ID:dwi_2754 |
Coordinate:scf2_1100000004909:6230063-6230213 - |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
![]() |
![]() |
exon [dwil_GLEANR_9384:1]; CDS [Dwil\GK25227-cds]; intron [Dwil\GK25227-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ACGAGACCATTGAGGAATTCAAGCAGAATCTGGAGGAACTTTTGCCTGATGTAACTAACCAACTAAACTTCATCATCATCATCAACAACATTATTATGACCACCAAGAAAAAACTCACGTAATCATTATAACGATTTCATTCTTGACTGTTTTCTTAATCGATAAGACTCACACACACACACACACATCCAGACATATGAGTGGGAGCGAGGGAGAGAGAGAAACACCTTTGATAAAGTGCACGCGCCGCA **************************************************............................((((......(((....))).....((((((........(((..........)))......))))))..(((..(((((.....)))))...))).......................)))).************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | V118 embryo |
V117 male body |
M045 female body |
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V119 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ..........TGAGGAATTCAAGCAGAATCTGGAG........................................................................................................................................................................................................................ | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................CAGAATCTGGAGGAACTTTT................................................................................................................................................................................................................ | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
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| .........................GAATCTGGAGGAACTTTTGC.............................................................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| .............................CTGGAGGAACTTTTTCCTG........................................................................................................................................................................................................... | 19 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........TGAGGAATTCAAGCAGAATCTGGAGG....................................................................................................................................................................................................................... | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
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| ...........................ATCTGGAGGAACTTTTGCCTGATT........................................................................................................................................................................................................ | 24 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .............................CTGGAGGAACTTTTGCCTGATTTGG..................................................................................................................................................................................................... | 25 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| ..........TGAGGAATTCAAGCAGAATC............................................................................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .................................AGGAACTTTTGCCTGATT........................................................................................................................................................................................................ | 18 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
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| ......................GCAGAATCTGGAGGAACTTTTGCCTGAT......................................................................................................................................................................................................... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................ATCTGGAGGAACTTTTGCCC............................................................................................................................................................................................................ | 20 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ......................................................................................AACATTATTAGGACCACCA.................................................................................................................................................. | 19 | 1 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ATGAGAACATTGGGGAATTCA...................................................................................................................................................................................................................................... | 21 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .....................CGCAGAATCTGGAGGCGCT................................................................................................................................................................................................................... | 19 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
|
TGCTCTGGTAACTCCTTAAGTTCGTCTTAGACCTCCTTGAAAACGGACTACATTGATTGGTTGATTTGAAGTAGTAGTAGTAGTTGTTGTAATAATACTGGTGGTTCTTTTTTGAGTGCATTAGTAATATTGCTAAAGTAAGAACTGACAAAAGAATTAGCTATTCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGTCTGTATACTCACCCTCGCTCCCTCTCTCTCTTTGTGGAAACTATTTCACGTGCGCGGCGT
**************************************************............................((((......(((....))).....((((((........(((..........)))......))))))..(((..(((((.....)))))...))).......................)))).************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M045 female body |
V117 male body |
V118 embryo |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ................................................................TTTGAAGTAGTAGTAGTAG........................................................................................................................................................................ | 19 | 0 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| ......................................................GATTGGTTGATCTGATGTTG................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 10 | 0.20 | 2 | 2 | 0 | 0 |
| ......................................................GATTGGTTGATCTGATGTT.................................................................................................................................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.15 | 3 | 3 | 0 | 0 |
| ......................................................GATTGGTTGATCTGATGT................................................................................................................................................................................... | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| ..................................................................TGAAGTAGTAGTAGTAGT....................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 1 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droWil2 | scf2_1100000004909:6230013-6230263 - | dwi_2754 | ACGAGACCATTGAGGAATTCAAGCAGAATCTGGAGGAACTTTTGCCTGATGTAACTAACC--------------------------------------------------AACTAAACTTCATCATC------------------------------------ATCAT----------------CAACAACATTATTATGACCACCAAGAAAAAACTCACGTAATCAT---------TATAACGATTTCATTCTTG----------------------------AC------------------TGTTTTCTTAATCGATAAGACTCACACACA---------CACACACACATCCAGACAT-----------A------TG-----------------AGTGGGAGCG--AGGGAGAGAGAGAAACACCTTTGATAAAGTGCACGCGCCGC---------A |
| droVir3 | scaffold_12970:1140411-1140542 - | TT-T-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TA------------------------------------------------TTTTTTTTTTTTAATCGATAACACACA-----G----------ACAAGCTCACAAA------------AAATACTTCTATGGGCTGGCTGCTCTTTTTATATAGACAG--TTACAGTG-----AACACCTTTGATAAAGTTCACGCGCCACGCAATCGCAA | |
| droMoj3 | scaffold_6680:3549059-3549106 - | CA-T-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TC-------------------------------------------------------TTATTGTTTTTCTACACACACACAC-----------ACACACACACAGACATAT---------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droGri2 | scaffold_15081:1739984-1740041 - | ATCGAACCATTGAGGAGTTCAAGCAGAATCTGGAGGAACTTCTGCCCGATGTACGTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A | |
| dp5 | XL_group1e:1482556-1482820 - | CC-AGACCACCGAGGAGTACAGGCAGCACCTGGAGGAGATTCTGCCCGATGTAGGTGTTC--------------------------------------------------CCGT-----------------------------------------AGGAGCATATCTT----------------TGCGAGTTTTATTAC--TCACGATTTGGGGACTCACGTAATCACAGACTTTGTT----------GCCTCTCGCTCGCTCTCG------CTCTCTCTATCGGTGCTTCTTGGCGCACTTTATGGCATTTTAATCGATAACACAGACA-------------------CACACCACCGTACG----GTGAACA--------------------------------CCC--CTACAGTG-----AACACCTGCGATAAAGTGCACGCGCTTC---------C | |
| droPer2 | scaffold_18:324814-325084 - | CC-AGACCACCGAGGAGTACAGGCAGCACCTGGAGGAGATTCTGCCCGATGTAGGTGTCC--------------------------------------------------CCGT-----------------------------------------AGGAGTATATCTT----------------TGCGAGTTTTATTAC--TCACGATTTGGGGACTCACGTAATCACAGACTTTGTT----------GCCTCTCGCTCGCTCTCGCTCTCGCTCTCTCTATCGGTGCTTCTTGGCGCACTTTATGGCTTTTTAATCGATAACACAGACA-------------------CACACCACCGTACG----GTGAACA--------------------------------CCC--CTACAGTG-----AACACCTGCGATAAAGTGCACGCGCTTC---------C | |
| droAna3 | scaffold_13248:3283231-3283368 + | AA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCACGTAATCAC---------T----------CCCTCTCG----------------------------ATTATTTGCGGGCCACTTTATGGCTTTTTAATCGATAACACCCCA---------------ACACACACA--------CA----GTGACTG------TA-----------------AGTGGGGCCT---TACAGTG--GACGACACCTATGATGGAGTGCCCTCCTCCC---------A | |
| droBip1 | scf7180000396733:207210-207581 + | ACCAGACGATCGAGGAGTTCAAGCAGAATCTCGAGGAGCTTATTCCCGATGTAGGTGGCGCTTTCTCAACTCTTCCGAAAGGGATAAAGGAAGAGGGTGGCTTAAGAAGAGATTAAATCTCTTTAAAATATGTAGTTAAGGGAGGATGATCTCTGAGGAGTAT--CTTATATTTCAAGTAGGACTGCCA-TTTTATTAC--TCAC--------AACTCACGTAATCAC---------T----------CCCTCTCGTTTATTTGCG--------------------GTTTCCCGGAACACTTTATGGCTTTTTAATCGATAACACCAATGACTGAAGACCACAAACACGCACAGGAATACCCACACAACTACTC------CA--------------CCTA--GGGGCCCTACTACAGTG-----GACACCTTCGATAAAGTGCACGCGCCT----------- | |
| droKik1 | scf7180000302230:409741-409793 - | ATCAGACGATCGAGGAGTTCAAGCTGAATCTCGAGGAGCAGTTG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCCGACGT---------A | |
| droFic1 | scf7180000454077:1005883-1005980 + | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGGCTTTTTAATCGATAACACCGACAAGTG----------AAACGCATACCAATGTCC-----------A------TA-----------------AGCAGGGCCT--TTACAGTG-----AACACCTCCGATAAAGAGCACGCGCCCC---------A | |
| droEle1 | scf7180000491001:596953-597050 + | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGGCTTTTTAATCGATAACACCGACAGGTG----------ACACGCATACCAATACCC-----------A------AA-----------------AGCGGGGCCT--TTACAGTG-----AACACCTCCGATAAAGAGCACGCGCCGC---------G | |
| droRho1 | scf7180000779333:368961-369054 - | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTTAATCGATAACACCGATAGGTG----------ACACGCATACCAATACTC-----------A------TA-----------------AGCGGGGCCT--TTACAGTG-----AACACCTCCGATAAAGAGCACGCGCCCC---------A | |
| droBia1 | scf7180000302421:995188-995280 + | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTAATCGATAACACCGACAGGTG----------ACACGCACACCAATACCC-----------A------TA-----------------GCCGGGGCCT--TTACAGTG-----AACACCTCCGATAAAGAGCACGCGCCCC---------A | |
| droTak1 | scf7180000413414:186914-187011 - | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGGCTTTTTAATCGATAACACCGACAGGTG----------ACACGCATACCAATACCC-----------A------TA-----------------AGCGGGGCCT--TTACAGTG-----AACACCTCCGATAAAGAGCACGCGCCCC---------A | |
| droEug1 | scf7180000409271:237072-237169 - | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGGCTTTTTAATCGATAACACCGACAGGTG----------ACACGCATACCAATACCC-----------A------TA-----------------AGCAGGGCCT--TTACAGTG-----AACACCTCCGATAAAGAGCACGCGCCCC---------A | |
| dm3 | chrX:17184841-17184941 - | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTTAATCGATAACACCGACAGGTG----------CCACGCATACCAATACCCA----ATGCCAA------TA-----------------AGAGGGGCCT--TTACAGTG-----AACACCTCCGATAAAGTGCACGCGCTTC---------A | |
| droSim2 | x:16298502-16298606 - | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGGCTTTTTAATCGATAACACCGACAGGTG----------ACACGCATACCAATGCCCA----ATGCCCA------TA-----------------AGAGGGGCCT--TTACAGTG-----AACACCTCCGATAAAGAGCACGCGCTCC---------C | |
| droSec2 | scaffold_17:1031263-1031367 - | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGGCTTTTTAATCGATAACACCGACAGGTG----------ACACGCATACCAATGCCCA----ATGCCCA------TA-----------------AGAGGGGCCT--TTACAGTG-----AACACCTCCGATAAAGAGCACGCGCTCC---------C | |
| droYak3 | X:15799680-15799784 - | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGGCTTTTTAATCGATAACACCGACAGGTG----------ACACGCATACCAATACCCA----ATGCCCA------TA-----------------AGAGGGGCCT--TTACAGTG-----AACACCTTCGATAAAGAGCACGCGCTCC---------A | |
| droEre2 | scaffold_4690:7525258-7525362 - | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGGCTTTTTAATCGATAACACCGACAGGTG----------ACACGCATACCAATACCCA----ATACCCA------TA-----------------AGAGGGGCCT--TTACAGTG-----AACACCTCCGAAAAAGTGCACGCGCTCC---------A |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droPer2 |
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| droAna3 |
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| droBip1 |
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Generated: 05/18/2015 at 05:14 AM