ID:dvi_9361 |
Coordinate:scaffold_12932:385379-385487 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -5.5 | -5.4 | -5.3 |
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exon [dvir_GLEANR_15045:3]; CDS [Dvir\GJ14813-cds]; CDS [Dvir\GJ14813-cds]; exon [dvir_GLEANR_15045:4]; intron [Dvir\GJ14813-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################-------------------------------------------------------------------------------------------------------------################################################## AACAGCAGCAGCGAGGCAGCTGTTGCCACCAGCGGGGATTTGCCAATGAGGTAAGTTTGTATTTTACATACATACATATATAGTTGAAATGTTGGGTTTGCATTTGAACCAATTTTTAAATTTCATTTAATCTTATCACATTTCTGATCTACTGAGCAGCTCGCGACGCTCATTGAATATTGCGCCAATGACTGAACGCCGTGAAATGG ******************************************************************************************....(((((......))))).................................(((.((....)).)))************************************************** |
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SRR060662 9x160_0-2h_embryos_total |
V047 embryo |
SRR060658 140_ovaries_total |
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| .............................................................................................................................................................AGCTCGCGACGCTCATTGAATA.............................. | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ................................................................................................................................................................................ATATTGCGCCAATGACTGAACGCC......... | 24 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................AATGACTGAACGCCGTGAAAT.. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................TGCCACCAGCGGGGATTTGCCAATGA................................................................................................................................................................ | 26 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................TGAATATTGCGCCAATGACT................ | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................GTTGGGTTTGCATTTG....................................................................................................... | 16 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................CTTATCACATTTCTGATCTAC......................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................TACTGAGCAGCTCGCGACGCT....................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................ATATAGTTGAAATGTTGGGTTT.............................................................................................................. | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................TGGCATGGAGGTAAGTTTGTAT................................................................................................................................................... | 22 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................TGTTGAGTTTGCATTTGG...................................................................................................... | 18 | 2 | 20 | 0.30 | 6 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 |
| ..........................................................................................GTTGGGTTTGCGTGGGAACC................................................................................................... | 20 | 3 | 6 | 0.17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| ..............................................................................................................................................................................................AATCAACGCCGTGAAATG. | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................TACATACATACATATATAG.............................................................................................................................. | 19 | 0 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................GAGATTTCCCAATGAGGCA............................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
TTGTCGTCGTCGCTCCGTCGACAACGGTGGTCGCCCCTAAACGGTTACTCCATTCAAACATAAAATGTATGTATGTATATATCAACTTTACAACCCAAACGTAAACTTGGTTAAAAATTTAAAGTAAATTAGAATAGTGTAAAGACTAGATGACTCGTCGAGCGCTGCGAGTAACTTATAACGCGGTTACTGACTTGCGGCACTTTACC
**************************************************....(((((......))))).................................(((.((....)).)))****************************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | SRR060679 140x9_testes_total |
M047 female body |
SRR060681 Argx9_testes_total |
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V053 head |
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SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
SRR060674 9x140_ovaries_total |
SRR060680 9xArg_testes_total |
GSM1528803 follicle cells |
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| .......CGTCGCTCCGTCGACAACGGTGGTCGCCC............................................................................................................................................................................. | 29 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................................................CTGCGAGTAACTTATAACGCG........................ | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................................................................................................CGCGGTTACCGGCTTGCGGCA....... | 21 | 2 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................GTCGACAACGGTGGTCGCCC............................................................................................................................................................................. | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................GTCGACAACGGTGGTCGCCCCT........................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................AACATATACTGTATGTATGTATA.................................................................................................................................. | 23 | 2 | 5 | 0.60 | 3 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
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| ...........................................................................................................................................................CGGCGGGCGCTGCGAGTAA................................... | 19 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................ACATATACTGTATGTATGTAT................................................................................................................................... | 21 | 2 | 16 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
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| ..GTCATCGTCGCTCCGAGGA............................................................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
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| droVir3 | scaffold_12932:385329-385537 + | dvi_9361 | AACAGCAGCAG------------------------CGA---GGCAGCTGTTGCCACCAGCGGGGATTTGCCAATGAGGTAAGTTTGTA--TTT---------------------TACATACATACATATATA---------------------------------------GTTGAA-ATGTTGGG--------------------TTTG-----------------------------------C----ATTTGAACCAATTTTTAAA----TTT----------------------------------------------------CATTTAATCTTA--T---CACATTTCTGATCTA-----------CTGAGCAGCTCGCGACGCTCATTGAATATTGCGC-------CAATGACTGAACG------------CCGTGA-----------AATGG |
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| droGri2 | scaffold_14853:136877-137080 + | AACGGCAACAG------------------------CGATACGGCTGCTGTTGCCACCAGCGGCGATTTGCCGACCAGGTGAGTAGCTG--CTCC---------------TATATTATATATATATATATATA-----------------------------------------T-----------G--------------------TATG-----------------------------------T----ATATGCAACACATTATAATTATT--ATGATTG--------------------------------------------------CTGTGT--T-----TTTTTT----GTTTT-----------TGGACTAGTTCAAGACGCACGCTGAACATTGAGC-------CAATGACTCATCG------------ACGCGA-----------TATAT | |
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| dp5 | XL_group1e:6549130-6549187 + | G------------------------------------AGTCGGCCGCCGAGGCCACCACAGGAGATCTGCCAGTCAGGTGAGCCCCTG--CCC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAC | |
| droPer2 | scaffold_21:1559499-1559544 + | G------------------------------------AGTCGGCCGCCGAGGCCACCACAGGAGATCTGCCAGTCAGGTGAG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droBip1 | scf7180000396425:410376-410595 - | ---------------------------------------------------------ACCGAGGAAGTACCCCACAGGTGAGAA-----------------CAGTT------------------CTACTGTAGTAGGCTTGGAAATATCACATTACTCGTAGTCTCGTAGCAAAGAG-TCGTTGGGTCGAACGATATATATAATAATCCACAAAAGAAATCCAATCTTGATC---------------------------------------------------------------------------------------------------TTGAAATCCG-----CT---T-----------------CATCCTTGCAGCATACGCCGCTCGTTGAACATACCGTGCAGCACA--------------------AGCAGCGGCA---GCCAAAACAACAG | |
| droFic1 | scf7180000454045:1292272-1292317 + | C-----------------------------------GA---AGCCGCCGAGGGAAGCACCGGGGATCTGCCTCACAGGTGGGTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
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| droRho1 | scf7180000779841:633352-633606 - | ------------------------------------GA---AGCCGCCGAAGGCAGTACCGGGGATCTGCCGCATAGGTAGGTTACTC--TAGAT------CAGTC------------------CATCTATATTCCCCTCTAAAATGTCCA--------------------TACGAA-AT--------------------------------------------------------------------------------------GCCCCCA--CAGATTGCTCTGGGGTTAATGTCACTTTTAAAACAGTTGGCCTATGCCAGATCCATCTACTTT--CTCATTAT---T---CATCGAAATACTTTAATCGTTTCAGCATACGTCGCTCGTTGAACATACCTTTCGGAGGC--------------------AGCAGCGCAGCAACTAGC---CACAA | |
| droBia1 | scf7180000302421:1783988-1784199 - | ------------------------------------GA---AGCCGCCGAGGGCAGCACCGGGGATCTGCCGCACAGGTAAGGGTTGCTAGAGAG------AACTAATGGGATATTGACTTA---------------------------------------------------TGAA-AT---------------------------------------------------CCGGAATCCCCGGGA----ATTTGAAGGAATTTGTATT----GTA----------------------------------------------------TTCTCAATTTTT--C---AACCAT----TATTA-----------CTATATAGCATTCGCCGTTCGCTGAACATACCTTTCGGAGGC--------------------AGCAGCACCGCCACCAGCCACAACAG | |
| droTak1 | scf7180000415351:268388-268533 + | ------------------------------------GA---AGCCGCCGAGGGCATCACCGGGGATCTGCCGCACAGGTAAATG------CAGT-CTATTA--------------A----CACTCAAGG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------A--GCGTAGTATTAA---------------------------------------------CCATAAT---C-----------------CATCATTTCAGCATCCGTCGCTCGTTGAACATACCTTTCGGAGGC--------------------AGCACCGCCA-----------TCTCC | |
| droEug1 | scf7180000409110:58432-58476 - | C-----------------------------------GA---AGCCGCCGAGGGCAGCACCGGGGATCTGCCGCACAGGTAAGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dm3 | chrX:16495193-16495238 + | C-----------------------------------GA---AGCTGCCGAGGGAAGCACCGGGGATCTGCCACACAGGTATGTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSec2 | scaffold_17:318546-318595 + | G-------CAA------------------------CGA---AGCCGCCGAGGGAAGCACTGGGGATCTGCCACACAGGTATGTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droYak3 | X:10601304-10601349 + | C-----------------------------------GA---AGCCGCCGAGGGAAGCACCGGGGATCTGCCACACAGGTTTGTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEre2 | scaffold_4690:6853938-6854180 + | ------------------------------------GA---AGCCGCCGAGGGAAGCACCGGGGATCTGCCACACAGGTATGTTATTG--CAGT-CCAGTT--------------A----AGATCATGA-----CTCCTTAGTCATATTACTTAC---------------------------------------------------TTCGCA---TAATCACAATCTCGACCCTGAACACCCAGGCTATTACTAAAACTGAATATA-----------AAAAA--CCGGGGTTTTAA---------------------------------------------TCATTTT---A-----------------AATAATTTTAGCATCCGCCGTTCACTGAACATACCTTTCGGAGGT--------------------AATAACACCGCCGCCAGCCACAACAG |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droGri2 |
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| droWil2 |
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| dp5 |
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| droPer2 |
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| droFic1 |
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| droEle1 |
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