ID:dvi_8606 |
Coordinate:scaffold_12928:2206530-2206680 + |
Confidence:Candidate |
Type:Unknown |
[View on UCSC Genome Browser {Cornell Mirror}] |
| Legend: | mature | star | mismatch in alignment | mismatch in read |
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| -1.5 |
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CDS [Dvir\GJ16814-cds]; exon [dvir_GLEANR_17319:3]; intron [Dvir\GJ16814-in]
| Name | Class | Family | Strand |
| (A)n | Simple_repeat | Simple_repeat | + |
| ##################################################--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- CGAAACAAATGGAACTGGAGCATAAAATGCAATTGGAGCACAAATATCATGTGAGTACCTAGAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAGAAAACAACGACGACGAGAACAACAAACAATCTTCAAGGGGAGCAGATCACATCGATACTGATAAAGCTGGTCGGCGGCATCTATTATCTATCTACCCTGTACACCCATTTCCCAATGGCTGTAGAAGGGTATGCATGGCTATGGCAGGCAGTTGGAGATGCCTTCATG **************************************************************...................................................((((....))))....************************************************************************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | M047 female body |
SRR060663 160_0-2h_embryos_total |
SRR060677 Argx9_ovaries_total |
SRR060681 Argx9_testes_total |
V053 head |
M027 male body |
M061 embryo |
SRR060670 9_testes_total |
SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
V116 male body |
SRR060668 160x9_males_carcasses_total |
SRR060674 9x140_ovaries_total |
GSM1528803 follicle cells |
M028 head |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ...................................................TGAGTACTTAGAAAAAAAA..................................................................................................................................................................................... | 19 | 1 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...AACAAATGGAACTGGAGCAT.................................................................................................................................................................................................................................... | 20 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...AACAAATGGAACTGGAGC...................................................................................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................................................ACAACAAACAATCTTCAAGGGGAGCAGA.......................................................................................................................... | 28 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................AGCATAAAATGCAATTGGAGCA................................................................................................................................................................................................................... | 22 | 0 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................ATAAGGATGGTCGGGGGCATC....................................................................................... | 21 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................................................ATAGGGATGGTCGGCGGCATC....................................................................................... | 21 | 3 | 1 | 1.00 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................................................................................................CTGATGAAGCTGGTCGGCGAC.......................................................................................... | 21 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................TAAGGATGGTCGGGGGCATC....................................................................................... | 20 | 3 | 2 | 0.50 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................CATCGAAACTGGTAAAGCT.................................................................................................... | 19 | 2 | 2 | 0.50 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ................................................................................................................................................................................................................................TGGTAGGCAGTTGGAGATTGCT..... | 22 | 3 | 3 | 0.33 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................AGGATGGTCGGGGGCATC....................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.25 | 5 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ................................................................................................................................................TAGGGATGGTCGGCGGCATC....................................................................................... | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................................................................CCATCTTCAAGGGTAGCGGA.......................................................................................................................... | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................AAGGATGGTCGGGGGCATC....................................................................................... | 19 | 3 | 10 | 0.20 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................................AGCTAACATCGATACTGA........................................................................................................... | 18 | 2 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .................................................................................................................................................................ATCTACTATCTAGCTCCCC....................................................................... | 19 | 3 | 5 | 0.20 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................AAGACGGTCGGGGGCATC....................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.20 | 4 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ....................................................................................................................................CATCGAAACTGGTAAAGC..................................................................................................... | 18 | 2 | 7 | 0.14 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................AGTACCTGGAGAAAAAAGAC.................................................................................................................................................................................. | 20 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................AAAAGAAAAGAACCACGAC.......................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................TCCTGTGAGTACATAGTAAAA........................................................................................................................................................................................ | 21 | 3 | 9 | 0.11 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| ..............................................................AAAAAAAAGAAAAAAAAAA.......................................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 20 | 0.10 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................AAAAAAAGAAAAAAAAAA.......................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| ...................................................................AAAGAAAAAAAAAAAGAA...................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| ...................................................TTAGTACTTAGAAAAAAAA..................................................................................................................................................................................... | 19 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..................................................................................................................................................TAGCCGGTCGGGGGCATC....................................................................................... | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
|
GCTTTGTTTACCTTGACCTCGTATTTTACGTTAACCTCGTGTTTATAGTACACTCATGGATCTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTTGTTGCTGCTGCTCTTGTTGTTTGTTAGAAGTTCCCCTCGTCTAGTGTAGCTATGACTATTTCGACCAGCCGCCGTAGATAATAGATAGATGGGACATGTGGGTAAAGGGTTACCGACATCTTCCCATACGTACCGATACCGTCCGTCAACCTCTACGGAAGTAC
**************************************************************************************************************************...................................................((((....))))....************************************************************** |
Read size | # Mismatch | Hit Count | Total Norm | Total | GSM1528803 follicle cells |
SRR060662 9x160_0-2h_embryos_total |
SRR060668 160x9_males_carcasses_total |
V047 embryo |
SRR060682 9x140_0-2h_embryos_total |
SRR060670 9_testes_total |
SRR060676 9xArg_ovaries_total |
SRR060686 Argx9_0-2h_embryos_total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ............................................................................................................TGGTAGAAGTTCCCATCGCC........................................................................................................................... | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ..............................................................................................................GTAGAAGTTCCCATCGCCTA......................................................................................................................... | 20 | 3 | 4 | 0.25 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ......................................................CATGGATCCTTTTTTT..................................................................................................................................................................................... | 16 | 1 | 5 | 0.20 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ...............................................................................................................TAGAAGTTACCCTGGCCTA......................................................................................................................... | 19 | 3 | 17 | 0.12 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| ............................................................TCTTTTTTTTCTTTTTGTTTTCCT....................................................................................................................................................................... | 24 | 2 | 12 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................CTTTTTTTTCTATTTTTTTTCCT....................................................................................................................................................................... | 23 | 2 | 13 | 0.08 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| .............................................................CTTTTTTTTCTTTGTTTTTTCCT....................................................................................................................................................................... | 23 | 2 | 17 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .............................................................CTTTTTTTTCTTTTTTTTT........................................................................................................................................................................... | 19 | 0 | 18 | 0.06 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| .........................................................................................................................................................................................TGGGCATTGGGTTACCGA................................................ | 18 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| .........................................................GGATCTTTTTTTTATTTTTATT............................................................................................................................................................................ | 22 | 2 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| .......................................................................................................................................................................AGAGCTAGATGGGAGATGT................................................................. | 19 | 3 | 20 | 0.05 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| .....................................................................TCTTTTTTTTTTTCTTTT.................................................................................................................................................................... | 18 | 0 | 20 | 0.05 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Species | Coordinate | ID | Alignment |
|---|---|---|---|
| droVir3 | scaffold_12928:2206480-2206730 + | dvi_8606 | CGAA----ACAAATGGAACTGGAGCATAAA-ATGCAATTGGAGCAC-AAATATCATGTGAGTACC--TAGAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAGAAAACAAC----------------------------------------GACG-------A------------------------C--GAG--AACAACAAACAATCTTCAAGGGGAG---------CAGATCACATCGATACT-----------------------GATAAAGCTGGTCGGCGGCATCTATTATCTATCTACCCTGTACACCCATTTCCCAATGGCTGTAGAAGGGTATGCATGGCTATGGCAGGCAGTTGGAGATGCCTTCATG |
| droMoj3 | scaffold_6473:13986727-13986922 + | CGAA----GCAAATGGAACTGGAGCATAAA-CTGCAACTGGAGCAC-AAATATCATGTGAGTAGC--TAGAA------------------------------GAGT------CAGACGAAAACAAACATGAAAAACTCACGAAAAAAACAAAAGAAACAAAAA-------------------------AAAA--AAACTCAA---GAGATTAGATCGCAGATCGCGTCGATATT--T-------------CCCCAAAGATAACGTTGGTTGATAAAGCCAACTAT--------------------------------------------------------------------------------- | |
| droGri2 | scaffold_15203:9789445-9789640 - | CGAA----GCAAATGGAACTGGAGCATAAA-ATGCAATTGGAGCAC-AAATATCATGTGAGTAGAGCCAGTAGTAG----------------TAGTAGTAGTAGGAAGAACTCAAC-------------------------------------GCAG------------------C--GAC--AGCAGC--------------AGGAGAGGAGAGCATCGAGAATGTCGATACAATTCGGAATAGAATCATAATCGAGCTGACATTGGCCTC-------------CAATATACCCTGTACTCTC-------------------------------------------------------------- | |
| droWil2 | scf2_1100000004909:9506543-9506633 - | CGAA----ACAAATGGAACTGGAGCATAAA-TTGCAATTGCAGCAC-AAATATCAAGTGAGTAAACC--A------------------------------AAGAAC-------------------------------------AA------------------------------------------------------------------------------------------ACCGAAAAAAAAAAAAAAA-----------------------------CA--------------------------------------------------------------------------------- | |
| dp5 | XL_group1a:891976-892094 - | CGAA----GCAAATGGAATTGGAGCATAAA-CTGCAATTGGAGCAC-AAGTATCAAGTGAGTAGACT--A------------------------------GGAGGC-------------------------------------GACACCGAGAGCAGCCAGAAACAGAAAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGA-------------------------------------------------------------------------------------------CG--------------------------------------------------------------------------------- | |
| droPer2 | scaffold_17:1466481-1466592 - | CGGC------AAA-AAAAATAGAGACCACA-CCACAGGTGACGCAG-AAGAAA--TGTGAGCACTCA--A------------------------------ACAAAC-------------------------------------AAAAAAAAAAACAACAAAAAATCGCACGCACAC--GAACGCCGCAAAAA-------------------------------------------------------------------------------------------AT--------------------------------------------------------------------------------- | |
| droAna3 | scaffold_13117:3979442-3979498 + | CGAA----GCAAATGGAACTGGAGCATAAA-TTGCAATTGGAGCAC-AAGTATCAAGTGAGTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBip1 | scf7180000396733:806481-806570 - | AAAT----------GGGGCGCGAGCTGAGAAGCCTCATTCAAGCTA-AAATAACC----------------------------------------------------------AAAAAAAAAAAAAAACAAAAAATACCAAAG-------A------------------------A--AAG--TACAAAAAA-------------------------------------------------------------------------------------------CA--------------------------------------------------------------------------------- | |
| droKik1 | scf7180000302704:102402-102541 - | TAAAAATCGCAAAAAGAGTTAAGGCAAAAA-TTACAACAAAAGACT-AAATATCTTGTGTTCA----TAATTTTAAACAAAAAAAAAAAAGGAAGCAAC----------------------------------------AGCA-------A------------------------A--AAG--AACAACAAATAGTATTCGACAAAAA---------AAGTTCGCATCAA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droFic1 | scf7180000454050:1144029-1144085 - | CGAA----GCAGATGGAATTGGAGCACAAA-CTCCAACTGGAGCAC-AAGTATCATGTGAGTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEle1 | scf7180000491001:1866332-1866388 + | CGAA----GCAAATGGAATTGGAGCATAAG-ATCCAACTGGAGCAC-AAGTATCAAGTGAGTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droRho1 | scf7180000779333:954783-954839 - | CGAA----GCAAATGGAATTGGAGCATAAG-ATCCAACTGGAGCAC-AAGTATCGAGTGAGTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droBia1 | scf7180000302421:1705715-1705771 - | CGAA----GAAGATGGAACTGGAGCATAAA-CTCCAACTGGAGCAC-AAGTATCAAGTGAGTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droTak1 | scf7180000414113:92425-92481 - | CGAA----GCAAATGGAATTGGAGCATAAA-CTCCAACTGGAGCAC-AAGTATCAAGTGAGTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEug1 | scf7180000409110:1632189-1632245 - | CGAA----GCAAATGGAATTGGAGCATAAA-CTCCAATTGGAGCAC-AAGTATCAAGTGAGTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| dm3 | chrX:13165508-13165564 - | CGAA----GCAAATGGAATTGGAGCATAAA-CTTCAATTGGAGCAC-AAGTATCAAGTGAGTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSim2 | x:12509588-12509644 - | CGAA----GCAAATGGAATTGGAGCATAAA-CTCCAACTGGAGCAC-AAGTATCAAGTGAGTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droSec2 | scaffold_21:920554-920610 - | CGAA----GCAAATGGAATTGGAGCATAAA-CTCCAACTGGAGCAC-AAGTATCAAGTGAGTA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | |
| droYak3 | X:13842181-13842312 - | TGAA----GTTAATTAAACCAGTGTACAAG-TTTA-------TTACAAAATATGATTTTAGTTCA--CACAAA-----------------------------AAAAAAAACCCAAAACGAA-------------------GAAAAAAATAAAAGCAACAAAAATCTTAACGAGTGCAGGAGAGTGATAGTGA-------------------------------------------------------------------------------------------TA--------------------------------------------------------------------------------- | |
| droEre2 | scaffold_4690:13708761-13708816 + | CGAA----GCAAATGGAATTGGAGCATAAA-CTCCAACTGGAGCAC-AAGTATCAAGTGAGT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
| Species | Read alignment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| droVir3 |
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| droMoj3 |
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| droGri2 |
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| droWil2 |
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| dp5 |
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| droPer2 |
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| droAna3 |
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| droBip1 |
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| droKik1 |
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