ID:dvi_9234 |
Coordinate:scaffold_12928:7247600-7247750 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -28.1 | -27.7 | -27.7 |
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exon [dvir_GLEANR_17553:4]; CDS [Dvir\GJ17051-cds]; intron [Dvir\GJ17051-in]
No Repeatable elements found
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- AGGCTATGGAGGAGCTAAGCTCCCATTATGACGCCATCTACATACATCCGGTAAGAGGGGCTATCTATATGTATATTTATAGCTAAATGCAGCATCTTGAATAACTTCGGTCTCTATAGTCCGATATCTATGAAATTTGCAGTGCTTAAGTATGGCATATAAAAGTGTGTATATACCAAGTTTCCAGTATGTAGCATCTATAATCTTCGAGTGATGTTTGGATCGCCAAATGGGTTCCGGGTATTAAAATA **************************************************...............((((((((((((((.(((....(((((..((.((.(((...((((.((....)).))))))).)).))...)))))..)))))))))).)))))))...((((.(((((((..........)))))))))))....************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body |
V116 male body |
SRR060665 9_females_carcasses_total |
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SRR060686 Argx9_0-2h_embryos_total |
SRR060671 9x160_males_carcasses_total |
SRR060661 160x9_0-2h_embryos_total |
SRR060667 160_females_carcasses_total |
SRR060668 160x9_males_carcasses_total |
SRR060669 160x9_females_carcasses_total |
SRR060684 140x9_0-2h_embryos_total |
SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
M061 embryo |
SRR060676 9xArg_ovaries_total |
SRR060679 140x9_testes_total |
SRR060681 Argx9_testes_total |
SRR1106725 embryo_14-16h |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ............................................................................................................................................AGTACGTAAGTATGGCATA............................................................................................ | 19 | 2 | 2 | 2.00 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............GCTAAGCTCCCGTTATGACGCCATCTAC.................................................................................................................................................................................................................. | 28 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............AGCTAAGCTCCCACTATGACGCCAT...................................................................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................................................TTGGATCGCCAAATGGGTTCC............. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................................TTTGGATCGCCAAATGGGTTC.............. | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................GGTCTCTATAGTCCGATATC........................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............AGCTAAGCTCCCACTATGACGC......................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............AGCTAAGCTCCCATTATGACGC......................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................CATAAATCTGGTAAGAGAGGCTA............................................................................................................................................................................................ | 23 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........GAGCTAAGCTCCCATTATGACGCCA....................................................................................................................................................................................................................... | 25 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...................CTCCCATTATGACGCCATCTACATACA............................................................................................................................................................................................................. | 27 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................ACATACATCCGGTAAGAGGGG............................................................................................................................................................................................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...CTATGGAGGAGCTAAGCT...................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................................................................................CGAGTGATGTTTGGATCGCCA....................... | 21 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................AGTACGTAAGTATGGCAT............................................................................................. | 18 | 2 | 7 | 0.29 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................GTACGTAAGTATGGCATA............................................................................................ | 18 | 2 | 11 | 0.18 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................................................................................................................................ATCGCCAAATGGCTTGAGGG.......... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................CTACAGTCCGATATCATTGA...................................................................................................................... | 20 | 3 | 7 | 0.14 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..........................................................................................................................................................................................................................TGGATCATCAAATGGGTT............... | 18 | 2 | 10 | 0.10 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................AGTACGTAAGTATGGCATAA........................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 |
| ................................................................................................................TCTACAGTCCGAGATC........................................................................................................................... | 16 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .......................................................................................................................................................................................................TTAAACTTCGAGTGGTGTT................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ........................................................................................................................................................................................................................ATTGGATCGCCAAACGGGC................ | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
TCCGATACCTCCTCGATTCGAGGGTAATACTGCGGTAGATGTATGTAGGCCATTCTCCCCGATAGATATACATATAAATATCGATTTACGTCGTAGAACTTATTGAAGCCAGAGATATCAGGCTATAGATACTTTAAACGTCACGAATTCATACCGTATATTTTCACACATATATGGTTCAAAGGTCATACATCGTAGATATTAGAAGCTCACTACAAACCTAGCGGTTTACCCAAGGCCCATAATTTTAT
**************************************************...............((((((((((((((.(((....(((((..((.((.(((...((((.((....)).))))))).)).))...)))))..)))))))))).)))))))...((((.(((((((..........)))))))))))....************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M061 embryo |
V053 head |
SRR060664 9_males_carcasses_total |
SRR060676 9xArg_ovaries_total |
SRR060687 9_0-2h_embryos_total |
SRR060672 9x160_females_carcasses_total |
SRR060663 160_0-2h_embryos_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ................TTCCAGGGTAACACTGCGG........................................................................................................................................................................................................................ | 19 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............ATTCGTGGGTGATACTGCGA........................................................................................................................................................................................................................ | 20 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...........................................................................................................................................GTCACGAATACATACCGTC............................................................................................. | 19 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................................................................................................................................................TAGTTACTAGAAGCTCACCA.................................... | 20 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................TCGATTTAGGTCATAGGAC........................................................................................................................................................ | 19 | 3 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..........................AAACTGCGGAAGTTGTATGT............................................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ............................................................................................GTAGAAGTTGTCGAAGCCAG........................................................................................................................................... | 20 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12928:7247550-7247800 + | dvi_9234 | AGGCTATGGAGGAGCTAAGCTCCCATTATGACGCCATCTACATACATCCGGTAAGAGGGGCTATCTATATGTATATTTATAGCTAAATGCAGCATCTTGAATAACTTCGGTCTCTATAGTCCGATATCTATGAAATTTGCAGTGCTTAAGTATGGCATATAAAAGTGTGTATATACCAAGTTTCCAGTATGTAGCATCTATAATCTTCGAGTGATGTTTGGATCGCCAAATGGGTTCCGGGTATTAAAATA |
| droMoj3 | scaffold_6500:25933825-25933932 + | TTGAATA------------------------------------------------------------------------------------------------ATTTCTTTTGTAGGCATACGATCCTAATGAAACTTTTAGAGCGTAATCATATGGCTAAAATGTGTGTACGTTCCAAAGCACAAGTCTCTAGTACTTGAAAT----------------------------------------------- | |
| droGri2 | scaffold_15252:17013676-17013758 + | GGATAACTTGGGTGTTTCTTATCCGATCTTGATAA-----AATTTGTACAGTTGATATATGTATATGT------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAATGTA------TTTAATATATCAA------------------------------------------------- | |
| droWil2 | scf2_1100000004515:1842722-1842786 + | AGAATATGGAAGAATTGAGCTCACATTTTGATTCCATCTATATACATCCGGTAAGAATATGCATA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| dp5 | XL_group1e:12168777-12168833 + | AGAGCATGGAGGAGCTTAGCTCTCGCTTTGATTCAATATACATACATCCGGTGAGAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droPer2 | scaffold_14:1440307-1440363 - | AGAGCATGGAGGAGCTTAGCTCTCGCTTTGATTCAATATACATACATCCGGTGAGAG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droAna3 | scaffold_13117:1453480-1453537 - | ATCGCATGGAGGAGCTAAGCTCCCGCTACGATTCCATCTACATACATCCGGTGAGAGG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBip1 | scf7180000396425:662410-662467 + | ATCGCATGGAGGAGCTAAGCTCCCGCTACGATTCCATCTACATACATCCGGTGAGAGG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droKik1 | scf7180000302816:81578-81632 + | AGCGCATGGAGGAGCTGAGCTCCCGCTACGATTCAATCTACATTCATCCGGTGAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droFic1 | scf7180000454038:465997-466055 + | AGCGCATGGAGGAGCTGAGCTCCCGCTACGATTCAGTCTACATTCATCCGGTGAGTGGG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ | |
| droEle1 | scf7180000491023:1367983-1368037 - | AGCGCATGGAGGAGCTGAGCTCCCGCTACGATTCAGTTTACATACATCCGGTGAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droRho1 | scf7180000777097:263452-263506 - | AGCGCATGGAAGAGCTGAGCTCCCGCTACGATTCAATCTACATTCATCCGGTGAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBia1 | scf7180000299226:160959-161013 - | CGCGCATGGAGGACCTGAGCTCGCGCTACGACTCGATTTACATTCATCCGGTGAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000415381:848025-848079 + | AGCGCATGGAGGACCTGAGCTCCCGCTACGACTCAATCTACATTCATCCGGTGAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEug1 | scf7180000409533:369758-369812 + | AGCGTATGGAGGAGCTAAGCTCCCGCTACGATTCAATTTACATTCATCCGGTGAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dm3 | chrX:15229713-15229767 + | AGCGCATGGAGGAGCTGAGCTCCCGCTACGATTCAATTTACATTCATCCGGTGAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSim2 | x:14393089-14393156 + | AGCGCATGGAGGAGCTGAGCTCCCGCTACGATTCAATTTACATTCATCCGGTGAGCAAGCGCATCCAT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSec2 | scaffold_56:117311-117378 + | AGCGCATGGAGGAGCTGAGCTCCCGCTACGATTCAATTTACATTCATCCGGTGAGCAAGCGCATCCAT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droYak3 | X:9429659-9429713 + | AGCGCATGGAGGAGCTGAGCTCCCGCTACGATTCAATTTACATTCATCCGGTGAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEre2 | scaffold_4690:11791662-11791716 - | AGCGCATGGAGGAGCTGAGCTCCCGCTACGACTCAATTTACATTCATCCGGTGAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droMoj3 |
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