ID:hsa-mir-1205 |
Coordinate:chr8:127960633-127960695 + |
Confidence:Known |
Type:Unknown |
[View on miRBase] [View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
![]() |
No conservation details. |
|
CGATAGGGAAATCAGCAAGCTGAAGATAGGGAAAGTGAACACTTATCACTGAAGGCCTCTGCAGGGTTTGCTTTGAGGTACTTCCTTCCTGTCAACCCTGTTCTGGAGTCTGTCTCCATTTTTCAGACACAAAAACTGAGGCATAGATAACTGTTTTCTGTTT
***********************************.......((.....((.((((((((((((((((.((...((((.....))))...)).))))))))...))))...)))).)).......)).*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139188 lung |
SRR553576 testes |
SRR037876 fibroblast |
SRR330921 skin |
SRR342901 heart |
SRR342894 heart |
SRR342897 heart |
TAX577740 breast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...TAGGGAAATCAGCAAGCTGAAGATAGGT.................................................................................................................................... | 28 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................GACACAAAAACTGAGG...................... | 16 | 0 | 3 | 1.00 | 3 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................GTTCCTGTCAATCCTGTTCTG.......................................................... | 21 | 2 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................TATGACTGAACGCCTCTGCAG................................................................................................... | 21 | 2 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................TGGAGTCTGTC................................................. | 11 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................TTATGACTGAAGGCCTCT....................................................................................................... | 18 | 1 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................TATGACTGAAGGCCTCT....................................................................................................... | 17 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..........................................TTATCACTGAACGCC.......................................................................................................... | 15 | 1 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...........................................................................................................GTCTGTCTCC.............................................. | 10 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........TCAGCAAGCCGACGATA....................................................................................................................................... | 17 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
|
GCTATCCCTTTAGTCGTTCGACTTCTATCCCTTTCACTTGTGAATAGTGACTTCCGGAGACGTCCCAAACGAAACTCCATGAAGGAAGGACAGTTGGGACAAGACCTCAGACAGAGGTAAAAAGTCTGTGTTTTTGACTCCGTATCTATTGACAAAAGACAAA
***********************************.......((.....((.((((((((((((((((.((...((((.....))))...)).))))))))...))))...)))).)).......)).*********************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR139195 ovary |
TAX577579 breast |
TAX577743 breast |
GSM450598 brain |
GSM450603 brain |
GSM450608 brain |
GSM450610 brain |
SRR037876 fibroblast |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ..........................................................................................CAGTTGGGACAAGAC.......................................................... | 15 | 0 | 5 | 1.00 | 5 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................GACGTCCCAAACGAAAC........................................................................................ | 17 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................GAGACGTCCCACACGAAACG....................................................................................... | 20 | 2 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| ..............................................GTGACTTCCGGTGACGTC................................................................................................... | 18 | 1 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............CGTTCGACTTCTGTCCAATTCA............................................................................................................................... | 22 | 3 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................AGAGACGTCCCACACGAAAC........................................................................................ | 20 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ......................................TTTGTATACTGACTTCCGGAGA....................................................................................................... | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ..............................CTTTCACTTGCGAAGAGAGACT............................................................................................................... | 22 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| hg38 | chr8:127960583-127960745 + | hsa-mir-1205 | CGATAGGGAAATCAGCAAGCTGAAGATAGGGAAAGTGAACACTTATCACTGAAGGCCTCTGCAGGGTTTGCTTTGAGGTACTTCCTTCCTGTCAACCCTGTTCTGGAGTCtgtctccatttttcagacacaaaaactgaggcatagaTAACTGTTTTCTGTTT------ |
| panTro4 | chr8:126643572-126643734 + | CGATAGGGAAATCAGCAAGCTGAAGATAGGGAAAGTGAACACTTATCACTGAAGGCCTCTGCAGGGTTTGCTTTGAGGTACTTCCTTCCTGTCAACCCTGTTCTGGAGTCtgtctccatttttcagacgcaaaaactgaggcgtagaTAACTGTTTTCTGTTT------ | |
| rheMac3 | chr8:132975326-132975487 + | TGATAGGGAAATCAGCAAGCTGAAGATAGGGAAAGTGAACACTTATCACTGAAGGCCTCTGC-GGGTTTGCTTTGAGGTACTTCCTTCCTGTCAACCCTGTTCTGGAGTCtgtctccatttttcagacacaaaaactgaggcatagaTAACTGTTTTCTGTTT------ | |
| mm10 | Unknown | AGATAGCCAGATCAGCAGGCCAGAGATAGAGAGAAAGAGCACTTATCTAGGAGGGCCTCTGCAGGACTGGCTTTGAGGTACTTCCTTCCTGTCAGCCCACTTCTGGAGTCTTtcttcactctgcagatgcagaaactgaggcagaggtcaCCTTTTTTTTTTT------ | |
| rn5 | chr7:103345574-103345729 + | AGATAGCCAGATCAGCAGGCCAGAGATAGAGAGAAAGGACACTTATCTAGGAGGGCCTCTGCAGGACTGGCTTTGAGGTACTTCCTTCCTGTCAGCCCACTTCTGGAGTCTTtcttcattctgcagatgcagaaactgaggcagaggtcaGCATTT------------- | |
| canFam3 | chr13:25380144-25380311 + | TGATAGGGAAATCAGCAAGCTGAAGATAGGAAAAGAGAACACTTATCACTGGAGGCCTCTGTGGGGCTTGCTTTGA-GTACTTCCTTCCTGTCCACCCTGTTCTGGAGTCTGTCTCCACTTTGCAGATACAATAACTGAGGCATAGATAATCCTTTTCTGTTTTTGTTT | |
| monDom5 | Unknown | ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| hg38 |
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| panTro4 |
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| rheMac3 |
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| mm10 |
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| rn5 |
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| canFam3 |
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| monDom5 |
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Generated: 12/12/2014 at 10:34 AM