Secondary structure and small RNA-seq evidence for dme-mir-4948

Legend:maturestarmismatch

12 Drosophila species corrected alignment

Species Coordinate Alignment
dm3 chr3R:26876804-26876940 - GCACTCCCAGTCCCGGTCGTAGATGTGGGCGTAGGTGGCGGCGGGCGTGGCGTGCGTGATCCTGGTTGTGGTGACCACGCCGGTGCGCTTGCCCTCCTTCTGGGCCCACTCCATGACGCTCTGGACCCTGCCTTGCT----------------
droSim1 chr3R:26523820-26523956 - GCACTCCCAGTCGCGGTCGTAGATGTGGGCGTAGGTGGCGGCGGGCGTGGCGTGGGTGATCCTGGTTGTGGTGACCACGCCCGTGCGCTTGCCCTCCTTCTGGGCCCACTCCATGACGCTCTGGACCCTGCCTTGTT----------------
droSec1 super_4:5701489-5701625 - GCACTCCCAGTCGCGGTCGTAGATGTGGGCGTAGGTGGCGGCGGGCGTGGCGTGTGTGATCCTGGTTGTGGTGACCACGCCGGTGCGCTTGCCCTCCTTCTGGGCCCACTCCATGACGCTCTGGACCCTGCCTTGCT----------------
droYak2 chr3R:27815996-27816132 - GCACTCCCAATCCCGGTCGTAGATGTGGGCGTACGTGGCGGCAGGCGTGGCATGGGTGATCCTGGTGGTGGTGACCACTCCAGTGCGCTTGCCCTCCTTCTGGGCCCACTCCATGACGCTTTGGACCCTACCTTGCT----------------
droEre2 scaffold_4820:1105506-1105642 + GCACTCCCAATCCCGGTCGTAGATGTGGGCGTACGTGGCGGCAGGCGTGGCATGGGTGATCCTGGTTGTGGTGACCACTCCAGTACGCTTGCCCTCCTTCTGGGCCCACTCCATGACGCTTTGGACCCTGCCCTGCT----------------
droAna3 scaffold_12911:4046748-4046884 + GCACTCCCAATCCCGATCGTAGATGTGGGCGTAGGTTGCAGCTGGCGTGGCGTGGGTAATCCGAGTGGTGGTCACTATTCCAGTTCGCTTCTTCTCCTTTTGGGCCCACTCCATGACGCTCTGAACGCGTCCTTGCT----------------
dp4 chr2:271882-272018 + GCACTCCCAGTCGCGATCGTAGATGTGGGCGTAGGTGGCCGCAGGCGTGGCATGCGTAATCCTCGTTGTGGTCACGATTCCCGTGCGCTTGCCTTCCTTCTGGGCCCACTCCATGATAGTCTCAATCCGGCCCAGCT----------------
droPer1 super_7:3056347-3056483 + GCACTCCCAGTCGCGATCGTAGATGTGGGCGTAGGTGGCCGCAGGCGTGGCATGCGTAATCCTCGTTGTGGTCACGATTCCCGTGCGCTTGCCTTCCTTCTGGGCCCACTCCATGATAGTCTCAATCCGGCCCAGCT----------------
droWil1 scaffold_181108:531799-531935 - GCATTCCCAGTCCCGATCATATATATGCGCATAGGTTGAGGCAGGCGTGGCATGTGTAATTCTGGTAGTGGTAACAATTCCCGTTCGTTTACCCGCACGCTGGGCCCAATCCATAATGGATTCCACCCGACCCTGTT----------------
droVir3 scaffold_12855:1470098-1470234 + GCACTCCCAGTCCCGATGATAGACACGCGCAAAGGTGGCTGCGGGCGTGGCGTGCGTAATGCGTGTGGTGGTCACCACGCCAGTGCGTTTGCCTTCACGCTGTGCCCAGTCCATGATGGAGTCGAGTCGACCCTGGC----------------
droMoj3 scaffold_6540:27213622-27213758 + GCACTCCCAGTCCCGATGATAGATCCTTGCATAGGTGGCCGCAGGTGTGGCGTGTGTTATACGCGTGGTAGTCACGACGCCGGTCCGCTTGCCCTCACGCTGTGCCCAGTCCATGATGGAGTCGAGTCGACCCTGGC----------------
droGri2 scaffold_15203:6653367-6653519 - GCACTCCCACCGCCGATCGGCGACATGGGCGTAGAGGGCAGCGGGTGTGGCATGGGTTACCCGCGTTGTGGTCACAAATCCAGTGCGCATGCCATCCACCTGCGCCCAGTTGAATATGTTCTGGACGTGATGTTCCTCCTTGAGAGAGGCACT

Reduced alignment with Hairpin orthologs

Species Coordinate Alignment
dm3 chr3R:26876804-26876940 - GCACTCCCAGTCCCGGTCGTAGATGTGGGCGTAGGTGGCGGCGGGCGTGGCGTGCGTGATCCTGGTTGTGGTGACCACGCCGGTGCGCTTGCCCTCCTTCTGGGCCCACTCCATGACGCTCTGGACCCTGCCTTGCT
droSim1 chr3R:26523820-26523956 - GCACTCCCAGTCGCGGTCGTAGATGTGGGCGTAGGTGGCGGCGGGCGTGGCGTGGGTGATCCTGGTTGTGGTGACCACGCCCGTGCGCTTGCCCTCCTTCTGGGCCCACTCCATGACGCTCTGGACCCTGCCTTGTT
droSec1 super_4:5701489-5701625 - GCACTCCCAGTCGCGGTCGTAGATGTGGGCGTAGGTGGCGGCGGGCGTGGCGTGTGTGATCCTGGTTGTGGTGACCACGCCGGTGCGCTTGCCCTCCTTCTGGGCCCACTCCATGACGCTCTGGACCCTGCCTTGCT
droYak2 chr3R:27815996-27816132 - GCACTCCCAATCCCGGTCGTAGATGTGGGCGTACGTGGCGGCAGGCGTGGCATGGGTGATCCTGGTGGTGGTGACCACTCCAGTGCGCTTGCCCTCCTTCTGGGCCCACTCCATGACGCTTTGGACCCTACCTTGCT
droEre2 scaffold_4820:1105506-1105642 + GCACTCCCAATCCCGGTCGTAGATGTGGGCGTACGTGGCGGCAGGCGTGGCATGGGTGATCCTGGTTGTGGTGACCACTCCAGTACGCTTGCCCTCCTTCTGGGCCCACTCCATGACGCTTTGGACCCTGCCCTGCT
droAna3 scaffold_12911:4046748-4046884 + GCACTCCCAATCCCGATCGTAGATGTGGGCGTAGGTTGCAGCTGGCGTGGCGTGGGTAATCCGAGTGGTGGTCACTATTCCAGTTCGCTTCTTCTCCTTTTGGGCCCACTCCATGACGCTCTGAACGCGTCCTTGCT
dp4 chr2:271882-272018 + GCACTCCCAGTCGCGATCGTAGATGTGGGCGTAGGTGGCCGCAGGCGTGGCATGCGTAATCCTCGTTGTGGTCACGATTCCCGTGCGCTTGCCTTCCTTCTGGGCCCACTCCATGATAGTCTCAATCCGGCCCAGCT
droPer1 super_7:3056347-3056483 + GCACTCCCAGTCGCGATCGTAGATGTGGGCGTAGGTGGCCGCAGGCGTGGCATGCGTAATCCTCGTTGTGGTCACGATTCCCGTGCGCTTGCCTTCCTTCTGGGCCCACTCCATGATAGTCTCAATCCGGCCCAGCT

Small RNA-sequencing read pileup

Species Read pileup
droSim1
GCACTCCCAGTCGCGGTCGTAGATGTGGGCGTAGGTGGCGGCGGGCGTGGCGTGGGTGATCCTGGTTGTGGTGACCACGCCCGTGCGCTTGCCCTCCTTCTGGGCCCACTCCATGACGCTCTGGACCCTGCCTTGTTSizeHit CountTotal NormTotalGSM343915
Embryo
No Reads
dp4
GCACTCCCAGTCGCGATCGTAGATGTGGGCGTAGGTGGCCGCAGGCGTGGCATGCGTAATCCTCGTTGTGGTCACGATTCCCGTGCGCTTGCCTTCCTTCTGGGCCCACTCCATGATAGTCTCAATCCGGCCCAGCTSizeHit CountTotal NormTotalGSM343916
Embryo		GSM444067
Head
No Reads

Secondary Structure

dm3

-58.5 -58.2 -57.9 -57.7 -57.6

droSim1

-57.9 -57.7 -57.7 -57.3 -57.2 -57.1

droSec1

-57.7 -57.1

droYak2

-48.3 -48.0 -48.0 -47.7 -47.6 -47.6

droEre2

-48.5 -48.2 -47.8 -47.8 -47.6 -47.5

droAna3

-32.3 -32.2 -32.1 -32.0 -31.7 -31.6

dp4

-42.0 -41.9 -41.6 -41.5 -41.4 -41.3

droPer1

-42.0 -41.9 -41.6 -41.5 -41.4 -41.3

droWil1

-23.9 -23.9 -23.5 -23.5 -23.1 -23.1

droVir3

-39.3 -39.2 -39.1 -39.1 -39.1 -39.1

droMoj3

-38.4 -38.0 -38.0 -37.9 -37.6 -37.5

droGri2

-43.6 -43.2 -42.6

Generated: 01/05/2013 at 05:22 PM