGtgggTACTGAGACACCTTTAACTTCTTAGGTGTGAATGGTGAAGTTCCAGGGGAAGATTTTAGTATGCCACATTTCTAAAATTTGCATCCAGGAACATCATCCTATTCACCTT---ATTGATATCTTAAGTGACTTTAATGGTTTTTAGAACCT | |
| mm10 | Unknown | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rn5 | Unknown | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| canFam3 | chr12:35173456-35173533 - | ATCTTTTtTTTTTTTtTTTTTTT----------------------------------------------------T--------TtTTCCAGAAATCTCT-----------------------------TATGGAATCTTAAGTTGCACTTGTATTTCTTAGAACCT | |
| monDom5 | Unknown | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 11:07 AM