ID:hsa-mir-3689d-2 |
Coordinate:chr9:134850277-134850356 - |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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No conservation details. |
| -44.7 | -44.3 | -44.3 |
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TTCCTGGGAGGTGTGATACCATGCTTCCTGGGAGGTGTGATCCCACGCTCACTGGGAGGTGTGATCTCACACTCGCTGGGAGGTGTGCTATCGTCTTCCCTGGGAGGTGTGATCCTGTTCTTCCTGAGCGGTGTGATCCTGTGCTCCCTGGGGGGTCTGATCCTGTGCTTCCTGGGAGGT
***********************************...((((.((((((((..((((((...((((.(((.(((...((((((((......)).))))))...)))))).))))....))))))))))).))).)))).......*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139203 spleen |
SRR191484 breast |
SRR039190 blood |
TAX577743 breast |
TAX577588 breast |
SRR040040 cervix |
RoviraIPAgo2 breast |
SRR040028 cervix |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..........................................................................................TCGTCTTCCCTGGGAG.......................................................................... | 16 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........TGTGATACCATGCTTCCTGGGAT.................................................................................................................................................. | 23 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........TGTGATATCATGCTTCCTGGGAA.................................................................................................................................................. | 23 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................GGCGGTCTGCTATCGTCT.................................................................................... | 18 | 2 | 11 | 0.09 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................TCTCTGGGATGCGTGATCCTGT.............................................................. | 22 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................CTCACAGGGAGGTGTCATCTC................................................................................................................ | 21 | 2 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ...CTGGGAGGTGAGATACAATG............................................................................................................................................................. | 20 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ..CCTGGCAGGCGTGATACC................................................................................................................................................................ | 18 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
AAGGACCCTCCACACTATGGTACGAAGGACCCTCCACACTAGGGTGCGAGTGACCCTCCACACTAGAGTGTGAGCGACCCTCCACACGATAGCAGAAGGGACCCTCCACACTAGGACAAGAAGGACTCGCCACACTAGGACACGAGGGACCCCCCAGACTAGGACACGAAGGACCCTCCA
***********************************...((((.((((((((..((((((...((((.(((.(((...((((((((......)).))))))...)))))).))))....))))))))))).))).)))).......*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139167 heart |
SRR139171 kidney |
SRR139172 kidney |
SRR139179 liver |
SRR139195 ovary |
SRR139198 placenta |
SRR139208 testes |
SRR139210 testes |
SRR139215 thymus |
SRR330914 skin |
TAX577743 breast |
TAX577739 breast |
SRR095854 brain |
SRR330915 skin |
SRR330917 skin |
SRR342901 heart |
TAX577741 breast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..........................................................................CGACCCTCCACACGAT.......................................................................................... | 16 | 0 | 2 | 8.00 | 16 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........CACACTATGGTACGA........................................................................................................................................................... | 15 | 0 | 6 | 1.00 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................CAAGAAGTACTCGGCTCACTAG.......................................... | 22 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............CTATGTTACGAAGGAGCCT................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............CACGATGGCACGAAGGACCCT................................................................................................................................................... | 21 | 2 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................AGTGTGAGCG........................................................................................................ | 10 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .............................................................................................................................................................TCTAGGTCACGAAGGACCCT... | 20 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ..............................................................................................................................................CGAGGGACCCCCC......................... | 13 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................GGGACCCCCC......................... | 10 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................CCCCAGACTA................... | 10 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr9:134850227-134850406 - | hsa-mir-3689b | TTCCTGGGAGGTGTGATACCATGCTTC---------------------CTGGGAGGTGTGATCCCACGCTCACTGGGAGGTGTGATCTCA------------------------CACTCGCTGGGAGGTGTGCTATCGTCTTCCCTGGGAGGTGTGATCCTGTTCTTCCTGAGCGGTGTGATCCTGTGCTCCCTGGGGGGTCTGATCCTGTGCTTCCTGGGAGGT |
| panTro4 | Unknown | TCCTTGGGAGGTATGATCTCGT-GCTCCGTGGGAGTTGTCCGTGCTTCCTGGGAGGTGTGATCCCGTGCTTCCTGGGAGGTGTGATTCCA------------------------TGCTCACTGGGAGGTGTGATATC------------------------GTGGTTCCTGGGAGGTGTGATCCTGTGCTCCCTGGGGGTTCTGATCCTGTGCTTCCTGGGAGGT | |
| rheMac3 | Unknown | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| mm10 | Unknown | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| rn5 | Unknown | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| canFam3 | Unknown | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| monDom5 | chr1:381852741-381852920 - | CTTTGGAGAAGGAAAATATCATTGCCT---------------------CAGAAAAGGCAGATCCCATGCCTGCAGGGAAGATCCACCCTATGTCTTTAGGGAAGGCAGATTCCACATC------------------------TCTGGGAAAAGTGGAGCCTATGTCTTTAGACAAGGCAGATCCTATGTCCTCTGGGGAGGTGGATCTCACATCCTTAGAAAAGG |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 10:55 AM